本发明专利技术提供了一种非洲猪瘟病毒的序列组合，所述序列组合包括DNA探针组，所述DNA探针包括SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.24、SEQ ID NO.31、SEQ ID NO.40、SEQ ID NO.73、SEQ ID NO.74、SEQ ID NO.77、SEQ ID NO.78、SEQ ID NO.84、SEQ ID NO.96、SEQ ID NO.130、SEQ ID NO.134、SEQ ID NO.142、SEQ ID NO.153。优选地，所述的DNA探针包括155条DNA探针，所述的DNA探针序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.155所示。利用本发明专利技术的优选实施方案，可以实现100％的突变位点的检出率。
【技术实现步骤摘要】
一种非洲猪瘟基因芯片及其应用
：本专利技术属于病毒靶标捕获测序领域，特别涉及非洲猪瘟关键序列的捕获，特别是一套针对于非洲猪瘟病毒关键序列靶标捕获液相探针的设计及其应用。技术背景：非洲猪瘟(ASF)是由非洲猪瘟病毒感染的一种急性、烈性猪传染病，主要症状为出血与发热。非洲猪瘟发病过程短，具有极高的死亡率。非洲猪瘟由非洲猪瘟病毒(ASFV)引起，该病毒是一种双链DNA病毒，是非洲病毒科非洲病毒属的唯一成员，其主要的感染对象为家猪或野猪。非洲猪瘟病毒全基因组长度大约为170-193kb，在不同毒株中检测到150-167个开放阅读框。随着高通量测序技术的发展与成熟，基于全基因组测序对病毒样本进行全基因组扫描，已然成为研究病毒遗传进化规律的强力手段。由于单一的非洲猪瘟病毒DNA的获取较为困难，现阶段通用的测序策略是提取宿主跟病毒的总DNA，通过足够量的DNA进行二代测序建库，从最后的大量数据中将极少量(约0.75％)的病毒短读序列提取出来，进行组装拼接以获取病毒全基因组序列。基于液相探针的二代测序具有极高的特异性，可针对组织样品核酸中病毒全基因组进行捕获测序，有效降低了测序成本，提高了测序深度，更精确地发现非洲猪瘟病毒的遗传变异信息。因此，开发一款价格低廉的、准确性高的方法快速获得准确的病毒基因组的变异，对于研究非洲猪瘟病毒的全球进化网络具有深远的意义。
技术实现思路
：本专利技术人经过对现有猪瘟病毒的全基因组数据进行分析，提供了一组基因探针，通过包括这些基因探针的基因芯片，实现对非洲猪瘟病毒基因序列的捕获测序。因此，在第一方面，本专利技术提供了一种非洲猪瘟病毒的序列组合，所述序列组合包括DNA探针组，所述DNA探针包括SEQIDNO.7、SEQIDNO.14、SEQIDNO.24、SEQIDNO.31、SEQIDNO.40、SEQIDNO.73、SEQIDNO.74、SEQIDNO.77、SEQIDNO.78、SEQIDNO.84、SEQIDNO.96、SEQIDNO.130、SEQIDNO.134、SEQIDNO.142、SEQIDNO.153。在一个实施方案中，所述的DNA探针组包括155条DNA探针，所述的DNA探针序列如SEQIDNO.1～SEQIDNO.155所示。在一个实施方案中，所述DNA探针还包括接头序列。在一个实施方案中，所述的DNA探针为生物素标记的DNA探针。在第二方面，本专利技术提供了一种非洲猪瘟病毒检测试剂盒，所述试剂盒包括DNA探针组，所述DNA探针包括SEQIDNO.7、SEQIDNO.14、SEQIDNO.24、SEQIDNO.31、SEQIDNO.40、SEQIDNO.73、SEQIDNO.74、SEQIDNO.77、SEQIDNO.78、SEQIDNO.84、SEQIDNO.96、SEQIDNO.130、SEQIDNO.134、SEQIDNO.142、SEQIDNO.153。在一个实施方案中，所述的DNA探针组包括155条DNA探针，所述的DNA探针序列如SEQIDNO.1～SEQIDNO.155所示。在一个实施方案中，所述的DNA探针为生物素标记的DNA探针。在第三方面，本专利技术提供了一种利用基因芯片筛查非洲猪瘟病毒基因突变的方法，所述方法包括：1)提取待检测样本的基因组DNA；2)将所述DNA打断至200-300bp的范围；3)对上述打碎的基因组DNA进行DNA小片段文库的制备；4)将DNA小片段文库和本专利技术第一方面的序列组合和第二方面的基因芯片进行杂交，检测基因突变。在第四方面中，本专利技术还提供了本专利技术第一方面的序列组合和第二方面的基因芯片用于检测非洲猪瘟的用途。本专利技术的方法和基因芯片至少有如下优点：本专利技术的方法和芯片相对于全基因组测序，大大节约了所需要的测序数据量；本专利技术的方法和芯片可以一次性检测疾病相关致病基因的大多数突变，平衡了性价比，对非洲猪瘟的快速诊断和防控有重大意义。本专利技术的芯片通过液相探针技术进行非洲猪瘟病毒基因捕获测序方便、快速、准确。本专利技术基于液相探针的二代测序具有极高的特异性，可针对组织样品核酸中病毒全基因组进行捕获测序，有效降低了测序成本，提高了测序深度，更精确地发现非洲猪瘟病毒的遗传变异信息。具体实施方式：通过参考示范性实施例，本专利技术的目的和功能以及用于实现这些目的和功能的方法将得以阐明。然而，本专利技术并不受限于以下所公开的示范性实施例，可以通过不同形式来对其加以实现。说明书的实质仅仅是帮助相关领域技术人员综合理解本专利技术的具体细节。在ASFV基因组中对干扰素产生调节作用的是多基因家族基因(MGF)，低毒的ASFV缺乏MGF360或MGF505家族中这些基因的不同拷贝数。这些基因在ASFV基因组中的缺失导致了I型干扰素产量的增加，说明了它们在其水平调节中的重要作用。在MGF505-2R基因中发现了微小但显著的遗传多样性，表明ASFV分子进化缓慢，该基因在调节干扰素I的产生和血吸附现象中起重要作用。另外I329L编码的蛋白作为toll样受体3信号通路的抑制剂，参与了I型干扰素诱导和应答的抑制。在ASFV感染的野猪肺(WSL)细胞中，K145R基因的产物被证明是最显著的病毒蛋白。最近对感染猪的转录组分析表明，K145R在RNA水平上表达丰富。通过对病毒cDNA表达库的筛选，pK145R也被鉴定为恢复期猪的抗体诱导蛋白。ASFV衣壳由17280个蛋白构成，其中包括1个major蛋白(p72)和4个minor蛋白(pM1249L、p17、p49和pH240R)。而100纳米长的pM1249L蛋白作为核心组织者与其他衣壳蛋白形成分子间网络，形成衣壳骨架。KP177R(P22)是早期诱导结构蛋白，该蛋白在病毒感染后的早期，可通过免疫标记在细胞膜上被检测到。CP204L编码磷蛋白质，与宿主细胞产生相互作用，结合核糖核蛋白-K，参与病毒入侵。NP419L编码DNA连接酶，是构成ASFV最低限度DNA基底切除修复途径(BER)机制的组成部分，该酶在短时间内对受损DNA起作用。D1133L是ASFV编码的6个解旋酶超家族成员之一，有报道推测其在转录中起作用。QP383R编码参与氧化还原代谢的酶，是细菌NifS蛋白同源物。因此，对于ASFV基因组中重要基因突变的检测尤为重要。本专利技术解决了如何利用最简的探针序列实现更有效地检测的问题。在本专利技术中，非洲猪瘟病毒的参考基因组是MK333180。本基因芯片包括针对如下基因的探针：MGF_360-1L、KP177R、MGF_110-1L、MGF_505-2R、MGF_505-9R、K145R、M1249L、C84L、CP204L、NP419L、D1133L、QP383R、I267L、I329L&I73R、MGF_360-16R。上述基因探针序列如下：...
【技术保护点】
1.一种用于检测非洲猪瘟病毒的序列组合，所述序列组合包括DNA探针，所述DNA探针包括SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.24、SEQ ID NO.31、SEQ ID NO.40、SEQ IDNO.73、SEQ ID NO.74、SEQ ID NO.77、SEQ ID NO.78、SEQ ID NO.84、SEQ ID NO.96、SEQ IDNO.130、SEQ ID NO.134、SEQ ID NO.142、SEQ ID NO.153。/n
【技术特征摘要】
1.一种用于检测非洲猪瘟病毒的序列组合，所述序列组合包括DNA探针，所述DNA探针包括SEQIDNO.7、SEQIDNO.14、SEQIDNO.24、SEQIDNO.31、SEQIDNO.40、SEQIDNO.73、SEQIDNO.74、SEQIDNO.77、SEQIDNO.78、SEQIDNO.84、SEQIDNO.96、SEQIDNO.130、SEQIDNO.134、SEQIDNO.142、SEQIDNO.153。
2.根据权利要求书1所述的序列组合，所述的DNA探针组包括155条DNA探针，所述的DNA探针序列如SEQIDNO.1～SEQIDNO.155所示。
3.根据权利要求书1或2所述的序列组合，所述DNA探针还包括接头序列。
4.根据权利要求书1或2所述的序列组合，所述的DNA探针为生物素标记的DNA探针。
5.一种非洲猪瘟病毒检测基因芯片，所述基因芯片包括DNA探针，所述DNA探针包括SEQIDNO.7、SEQIDNO.14、SEQIDNO.24、SEQIDNO.31、SEQIDNO.40、SE...
【专利技术属性】
技术研发人员：孙坚，王夕冉，王衡，张桂红，刘雅红，廖晓萍，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：广东;44
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