胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物及其应用制造技术

本发明专利技术属于基因工程技术领域，公开了一种胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物及其应用，共42个遗传位点。本发明专利技术构建遗传风险预测模型，对目标人群进行胃癌的遗传风险评定。提供上述SNP标志物的特异性引物及其在制备胃癌辅助诊断试剂盒中的应用。提供胃癌辅助诊断试剂盒。本发明专利技术将制备辅助胃癌诊断的遗传标志物试剂盒，期望为我国胃癌高危人群筛查、个体化预防和治疗奠定基础，提供决策依据。SNP遗传标志物区别于传统的生物标志物，稳定性好，易于检测。胃癌辅助诊断试剂盒有助于临床医生快速掌握患者发生胃癌的遗传风险，进行早期诊断、个体化预防和治疗，为胃癌高危人群的筛查和干预提供决策依据。

【技术实现步骤摘要】
胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物及其应用
本专利技术属于基因工程
，尤其涉及一种胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物及其应用。
技术介绍
目前，胃癌是常见的恶性肿瘤，其发病率占全球所有肿瘤的第六位，且具有明显的区域性，尤其在中国、日本及韩国等东亚地区发病率较高。据统计，2015年中国新发癌症约429万例，死于癌症的病人达281万例，其中胃癌发病68万例，死亡50万例，位居所有肿瘤第二位，严重危害着人类健康。近年来，随着我国的经济发展和社会进步，胃癌的发病率和死亡率呈逐年下降的趋势，但由于胃癌早期发现较为困难，尚缺乏早期、特异、敏感的筛查指标，其造成的疾病负担依然很大。因此，寻找有效的标志物评估胃癌的发病风险，并对高危人群辅以常规胃镜检查等方法，以实现胃癌的早发现和早诊断，将大大降低胃癌的发病率。胃癌的发生发展是多阶段且多因素共同参与的生物学过程，是环境因素(如吸烟、饮食习惯)、遗传因素以及两者的交互作用共同导致的结果。然而，相同的环境暴露下仅有少数人发展成胃癌，提示遗传因素在胃癌的发生发展中起到了关键作用。进一步地，已有学者发现中国人群中胃癌发生的遗传解释度为20％，证实了遗传因素的效应。因此，识别胃癌相关的遗传变异位点，有助于我们更好地评估个体发生胃癌的遗传风险，从而实现胃癌的早期检测、诊断和靶向治疗。全基因组关联研究(genome-wideassociationstudy，GWAS)作为一种有效的遗传流行病学研究手段，目前被广泛应用到多种复杂疾病的关联研究中。目前，GWAS已经发现数十个与胃癌相关的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)位点，为胃癌的遗传学研究提供了坚实的前期基础。多项研究表明，基于GWAS发现的遗传位点，建立胃癌发病遗传风险预测模型，对于筛查高危人群，实现早期预防有着非常重要的意义。然而，以往的胃癌遗传模型多是采用GWAS位点构建的，其预测效能偏低，不能最大程度地发挥遗传预测模型的效应。因此，从全基因组筛选，结合外部数据验证，开展胃癌遗传风险模型研究，识别出可靠的胃癌辅助诊断遗传分子标志物，构建优化的胃癌发病风险预测模型，对今后实施更加有效的个体化预防、科学干预等显得尤为迫切和重要。通过上述分析，现有技术存在的问题及缺陷为：以往的胃癌遗传模型多是采用GWAS位点构建的，其预测效能偏低，不能最大程度地发挥遗传预测模型的效应。解决以上问题及缺陷的难度为：如何从全基因角度构建预测效能更优的胃癌遗传模型，并能在外部数据中得到验证，是一项比较有挑战的工作。解决以上问题及缺陷的意义为：可以有效地提升胃癌遗传模型的预测准确性，从而更好地用于筛选发生胃癌的高危人群。
技术实现思路
针对现有技术存在的问题，本专利技术提供了一种胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物及其应用。本专利技术是这样实现的，一种胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物，所述胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物为rs4460629、rs4451581、rs11802956、rs236322、rs11890919、rs3771790、rs7425197、rs1403651、rs4685983、rs1504359、rs2035057、rs1870563、rs1697952、rs1564601、rs13195186、rs9341727、rs3857490、rs6959127、rs4305854、rs1052969、rs9791835、rs10952328、rs7782998、rs656248、rs378363、rs2460554、rs4751153、rs9329332、rs10777647、rs35326083、rs17027488、rs319284、rs2225046、rs10483947、rs7168752、rs875339、rs3093315、rs918655、rs348793、rs17000838、rs1034420和rs2019061的组合。本专利技术的另一目的在于提供一种所述的胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物的特异性扩增引物，所述特异性扩增引物特异性扩增引物序列为SEQIDNO.1～SEQIDNO.166。本专利技术的另一目的在于提供一种所述的胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物的特异性探针引物，所述特异性探针引物为：rs4460629的引物序列为SEQIDNO.3～SEQIDNO.168。本专利技术的另一目的在于提供一种所述的胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物在制备胃癌辅助诊断试剂盒的应用。本专利技术的另一目的在于提供一种所述的胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物的在特异性扩增引物制备胃癌辅助诊断试剂盒的应用。本专利技术的另一目的在于提供一种所述的胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物的在特异性探针引物制备胃癌辅助诊断试剂盒的应用。本专利技术的另一目的在于提供一种包含所述胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物的胃癌辅助诊断试剂盒，所述胃癌辅助诊断试剂盒用于检测外周血DNA中的rs4460629、rs4451581、rs11802956、rs236322、rs11890919、rs3771790、rs7425197、rs1403651、rs4685983、rs1504359、rs2035057、rs1870563、rs1697952、rs1564601、rs13195186、rs9341727、rs3857490、rs6959127、rs4305854、rs1052969、rs9791835、rs10952328、rs7782998、rs656248、rs378363、rs2460554、rs4751153、rs9329332、rs10777647、rs35326083、rs17027488、rs319284、rs2225046、rs10483947、rs7168752、rs875339、rs3093315、rs918655、rs348793、rs17000838、rs1034420和rs2019061基因分型。进一步，含有特异性扩增引物和特异性探针引物。进一步，试剂盒还包括PCR试剂。进一步，所述PCR试剂为Taq酶，dNTP混合液，去离子水以及标准品和对照品结合上述的所有技术方案，本专利技术所具备的优点及积极效果为：本专利技术构建遗传风险预测模型，对目标人群进行胃癌的遗传风险评定。提供上述SNP标志物的特异性引物及其在制备胃癌辅助诊断试剂盒中的应用。提供胃癌辅助诊断试剂盒。本专利技术基于中国人群胃癌病例对照研究设计，利用胃癌全基因组关联研究(GWAS)数据，采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)和遗传算法结合的策略，从全基因组角度筛选出一组与胃癌发病风险密切相关的SNPs位点；在此基础上，构建遗传风险预测模型，在外部数据中评价SNPs位点预测胃癌发病风险的效能；最终制备胃癌辅助诊断试剂盒，为胃癌的早期诊断和预防提供技术支持。本专利技术将制备辅助胃癌诊断的遗传标志物试剂盒，期望为我国胃癌高危人群筛查、个体化预防和治疗奠定基础本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物，其特征在于，所述胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物为rs4460629、rs4451581、rs11802956、rs236322、rs11890919、rs3771790、rs7425197、rs1403651、rs4685983、rs1504359、rs2035057、rs1870563、rs1697952、rs1564601、rs13195186、rs9341727、rs3857490、rs6959127、rs4305854、rs1052969、rs9791835、rs10952328、rs7782998、rs656248、rs378363、rs2460554、rs4751153、rs9329332、rs10777647、rs35326083、rs17027488、rs319284、rs2225046、rs10483947、rs7168752、rs875339、rs3093315、rs918655、rs348793、rs17000838、rs1034420和rs2019061的组合。/n

【技术特征摘要】
1.一种胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物，其特征在于，所述胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物为rs4460629、rs4451581、rs11802956、rs236322、rs11890919、rs3771790、rs7425197、rs1403651、rs4685983、rs1504359、rs2035057、rs1870563、rs1697952、rs1564601、rs13195186、rs9341727、rs3857490、rs6959127、rs4305854、rs1052969、rs9791835、rs10952328、rs7782998、rs656248、rs378363、rs2460554、rs4751153、rs9329332、rs10777647、rs35326083、rs17027488、rs319284、rs2225046、rs10483947、rs7168752、rs875339、rs3093315、rs918655、rs348793、rs17000838、rs1034420和rs2019061的组合。


2.一种如权利要求书1所述的胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物的特异性扩增引物，其特征在于，所述特异性扩增引物特异性扩增引物为
rs4460629的引物序列为SEQIDNO.1和SEQIDNO.2；
rs4451581的引物序列为SEQIDNO.5和SEQIDNO.6；
rs11802956的引物序列为SEQIDNO.9和SEQIDNO.10；
rs236322的引物序列为SEQIDNO.13和SEQIDNO.14；
rs11890919的引物序列为SEQIDNO.17和SEQIDNO.18；
rs3771790的引物序列为SEQIDNO.21和SEQIDNO.22；
rs7425197的引物序列为SEQIDNO.25和SEQIDNO.26；
rs1403651的引物序列为SEQIDNO.29和SEQIDNO.30；
rs4685983的引物序列为SEQIDNO.33和SEQIDNO.34；
rs1504359的引物序列为SEQIDNO.37和SEQIDNO.38；
rs2035057的引物序列为SEQIDNO.41和SEQIDNO.42；
rs1870563的引物序列为SEQIDNO.45和SEQIDNO.46；
rs1697952的引物序列为SEQIDNO.49和SEQIDNO.50；
rs1564601的引物序列为SEQIDNO.53和SEQIDNO.54；
rs13195186的引物序列为SEQIDNO.57和SEQIDNO.58；
rs9341727的引物序列为SEQIDNO.61和SEQIDNO.62；
rs3857490的引物序列为SEQIDNO.65和SEQIDNO.66；
rs6959127的引物序列为SEQIDNO.69和SEQIDNO.70；
rs4305854的引物序列为SEQIDNO.73和SEQIDNO.74；
rs1052969的引物序列为SEQIDNO.77和SEQIDNO.78；
rs9791835的引物序列为SEQIDNO.81和SEQIDNO.82；
rs10952328的引物序列为SEQIDNO.85和SEQIDNO.86；
rs7782998的引物序列为SEQIDNO.89和SEQIDNO.90；
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rs2460554的引物序列为SEQIDNO.101和SEQIDNO.102；
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rs7168752的引物序列为SEQIDNO.137和SEQIDNO.138；
rs875339的引物序列为SEQIDNO.141和SEQIDNO.142；
rs3093315的引物序列为SEQIDNO.145和SEQIDNO.146；
rs918655的引物序列为SEQIDNO.149和SEQIDNO.150；
rs348793的引物序列为SEQIDNO.153和SEQIDNO.154；
rs17000838的引物序列为SEQIDNO.157和SEQIDNO.158；
rs1034420的引物序列为SEQIDNO.161和SEQIDNO.162；
rs2019061的引物序列为SEQIDNO.165和SEQIDNO.166。


3.一种如权利要求书1所述的胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物的特异性探针引物，其特征在于，所述特异性探针引物为
rs4460629的引物序列为SEQIDNO.3和SEQIDNO.4；
rs4451581的引物序列为SEQIDNO.7和SEQIDNO.8；
rs11802956的引物序列为SEQIDNO.11和SEQIDNO.12；
rs236322的引...

【专利技术属性】
技术研发人员：张正东，王美林，辛俊逸，杜牧龙，邬燕玲，黎书炜，储海燕，
申请(专利权)人：南京医科大学，
类型：发明
国别省市：江苏;32