一种预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物组合及系统技术方案

本发明专利技术公开了一种预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物组合及系统，包括细胞周期增殖成分和巨噬细胞、浆细胞样树突状细胞、CLEC9A+树突状细胞、自然杀伤细胞和浆细胞五种免疫细胞成分中的至少一种。本发明专利技术一些实例，通过计算一种肿瘤细胞成分和五种免疫细胞成分各自的特征基因的表达量，可以预测鼻咽癌肿瘤微环境中不同成分的表达高低，并可对鼻咽癌患者进行临床预后预测，有助于实行个体化治疗，最终给患者带来生存获益。

【技术实现步骤摘要】
一种预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物组合及系统
本专利技术涉及生物领域，特别涉及一种预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物组合及系统。
技术介绍
鼻咽癌是我国最为常见的头颈部肿瘤，尤为好发于华南地区，也被称之为“广东瘤”。根据不同的临床分期，鼻咽癌的目前治疗方式亦不相同，主要是以放疗与化疗为核心，辅以靶向治疗、免疫治疗等多学科综合治疗。随着治疗方式的革新以及规范化治疗的推行，早期鼻咽癌患者的生存率以及生活质量都获得了提高，然而中晚期患者的预后仍旧不佳，同一临床分期的患者经过同样的治疗后会出现不同的预后结果，反映了肿瘤之间的生物异质性，因此加深对鼻咽癌生物学特性的了解成为目前研究的焦点之一。鼻咽癌的肿瘤组织除了含有高异质性的肿瘤细胞外，还包括病灶部位的浸润免疫细胞等，这些细胞成分共同构成了肿瘤微环境，而肿瘤微环境中不同细胞成分的差异可影响肿瘤的生物学特性，并进而可能会导致不同的预后结果。因此，通过深入解析鼻咽癌肿瘤微环境的构成成分，有助于了解鼻咽癌的生物学特性，并可用于预测鼻咽癌患者的临床预后，实行个体化治疗，最终给患者带来生存获益。鼻咽癌相关的因子众多，差异表达的mRNA众多，已有大量的文献报导了多种NPC预后相关的标志物，然而如何从众多标志物筛选得到可以用于确定NPC预后的标志物组合，依然是一项具有挑战性的工作。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的至少一种不足，提供一种预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物组合及系统。本专利技术所采取的技术方案是：本专利技术的第一个方面，提供：一组预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物，包括细胞周期增殖成分和五种免疫细胞成分中的至少一种，其中：所述细胞周期增殖成分的特征基因为DEPDC1、DLGAP5、HJURP、PBK、TOP2A、GTSE1、ASPM、CDC20、CEP55、CKAP2L、HMMR、NEK2、BIRC5、CCNA2、MKI67、FAM64A、KIF4A、KIF2C、CENPF、AURKB、KIF14、NUF2、ESCO2、NUSAP1、NCAPG、CDCA3、CDCA5、CENPE、KIF20A和CENPA；所述五种免疫细胞成分分别为巨噬细胞成分、浆细胞样树突状细胞成分、CLEC9A+树突状细胞成分、自然杀伤细胞成分和浆细胞成分，所述巨噬细胞成分的特征基因为APOE、APOC1、RNASE1、CTSL、C1QA、C1QB、C1QC、CTSD、ADAMDEC1、SPP1、FTL、NUPR1、GPNMB、FCGR3A、CCL8、PLD3、LGMN、GLUL、CTSC、CD163、PSAP、CTSB、CCL3、HES1、MMP9、MS4A4A、IFIT1、ACP5、PLA2G7、CD68、MAFB、CD14、IFI6、TREM2、MS4A7、PRDX1、ASAH1、LGALS3、CCL4、IFI27、MARCKS、CREG1、CD81、SLC40A1、CTSS、FCER1G、CXCL9；所述浆细胞样树突状细胞成分的特征基因为PTGDS、GZMB、IGJ、TCL1A、LILRA4、PLAC8、ITM2C、IRF7、PPP1R14B、TCF4、TSPAN13、CLIC3、SELL、PLD4、UGCG、CCDC50、C12orf75、BCL11A、MZB1、PTCRA、SPIB、LRRC26、SMPD3、MAP1A、ALOX5AP、SCT、PTPRS、IL3RA、APP、CYB561A3、SEC61B、SPCS1、CLEC4C、SLC15A4、HIGD1A、NUCB2、MPEG1、LTB、GAPT、IDH3A、LAMP5、C10orf118、TRAF4和OFD1；所述CLEC9A+树突状细胞成分的特征基因为RGCC、CPVL、CLEC9A、CPNE3、C1orf54、DNASE1L3、SNX3、CCND1、IRF8、LGALS2、CLNK、CST3、NAAA、SERPINB1、PPT1和XCR1；所述自然杀伤细胞成分的特征基因为GNLY、TYROBP、KLRC1、FCER1G、XCL1、XCL2、KLRD1、CTSW、IFITM3、HOPX、KLRF1、KLRC2和PRF1；所述浆细胞成分的特征基因为IGJ、XBP1、MZB1、SSR4、DERL3、FKBP11、HSP90B1、ITM2C、SEC11C、PRDX4、FKBP2、HERPUD1、JUN、SSR3、VIMP、SDF2L1、SELK、SPCS2、MANF、C19orf10、SPCS3、HSPA5、IFI6、PPIB、RRBP1、SEC61B、DNAJB9、PIM2、SPCS1、CD63、PDIA4、ERLEC1、NUCB2、TNFRSF17、SEC61G、LMAN1、JSRP1、TMEM258、TMEM59、RPN2、RABAC1、SDC1、LGALS1、KDELR2、CRELD2、IFI27、SUB1、PSAP、GSTP1、CD38、NPC2、TMED10、ARF4、NEAT1、KRTCAP2、TMED9、SELM、PDIA6、SLAMF7、HM13、P4HB、SRGN、TMED2、TXNDC15、CD27、KDELR1、TRAM1、HLA-C、CD59、TMBIM6和TIMP1。上述6种肿瘤微环境成分，既可以单独用于预测鼻咽癌的预后，也可以任意组合用于预测鼻咽癌的预后。本专利技术的第二个方面，提供：定量肿瘤微环境成分标志物的试剂在制备鼻咽癌预后确定试剂中的应用，所述肿瘤微环境成分标志物如本专利技术的第一个方面所述。表达量可以是不同方法确定的表达量，优先为无量纲处理后的表达量，方便进行数据分析处理。在一些实例中，定量肿瘤微环境成分标志物的试剂为定量标志物mRNA的试剂。试剂也可以是其他可以反应标志物mRNA表达量的试剂、芯片或其他方法。在一些实例中，通过定量各成分特征基因mRNA表达量，对各成分全部特征基因的mRNA表达量进行单样本基因富集分析(single-sampleGeneSetEnrichmentAnalysis，ssGSEA)，即可计算出各成分的表达量。这样不同方法确定的mRNA表达量归一化。在一些实例中，通过各成分的表达量情况确定鼻咽癌的预后。本专利技术的第三个方面，提供：一种用于预测鼻咽癌预后的系统，包括：肿瘤微环境成分标志物定量装置，用于确定肿瘤微环境成分标志物的表达量，所述肿瘤微环境成分标志物如本专利技术的第一个方面所述；数据分析装置，基于肿瘤微环境成分标志物的表达量，计算确定鼻咽癌的预后；以及结果输出装置，用于输出计算的预后结果。在一些实例中，所述定量装置包括但不限于定量标志物mRNA的表达芯片、mRNA测序装置、qPCR基因检测装置以及Nanostring技术基因检测装置等常规的mRNA定量装置。在一些实例中，通过定量各成分特征基因mRNA表达量，对各成分全部特征基因的mRNA表达量进行ssGSEA，即可计算出各成分的表达量本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物，包括细胞周期增殖成分和五种免疫细胞成分中的至少一种，其中：/n所述细胞周期增殖成分的特征基因为DEPDC1、DLGAP5、HJURP、PBK、TOP2A、GTSE1、ASPM、CDC20、CEP55、CKAP2L、HMMR、NEK2、BIRC5、CCNA2、MKI67、FAM64A、KIF4A、KIF2C、CENPF、AURKB、KIF14、NUF2、ESCO2、NUSAP1、NCAPG、CDCA3、CDCA5、CENPE、KIF20A和CENPA；/n所述五种免疫细胞成分分别为巨噬细胞成分、浆细胞样树突状细胞成分、CLEC9A+树突状细胞成分、自然杀伤细胞成分和浆细胞成分，/n所述巨噬细胞成分的特征基因为APOE、APOC1、RNASE1、CTSL、C1QA、C1QB、C1QC、CTSD、ADAMDEC1、SPP1、FTL、NUPR1、GPNMB、FCGR3A、CCL8、PLD3、LGMN、GLUL、CTSC、CD163、PSAP、CTSB、CCL3、HES1、MMP9、MS4A4A、IFIT1、ACP5、PLA2G7、CD68、MAFB、CD14、IFI6、TREM2、MS4A7、PRDX1、ASAH1、LGALS3、CCL4、IFI27、MARCKS、CREG1、CD81、SLC40A1、CTSS、FCER1G、CXCL9；/n所述浆细胞样树突状细胞成分的特征基因为PTGDS、GZMB、IGJ、TCL1A、LILRA4、PLAC8、ITM2C、IRF7、PPP1R14B、TCF4、TSPAN13、CLIC3、SELL、PLD4、UGCG、CCDC50、C12orf75、BCL11A、MZB1、PTCRA、SPIB、LRRC26、SMPD3、MAP1A、ALOX5AP、SCT、PTPRS、IL3RA、APP、CYB561A3、SEC61B、SPCS1、CLEC4C、SLC15A4、HIGD1A、NUCB2、MPEG1、LTB、GAPT、IDH3A、LAMP5、C10orf118、TRAF4和OFD1；/n所述CLEC9A+树突状细胞成分的特征基因为RGCC、CPVL、CLEC9A、CPNE3、C1orf54、DNASE1L3、SNX3、CCND1、IRF8、LGALS2、CLNK、CST3、NAAA、SERPINB1、PPT1和XCR1；/n所述自然杀伤细胞成分的特征基因为GNLY、TYROBP、KLRC1、FCER1G、XCL1、XCL2、KLRD1、CTSW、IFITM3、HOPX、KLRF1、KLRC2和PRF1；/n所述浆细胞成分的特征基因为IGJ、XBP1、MZB1、SSR4、DERL3、FKBP11、HSP90B1、ITM2C、SEC11C、PRDX4、FKBP2、HERPUD1、JUN、SSR3、VIMP、SDF2L1、SELK、SPCS2、MANF、C19orf10、SPCS3、HSPA5、IFI6、PPIB、RRBP1、SEC61B、DNAJB9、PIM2、SPCS1、CD63、PDIA4、ERLEC1、NUCB2、TNFRSF17、SEC61G、LMAN1、JSRP1、TMEM258、TMEM59、RPN2、RABAC1、SDC1、LGALS1、KDELR2、CRELD2、IFI27、SUB1、PSAP、GSTP1、CD38、NPC2、TMED10、ARF4、NEAT1、KRTCAP2、TMED9、SELM、PDIA6、SLAMF7、HM13、P4HB、SRGN、TMED2、TXNDC15、CD27、KDELR1、TRAM1、HLA-C、CD59、TMBIM6和TIMP1。/n...

【技术特征摘要】
1.一组预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物，包括细胞周期增殖成分和五种免疫细胞成分中的至少一种，其中：
所述细胞周期增殖成分的特征基因为DEPDC1、DLGAP5、HJURP、PBK、TOP2A、GTSE1、ASPM、CDC20、CEP55、CKAP2L、HMMR、NEK2、BIRC5、CCNA2、MKI67、FAM64A、KIF4A、KIF2C、CENPF、AURKB、KIF14、NUF2、ESCO2、NUSAP1、NCAPG、CDCA3、CDCA5、CENPE、KIF20A和CENPA；
所述五种免疫细胞成分分别为巨噬细胞成分、浆细胞样树突状细胞成分、CLEC9A+树突状细胞成分、自然杀伤细胞成分和浆细胞成分，
所述巨噬细胞成分的特征基因为APOE、APOC1、RNASE1、CTSL、C1QA、C1QB、C1QC、CTSD、ADAMDEC1、SPP1、FTL、NUPR1、GPNMB、FCGR3A、CCL8、PLD3、LGMN、GLUL、CTSC、CD163、PSAP、CTSB、CCL3、HES1、MMP9、MS4A4A、IFIT1、ACP5、PLA2G7、CD68、MAFB、CD14、IFI6、TREM2、MS4A7、PRDX1、ASAH1、LGALS3、CCL4、IFI27、MARCKS、CREG1、CD81、SLC40A1、CTSS、FCER1G、CXCL9；
所述浆细胞样树突状细胞成分的特征基因为PTGDS、GZMB、IGJ、TCL1A、LILRA4、PLAC8、ITM2C、IRF7、PPP1R14B、TCF4、TSPAN13、CLIC3、SELL、PLD4、UGCG、CCDC50、C12orf75、BCL11A、MZB1、PTCRA、SPIB、LRRC26、SMPD3、MAP1A、ALOX5AP、SCT、PTPRS、IL3RA、APP、CYB561A3、SEC61B、SPCS1、CLEC4C、SLC15A4、HIGD1A、NUCB2、MPEG1、LTB、GAPT、IDH3A、LAMP5、C10orf118、TRAF4和OFD1；
所述CLEC9A+树突状细胞成分的特征基因为RGCC、CPVL、CLEC9A、CPNE3、C1orf54、DNASE1L3、SNX3、CCND1、IRF8、LGALS2、CLNK、CST3、NAAA、SERPINB1、PPT1和XCR1；
所述自然杀伤细胞成分的特征基因为GNLY、TYROBP、KLRC1、FCER1G、XCL1、XCL2、KLRD1、CTSW、IFITM3、HOPX、KLRF1、KLRC2和PRF1；
所述浆细胞成分的特征基因为IGJ、XBP1、MZB1、SSR4、DERL3、FKBP11、HSP90B1、ITM2C、SEC11C、PRDX4、FKBP2、HERPUD1、JUN、SSR3、VIMP、SDF2L1、SELK、SPCS2、MANF、C19orf10、SPCS3、HSPA5、IFI6、PPIB、RRBP1、SEC61...

【专利技术属性】
技术研发人员：马骏，陈雨沛，柳娜，孙颖，李文斐，吕佳蔚，王雅琴，李晓敏，李君炎，张磐磐，黎映琴，唐玲珑，毛燕萍，周冠群，何庆梅，杨晓静，
申请(专利权)人：中山大学肿瘤防治中心中山大学附属肿瘤医院，中山大学肿瘤研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44