【技术实现步骤摘要】
一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型
本专利技术涉及生物医学
,特别涉及一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型。
技术介绍
近年来,免疫治疗受到医疗界的广泛关注,其已在多种肿瘤治疗中获得显著的临床疗效,被称为第四种癌症治疗方法(除了手术、化疗和放疗之外),并获得美国食品药品监督管理局(FDA)批准和美国国家综合癌症网络(NCCN)指南推荐,成为晚期非小细胞肺癌(NSCLC)一线治疗的选择。肿瘤免疫治疗方法主要是通过激活人体的免疫系统,达到识别、控制和清除肿瘤的疗效,而研究最多的为单克隆抗体类免疫检查点抑制剂如细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)单抗、程序性死亡抑制因子蛋白及其配体(PD-1/PD-L1)单抗,至此,国内已有7款PD-1/PD-L1免疫检查点抑制剂上市。肿瘤免疫治疗作为一线治疗方案之一,生物标志物的选择便显得非常重要。PD-L1、肿瘤突变负荷(TMB)、DNA错配修复缺陷型(dMMR)和微卫星不稳定性(MSI)均是临床和专家共识普遍认可和接受的标志物,其中肿瘤突变负荷(TMB)作为关注度最热的生物标志物,不仅被写入2019年NCCN非小细胞肺癌V1版指南,而且在近期研究中显示数十种癌症类型包括黑色素瘤、肾细胞癌、膀胱癌、头颈癌等在内,TMB水平越高,患者接受免疫检查点抑制剂治疗后的生存率越高(RobertM.Samstein,etal.Tumormutationalloadpredictssurvivalafterimmunotherapyacrossmultiplecancerty ...
【技术保护点】
1.一种检测肿瘤突变负荷的方法,其特征在于,包括以下步骤:/nS1:对待测的肿瘤组织和血液样品进行DNA提取;/nS2:针对肿瘤相关基因,构建目标区域靶向捕获测序文库;/nS3:利用高通量测序平台,获得原始下机数据;/nS4:通过检出流程得到样本的肿瘤突变负荷;所述检出流程具体包括:/n(a) 测序数据拆分,用于对高通量测序平台Illumina的下机数据进行拆分,获得原始测序数据;/n(b) 低质量数据过滤及质控,用于对高通量测序的原始数据进行过滤、质控和处理;所述低质量数据过滤及质控的具体过程为去除含有接头的序列、去除N含量>5个的序列和去除平均质量低于15的序列,选择符合设定阈值的数据进行后续分析;/n(c) 数据对比,将数据比对到参考基因组上;所述数据对比的具体过程为使用比对软件BWA-mem比对到参考基因组,并对比对上的数据进行平均测序深度>1000X,100X覆盖率筛选>90%,选择符合设定阈值的数据进行后续分析;/n(d) 变异检测,获得肿瘤样本的相关突变信息;/n(e) 注释,用于对捕获区域内突变位点进行相关疾病信息进行注释;/n(f) 成对样本质控,检 ...
【技术特征摘要】
1.一种检测肿瘤突变负荷的方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1:对待测的肿瘤组织和血液样品进行DNA提取;
S2:针对肿瘤相关基因,构建目标区域靶向捕获测序文库;
S3:利用高通量测序平台,获得原始下机数据;
S4:通过检出流程得到样本的肿瘤突变负荷;所述检出流程具体包括:
(a)测序数据拆分,用于对高通量测序平台Illumina的下机数据进行拆分,获得原始测序数据;
(b)低质量数据过滤及质控,用于对高通量测序的原始数据进行过滤、质控和处理;所述低质量数据过滤及质控的具体过程为去除含有接头的序列、去除N含量>5个的序列和去除平均质量低于15的序列,选择符合设定阈值的数据进行后续分析;
(c)数据对比,将数据比对到参考基因组上;所述数据对比的具体过程为使用比对软件BWA-mem比对到参考基因组,并对比对上的数据进行平均测序深度>1000X,100X覆盖率筛选>90%,选择符合设定阈值的数据进行后续分析;
(d)变异检测,获得肿瘤样本的相关突变信息;
(e)注释,用于对捕获区域内突变位点进行相关疾病信息进行注释;
(f)成对样本质控,检验肿瘤组织与对照是否来自于同一样本;
(g)位点过滤与统计,对原始体细胞变异结果进行过滤,得到真实突变结果,并统计其中的单碱基变异SNV同义突变个数、SNV非同义突变个数、移码插入突变个数、非移码插入突变个数、移码缺失突变个数以及非移码缺失突变个数;
(h)将(g)中计算的结果输入基于高通量靶向测序技术检测肿瘤突变负荷的预测模型中,得到样本的肿瘤突变负荷。
2.根据权利要求1所述的一种检测肿瘤突变负荷的方法,其特征在于,所述肿瘤相关基因中的外显子区域的基因包括:ABL1、ABL2、ACVR1B、AKT1、AKT2、AKT3、ALK、AMER1、APC、AR、ARAF、ARFRP1、ARID1A、ARID1B、ARID2、ASXL1、ATM、ATR、ATRX、AURKA、AURKB、AXIN1、AXL、BAP1、BARD1、BCL2、BCL2L1、BCL2L2、BCL6、BCOR、BCORL1、BLM、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRD4、BRIP1、BTG1、BTK、C11orf30、CARD11、CBFB、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD274、CD79A、CD79B、CDC73、CDH1、CDK12、CDK4、CDK6、CDK8、CDKN1A、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEBPA、CHD2、CHD4、CHEK1、CHEK2、CIC、CREBBP、CRKL、CRLF2、CSF1R、CTCF、CTNNA1、CTNNB1、CUL3、CYLD、DAXX、DDR2、DICER1、DNMT3A、DOT1L、EGFR、EP300、EPHA3、EPHA5、EPHA7、EPHB1、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERG、ERRFI1、ESR1、EZH2、FAM46C、FANCA、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCL、FAS、FAT1、FBXW7、FGF10、FGF14、FGF19、FGF23、FGF3、FGF4、FGF6、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FLCN、FLT1、FLT3、FLT4、FOXL2、FOXP1、FRS2、FUBP1、GABRA6、GATA1、GATA2、GATA3、GATA4、GATA6、GID4、GLI1、GNA11、GNA13、GNAQ、GNAS、GPR124、GRIN2A、GRM3、GSK3B、H3F3A、HGF、HNF1A、HRAS、HSD3B1、HSP90AA1、IDH1、IDH2、IGF1R、IGF2、IKBKE、IKZF1、IL7R、INHBA、INPP4B、IRF2、IRF4、IRS2、JAK1、JAK2、JAK3、JUN、KAT6A、KDM5A、KDM5C、KDM6A、KDR、KE...
【专利技术属性】
技术研发人员:段小红,辛琳,杨春燕,张腾龙,柳毅,王冬冬,王东亮,周启明,
申请(专利权)人:求臻医学科技北京有限公司,
类型:发明
国别省市:北京;11
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