体液中治疗剂预筛选的方法技术

提供了使用体液确定药物的细胞特异性效力的方法。还提供了包含多种类型载体的组合物，其中每个载体包含单个细胞致死量的治疗剂和鉴定此试剂的独特条形码，并且其中组合物包含相等数量的每种载体类型、相等浓度的试剂和相等浓度的每个条形码。进一步，提供了可用于研究细胞微环境(包括但不限于肿瘤)内一种或多种药物的治疗概况的方法。

Methods of pre screening therapeutic agents in body fluids

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】体液中治疗剂预筛选的方法相关申请的交叉引用本申请要求2017年7月6日提交的以及名称为“METHODSFORTHERAPEUTICSPRESCREENINGINBODILYFLUIDS”的美国临时专利申请号62/529,023的权益，其内容以其整体通过引用并入本文。
本专利技术涉及可用于预测个性化治疗效力和治疗剂活性的试验。
技术介绍
患者对药物治疗的响应不同；治疗的成功极大地取决于为每位患者选择正确的药物。“个性化医疗(PersonalizedMedicines)”旨在解决每位患者的独特疾病表现。需要个性化医疗的疾病和障碍包括恶性疾病、炎性疾病和神经退行性疾病。癌症，作为非限制性实例，在临床上对药物具有低的实际响应率。例如，少于60％的乳腺癌、食道癌、结肠癌或胃癌患者对疗法有响应；肺癌、黑色素瘤、胰腺癌、肝癌或复发性卵巢癌患者的统计减少到少于30％。因此，选择将解决每位患者的独特疾病表现的适当的治疗，可显著改善治疗结果。遗传信息和患者特异性生物标志物已帮助推进个性化医疗。然而，近50％的患者仍与无效治疗错配，然后被归类为“无响应者”。当前的个性化治疗方法均需要从患者提取组织。这种以活组织检查形式的频繁提取对患者是侵入性的，对护理者而言昂贵，并且根据疾病的位置有时是不可能的。进一步，细胞提取存在仅对疾病的一些细胞进行采样而错过其它细胞的风险。这可由于肿瘤转移、肿瘤的异质性或疾病的扩散性质。非常需要不包括细胞提取的针对其患者特异性功效筛选药物的替代方法。专利技术内容本专利技术提供了在无需活组织检查或组织提取的情况下，可用于预测和确定患有疾病的对象对治疗剂或治疗剂组合的响应的方法。本专利技术首次呈现了在仅提取体液而无需活组织检查的情况下，能够针对其患者特异性效力同时筛选多种治疗剂的个性化方法。从而，本文公开的方法赋予医师选择为单个患者定制的药物的新方法，而不带来活组织检查的不适和费用。根据第一方面，提供了预测患有疾病的对象对至少一种治疗剂的响应的方法，该方法包括以下步骤：(a)向对象给予包含多种类型的载体的组合物，每种类型的载体独立地包含至少单个细胞致死量的至少一种治疗剂和独特地鉴定至少一种治疗剂的一个或多个条形码；(b)从对象获得流体样品；以及(c)通过独特条形码的存在，在流体中鉴定至少一种治疗剂的功效；从而预测患有疾病的对象对治疗剂的响应。根据一些实施方式，组合物包含基本上相等数量的每种类型的载体。根据一些实施方式，每种类型的载体包含基本上相等的条形码浓度。根据一些实施方式，相对于至少一种治疗剂的有效治疗剂量(ETD)，每种类型的载体包含基本上相等浓度的至少一种治疗剂。根据一些实施方式，至少一种治疗剂对疾病细胞具有细胞毒性。根据一些实施方式，疾病是癌症，并且至少一种治疗剂对癌细胞具有细胞毒性。根据一些实施方式，每种类型的载体包含不同的至少一种治疗剂。根据一些实施方式，给予是静脉内注射，并且组合物包含1-200个每种类型的载体/对象的单个疾病细胞。根据一些实施方式，给予是肿瘤内注射，并且组合物包含1-20个每种类型的载体/对象的单个疾病细胞。根据一些实施方式，获得在给予组合物后48-192小时的时间范围内进行。根据一些实施方式，条形码是核酸分子，并且鉴定包括测序核酸分子。根据一些实施方式，条形码是核酸分子，并且其中鉴定包括扩增核酸分子。根据一些实施方式，流体选自：血液、血浆、血清、唾液、尿液、淋巴液、肿瘤液、母乳、脑脊髓液和精液。根据一些实施方式，流体是血液。根据一些实施方式，本专利技术的方法进一步包括在步骤(a)前从对象获得流体样品并鉴定样品中肿瘤DNA的百分比，并且其中通过独特条形码鉴定至少一种治疗剂的功效包括与给药前肿瘤DNA的百分比进行比较。根据一些实施方式，本专利技术的方法进一步包括在步骤(c)前从流体样品去除完整细胞。根据一些实施方式，本专利技术的方法进一步包括在步骤(c)前从流体样品去除完整的载体。根据一些实施方式，至少一种载体进一步包括标签。根据一些实施方式，独特条形码包含疾病细胞特异性的核酸酶特异性的切割位点。根据一些实施方式，独特条形码包含在疾病细胞中具有增加的胞质定位的核酸酶特异性的切割位点。根据一些实施方式，单个细胞致死量在ETD的0.1％和3％之间。根据下文给出的详细描述，本专利技术的进一步实施方式和适用的全部范围将变得明显。然而，应理解，详细描述和具体实例虽然指示了本专利技术的优选实施方式，但仅通过示例的方式给出，因为根据此详细描述，本专利技术的精神和范围内的各种改变和修改对于本领域技术人员而言将变得明显。附图说明图1A-C：来自具有相等相对药物浓度的脂质体混合物的条形码的检测。条形图显示了当以有效治疗剂量(ETD)的(1A)5％、(1B)1％和(1C)0.1％提供药物时，吉西他滨、顺铂和阿霉素对三阴性乳腺癌肿瘤的效力。药物的效力被定义为死细胞中条形码的量与活细胞中条形码的量之比。图2A-D：血浆中的条形码检测水平。图表显示了相应于在注射后不同时间点含有(2A)阿霉素、(2B)吉西他滨和(2C)顺铂的脂质体的血浆中条形码2、3、4的拷贝数。(2D)图表2A-C与公共轴的组合。具体实施方式本专利技术提供了可用于预测和确定治疗剂或治疗剂组合针对疾病的治疗效力的方法，该方法不需要肿瘤活组织检查，而是可以由流体活组织检查进行。本文公开的方法使得能够定制治疗以解决每位患者的独特疾病表现，而无需从患者提取组织。本专利技术还提供了可用于治疗诊断分析的组合物，其中载体数量、相对于有效治疗剂量(ETD)的药物浓度和条形码浓度均基本上相等。这种组合物有利于执行用于预测和确定治疗剂组合的治疗效力的方法，如但不限于本文所述的方法。如下文所证明，在开始治疗周期之前，载体(例如，纳米颗粒)充当用于检查患者体内药物或药物组合的治疗效力的治疗诊断规格(theranosticgauges)。根据第一方面，提供了包含多种类型载体的组合物，每种类型的载体独立地包含至少单个细胞致死量的至少一种治疗剂和独特地鉴定至少一种治疗剂的至少一个条形码，其中组合物包含基本上相等数量的每种类型的载体。在一些实施方式中，给予的组合物是国际专利公开WO2016024281中描述的组合物，并且其中该组合物包含基本上相等数量的每种类型的载体。在一些实施方式中，本专利技术的组合物用于WO2016024281中描述的治疗诊断/诊断方法中。在一些实施方式中，本专利技术的组合物用于本文描述的治疗诊断/诊断方法中。在一些实施方式中，本专利技术的组合物用于预测患有疾病的对象对至少一种治疗剂的响应。在一些实施方式中，本专利技术的组合物用于预测患有疾病的对象对多种治疗剂的响应。在一些实施方式中，载体包含治疗剂和相应的条形码、以及任选地标签。在一些实施方式中，每种载体含有极低剂量的药物。在一些实施方式中，每个载体含有极低剂量的药物，其足以治疗仅一个细胞，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.预测患有疾病的对象对至少一种治疗剂的响应的方法，所述方法包括以下步骤：/n(a)向所述对象给予包含多种类型的载体的组合物，每种类型的载体独立地包含至少单个细胞致死量的至少一种治疗剂和独特地鉴定所述至少一种治疗剂的一个或多个条形码；/n(b)从所述对象获得流体样品；以及/n(c)通过所述独特条形码的存在，在所述流体中鉴定所述至少一种治疗剂的功效；/n从而预测患有疾病的对象对治疗剂的响应。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170706 US 62/529,0231.预测患有疾病的对象对至少一种治疗剂的响应的方法，所述方法包括以下步骤：
(a)向所述对象给予包含多种类型的载体的组合物，每种类型的载体独立地包含至少单个细胞致死量的至少一种治疗剂和独特地鉴定所述至少一种治疗剂的一个或多个条形码；
(b)从所述对象获得流体样品；以及
(c)通过所述独特条形码的存在，在所述流体中鉴定所述至少一种治疗剂的功效；
从而预测患有疾病的对象对治疗剂的响应。


2.权利要求1所述的方法，其中所述组合物包含基本上相等数量的每种类型的载体。


3.权利要求1或2所述的方法，其中每种类型的载体包含基本上相等的条形码浓度。


4.权利要求1至3中任一项所述的方法，其中相对于所述至少一种治疗剂的有效治疗剂量(ETD)，每种类型的载体包含基本上相等浓度的所述至少一种治疗剂。


5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述至少一种治疗剂对所述疾病的细胞具有细胞毒性。


6.权利要求5的方法，其中所述疾病是癌症，并且所述至少一种治疗剂对癌细胞具有细胞毒性。


7.权利要求1至6中任一项所述的方法，其中每种类型的载体包含不同的至少一种治疗剂。


8.权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述给予是静脉内注射，并且所述组合物包含1-200个每种类型的载体/所述对象的单个疾病细胞。


9.权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述给予是肿瘤内注射，并且所述组合物包含1-20个每种类型的载体/所述对象的单个疾病细胞。


10.权利要求1至...

【专利技术属性】
技术研发人员：R·伊夫里，A·萨巴，F·巴丁特，R·图瓦，A·施罗德，
申请(专利权)人：条形码诊断公司，
类型：发明
国别省市：以色列;IL