包括419G>A突变的CYP2C9基因片段、所编码的蛋白质片段及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物学领域，涉及单碱基突变。更具体地，本发明专利技术涉及CYP2C9基因对应于SEQ ID NO.2的第419位的突变位点，所述位点由野生型的G突变为A，包含该突变位点的核酸片段、其编码的蛋白质片段及其应用。本发明专利技术还提供了检测所述突变位点的等位基因特异性寡核苷酸、试剂盒和检测方法。

CYP2C9 gene fragment including 419g & gt; a mutation, encoded protein fragment and its application

【技术实现步骤摘要】
包括419G>A突变的CYP2C9基因片段、所编码的蛋白质片段及其应用
本专利技术属于生物学领域，涉及单碱基突变；更具体地，本专利技术涉及CYP2C9基因单碱基突变。
技术介绍
CYP2C9是细胞色素P450酶大家族CYP2C亚家族中最重要的一员，约占人肝微粒体CYP酶总量的20％。有大约10～16％临床常用药物经由CYP2C9氧化代谢，其中主要包括甲苯磺丁脲、S-华法林、苯妥英、格列吡嗪、格列苯脲、托拉噻咪、氯沙坦、厄贝沙坦和许多非甾体类抗炎药物(如:布洛芬、氯诺昔康、双氯芬酸和萘普生)等药物(参见参考文献1-5)。CYP2C9基因具有高度多态性。根据目前的临床研究显示，CYP2C9基因的这种多态性是造成CYP2C9酶活性在个体之间极大不同的主要原因，因此在携带不同CYP2C9基因型的个体间可引起药物疗效的极大差异，甚至产生严重的药物毒副作用或治疗不充分。因此，研究CYP2C9基因多态性对药物疗效的影响将对临床合理用药提供重要的科学依据。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供CYP2C9基因的新的单碱基突变位点，包含该突变位点的核酸片段、其编码的蛋白质片段及鉴定该突变位点在用药指导中的应用。本专利技术的第一个方面是提供核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQIDNO.1的第1001位的突变位点，且是SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1001位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含对应于SEQIDNO.2的第419位的突变位点，且是SEQIDNO.2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第419位的核苷酸是A；或者为上述核酸片段的互补序列片段。本专利技术的第二个方面，提供用于检测和/或分析单碱基突变的引物，所述单碱基突变对应于SEQIDNO.1的第1001位或对应于SEQIDNO.2的第419位，所述引物能够扩增所述单碱基突变。本专利技术的第三个方面是提供用于检测和/或分析单碱基突变的试剂盒，所述试剂盒包括本专利技术的引物。本专利技术的第四个方面是提供本专利技术的核酸片段在制备用作检测CYP2C9基因突变的检验标志物或制剂中的应用。本专利技术的第五个方面是提供分析核酸的方法，包括分析待测样品中的包含对应于SEQIDNO.1的序列的核酸中对应于第1001位的核苷酸或分析待测样品中的包含对应于SEQIDNO.2的序列的核酸中对应于第419位的核苷酸。本专利技术的第六个方面是提供CYP2C9蛋白或其片段或变异体，所述蛋白序列为SEQIDNO.3所示的序列；所述片段或变异体包含对应于SEQIDNO.3的第140位的天冬酰胺，并且为SEQIDNO.3所示的氨基酸序列的至少10个连续氨基酸。本专利技术提供了包含新的单碱基突变的CYP2C9基因和编码序列。该基因在对应于SEQIDNO.2的第419位核苷酸由G突变为A(419G>A)，从而引起其编码的氨基酸由丝氨酸突变为天冬酰胺，即对应于SEQIDNO.3的第140位的天冬酰胺。该突变的CYP2C9蛋白(命名为S140N)对药物的代谢活性比野生型上升。该单碱基突变对携带此突变位点的个体的用药具有指导意义。附图说明图1是实施例1中的对应于本专利技术的SEQIDNO.1序列的第1001位核苷酸测序图谱；图2是昆虫表达载体pFastBac-dual结构图；图3是实施例2中的各微粒体表达蛋白的Western结果图；图4是实施例3中的各微粒体代谢甲苯磺丁脲的数据图；图5是实施例4中的各微粒体代谢氯沙坦的数据图。具体实施方式通过下述具体实施方式说明本专利技术，但本
技术实现思路
不限于此。如无其它说明，本专利技术的“核酸片段”由核苷酸或其类似物组成，可以是DNA、RNA或其类似物的片段；可以是单链或双链；可以是天然的(如基因组的)或合成的。本专利技术中，“突变”指在检测的基因，即CYP2C9基因中存在与野生型CYP2C9基因序列不同的核苷酸位点。“突变位点”指碱基发生突变的位置。在本专利技术中，所述突变位点是对应于SEQIDNO.1所示序列的第1001位或SEQIDNO.2所示序列中的第419位。本
技术实现思路
涉及CYP2C9基因的非同义突变。由于该突变位点位于基因的编码序列中，因此，本领域技术人员可知，所述突变位点既可以在基因组DNA中表现，也可以在编码序列(即CDS，对应于mRNA序列)中表现。本领域技术人员根据待检测样品，可以在基因组DNA或mRNA水平上对该突变位点进行检测。本申请中，SEQIDNO.1是以本申请的突变位点为中心、前后各1kb的基因组DNA序列，即SEQIDNO.1的第1001位是本专利技术涉及的突变位点。SEQIDNO.2是具有所述突变位点的CYP2C9基因的cDNA序列，其中第419位是本专利技术涉及的突变位点。本领域技术人员可知，在本文中，对应于SEQIDNO.2的第419位位点和对应于SEQIDNO.1的第1001位位点同义互用。本专利技术中，核苷酸和氨基酸的缩写采用本领域公知的缩写方式，如核苷酸中A表示腺嘌呤，G表示鸟嘌呤，C表示胞嘧啶，T表示胸腺嘧啶。氨基酸中，A表示丙氨酸，R表示精氨酸，N表示天冬酰胺，D表示天冬氨酸，C表示半胱氨酸，Q表示谷氨酰胺，E表示谷氨酸，G表示甘氨酸，H表示组氨酸，I表示异亮氨酸，L表示亮氨酸，K表示赖氨酸，M表示蛋氨酸，F表示苯丙氨酸，P表示脯氨酸，S表示丝氨酸，T表示苏氨酸，W表示色氨酸，Y表示酪氨酸，V表示缬氨酸。本专利技术的内容是基于CYP2C9基因的新的单碱基突变位点。所述突变位点是位于CYP2C9基因的编码区内，对应于SEQIDNO.2的第419位，该位点由野生型的G突变为A(419G>A)；此外，由该突变的CYP2C9基因编码的蛋白的第140位由丝氨酸突变为天冬酰胺(S140N)。在第一个方面，本专利技术提供核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQIDNO.1的第1001位的突变位点，且是SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1001位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含对应于SEQIDNO.2的第419位的突变位点，且是SEQIDNO.2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第419位的核苷酸是A；或者为上述核酸片段的互补序列。在一种实施方式中，所述核酸片段的长度可以是如10-100、101-200、201-500或501-1000个核苷酸。优选地，所述核酸片段的长度是10-20、221-30、31-40、41-50、51-60或61-100个核苷酸。所述突变位点可以位于所述核酸片段的任何位置。在另一种实施方式中，所述核酸片段是SEQIDNO.1所示的序列。在另一种实施方式中，所述核酸片段是SEQIDNO.2所示的序列。本专利技术的第二个方面是提供用于检测和/或分析单碱基突变的引物，所述单碱基突变对应于SEQIDNO.1的第1001位或对应于SEQIDNO.2的第419位，所述引物能够扩增所述单碱基突变。...

【技术保护点】
1.核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQ ID NO.1的第1001位的突变位点，且是SEQID NO.1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1001位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含对应于SEQ ID NO.2的第419位的突变位点，且是SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第419位的核苷酸是A；或者为所述核酸片段的互补序列片段。/n

【技术特征摘要】
1.核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQIDNO.1的第1001位的突变位点，且是SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1001位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含对应于SEQIDNO.2的第419位的突变位点，且是SEQIDNO.2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第419位的核苷酸是A；或者为所述核酸片段的互补序列片段。


2.根据权利要求1所述的核酸片段，其特征在于，所述核酸片段的长度是10-100、101-200、201-500或501-1000个核苷酸。


3.根据权利要求2所述的核酸片段，其特征在于，所述核酸片段的长度是10-20、21-30、31-40、41-50、51-60或61-100个核苷酸。


4.根据权利要求1～3任一项所述的核酸片段，其特征在于，所述核酸片段的序列如SEQIDNO.1或2所示。


5.用于检测和/或分析单碱基突变的引物，所述单碱基突变对应于SE...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡剑平，周晓阳，左明章，赵思文，
申请(专利权)人：蔡剑平，
类型：发明
国别省市：北京;11