与LDL-C水平相关的基因功能性遗传变异及相关应用制造技术

本发明专利技术提供了与LDL‑C水平相关的基因功能性遗传变异及相关应用；具体而言，本发明专利技术提供了检测来自待测个体的样品中以下蛋白氨基酸位点和/或其对应的基因位点的试剂材料和/或仪器设备在制备用于评估冠心病发病风险的检测系统中的应用：APOB蛋白第3768位氨基酸。APOB蛋白第3768位氨基酸对应的基因位点优选为APOB基因rs376825639。APOB蛋白第3768位氨基酸为Thr或APOB基因rs376825639等位基因为G的携带者具有较低的冠心病发病风险。

Functional genetic variation related to LDL-C level and its application

【技术实现步骤摘要】
与LDL-C水平相关的基因功能性遗传变异及相关应用本专利技术是申请日为2017年09月22日、申请号为201710865699.1、专利技术名称为“与LDL-C水平相关的基因功能性遗传变异及相关应用”的分案申请，通过引用将其全部内容结合到本专利技术。
本专利技术是关于与LDL-C水平相关的基因功能性遗传变异及相关应用，具体而言，本专利技术是关于检测来自待测个体的样品中EVI5Arg354Cys、APOBIle3768Thr、PKD1L3Arg1572His的变异情况的试剂材料和/或仪器设备在制备用于评估血脂水平、血脂异常和/或冠心病发病风险的检测系统中的应用，还涉及一种评估血脂水平、血脂异常和/或冠心病发病风险的检测系统。
技术介绍
大量研究资料表明，血脂异常是冠心病、心肌梗死、心脏性猝死和缺血性脑卒中的独立危险因素。它通过加速全身动脉粥样硬化，对身体造成隐匿、逐渐、进行性、全身性和器质性的损害。研究显示，人群血胆固醇水平每升高1％，冠心病(CAD)发病增加2％～3％。我国血脂异常患者总数上升呈显著趋势，2007～2008年中国国家糖尿病和代谢紊乱研究结果提示，我国20岁以上人群胆固醇水平与2002年相比增加了23.9％，血脂异常已经成为我国居民的重要公共卫生问题。2011年度北京市卫生与人群健康状况报告数据显示，北京市常住居民中超半数市民血脂异常，其中18～30岁男性的血脂异常患病率已经达到58.5％。血浆总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)和甘油三酯(TG)浓度是心血管疾病最重要的危险因素和治疗干预的靶点和目标。世界卫生组织最新资料提示心血管疾病防控获益中，血脂异常危险因素控制所带来的贡献最大。美国1980～2000年期间冠心病死亡下降一半，完全归功于开展国民胆固醇教育所作出的贡献。大多数血脂异常具有复杂的病因机制，是多个基因之间或多个基因与环境因长期相互作用的结果。全基因组关联研究成功地确定了多个与血脂相关的遗传位点，然而，几乎所有这些位点最初都是在欧洲血统的人群中确定的，缺乏亚洲人群中的研究数据。此外，已知基因区域的功能位点往往是少见低频位点，具有重要的功能意义和临床意义，研究结果显示绝大多数功能少见变异(80％)存在着种族特异性。鉴于亚洲人群和欧洲人之间的环境暴露和遗传背景的差异巨大，因此亟需鉴定亚洲人群特别是中国人群中系统筛查血脂相关的功能变异和少见变异，将有助于对国人高脂血症预防、新药开发、诊断和个体化治疗。
技术实现思路
本专利技术的主要目的在于确定亚洲人群特别是东亚人群特异性的与血脂水平相关的基因功能性遗传变异，提供通过检测相关遗传位点评估血脂水平和/或血脂异常发病风险的方法，并提供评估血脂水平和/或血脂异常发病风险的检测系统及相关应用。本案专利技术人以东亚人群包括中国人、菲律宾人、美籍华人、新加坡籍华裔、新加坡籍马来西亚人等为研究对象，分析研究了11万多个遗传变异与血脂水平的关联关系，确定了与总胆固醇(TC)和/或低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平相关的基因功能性遗传变异。所述的基因功能性遗传变异包括以下蛋白氨基酸位点和/或其对应的基因位点的变异：EVI5蛋白第354位氨基酸、APOB蛋白第3768位氨基酸和/或PKD1L3蛋白第1572位氨基酸。其中，蛋白氨基酸位点对应的基因位点是指编码所述蛋白的基因的核苷酸序列中对应所述氨基酸位点的核苷酸位点。优选地，EVI5蛋白第354位氨基酸对应的基因位点包括EVI5基因的rs117711462；APOB蛋白第3768位氨基酸对应的基因位点包括APOB基因rs376825639；PKD1L3蛋白第1572位氨基酸对应的基因位点包括PKD1L3基因rs17358402。本专利技术中，术语“EVI5”包括EVI5基因和/或EVI5蛋白；术语“APOB”包括APOB基因和/或APOB蛋白；术语“PKD1L3”包括PKD1L3基因和/或PKD1L3蛋白。本专利技术的研究表明，EVI5蛋白第354位氨基酸为Cys(例如，EVI5基因的rs117711462为A的情况)的待测个体具有较高的总胆固醇和/或低密度脂蛋白胆固醇水平和/或较高的血脂异常发病风险；APOB蛋白第3768位氨基酸为Thr(例如，APOB基因rs376825639为G的情况)的待测个体具有较低的总胆固醇和/或低密度脂蛋白胆固醇水平、较低的血脂异常发病风险和/或较低的冠心病发病风险；PKD1L3蛋白第1572位氨基酸为His(例如，PKD1L3基因rs17358402为T的情况)的待测个体具有较高的总胆固醇和/或低密度脂蛋白胆固醇水平和/或较高的血脂异常发病风险。从而，通过检测来自待测个体的样品中是否存在所述蛋白氨基酸位点和/或其对应的基因位点的变异情况，可以用于评估待测个体血脂水平特别是总胆固醇(TC)和/或低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平，也可以用来评估待测个体血脂异常和/或冠心病发病风险。一方面，本专利技术提供了检测来自待测个体的样品中以下蛋白氨基酸位点和/或其对应的基因位点的试剂材料和/或仪器设备在制备用于评估血脂水平、血脂异常和/或冠心病发病风险的检测系统中的应用：EVI5蛋白第354位氨基酸、APOB蛋白第3768位氨基酸和/或PKD1L3蛋白第1572位氨基酸；其中，蛋白氨基酸位点对应的基因位点是指编码所述蛋白的基因的核苷酸序列中对应所述氨基酸位点的核苷酸位点；优选地，所述对应的基因位点为EVI5基因的rs117711462、APOB基因rs376825639和/或PKD1L3基因rs17358402。根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术中，血脂水平包括总胆固醇(TC)和/或低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)。根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术中，EVI5蛋白第354位氨基酸为Cys或EVI5基因的rs117711462等位基因为A的携带者(rs117711462为A，氨基酸变为Cys)体具有较高的总胆固醇和/或低密度脂蛋白胆固醇水平和/或较高的血脂异常发病风险。根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术中，APOB蛋白第3768位氨基酸为Thr或APOB基因rs376825639等位基因为G的携带者(rs376825639为G，氨基酸变为Thr)具有较低的总胆固醇和/或低密度脂蛋白胆固醇水平、较低的血脂异常发病风险和/或较低的冠心病发病风险。根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术中，PKD1L3蛋白第1572位氨基酸为His或PKD1L3基因rs17358402等位基因为T的携带者(rs17358402为T，氨基酸变为His)具有较高的总胆固醇和/或低密度脂蛋白胆固醇水平和/或较高的血脂异常发病风险。根据本专利技术的具体实施方案，本专利技术中，所述待测个体为东亚人群，包括中国人、菲律宾人、美籍华人、新加坡籍华裔、新加坡籍马来西亚人等。具体检测时，所述样品可来自待测个体的血液、尿、唾液、胃液、头发或活组织检查等，优选为血液。可用本领域中任何的可行技术在蛋白质水平检测本专利技术所述的蛋白氨基酸位点本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测来自待测个体的样品中以下蛋白氨基酸位点和/或其对应的基因位点的试剂材料和/或仪器设备在制备用于评估冠心病发病风险的检测系统中的应用：/nAPOB蛋白第3768位氨基酸；/n其中，蛋白氨基酸位点对应的基因位点是指编码所述蛋白的基因的核苷酸序列中对应所述氨基酸位点的核苷酸位点。/n

【技术特征摘要】
1.检测来自待测个体的样品中以下蛋白氨基酸位点和/或其对应的基因位点的试剂材料和/或仪器设备在制备用于评估冠心病发病风险的检测系统中的应用：
APOB蛋白第3768位氨基酸；
其中，蛋白氨基酸位点对应的基因位点是指编码所述蛋白的基因的核苷酸序列中对应所述氨基酸位点的核苷酸位点。


2.根据权利要求1所述的应用，其中，APOB蛋白第3768位氨基酸对应的基因位点为APOB基因rs376825639。


3.根据权利要求1或2所述的应用，其中，APOB蛋白第3768位氨基酸为Thr或APOB基因rs376825639等位基因为G的携带者具有较低的冠心病发病风险。


4.根据权利要求1所述的应用，其中，所述待测个体为东亚人群。


5.根据权利要求1所述的应用，其中，所述样品来自待测个体的血液、尿、唾液、胃液、头发或活组织检查。


6.根据权利要求5所述的应用，其中，所述样品为血液。


7.一种评估血脂水平的检测系统，其包括：检测来自待测个体的样品中以下蛋白氨基酸位点和/或其对应的基因位点的试剂材料和/或仪器设备：
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【专利技术属性】
技术研发人员：鲁向锋，李珺，邬堂春，林旭，顾东风，
申请(专利权)人：中国医学科学院阜外医院，华中科技大学，中国科学院上海生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：北京;11