用于诊断肺癌的组合物、方法和试剂盒技术

提供了用于鉴定生物标记物蛋白质的方法，相对于健康受试者或具有第二肺部状况的受试者，所述生物标记物蛋白质在具有第一肺部状况的受试者中显示出差异表达。还提供了包含这些生物标记物蛋白质的组合物，以及使用这些生物标记物蛋白质或其实验对象组来诊断、分类且监测各种肺部状况的方法。本文提供的方法和组合物可以用于将受试者诊断或分类为患有肺癌或非癌性状况，并且区分不同类型的癌症（例如，恶性相对于良性、SCLC相对于NSCLC）。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于诊断肺癌的组合物、方法和试剂盒相关申请本申请是于2017年10月18日提交的美国申请号15/786,924的继续申请，其为于2016年2月23日提交的美国申请号15/051,153的部分继续申请，其为于2013年2月25日提交的美国申请号13/775,494，现在的美国专利号9,304,137的继续申请，其为于2012年12月21日提交的美国申请号13/724,823，现在的美国专利号9,201,044的部分继续申请，其要求以下的优先权和权益：于2011年12月21日提交的美国申请号61/578,712、于2012年1月24日提交的美国申请号61/589,920、于2012年7月27日提交的美国申请号61/676,859、以及于2012年11月12日提交的美国申请号61/725,153，所述申请各自的内容整体引入本文作为参考。引入作为参考的序列表于2015年2月27日创建且大小为14KB的命名为“IDIA-005_X02US_SequenceListing_ST25.txt”的文本文件的内容整体引入本文作为参考。背景肺部状况且特别是肺癌呈现了重大的诊断挑战。在许多无症状患者中，放射学筛查例如计算机断层摄影（CT）扫描是诊断范例中的第一步。肺结节（PN）或不确定结节位于肺部，且经常在筛查高危患者过程中或偶然地发现。由于获得卫生保健的患者数量渐增、筛查技术的快速采用和人口老龄化，鉴定的PN数目预期上升。据估计，美国每年鉴定了超过300万例PN。尽管大多数PN是良性的，但一些是恶性的，导致另外的干预。对于视为关于恶性结节的低风险的患者，当前的医学实践要求每三至六个月的扫描，共至少两年，以监测肺癌。PN鉴定至诊断之间的时间段是医学监视或“观察等待”的时间，并且可能造成对患者的压力，并且由于重复的成像研究，导致显著的风险和费用。如果对发现具有良性结节的患者执行活组织检查，则不必要地增加了成本和伤害患者的可能性。需要大手术，以便切除样本用于组织活组织检查和诊断。所有这些程序都与患者的风险相关，所述风险包括：病、损伤和死亡、以及高经济成本。通常，由于其大小和/或在肺中的位置，PN无法进行活组织检查，以确定它们是良性的还是恶性的。然而，PN连接至循环系统，并且因此如果是恶性的，则癌症的蛋白质标记物可以进入血液，并且提供信号用于确定PN是否为恶性的。需要可以替换补充用于呈现有PN的患者的当前诊断方法的诊断方法，以改善诊断、降低成本并且使对患者的侵入性程序和并发症降到最低。本专利技术提供了用于鉴定蛋白质标记物的新型组合物、方法和试剂盒，以鉴定、诊断、分类和监测肺部状况，且特别是肺癌。本专利技术使用基于血液的复用测定来区分良性肺结节与恶性肺结节，以分类患有或不患有肺癌的患者。本专利技术可以用于呈现有肺癌症状，但没有肺结节的患者。概述本专利技术提供了通过以下确定受试者中的肺部状况为癌症的可能性的方法：测量从受试者获得的样品中的蛋白质实验对象组的丰度；基于蛋白质测量计算癌症评分的概率，并且如果该评分低于预定评分，则对于受试者排除癌症。当排除癌症时，受试者不接受治疗方案。治疗方案包括例如肺功能测试（PFT），肺成像，活组织检查，手术，化学疗法，放射疗法或其任何组合。在一些实施方案中，成像是X射线、胸部计算机断层摄影（CT）扫描、或正电子发射断层摄影（PET）扫描。本专利技术进一步提供了通过以下判定受试者的癌症可能性的方法：测量从受试者获得的样品中的蛋白质实验对象组的丰度，基于蛋白质测量计算癌症评分的概率，并且如果该评分高于预定评分，则对于受试者判定癌症的可能性。在另一个方面，本专利技术进一步提供了通过以下确定受试者中存在肺部状况的可能性的方法：测量从受试者获得的样品中的蛋白质实验对象组的丰度，基于蛋白质测量计算癌症评分的概率，并且如果该评分等于或大于预定评分，则得出结论存在所述肺部状况。肺部状况是肺癌，例如非小细胞肺癌（NSCLC）。受试者处于发展肺癌的风险中。在另一个方面，本专利技术提供了确定受试者中的肺结节不是肺癌的可能性的方法，其包括：（a）测量从受试者获得的血液样品中存在的蛋白质实验对象组的表达水平，其中所述蛋白质实验对象组包含LG3BP和C163A、基本上由LG3BP和C163A组成、或由LG3BP和C163A组成；（b）基于步骤（a）的蛋白质实验对象组的表达水平，计算肺癌评分的概率；并且（c）如果步骤（b）中的评分低于预定评分，则对于受试者排除肺癌。在一些实施方案中，实验对象组包括选自以下的至少3种蛋白质：ALDOA、FRIL、LG3BP、IBP3、LRP1、ISLR、TSP1、COIA1、GRP78、TETN、PRDX1和CD14。任选地，实验对象组进一步包括选自BGH3、COIA1、TETN、GRP78、PRDX、FIBA和GSLG1的至少一种蛋白质。在一些实施方案中，实验对象组包括选自以下的至少4种蛋白质：ALDOA、FRIL、LG3BP、IBP3、LRP1、ISLR、TSP1、COIA1、GRP78、TETN、PRDX1和CD14。在一个优选实施方案中，实验对象组包含LRP1、COIA1、ALDOA和LG3BP。在另一个优选实施方案中，实验对象组包含LRP1、COIA1、ALDOA、LG3BP、BGH3、PRDX1、TETN和ISLR。在又一个优选实施方案中，实验对象组包含LRP1、COIA1、ALDOA、LG3BP、BGH3、PRDX1、TETN、ISLR、TSP1、GRP78、FRIL、FIBA和GSLG1。受试者具有或怀疑具有肺结节。肺结节具有小于或等于3cm的直径。在一个实施方案中，肺结节具有约0.8cm至2.0cm的直径。从应用于蛋白质测量的逻辑回归模型计算评分。例如，评分确定为，其中是所述样品（s）中对数转换并标准化的跃迁强度，是相应的对数回归系数，是实验对象组特异性常数，并且N是所述实验对象组中的跃迁总数目。在各个实施方案中，本专利技术的方法进一步包括将蛋白质测量标准化。例如，蛋白质测量通过选自PEDF、MASP1、GELS、LUM、C163A和PTPRJ的一种或多种蛋白质进行标准化。生物样品包括例如组织、血液、血浆、血清、全血、尿、唾液、生殖器分泌物、脑脊髓液、汗和排泄物。在一个方面，确定癌症的可能性通过与评分相关的灵敏度、特异性、阴性预测值或阳性预测值来确定。确定的评分具有至少约80%的阴性预测值（NPV）。测量步骤通过使用选择性反应监测质谱法来执行，其使用特异性结合待检测蛋白质的化合物或肽跃迁。在一个实施方案中，与待测量蛋白质特异性结合的化合物是抗体或适体。附图简述图1是显示了关于15个蛋白质LC-SRM-MS实验对象组的接受操作曲线的曲线下面积的线图。图2显示了六个线图，其各自显示了对于不同的患者群体以及具有大PN和小PN的受试者，关于15个蛋白质LC-SRM-MS实验对象组的接受操作曲线的曲线下面积。图3是显示了用于评估15个蛋白质实验对象组的三项研究中的变化性的图。<本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定受试者中的肺结节不是肺癌的可能性的方法，其包括：/n（a）测量从所述受试者获得的血液样品中存在的蛋白质实验对象组的表达水平，其中所述蛋白质实验对象组包含LG3BP和C163A；/n（b）基于步骤（a）的蛋白质实验对象组的表达水平，计算肺癌评分的概率；和/n（c）如果步骤（b）中的评分低于预定评分，则对于所述受试者排除肺癌。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171018 US 15/7869241.一种确定受试者中的肺结节不是肺癌的可能性的方法，其包括：
（a）测量从所述受试者获得的血液样品中存在的蛋白质实验对象组的表达水平，其中所述蛋白质实验对象组包含LG3BP和C163A；
（b）基于步骤（a）的蛋白质实验对象组的表达水平，计算肺癌评分的概率；和
（c）如果步骤（b）中的评分低于预定评分，则对于所述受试者排除肺癌。


2.权利要求1的方法，其中所述蛋白质实验对象组的表达水平通过免疫测定进行测量。


3.权利要求2的方法，其中所述免疫测定是酶联免疫吸附测定（ELISA）。


4.权利要求1的方法，其中所述蛋白质实验对象组进一步包含ALDOA、FRIL、TSP1、COIA1、PEDF、MASP1、GELS、LUM、PTPRJ、IBP3、LRP1、ISLR、GRP78、TETN、PRDX1、CD1...

【专利技术属性】
技术研发人员：PG基尔尼，KC方，XJ李，C海沃德，D斯皮塞尔，
申请(专利权)人：佰欧迪塞克斯公司，
类型：发明
国别省市：美国;US