用于临床癌症评估的SRM和DIA测定法制造技术

本发明专利技术提供了定量福尔马林固定组织/细胞的生物样品中的CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和/或TrkA蛋白的方法。定量可以通过使用质谱测定法定量蛋白质消化物中来源于蛋白质的一种或多种片段肽的含量来进行。

SRM and dia assays for clinical cancer assessment

【技术实现步骤摘要】
用于临床癌症评估的SRM和DIA测定法相关专利申请的交叉引用本专利申请要求在2019年1月11日提交的美国临时专利申请第62/791,495号的权益，其全部内容通过引用并入本文。
本专利技术提供了定量福尔马林固定组织/细胞的生物样品中的CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和/或TrkA蛋白的方法。定量可以通过使用质谱测定法定量蛋白质消化物中来源于蛋白质的一种或多种片段肽的含量来进行。
技术介绍
通过定量从每个全长蛋白的子序列源的特定肽，测定患者肿瘤组织中选自CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA的一种或多种蛋白的蛋白表达水平。使用基于质谱的选择反应监测(SRM)(也称为多重反应监测(MRM)(本专利技术称为SRM测定))或通过数据无关采集(DataIndependentAcquisition)(DIA)检测每种肽。SRM测定用于直接在获自癌症患者组织的细胞中，例如福尔马林固定的癌症组织中检测特定片段肽的存在并定量测量其含量。用于开发单个蛋白质的单一SRM/MRM测定的候选肽理论上可以是由完全蛋白酶消化，例如用胰蛋白酶消化完整全长蛋白质而产生的任何单个肽。然而，令人惊讶的是，许多肽不适合用于任何给定蛋白质的可靠检测和定量——实际上，对于一些蛋白质，尚未发现合适的肽。因此，不可能预测对于给定的蛋白质，哪个肽是通过SRM/MRM测定最有利的，因此必须凭经验发现和确定关于每种肽的具体定义的测定特征。当鉴定用于在蛋白质裂解物如来自福尔马林固定的石蜡包埋的组织的液体裂解物中分析的最佳SRM/MRM肽时，尤其如此。本专利技术所述的SRM/MRM测定对每种蛋白质指定一种或多种蛋白酶消化的肽(胰蛋白酶消化的肽)，由此发现每种肽是SRM/MRM测定的有利肽，特别是从福尔马林固定的患者组织制备的肽。所述肽还可用于数据无关采集(DIA)分析，以相对定量检测表达。定量是相对的或绝对的。当需要绝对定量时，将每种肽的测量水平与已知量的具有与测量的肽相同的氨基酸序列的标记的参照肽进行比较。所述肽对于特定蛋白质是独特的，因此一个肽分子来源于一个蛋白质分子，因此肽的定量水平允许定量肽所来源于的完整蛋白质。蛋白质表达的测量可以用于癌症的诊断、癌症的分期、癌症进展的预后、预测对各种癌症治疗和疗法的临床反应的可能性等。
技术实现思路
提供了SRM/MRM和DIA测定，其可用于检测和定量直接从癌症患者肿瘤组织制备的蛋白质组裂解物中特定蛋白质的水平。这些蛋白质可用于通知癌症治疗的选择并作为治疗方案的一部分。本专利技术所述的SRM/MRM和DIA测定可用于直接在患者肿瘤组织中开发肿瘤细胞的个性化分子谱。一旦确定了这些蛋白质的表达状态，就可以给患者施用特定的治疗剂，由此这些试剂可以与通过本专利技术所述的测定检测和测量的蛋白质相互作用，并且抑制或增强这些蛋白质杀伤肿瘤细胞的功能。此外，可将诱导癌症患者自身免疫系统以杀死患者自身肿瘤细胞的治疗剂作为该治疗方案的一部分施用给癌症患者。特异性靶向肿瘤相关蛋白的治疗剂和免疫系统导向的治疗剂都可以直接与癌症患者的分子谱匹配，如通过本专利技术所述确定的，提供了靶向和基于免疫的癌症治疗的个性化策略。提供了直接在患者组织中检测和/或定量来自一种或多种蛋白质的特定片段肽的方法。所述一种或多种蛋白质选自CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA。提供了改进的治疗方法，其中向获得生物样品的患者或受试者施用治疗有效量的癌症治疗剂，其中癌症治疗剂和/或癌症治疗剂的施用量基于一种或多种蛋白质的任何一种或多种(多重)片段肽的检测和/或含量，其中癌症治疗剂是免疫调节癌症治疗剂，其功能是启动、增强、操纵和/或以其他方式调节患者对攻击和杀死患者中肿瘤细胞的免疫应答。片段肽可以是，例如，SEQIDNO1-7所示的肽。具体地，提供了用于检测和测量人生物样品(例如福尔马林固定的组织样品)中的一种或多种蛋白质中的一种或多种的水平的方法，其中所述方法包括通过质谱分析检测和定量从生物样品制备的蛋白质消化物中的一种或多种蛋白质片段肽的含量，并计算样品中的一种或多种蛋白质的水平，其中所述量是相对量或绝对量。在通过例如液相色谱、纳米反相液相色谱、高效液相色谱法和/或反相高效液相色谱法检测和/或定量一种或多种片段肽的含量之前，可以将蛋白质消化物分级。蛋白质消化物可以含有蛋白酶消化物，例如胰蛋白酶消化物。蛋白质消化物最好可通过液体组织方案(Liquidprotocol)制备。质谱分析方法可以包括串联质谱分析、离子阱质谱分析、三重四极杆质谱分析、轨道阱质谱分析、混合离子阱/四极杆质谱分析、MALDI-TOF质谱分析、MALDI质谱分析和/或飞行时间质谱分析。用于测定一种或多种蛋白质的绝对量的质谱分析模式可以是，例如，选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)、智能选择反应监测(iSRM)、平行反应监测(PRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。质谱分析的方法可以是数据无关采集方法。被测量的蛋白质片段肽可以是例如SEQIDNO：1-7中列出的一种或多种肽。用于制备消化物的组织可以是石蜡包埋的组织，并且可以从肿瘤获得，例如原发性肿瘤或继发性肿瘤。一种定量一种或多种蛋白质的方法包括将一个生物样品中的片段肽的含量与不同且单独的生物样品中的相同片段肽的含量进行比较。定量一种或多种蛋白质的进一步方法包括将生物样品中片段肽的含量与相同生物样品中来自其它和不同蛋白质的其它和不同片段肽进行比较。定量一种或多种蛋白质的进一步方法包括通过与具有相同氨基酸序列的已知量的添加的内标肽比较来确定生物样品中片段肽的含量。内标肽可以是同位素标记的肽，其可包括一种或多种选自18O、17O、34S、15N、13C、2H或其组合的重稳定同位素。在这些方法中，检测和定量蛋白质消化物中的至少一种蛋白质片段肽表明患者或受试者中存在相应的蛋白质并且与癌症相关。所述方法可进一步包括将检测和定量一种或多种片段肽的结果或相应蛋白质的含量与癌症的诊断组织学/阶段/等级/状况相关联。将检测和定量至少一种片段肽的结果与癌症的诊断组织学/分期/分级/状况相关联可以与以多重形式检测和/或定量其它蛋白质或来自其它蛋白质的片段肽的含量组合，以提供关于癌症的诊断组织学/分期/分级/状况的额外信息。具体实施方式提供了用于测量患者组织(例如福尔马林固定组织)中的蛋白质CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA的方法。每种蛋白质的测量水平，单独或组合，可以用作诊断工具作为改进的癌症治疗方法的一部分。例如，一种或多种蛋白质的水平可以与从其获取样品的受试者中癌症的诊断阶段/等级/状态相关。相关性也可与以多重形式检测和/或定量其它蛋白质或来自其它蛋白质的肽的含量结合，以提供用于受试者的改进的癌症治疗方法。测定的蛋白质CBL(也称为FRA11B、NSLL和RNF55)是参与细胞信号传导和蛋白质泛素化的E3泛素-蛋白质连接酶(E3ubiquiti本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于测量福尔马林固定组织的生物样品中蛋白质的含量的方法，该方法包括：/n使用质谱分析检测和/或定量从所述生物样品制备的蛋白质消化物中源自所述蛋白质的一种或多种片段肽的含量；和计算所述样品中所述蛋白质的含量；/n其中，所述蛋白质选自由CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA组成的组。/n

【技术特征摘要】
20190111 US 62/791,4951.一种用于测量福尔马林固定组织的生物样品中蛋白质的含量的方法，该方法包括：
使用质谱分析检测和/或定量从所述生物样品制备的蛋白质消化物中源自所述蛋白质的一种或多种片段肽的含量；和计算所述样品中所述蛋白质的含量；
其中，所述蛋白质选自由CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA组成的组。


2.根据权利要求1所述的方法，其中，该方法还包括在检测和/或定量所述一种或多种片段肽之前对所述蛋白质消化物进行分级的步骤。


3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述分级的步骤选自由凝胶电泳、液相色谱、毛细管电泳、纳米反相液相色谱、高效液相色谱法和反相高效液相色谱法组成的组。


4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物，优选胰蛋白酶消化物。


5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述质谱分析包括串联质谱分析、离子阱质谱分析、三重四极杆质谱分析、离子阱/四极杆混合质谱分析、MALDI-TOF质谱分析、MALDI质谱分析和/或飞行时间质谱分析。


6.根据权利要求5所述的方法，其中，所使用的质谱分析模式是选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。


7.根据权利要求6所述的方法，其中，所使用的质谱的模式是数据无关采集(DIA)。


8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，
所述蛋白质是CBL，所述片段肽是SEQIDNO：1所示的肽；
所述蛋白质是FPGS，所述片段肽是SEQIDNO：2所示的肽；
所述蛋白质是HSP90A，所述片段肽是SEQIDN...

【专利技术属性】
技术研发人员：托德·A·哈姆布拉夫，法比奥拉·切基，K·M·斯科特，
申请(专利权)人：南坦生物组学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国;US