预测乳腺癌的骨复发制造技术

通过分析一组基因的表达进行了预测乳腺癌在骨中复发的方法。在多种介质，如微阵列和包含微阵列的试剂盒中包括基因表达分布图。

【技术实现步骤摘要】

技术介绍
本专利技术涉及乳腺癌患者关于骨复发的预后并且基于患者的生物样品的基因表达分布图。 乳腺癌中远距离复发的最常见的部位是骨。许多因素与促进骨复发有关，这些因素包括红骨髓中的血流、肿瘤细胞中的粘连分子、和骨基质中的固定化的生长因子，如转化生长因子β、骨形态发生蛋白、血小板衍生生长因子、胰岛素样生长因子、成纤维细胞生长因子。然而，涉及骨和来自乳腺癌的癌细胞之间相互作用的促进的、基于基因的关系在很大程度上还是未知的。 最近描述了乳腺癌预后用以预测淋巴结阴性患者中的远距离复发。2005年2月18日提交的Wang等人的PCT/US2005/005711。基因表达模式已经用于将乳腺肿瘤分类成不同的临床上相关的亚型。Perou等人(2000)；S_rlie等人(2001)；S_rlie等人(2003)；Gruvberger等人(2001)；van′t Veer等人(2002)；van de Vijver等人(2002)；Ahr等人(2002)；Huang等人(2003)；Sotiriou等人(2003)；Woelfle等人(2003)；Ma等人(2003)；Ramaswamy等人(2003)；Chang等人(2003)；Sotiriou等人(2003)；和Hedenfalk等人(2001)。然而，当前，有很少的诊断工具可用于特异鉴定处于骨复发风险的患者。需要特异鉴定患者处于疾病骨复发的风险以确保她接受合适的治疗。
技术实现思路
本专利技术包括评估乳腺癌状态的方法，其包括从乳腺癌患者得到生物样品，并通过标记物测量基因的表达水平，其中高于或者低于预定的截断水平的基因表达水平指示关于骨转移的乳腺癌状态。 本专利技术包括对乳腺癌分期(stage)的方法，该方法包括从乳腺癌患者得到生物样品，并通过标记物测量样品中基因的表达水平，其中高于或者低于预定的截断水平的基因表达水平指示乳腺癌阶段。 本专利技术包括监视乳腺癌患者的治疗的方法，该方法包括从乳腺癌患者得到生物样品，并通过标记物测量样品中基因的表达水平，其中高于或者低于预定的截断水平(如算法中给出)的基因表达水平足够指示骨转移的风险，从而使得医生能够确定推荐的疗法的程度和类型以预防此类转移。 本专利技术包括治疗乳腺癌患者的方法，该方法包括从乳腺癌患者得到生物样品；并通过标记物测量样品中基因的表达水平，其中高于或者低于预定的截断水平的基因表达水平表明骨转移的高度风险并且；如果她们是高度风险患者，那么用辅助疗法治疗患者。 本专利技术包括产生骨复发概率得分以使得能够对乳腺癌患者预后的方法，该方法包括从统计学上显著数目的患者生物样品得到基因表达数据，对数据应用单变量Cox回归分析以得到所选基因；以标准Cox系数对所选基因应用加权的表达水平来得到预测模型，其可以作为骨复发概率得分应用。 本专利技术包括产生乳腺癌预后患者报告的方法，该方法包括从患者得到生物样品；测量样品的基因表达；应用骨复发概率得分；并使用所得结果来产生报告并从而产生患者报告。 本专利技术包括含有标记物的组合物。 本专利技术包括试剂盒，其用于使用从患者得到的生物样品进行测定以确定乳腺癌预后。该试剂盒含有用于检测标记物的材料。优选地，该试剂盒包括其使用说明书。 本专利技术包括含有标记物的用于评估乳腺癌状态的物品(articles)。 本专利技术包括含有标记物的诊断/预后portfolio，其中该组合足够表征生物样品中乳腺癌状态或者骨复发的风险。 本专利技术方法可以有利地与其他乳腺预后方法结合使用。这可以反馈性(reflexively)进行，从而，首先确定任何复发的预后，然后应用本申请中给出的PAM方法。备选地，这些方法可以同时进行或者接近同时进行以便为医生和/或患者提供关于在任何地方的复发，更特别地，骨复发的可能性的信息。 具体实施例方式 包括评估乳腺癌状态的本专利技术确定患者是否处于该疾病在骨中复发的高度风险中。在本申请中对预后和预测的参考涉及与乳腺癌在骨中出现的复发有关的预测。这些方法包括从乳腺癌患者得到生物样品并测量样品中某些基因的表达水平，其中高于或低于预定截断水平的基因表达水平指示乳腺癌关于其在骨中复发的状态。 本申请中描述和要求保护的独创性方法、组合物、物品和试剂盒包括一种或多种“标记物”。“标记物”在本申请全文中用于指 a)基因和基因表达产物，如RNA、mRNA和对应的cDNA、肽、蛋白质、前面每一种的片段和互补序列，和 b)组分(compositions)，如探针、抗体、配体、半抗原，和标记，它们通过与a)的物理或者化学相互作用表明基因的表达或者基因表达产物的存在并且，其中基因、基因表达产物或者组分对应于 i)SEQ ID NO 112， ii)SEQ ID NO 112和由SEQ ID NO 113、SEQ ID NO 114、SEQ ID NO 115、SEQ ID NO 116构成的组的成员的组合， iii)SEQ ID NO 112与SEQ ID NO 113、SEQ ID NO 114、SEQID NO 115、SEQ ID NO 116的全部的组合， iv)SEQ ID NO 112-SEQ ID NO 116的一个或多个和SEQ IDNO 117-198的一个或多个，或 v)SEQ ID NO 112-SEQ ID NO 198的全部。 一种基因当含有由SEQ ID NO表示的序列时，该基因对应于该序列。基因节段或者片段当含有所参考序列或者其互补序列的一部分以足够将它区别为该基因的序列时，所述基因节段或者片段对应于该基因的序列。当其RNA、mRNA或者cDNA与具有这种序列的组分(例如，探针)杂交时，或者对于肽或者蛋白质，它由这种mRNA编码时，该基因表达产物对应于这种序列。基因表达产物的节段或者片段当含有所参考的基因表达产物或者其互补序列的部分以足够将其区分为该基因或者基因表达产物的序列时，该基因表达产物的节段或者片段对应于该基因或者基因表达产物的序列。 优选对应于ii和iii的标记物。最优选对应于iv和v的标记物。 尽管组织样品中仅仅存在或者缺乏特定核酸序列(例如，含有SNP的基因)很少被发现具有诊断或者预后价值，但是关于多种蛋白质、肽或mRNA的表达的信息越来越被认为是重要的。在基因组仅仅存在其自身可能表达蛋白质、肽或者mRNA的核酸序列(此类序列称作“基因”)不能确定蛋白质、肽或者mRNA是否在给定细胞中表达。能够表达蛋白质、肽或者mRNA的给定基因是否表达和(如果表达)这种表达发生的程度由多种复杂因素决定。然而，在基因表达分布图(gene expression profiles)中可以发现基因为活性或非活性的程度的相对指示。本文报导，测定基因表达可用于鉴定和报告乳腺癌患者是否可能经历骨的复发。由于许多原因，这是重要的，所述原因包括确保该患者可以接受最有益的治疗。 样品制备是实施本专利技术的方法和使用本专利技术的试剂盒和物品的关键方面。样品制备需要收集患者样品。用于本专利技术方法的患者样品为怀疑含有患病细胞的样品，如从乳腺样品中的原发肿瘤得到的上皮细胞。样品可以为怀疑存在癌细胞的任何样品，其包括但不限于，原发肿瘤组织、组织或者液体的抽吸物、导管液，所述样品通过本领域已知的任意方法制备，包括大量组织制本文档来自技高网...

【技术保护点】
评估乳腺癌状态的方法，其包括步骤ａ．从乳腺癌患者得到生物样品；和ｂ．通过标记物测量样品中基因的表达水平，其中高于或者低于预定截断水平的基因表达水平指示骨中复发的可能性。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：Y王，Y张，D阿特金斯，AM西乌维尔茨，M斯米德，JGM克利金，JWM马滕斯，JA费肯斯，
申请(专利权)人：维里德克斯有限责任公司，伊拉兹马斯麦克丹尼尔登霍德，
类型：发明
国别省市：US[美国]