分析乙型肝炎病毒突变的方法及其用途技术

基于HBV基因组S ORF区域的非同义突变的频率，在感染HBV基因型A、B或C的受试者中确定肝脏炎症状态或鉴定对慢性乙型肝炎病毒(HBV)感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险的方法，以及相关系统、试剂盒、测量工具、试剂、设备、计算机可读介质、寡核苷酸引物对和装置，及其用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】分析乙型肝炎病毒突变的方法及其用途
本专利技术涉及用于确定乙型肝炎病毒(HBV)在感染HBV基因型A、基因型B或基因型C的受试者中乙型肝炎病毒(HBV)的肝脏炎症状态、确定乙型肝炎病毒(HBV)的遗传状态、鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险的方法，以及相关系统、试剂盒、用途、设备、计算机可读介质和装置。
技术介绍
慢性乙型肝炎(CHB)是由乙型肝炎病毒(HBV)在感染乙型肝炎病毒的患者的肝细胞中的高水平复制所引起的慢性肝脏炎症的一种形式。如果不治疗，CHB会导致肝脏并发症，包括炎症、肝硬化、肝功能衰竭和肝癌。现代抗病毒治疗能抑制活动性肝脏炎症患者的乙型肝炎病毒复制，从而降低肝硬化、肝功能衰竭和肝癌的发病率。这些治疗还可以逆转预先存在的肝损伤。HBV感染患者通过定期血液检测来测量血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)，其是一种肝酶，当肝损伤发生时会释放到血液中，表明有肝脏炎症。对血清ALT升高的患者开始抗病毒治疗大大降低了未来出现肝脏并发症的风险。然而，对于一个子集的患者来说，在血清ALT水平没有升高的情况下，会出现肝脏炎症和CHB。因此，这些患者出现了通常无法治疗的晚期疾病。持续需要替代的实验室检查来检测或监测HBV感染患者的肝脏炎症，鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险，和/或为关于HBV感染患者的抗病毒治疗的临床决策提供信息。本专利技术的目的是满足这些需要中的一个或多个，或者至少为公众提供有用的选择。在一个方面，本专利技术涉及在感染了包括HBV基因型A、B或C的S开放阅读框(SORF)的HBV的受试者中确定HBV的肝脏炎症状态，或确定HBV的遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险的方法，该方法包括a)基于与受试者感染的HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，获得存在于从受试者获得的样本中的HBV的SORF区域的至少一部分的序列信息，以确定在SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率；和b)根据两个或多个密码子的非同义突变频率确定SORF区域的非同义突变频率，以确定受试者的肝脏炎症状态或HBV的遗传状态，或根据SORF区域的非同义突变频率确定受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症。在另一个方面，本专利技术涉及在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的肝脏炎症状态，或确定HBV的遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险的系统，该系统包括a)测量工具，其分析关于存在于从受试者获得的样本中的HBV的SORF区域的至少一部分的序列信息，以确定SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率，b)处理器，c)计算机可读介质，和d)存储在计算机可读介质上的分析工具，其适配成在处理器上执行根据两个或多个密码子的非同义突变频率确定HBV的SORF区域的非同义突变频率，确定受试者的肝脏炎症状态或HBV的遗传状态，或根据SORF区域的非同义突变频率确定受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症；步骤(a)的分析或步骤(d)的确定基于与受试者感染的HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列。在一个实施方案中，该系统包括测量工具，测量工具包括一种或多种寡核苷酸引物，该一种或多种寡核苷酸引物靶向或基于与受试者所感染的该HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，用于确定该SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率。在一个实施方案中，该系统包括测量工具，测量工具包括一种或多种寡核苷酸引物，该一种或多种寡核苷酸引物靶向与受试者所感染的该HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，用于确定该SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率。在一个实施方案中，该系统包括测量工具，测量工具包括一种或多种寡核苷酸引物，该一种或多种寡核苷酸引物基于与受试者所感染的该HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，用于确定该SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率。在一个替代性实施方案中，系统包括测量工具，该测量工具产生关于存在于从该受试者获得的样本中的HBV的SORF区域的至少一部分域的序列信息，并且分析工具适配成选择与受试者感染的HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，并将测量工具产生的序列信息与SORF参考序列进行比较，以确定SORF区域中两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率。在另一个方面，本专利技术涉及在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的肝脏炎症状态，或确定HBV的遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险的方法，该方法包括通过包括以下的方法确定HBV的SORF区域中的非同义突变的频率a)提供关于存在于从受试者获得的样本中的HBV的SORF区域的至少一部分的序列信息，b)选择与受试者感染的HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，c)将该序列信息与SORF参考序列进行比较以确定SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率，和d)根据两个或多个密码子的非同义突变频率确定SORF区域的非同义突变频率，以确定受试者的肝脏炎症状态或HBV的遗传状态，或根据SORF区域的非同义突变频率确定受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症。在又一方面，本专利技术涉及在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的肝脏炎症状态，或确定HBV的遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险的系统，该系统包括a)测量工具，其产生关于存在于从受试者获得的样本中的HBV的SORF区域的至少一部分的序列信息，b)处理器，c)计算机可读介质，以及d)分析工具，其存储在计算机可读介质上，该分析工具适配成通过以下在处理器上执行以确定HBV的SORF区域中的非同义突变的频率i)选择与受试者感染的HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，ii)将由该测量工具产生的序列信息与SORF参考序列进行比较以确定SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的频率，iii)根据两个或多个密码子的非同义突变频率确定SORF区域的非同义突变频率，以确定受试者的肝脏炎症状态或HBV的遗传状态，或根据SORF区域的非同义突变频率确定受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种方法，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的S ORF的HBV的受试者中确定HBV的肝脏炎症状态，或确定HBV的遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险，所述方法包括/na)基于与所述受试者感染的所述HBV的所述S ORF的亚基因型相对应的S ORF参考序列，获得存在于从所述受试者获得的样本中的所述HBV的所述S ORF区域的至少一部分的序列信息，以确定在所述S ORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的所述频率；和/nb)根据两个或多个密码子的非同义突变的所述频率确定S ORF区域的非同义突变的所述频率，以确定所述受试者的所述肝脏炎症状态或所述HBV的所述遗传状态，或根据S ORF区域的非同义突变的所述频率确定所述受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171221 NZ 7385581.一种方法，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的肝脏炎症状态，或确定HBV的遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险，所述方法包括
a)基于与所述受试者感染的所述HBV的所述SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，获得存在于从所述受试者获得的样本中的所述HBV的所述SORF区域的至少一部分的序列信息，以确定在所述SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的所述频率；和
b)根据两个或多个密码子的非同义突变的所述频率确定SORF区域的非同义突变的所述频率，以确定所述受试者的所述肝脏炎症状态或所述HBV的所述遗传状态，或根据SORF区域的非同义突变的所述频率确定所述受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症。


2.一种系统，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的所述肝脏炎症状态，或确定HBV的所述遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险，所述系统包括
a)测量工具，其分析关于存在于从所述受试者获得的样本中的HBV的所述SORF区域的至少一部分的序列信息，以确定所述SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的所述频率，
b)处理器，
c)计算机可读介质，和
d)分析工具，其存储在所述计算机可读介质上，适配成在所述处理器上执行根据所述两个或多个密码子的非同义突变的所述频率确定所述HBV的所述SORF区域的非同义突变的所述频率，以确定所述受试者的所述肝脏炎症状态或HBV的所述遗传状态，或根据所述SORF区域的非同义突变的所述频率确定所述受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症；
步骤(a)的分析或步骤(d)的确定基于与受试者感染的HBV的SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列。


3.一种方法，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的所述肝脏炎症状态，或确定HBV的所述遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险，所述方法包括
通过包括以下的方法确定所述HBV的SORF区域中的非同义突变的所述频率
a)提供关于存在于从所述受试者获得的样本中的所述HBV的所述SORF区域的至少一部分的序列信息，
b)选择与所述受试者感染的所述HBV的所述SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，
c)将所述序列信息与所述SORF参考序列进行比较以确定所述SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的所述频率，和
d)根据所述两个或多个密码子的非同义突变的所述频率确定所述SORF区域的非同义突变的所述频率，以确定所述受试者的所述肝脏炎症状态或所述HBV的所述遗传状态，或根据所述SORF区域的非同义突变的所述频率确定所述受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症。


4.一种系统，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的所述肝脏炎症状态，或确定HBV的所述遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险，所述系统包括
a)测量工具，其产生关于存在于从所述受试者获得的样本中的所述HBV的所述SORF区域的至少一部分的序列信息，
b)处理器，
c)计算机可读介质，和
d)分析工具，其存储在所述计算机可读介质上，适配成通过以下在所述处理器上执行以确定所述HBV的所述SORF区域中的非同义突变的所述频率
i)选择与所述受试者感染的所述HBV的所述SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，
ii)将由所述测量工具产生的所述序列信息与所述SORF参考序列进行比较以确定所述SORF区域中的两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的所述频率，
iii)根据所述两个或多个密码子的非同义突变的所述频率确定所述SORF区域的非同义突变的所述频率，以确定所述受试者的所述肝脏炎症状态或所述HBV的所述遗传状态，或根据所述SORF区域的非同义突变的所述频率确定所述受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症。


5.根据权利要求1或3所述的方法，其包括使用寡核苷酸引物对扩增从所述受试者获得的样本中存在的所述HBV的所述SORF区域的至少一部分以产生扩增引物，并产生关于所述扩增引物的序列信息。


6.根据权利要求2或4所述的系统，其中，所述测量工具包括用于扩增从所述受试者获得的样本中存在的所述HBV的所述SORF区域的至少一部分以产生扩增引物的寡核苷酸引物对。


7.根据权利要求2或4或6所述的系统，其中，所述测量工具包括用于从所述样本或所述扩增引物产生序列信息的核苷酸测序仪。


8.根据权利要求2或4所述的系统，其中，所述测量工具包括用于扩增从所述受试者获得的样本中存在的所述HBV的所述SORF区域的至少一部分以产生扩增引物的寡核苷酸引物对和用于从所述扩增引物产生序列信息的核苷酸测序仪。


9.根据权利要求1、3或5所述的方法，其包括将所述样本或所述扩增引物加入到与HBV的所述SORF区域中的特定核苷酸杂交以产生所述序列信息的一个或多个核苷酸探针中。


10.根据权利要求2、4或6所述的系统，其中，所述测量工具包括与HBV的所述SORF区域中的特定核苷酸杂交以从所述样本或扩增引物产生所述序列信息的一种或多种核苷酸探针。


11.根据权利要求5至10中任一项所述的方法或系统，其中，所述寡核苷酸引物对包括
a)正向引物，其包括与所述受试者感染的所述HBV的亚基因型相对应的HBV基因组参考序列的一部分的至少约5个连续核苷酸的序列，所述HBV的亚基因型包括当所述HBV是基因型B或C时的核苷酸1500-3215和核苷酸1-60或当所述HBV是基因型A时的核苷酸1500-3221和核苷酸1-60；和
b)反向引物，其包括与所述受试者感染的所述HBV的亚基因型相对应的HBV基因组参考序列的一部分的至少约5个连续核苷酸互补的序列，所述HBV基因组参考序列包括所述HBV基因组的核苷酸100-2000。


12.一种试剂盒，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的SORF的HBV的受试者中确定HBV的所述肝脏炎症状态，或确定HBV的所述遗传状态，或鉴定对慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症的易感性或检测其发生风险，所述试剂盒包括
a)寡核苷酸引物对，其用于扩增存在于从所述受试者获得的样本中的所述HBV的所述SORF区域的至少一部分以产生扩增引物，
引物对包括
i)正向引物，其包括与所述受试者感染的所述HBV的亚基因型相对应的HBV基因组参考序列的一部分的至少约5个连续核苷酸的序列，所述HBV的亚基因型包括当所述HBV是基因型B或C时的核苷酸1500-3215和核苷酸1-60或当所述HBV是基因型A时的核苷酸1500-3221和核苷酸1-60；和
ii)反向引物，其包括与所述受试者感染的所述HBV的亚基因型相对应的HBV基因组参考序列的一部分的至少约5个连续核苷酸互补的序列，所述HBV基因组参考序列包括所述HBV基因组的核苷酸100-2000，
b)扩增试剂，
c)一个或多个核苷酸探针，其与HBV的所述SORF区域中的特异性核苷酸序列杂交，以产生关于存在于从受试者获得的样本中的HBV的所述SORF区域的至少一部分的序列信息，
d)分析工具，其用于在处理器上通过以下执行以确定所述HBV的所述SORF区域中的非同义突变的所述频率
i)选择与所述受试者感染的所述HBV的所述SORF的亚基因型相对应的SORF参考序列，
ii)将由测量工具产生的关于存在于所述扩增引物中所述SORF区域的至少一部分的序列信息或由所述一个或多个核苷酸探针产生的所述序列信息与所述SORF参考序列进行比较，以确定所述SORF区域中两个或多个密码子中的每一个处的非同义突变的所述频率，
iii)根据所述两个或多个密码子的非同义突变的所述频率确定所述SORF区域的非同义突变的所述频率，以确定所述受试者的所述肝脏炎症状态或所述HBV的所述遗传状态，或根据所述SORF区域的非同义突变的所述频率确定所述受试者是否易患慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或是否有更高的风险发生慢性HBV感染的肝脏炎症或肝脏并发症，或
e)a)至d)中的任何两个或多个的任何组合。


13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法、系统或试剂盒，其中所述受试者被包括HBV基因型C的SORF的HBV感染。


14.根据权利要求1至12中任一项所述的方法、系统或试剂盒，其中所述受试者被包括HBV基因型B的SORF的HBV感染。


15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法、系统或试剂盒，其中，所述SORF区域中的所述两个或多个密码子选自包括与SEQIDNO：1-14任一个的SORF参考序列的4、35、51、54、56、7...

【专利技术属性】
技术研发人员：W·G·H·阿尔伯特，
申请(专利权)人：新西兰健康创新中心管理有限公司，
类型：发明
国别省市：新西兰;NZ