针对短表位的数字化抗体组以及其使用方法技术

一组数字化抗体，其中该数字化抗体组包含至少大约１５种数字化抗体，其中每种数字化抗体结合不同的表位，并且其中每种数字化抗体结合由３个连续氨基酸或４个连续氨基酸组成的表位。（*该技术在2023年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术总体上涉及针对短表位的数字化抗体(digital antibody)组，以及其在蛋白质分析方法中的用途。关于联合资助研究或研发的声明未申请。
技术介绍
蛋白质组学涉及在蛋白质水平上测量基因活性。目前，蛋白质组研究最常用的工具是二维凝胶电泳与质谱测量的组合(2D-MS)。该系统具有一些限制。第一，2D电泳的检测灵敏性和分辨率低。第二，使用质谱分析显著增加成本。最后，2D电泳是费时的。装备非常精良的实验室每周仅能够进行大约200-400次2D凝胶电泳。因此，需要改善蛋白质分析的方法。细菌或病毒感染的检测和表征在临床微生物学的实践中和环境测试如食品安全和生物公害安全测试中都是至关重要的。考虑其表现型和基因型，微生物是非常多样的，例如，葡萄球菌属(staphylococci)包括32个种和15个亚种。然而，目前的诊断方法通常仅能够检测单一微生物或病毒，为了检测和描述微生物或病毒的特性，必须使用多次特定的测试。因此，需要新的方法用于检测和表征(包括鉴定)蛋白质样品，其中所述蛋白质样品包括含有细菌和/或病毒的样品或由其来源的样品。基于癌症的组织类型和部位能够对其进行分类。基于大部分瘤块的大小和其是否已侵入其它器官，能够进一步将每种类型的癌症划分为不同的期。例如，利用目前的方法前列腺癌可以划分为从T0到T4期。在另一个例子中，基于诸如瘤块结构组成和/或细胞分化的水平，也能够将癌症划分为不同的级。然而这些形态学和/或组织学上的分类通常不能很好地与临床治疗相关，并且常常不能鉴定早期癌症或癌前细胞。因此，需要新的方法以检测和表征(包括鉴定)包含或来源于癌样细胞和/或组织的蛋白质样品。此处引用的所有参考文献，包括专利申请和出版物，全部引用作为参考。专利技术概述本专利技术提供了多组数字化抗体，和包括使用数字化抗体的方法。因此，一方面，本专利技术提供了多组数字化抗体，其中一组包含至少大约15种数字化抗体，其中每种数字化抗体结合不同的表位，并且其中每种数字化抗体结合由3个连续氨基酸或4个连续氨基酸组成的表位。在一些实施方案中，一组数字化抗体包含至少大约任意20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、125、150、175、200、300、400、500、600、700、800、900、1000种或更多的抗体。在一些实施方案中，一组数字化抗体包含100种与由3个连续氨基酸组成的表位结合的数字化抗体。在其它实施方案中，一组数字化抗体进一步包含100种与由4个连续氨基酸组成的表位结合的数字化抗体。也在其它实施方案中，一组数字化抗体包含100种与由5个连续氨基酸组成的表位结合的数字化抗体。在其它实施方案中，一组数字化抗体包含至少大约100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000种数字化抗体，其中每种数字化抗体结合不同的表位，并且其中每种数字化抗体结合由3个连续氨基酸、4个连续氨基酸或5个连续氨基酸组成的表位。也在其它实施方案中，一组数字化抗体包含至少1000种与由4个连续氨基酸组成的表位结合的数字化抗体。也在其它实施方案中，一组数字化抗体进一步包含至少100种与由5个连续氨基酸组成的表位结合的数字化抗体。在其它实施方案中，一组数字化抗体进一步包含至少100种与由3个连续氨基酸组成的表位结合的数字化抗体。可以将“不同的表位”理解为包括具有重叠氨基酸序列的表位以及具有非重叠氨基酸序列的表位。另一方面，本专利技术提供包含此处所述的任一数字化抗体组的阵列。产生这些阵列的方法在本领域中是众所周知的，并在此进一步进行描述。另一方面，本专利技术提供产生蛋白质结合谱的方法，所述方法包括(a)在允许结合的条件下将样品与此处所述的任意一数字化抗体组相接触；(b)任选地除去未结合蛋白质(在一些实施方案中，除去非特异性结合的蛋白质)；和(c)检测蛋白质与抗体的结合，从而产生蛋白质结合谱。另一方面，本专利技术提供了产生蛋白质结合谱的方法，所述方法包括检测蛋白质与数字化抗体组的结合，从而产生蛋白质结合谱，其中蛋白质与数字化抗体组的结合是通过包括(a)将样品与此处所述的任一数字化抗体组相接触；和(b)任选地去除未结合蛋白质的方法产生的。另一方面，本专利技术提供了产生蛋白质结合谱的方法，所述方法包括(a)从与样品接触的一组数字化抗体中分离未结合蛋白质；和(b)检测蛋白质与抗体的结合，从而产生蛋白质结合谱，其中来自与样品相接触的一组数字化抗体的未结合蛋白质是通过包括将样品与此处所述的任意数字化抗体组相接触步骤的方法产生的。显然，一个步骤或更多步骤可以进行组合和/或相继进行(通常以任意顺序，只要能够形成所需要的产物)，并且，很明显，本专利技术包括此处所述步骤的多种组合。如此处所述也很明显的是，本专利技术包括其中最初步骤或第一步是此处所述的任一步骤的那些方法。本专利技术的方法包括其中较后的“下游”步骤是第一步的一些实施方案。另一方面，本专利技术提供产生蛋白质结合谱的方法，所述方法包括(a)孵育反应混合物，所述反应混合物包含(i)任意此处所述的数字化抗体组；和(ii)样品；其中孵育是在允许结合的条件下进行的；(b)任选地分离未结合蛋白质；和(c)检测蛋白质与抗体的结合，从而产生蛋白质结合谱。另一方面，本专利技术提供了产生蛋白质结合谱的方法，所述方法包括检测蛋白质与一组数字化抗体的结合，从而产生蛋白质结合谱，其中蛋白质与一组数字化抗体的结合是通过包括孵育反应混合物步骤的方法产生的，所述反应混合物包含(i)任意此处所述的数字化抗体组；和(ii)样品；其中孵育在允许结合的条件下进行；(b)任选地分离未结合蛋白质。对于本领域的技术人员很明显的是，关于组合和孵育所得到混合物的方面也包括一些方法实施方案，其包括孵育多种混合物(以多种组合和/或亚组合)从而形成预期产物。在一些实施方案中，产生蛋白质结合谱的方法进一步包括用蛋白质裂解剂处理样品的步骤，从而产生多肽片段。在步骤(a)即在允许结合的条件下将样品与该组数字化抗体相接触之前，可用蛋白质裂解剂处理样品。蛋白质裂解剂可以是酶(例如胰凝乳蛋白酶或胰蛋白酶)或化学试剂(例如溴化氰)。可以理解蛋白质结合谱包括关于缺乏数字化抗体和蛋白质之间结合的信息。进一步可以理解产生蛋白质结合谱不需要具备有关所分析蛋白质的身份(identity)的先验知识，并且已知的和未知的蛋白质都可以检测。因此，在一些实施方案中，蛋白质结合谱可以用于鉴定和/或检测以前未知的因子，诸如新的病原体。检测可以是定性的和/或定量的。在一些实施方案中，检测一组中至少大约95％、至少大约90％、至少大约75％、至少大约50％、至少大约30％抗体的结合。在一些实施方案中，检测一组中每种抗体的结合。在一些实施方案中，检测结合的标记蛋白质的存在或缺乏和/或其量。在一些实施方案中，如此处进一步描述的，检测了标记的竞争剂多肽。通常，在涉及使用竞争剂多肽的实施方案中，这些方法进一步包括将该组数字化抗体与竞争剂多肽相接触(与样品组合和/或与样品相继使用)。另一方面，本专利技术提供产生蛋白质结合谱文库的方法，包括步骤(a)在允许结合的条件下将样品与任意此处所述的数字化抗体组相接触；(b)任选地去除未结合蛋白质(在一些实施方案中，去除非特异性结合的蛋白质)；(c)检测蛋白质与本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】

【专利技术属性】
技术研发人员：J·J·王，W·H·胡，
申请(专利权)人：阿伯麦特里科斯公司，
类型：发明
国别省市：