扩增表达重组受体的细胞的试剂制造技术

本公开文本提供了用于刺激、富集、扩增和/或激活表达重组受体例如嵌合抗原受体的工程化细胞的组合物和方法。在一些实施方案中，所提供的方法包括通过与颗粒例如珠颗粒一起孵育来离体或在体外刺激、富集、扩增和/或激活细胞，所述颗粒例如珠颗粒附接至识别或结合所述重组受体的结合分子，所述结合分子例如多肽抗原或抗独特型抗体。本文还提供了通过在具有附接的结合分子的颗粒的存在下转导或转染细胞来转染或转导先前尚未与激活剂或刺激剂一起孵育例如尚未与抗CD3/抗CD28抗体和/或一种或多种重组细胞因子一起孵育的细胞的方法。在一些实施方案中，可以将所提供的组合物用于制备用于过继免疫疗法的细胞例如基因工程化T细胞的方法中。

Reagents for amplification of cells expressing recombinant receptors

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】扩增表达重组受体的细胞的试剂相关申请的交叉引用本申请要求2017年7月29日提交的标题为“扩增表达重组受体的细胞的试剂(REAGENTSFOREXPANDINGCELLSEXPRESSINGRECOMBINANTRECEPTORS)”的美国临时专利申请62/538,671；2017年12月8日提交的标题为“扩增表达重组受体的细胞的试剂(REAGENTSFOREXPANDINGCELLSEXPRESSINGRECOMBINANTRECEPTORS)”的美国临时专利申请62/596,742；2018年2月9日提交的标题为“扩增表达重组受体的细胞的试剂(REAGENTSFOREXPANDINGCELLSEXPRESSINGRECOMBINANTRECEPTORS)”的美国临时专利申请62/628,889；以及2018年5月1日提交的标题为“扩增表达重组受体的细胞的试剂(REAGENTSFOREXPANDINGCELLSEXPRESSINGRECOMBINANTRECEPTORS)”的美国临时专利申请62/665,468的优先权的权益；出于所有目的，将所述美国临时专利申请的内容通过引用以其整体特此并入。通过引用并入序列表本申请是与电子格式的序列表一起提交的。序列表以2018年7月27日创建的名为735042007340SeqList.TXT的文件提供，其大小为123,336字节。将电子格式的序列表中的信息通过引用以其整体并入。
本公开文本提供了用于刺激、富集、扩增和/或激活表达重组受体例如嵌合抗原受体的工程化细胞的组合物和方法。在一些实施方案中，所提供的方法包括通过与颗粒(例如珠颗粒)一起孵育来离体或在体外刺激、富集、扩增和/或激活细胞，所述颗粒具有识别或结合重组受体的附接的结合分子。在一些实施方案中，所述附接的结合分子是与重组受体结合的多肽，例如多肽抗原或抗独特型抗体。在一些实施方案中，可以将所提供的组合物用于制备用于过继免疫疗法的细胞例如基因工程化T细胞的方法中。
技术介绍
多种策略可用于在体外或离体刺激或扩增细胞群，包括用于在体外扩增用于在过继细胞免疫疗法或癌症疗法中使用的抗原特异性T细胞。需要改进的用于刺激或扩增细胞群(包括出于研究、诊断和治疗目的)的策略。提供了满足此类需要的试剂、方法、以及制品和试剂盒。
技术实现思路
本文提供了扩增细胞的方法，所述方法包括将含有表达重组抗原受体的细胞的输入组合物与多个颗粒一起孵育，所述重组抗原受体含有特异性地结合或识别抗原的细胞外抗原结合结构域，所述多个颗粒中的每一个含有特异性地结合抗原结合结构域的结合分子，其中所述结合分子与所述抗原结合结构域的结合诱导含有所述重组抗原受体的细胞的扩增，从而产生含有扩增的细胞的输出组合物。在一些实施方案中，重组抗原受体是嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施方案中，抗原结合结构域含有抗体或其抗原结合片段。在一些情况下，抗原结合片段是或含有单链抗体片段。在一些实施方案中，其抗原结合片段含有通过柔性接头连接的抗体可变区。在一些任何此类实施方案中，其抗原结合片段是或含有scFv。在一些任何此类实施方案中，抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、III型表皮生长因子受体突变(EGFRvIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、G蛋白偶联受体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Ra)、IL-13受体α2(IL-13Ra2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、路易斯Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、间皮素、c-Met、鼠类巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、优先表达的黑色素瘤抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、Wilms肿瘤1(WT-1)、病原体特异性或病原体表达的抗原、或与通用标签相关的抗原，和/或生物素化分子，和/或由HIV、HCV、HBV或其他病原体表达的分子。在一些任何此类实施方案中，抗原选自ROR1、B细胞成熟抗原(BCMA)、碳酸酐酶9(CAIX)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erbB2)、Ll-CAM、CD19、CD20、CD22、间皮素、CEA和乙型肝炎表面抗原、抗叶酸受体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、EPHa2、erb-B2、erb-B3、erb-B4、erbB二聚体、EGFRvIII、叶酸结合蛋白(FBP)、FCRL5、FCRH5、胎儿乙酰胆碱受体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、路易斯Y、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、优先表达的黑色素瘤抗原(PRAME)、存活蛋白、TAG72、B7-H6、IL-13受体α2(IL-13Ra2)、CA9、GD3、HMW-MAA、CD171、G250/CAIX、HLA-AIMAGEAl、HLA-A2NY-ESO-1、PSCA、叶酸受体-a、CD44v6、CD44v7/8、avb6整合素、8H9、NCAM、VEGF受体本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种扩增细胞的方法，所述方法包括将输入组合物与多个颗粒一起孵育，所述输入组合物包含表达嵌合抗原受体的细胞，所述嵌合抗原受体包含特异性地结合或识别抗原的细胞外抗原结合结构域，所述多个颗粒是或包含珠，其中所述多个颗粒包含在或在约2μm与5μm之间的平均直径并且已经附接有特异性地结合或识别所述抗原结合结构域的结合分子，其中所述结合分子与所述抗原结合结构域的结合诱导包含所述嵌合抗原受体的所述细胞的扩增，从而产生包含扩增的细胞的输出组合物。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170729 US 62/538,671;20171208 US 62/596,742;20181.一种扩增细胞的方法，所述方法包括将输入组合物与多个颗粒一起孵育，所述输入组合物包含表达嵌合抗原受体的细胞，所述嵌合抗原受体包含特异性地结合或识别抗原的细胞外抗原结合结构域，所述多个颗粒是或包含珠，其中所述多个颗粒包含在或在约2μm与5μm之间的平均直径并且已经附接有特异性地结合或识别所述抗原结合结构域的结合分子，其中所述结合分子与所述抗原结合结构域的结合诱导包含所述嵌合抗原受体的所述细胞的扩增，从而产生包含扩增的细胞的输出组合物。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述结合分子不结合或识别所述嵌合抗原受体的接头或间隔区，所述接头或间隔区将所述抗原受体的抗原结合结构域与跨膜结构域连接。


3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述结合分子是与所述抗原结合结构域特异性地结合的抗独特型抗体或其抗原结合片段。


4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述抗原是CD19。


5.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述结合分子包含由所述抗原结合结构域识别的重组抗原或其部分。


6.根据权利要求5所述的方法，其中所述重组抗原是BCMA，或者是其由所述抗原结合结构域识别的部分。


7.一种扩增细胞的方法，所述方法包括将输入组合物与多个颗粒一起孵育，所述输入组合物包含表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞，所述嵌合抗原受体包含特异性地结合或识别B细胞成熟抗原(BCMA)的抗原结合结构域，所述多个颗粒已经附接有结合分子，所述结合分子包含BCMA的由所述抗原结合结构域识别的细胞外结构域或所述细胞外结构域的部分，其中BCMA的所述细胞外结构域或其部分与所述抗原结合结构域的结合诱导包含所述嵌合抗原受体的所述细胞的扩增，从而产生包含扩增的细胞的输出组合物。


8.根据权利要求5-7中任一项所述的方法，其中所述结合分子是融合多肽，所述融合多肽包含与一种部份连接的所述重组抗原或其部分，任选地其中所述部份促进与所述颗粒的附接。


9.根据权利要求8所述的方法，其中所述部份与所述重组抗原的C末端连接。


10.根据权利要求8或权利要求9所述的方法，其中所述部份是或包含Fc结构域。


11.一种扩增细胞的方法，所述方法包括将输入组合物与多个颗粒一起孵育，所述输入组合物包含表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞，所述嵌合抗原受体包含特异性地结合或识别CD19的抗原结合结构域，所述多个颗粒已经附接有结合分子，所述结合分子是与所述抗原结合结构域特异性地结合的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段与所述抗原结合结构域的结合诱导包含所述嵌合抗原受体的所述细胞的扩增，从而产生包含扩增的细胞的输出组合物。


12.根据权利要求3、4或权利要求11所述的方法，其中所述抗原受体的抗原结合结构域是或包含抗体SJ25C1或其抗原结合片段。


13.根据权利要求3、4或权利要求11所述的方法，其中所述抗原受体的抗原结合结构域是或包含抗体FMC63或其抗原结合片段。


14.根据权利要求7-13中任一项所述的方法，其中所述颗粒是合成颗粒、不溶性颗粒、固体颗粒，或者是非细胞颗粒。


15.根据权利要求7-14中任一项所述的方法，其中所述多个颗粒包含珠。


16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述多个颗粒来自组合物，所述组合物具有如下浓度的所述结合分子：在或在约0.5μg/mL与500μg/mL之间，包含端值。


17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中，在所述孵育期间，存在于所述输入组合物中的总细胞与所述多个颗粒的比率为从或从约5:1至1:5，包含端值。


18.一种扩增细胞的方法，所述方法包括将输入组合物与多个颗粒一起孵育，所述输入组合物包含表达嵌合抗原受体的细胞，所述嵌合抗原受体包含特异性地结合或识别抗原的细胞外抗原结合结构域，所述多个颗粒是或包含珠，所述珠已经附接有特异性地结合或识别所述抗原结合结构域的结合分子，其中：
所述多个颗粒来自组合物，所述组合物具有如下浓度的所述结合分子：在或在约0.5μg/mL与500μg/mL之间，包含端值，并且在所述孵育期间，存在于所述输入组合物中的总细胞与所述多个颗粒的比率为从或从约5:1至1:5，包含端值；并且
所述结合分子与所述抗原结合结构域的结合诱导包含所述嵌合抗原受体的所述细胞的扩增，从而产生包含扩增的细胞的输出组合物。


19.根据权利要求18所述的方法，其中所述结合分子不结合或识别所述嵌合抗原受体的接头或间隔区，所述接头或间隔区将所述抗原受体的抗原结合结构域与跨膜结构域连接。


20.根据权利要求18或19所述的方法，其中所述结合分子是与所述抗原结合结构域特异性地结合的抗独特型抗体或其抗原结合片段。


21.根据权利要求20所述的方法，其中所述抗原是CD19。


22.根据权利要求18或权利要求19所述的方法，其中所述结合分子包含由所述抗原结合结构域识别的重组抗原或其部分。


23.根据权利要求22所述的方法，其中所述重组抗原是BCMA，或者是其由所述抗原结合结构域识别的部分。


24.根据权利要求1-23中任一项所述的方法，其中：
所述多个颗粒来自组合物，所述组合物具有如下浓度的所述结合分子：在或在约1μg/mL与200μg/mL之间、或5μg/mL与100μg/mL之间，每个都包含端值；或
所述多个颗粒来自组合物，所述组合物包含如下浓度的所述结合分子：至少或至少约1μg/mL、5μg/mL、10μg/mL、25μg/mL、50μg/mL、100μg/mL或200μg/mL。


25.根据权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述多个颗粒来自组合物，所述组合物具有如下浓度或约如下浓度的所述结合分子：5μg/mL、10μg/mL、25μg/mL、50μg/mL、100μg/mL或200μg/mL。


26.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中，在所述孵育期间，存在于所述输入组合物中的总细胞与所述多个颗粒的比率为从或从约3:1至1:3、或2:1至1:2，每个都包含端值。


27.根据权利要求1-26中任一项所述的方法，其中，在所述孵育期间，存在于所述输入组合物中的总细胞与所述多个颗粒的比率为或为约1:1。


28.根据权利要求15-27中任一项所述的方法，其中所述多个珠包含在或在约2μm与5μm之间的平均直径，或在或在约1g/cm3与约2g/cm3之间的平均密度。


29.根据权利要求1-6和28中任一项所述的方法，其中所述平均直径为或为约2.8μm或4.5μm。


30.根据权利要求3、4、11-17、20、21和24-29中任一项所述的方法，其中所述抗原结合片段是或包含scFv。


31.根据权利要求3、4和11-30中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含免疫球蛋白恒定区的至少一部分，任选地Fc区或所述Fc的包含CH2和CH3结构域的一部分。


32.根据权利要求3、4、11-17、20、21和24-31中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是完整抗体或全长抗体。


33.根据权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述结合分子在所述结合分子的C末端氨基酸残基处或附近与所述多个颗粒中的每一个附接。


34.根据权利要求1-33中任一项所述的方法，其中所述多个颗粒是单分散的。


35.根据权利要求1-34中任一项所述的方法，其中将所述结合分子经由表面暴露的官能团共价地附接至所述颗粒。


36.根据权利要求35所述的方法，其中所述表面暴露的官能团是氨基基团、羧基基团、硫醇基团、醛基团、氯甲基基团、环氧基基团、羟基基团、甲苯磺酰基基团或肼基团。


37.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述表面暴露的官能团是甲苯磺酰基基团。


38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述多个颗粒包含含有如下的颗粒：玻璃、二氧化硅、羟基羧酸的聚酯、二羧酸的聚酸酐、羟基羧酸的共聚物、二羧酸的共聚物、或金属。


39.根据权利要求1-38中任一项所述的方法，其中所述颗粒包含含有如下的表面：聚合物、多糖、二氧化硅、脂肪酸、碳、或其组合。


40.根据权利要求39所述的方法，其中所述聚合物是聚乙二醇、聚(乳酸-共-乙醇酸)、聚戊二醛、聚氨酯、聚苯乙烯、和聚乙烯醇、或其组合。


41.根据权利要求1-40中任一项所述的方法，其中所述多个颗粒包含含有疏水性表面的颗粒。


42.根据权利要求1-41中任一项所述的方法，其中所述多个颗粒包含含有聚苯乙烯表面的颗粒。


43.根据权利要求1-42中任一项所述的方法，所述多个颗粒包含是磁的和/或包括磁芯、顺磁芯或超顺磁芯的颗粒。


44.根据权利要求1-43中任一项所述的方法，其中所述孵育的至少一部分在药剂的存在下进行，所述药剂与所述细胞上另外的分子特异性地结合以提供辅助信号和/或阻断抑制信号。


45.根据权利要求44所述的方法，其中所述药剂与所述颗粒一起被提供，任选地所述药剂与所述多个颗粒的每一个或所述多个颗粒的亚组附接。


46.根据权利要求44或权利要求45所述的方法，其中将所述药剂附接至所述颗粒，并且所述药剂与所述细胞上另外的分子特异性地结合以提供辅助信号和/或阻断抑制信号。


47.根据权利要求44-46中任一项所述的方法，其中所述药剂是配体或者是抗体或其抗原结合片段。


48.根据权利要求44-47中任一项所述的方法，其中所述另外的分子：
是共刺激分子或是激活性共受体，任选地OX-40、ICOS、DAP10、B7-1、B7-2、CD28或4-1BB；或
是抑制性受体，任选地CTLA-4、PD-1、LAG-3、Tim-3、BTLA或TIGIT；
或是T细胞表面蛋白，任选地CD2或CD3。


49.根据权利要求44-48中任一项所述的方法，其中所述另外的分子是CD2或CD28。


50.根据权利要求44-49中任一项所述的方法，其中所述颗粒包含抗CD2抗体和抗CD28抗体之一或两者。


51.根据权利要求50所述的方法，其中所述结合分子是抗CD19抗独特型抗体。


52.根据权利要求50所述的方法，其中所述结合分子是由所述嵌合抗原受体识别的重组抗原，任选地其中所述重组抗原是BCMA或其由所述抗原结合结构域识别的部分。


53.根据权利要求45-52中任一项所述的方法，其中将所述药剂共价地附接至所述颗粒。


54.根据权利要求45-53中任一项所述的方法，其中与所述颗粒所附接的所述结合分子与所述药剂的比率、任选地摩尔比或重量比为或为约1:1。


55.根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中将所述孵育进行大于或大于约2小时、4小时、8小时、12小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天或12天。


56.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，其中将所述孵育进行大于或大于约24小时、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天或12天。


57.根据权利要求1-56中任一项所述的方法，其中将所述孵育进行大于或大于10天、11天、12天、13天、14天、15天或16天。


58.根据权利要求1-57中任一项所述的方法，其中所述细胞包含免疫细胞或诱导多能干细胞(iPSC)。


59.根据权利要求1-58中任一项所述的方法，其中所述免疫细胞是T细胞或NK细胞。


60.根据权利要求1-59中任一项所述的方法，其中所述细胞包含CD4+T细胞和CD8+T细胞之一或两者。


61.根据权利要求1-60中任一项所述的方法，其中所述CD4+细胞与所述CD8+细胞的比率在或在约1:2与2:1之间、或1:3与3:1之间，或者为或为约1:1。


62.根据权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述细胞是从受试者、任选地人受试者获得的原代细胞。


63.根据权利要求1-62中任一项所述的方法，其中通过以下方法产生所述输入组合物，所述方法包括使细胞组合物与编码所述嵌合抗原受体的核酸分子在将所述核酸分子引入所述组合物中的一种或多种细胞中的条件下接触。


64.一种将细胞基因工程化的方法，所述方法包括：
(a)使细胞组合物与编码嵌合抗原受体的核酸分子在将所述核酸分子引入所述组合物中的一种或多种细胞中的条件下接触，从而产生输入组合物；并且
(b)根据权利要求1-63中任一项所述的方法孵育所述输入组合物的细胞。


65.根据权利要求63或权利要求64所述的方法，其中所述接触和所述孵育的至少一部分是同时进行。


66.根据权利要求63-65中任一项所述的方法，其中通过用病毒载体转导进行所述接触，任选地其中所述病毒载体是逆转录病毒载体、γ-逆转录病毒载体、或慢病毒载体。


67.根据权利要求62-66中任一项所述的方法，其中所述细胞组合物包含多个T细胞，并且在所述接触之前，所述方法不包括刺激或激活所述T细胞。


68.根据权利要求63-67中任一项所述的方法，其中所述细胞组合物包含多个T细胞，并且在所述接触之前，所述方法不包括在能够通过TCR复合物诱导信号的一种或多种药剂的存在下孵育所述组合物，和/或在能够诱导T细胞、CD4+T细胞和/或CD8+T细胞增殖的一种或多种药剂；和/或CD3结合分子、CD28结合分子、重组IL-2、重组IL-15和重组IL-7、或其组合的存在下孵育，任选地其中所述方法不包括在抗CD3抗体和/或抗CD28抗体的存在下刺激所述T细胞。


69.根据权利要求1-68中任一项所述的方法，其中所述输出组合物中存在的细胞的激活标记或耗竭标记的表面表达小于在类似孵育之后但在多克隆刺激分子的存在下产生的细胞组合物中所述标记的表面表达，所述多克隆刺激分子能够激活TCR复合物的一种或多种组分的一种或多种细胞内信号传导结构域，任选地其中所述多克隆刺激分子包含抗CD3抗体或片段和/或抗CD28抗体或片段。


70.根据权利要求69所述的方法，其中所述耗竭标记是抑制性受体，任选地PD-1、CTLA-4、TIM-3、LAG-3、BTLA或TIGIT。


71.根据权利要求69所述的方法，其中所述激活标记是HLA-DR、CD25、CD69、CD71、CD40L或4-1BB。


72.根据权利要求1-71中任一项所述的方法，其中与所述输入组合物中包含所述抗原受体的细胞的数量相比，所述输出组合物中包含所述嵌合抗原受体的细胞的数量增加或富集了1.2倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·霍斯金，S·胡塞尔，C·谢拉，M·沃克斯，
申请(专利权)人：朱诺治疗学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US