一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用，具体公开了一种用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒，包括用于检测BCL2、BCL6、MYC和/或基因IGH融合的物质；所述物质为成套DNA探针；所述成套DNA探针包括SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：376所示的376条探针。所述试剂盒可以用于：1)检测或辅助检测与淋巴瘤相关基因变异；2)对弥漫大B细胞淋巴瘤患者进行细胞起源(Cell of origin,COO)分型；3)对淋巴瘤患者进行辅助诊断、预后判断和/或靶向药物预测。

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用
本专利技术涉及生物
，具体涉及一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒。特别涉及运用所述试剂盒进行淋巴瘤基因变异检测和DLBCL细胞起源分型。
技术介绍
淋巴瘤是起源于淋巴造血系统的恶性肿瘤，居常见恶性肿瘤的第8位。近年来，淋巴瘤已成为我国发病率增长最快的恶性血液肿瘤。其种类繁多，形态、生物学行为及临床病理特征等方面多具异质性，给病理及临床医生的诊断和治疗造成了极大的困扰。弥漫大B细胞淋巴瘤(DiffuselargeB-celllymphoma,DLBCL)是一种起源于B淋巴细胞的恶性肿瘤，是最常见的非霍奇金淋巴瘤。在我国，DLBCL约占所有非霍奇金淋巴瘤的40％[Yang,Q.P.,Zhang,W.Y.,Yu,J.B.,Zhao,S.,Xu,H.,&Wang,W.Y.,etal.(2011).Subtypedistributionoflymphomasinsouthwestchina:analysisof6,382casesusingwhoclassificationinasingleinstitution.DiagnosticPathology,6(1),77-0.]。世界卫生组织(WorldHealthOrganization,WHO)根据细胞起源(Celloforigin,COO)的不同将DLBC分为生发中心B细胞型(GerminalcenterBcell–like,GCB)和活化B细胞型(ActivatedBcell–like,ABC)[SwerdlowStevenH.,CampoElias.,PileriStefanoA.,HarrisNancyLee.,SteinHarald.,SiebertReiner.,AdvaniRanjana.,GhielminiMichele.,SallesGillesA.,ZelenetzAndrewD.,JaffeElaineS.,(2016).The2016revisionoftheWorldHealthOrganizationclassificationoflymphoidneoplasms.,Blood,127,2375-90.]。COO分型可用于预测患者预后(GCB型患者预后更佳)和确定精准的诊疗方案(如ABC型对BTK抑制剂更敏感)。目前进行COO分型的方法主要包括基因表达谱(Geneexpressionprofile,GEP)和基于mRNA表达及免疫组织化学技术(Immunohistochemistry,IHC)的分型方法。其中GEP是DLBCLCOO分型的“金标准”[Alizadeh,A.A.,Eisen,M.B.,Davis,R.E.,Ma,C.,Lossos,I.S.,Rosenwald,A.,Boldrick,J.C.,Sabet,H.,Tran,T.,Yu,X.,etal.(2000).DistincttypesofdiffuselargeB-celllymphomaidentifiedbygeneexpressionprofiling.Nature403,503-511.]，但由于费用昂贵，对标本要求较高(新鲜组织)等原因造成临床可操作性较差，即使在欧美等发达国家仍然没有常规开展。ScottD.W.等(2014)基于20个相关基因(其中5个为看家基因)的数字化基因表达分析方法Lymph2Cx(Nanostring)对石蜡包埋的组织样本进行COO分型，与GEP的一致性较高[Scott,D.W.,Wright,G.W.,Williams,P.M.,Lih,C.J.,Walsh,W.,Jaffe,E.S.,Rosenwald,A.,Campo,E.,Chan,W.C.,Connors,J.M.,etal.(2014).Determiningcell-of-originsubtypesofdiffuselargeB-celllymphomausinggeneexpressioninformalin-fixedparaffin-embeddedtissue.Blood123,1214-1217.]。随后，美国HTG分子诊断有限公司专利技术了基于16个基因表达的COO分型分类器的分型方法，通过测量样本中相关基因的表达，通过对加权的基因表达值总和计算概率评分对患者进行分型【公开号：CN108368554A，公开日：20180803】。目前临床使用较为广泛的是基于IHC的分型方法，临床上COO分型系统有Hans、Choi、Tally和Visco-Young分型系统，其中，Hans分型仅使用CD10、BCL6和MUM-1三个指标，并且和GEP的结果有较好的一致性，因而使用最为广泛。但是，由于IHC本身的局限性，IHC无法准确鉴别10-15％的无法分类型的DLBCL，而且重现性较差，在预测预后上也存在不一致的现象【Swerdlow,S.H.,Campo,E.,Pileri,S.A.,Harris,N.L.,Stein,H.,&Siebert,R.,etal.(2016).The2016revisionoftheworldhealthorganizationclassificationoflymphoidneoplasms.Blood,127(20),2375-2390.】，特别是随着利妥昔单抗的出现，利用IHC技术进行COO分型的预后价值不断受到挑战，多项研究甚至出现了相互矛盾的结果。综述所述，GEP是COO分型的“金标准”，但样本要求较高，限制了其在临床上的使用；基于基因表达的分型方法与“GEP”的一致性较高，且解决了实验取材(新鲜组织)的限制，但是只能应用于组织样本，且成本较高。
技术实现思路
第一方面，本专利技术解决的技术问题是提供一种一种用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒，包括用于检测BCL2、BCL6、MYC和/或IGH基因融合的物质。进一步地，所述试剂盒还包括用于检测表1中的399个基因的全部CDS区的物质、表2中基因部分编码区或启动子区的物质、表3中基因融合断点区域及其它区域的物质。进一步地，所述用于检测G1变异的物质为成套DNA探针；进一步地，所述成套DNA探针包括SEQIDNO：1-SEQIDNO：376所示的376条探针。进一步地，所述成套DNA探针还包括覆盖表1中的399个基因的全部CDS区的探针，覆盖表2中基因部分编码区或启动子区的探针；覆盖表3中融合基因断点区域及其它区域的探针；每条探针的长度为119bp或120bp；第二方面，本专利技术解决的技术问题是提供一种成套DNA探针，包括SEQIDNO：1-SEQIDNO：376所示的376条探针。所述SEQIDNO：1-SEQIDNO：192所示的DNA探针靶向BCL2基因。所述SEQIDNO：193-SEQIDNO：281所示的DNA探针靶向BCL6基因。所述SEQIDNO：282-SEQIDNO：295所示的DNA探针靶向MYC基因。所述SEQIDNO：29本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒，其特征在于：包括用于检测BCL2、BCL6、MYC和/或IGH基因融合的物质。/n

【技术特征摘要】
1.一种用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒，其特征在于：包括用于检测BCL2、BCL6、MYC和/或IGH基因融合的物质。


2.根据权利要求1所述用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒，其特征在于：所述物质为成套DNA探针。


3.根据权利要求2所述用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒，其特征在于：
所述成套DNA探针包括SEQIDNO：1-SEQIDNO：376所示的376条探针。


4.权利要求3所述的成套DNA探针。


5.权利要求1-3任一所述用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒或权利要求4所述的成套DNA探针在如下1)-3)任一种中的应用；
1)检测或辅助检测与淋巴瘤相关基因变异；
2)对弥漫大B细胞淋巴瘤患者进行COO分型；
3)对淋巴瘤患者进行辅助诊断、预后判断和/或靶向药物预测。


6.权利要求1-3任一所述的试剂盒或权利要求4所述的成套DNA探针在制备如下1)-3)中任一种产品中的应用：
1)检测或辅助检测与淋巴瘤相关基因变异的产品；
2)对弥漫大B细胞淋巴瘤患者进行COO分型的产品；
3)对淋巴瘤患者进行辅助诊断、预后判断和/或靶向药物预测的产品。


7.根据权利要求5或6所述的应用，其特征在于：
1)中所述变异为点突变、短片段插入缺失、拷贝数变异和/或基因融合；
和/或；
2)中所述COO分型为将弥漫大B细胞淋巴瘤患者分为GCB型或ABC型。


8.一种检测或辅助检测与淋巴瘤相关基因变异的方法，包括如下步骤：
(1)构建待测患者的基因组DNA文库；所述患者为淋巴瘤患者；
(2)将权利要求2中所述的成套DNA探针与所述DNA文库杂交，得到杂交产物；
(3)对所述杂交产物进行二代测序，根据测序结果分析目的基因组DNA的变异情况。


9.一种弥漫大B细胞淋巴瘤COO分型系统，其特征在于，包括利用权利要求1-3任一所述的试剂盒、权利要求4所述的成套DNA探针或权利要求8中的方法检测到的基因变异数据。


10.根据权利要求9所述的弥漫大B细胞淋巴瘤COO分型系统，其特征在于，包括分型模型创建单元和预测单元；
分型模型创建单元：提取并处理训练集样本基因变异数据的特征，使用机器学习分类方法生成COO分型模型；
预测单元：提取并处理待分型样本的基因变异数据的特征，输入所述COO分型模型，调取分型的结果和/或概率；
所述基因变异数据是利用权利要求1-3任一所述的试剂盒、权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨玲，易鑫，管彦芳，易玉婷，杜新华，刘涛，徐亚平，李盼松，
申请(专利权)人：北京吉因加科技有限公司，北京吉因加医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11