快速进化的生物实体的治疗制造技术

技术编号:23562977 阅读:41 留言:0更新日期:2020-03-25 07:31
本公开描述了使用治疗性核酸治疗快速进化的生物实体(例如,癌细胞、细菌、病毒等)的方法和组合物。

Treatment of rapidly evolving biological entities

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】快速进化的生物实体的治疗相关申请本申请要求保护2017年5月8日提交的美国临时专利申请序列号62/503,074的优先权的权益,其在此通过引用整体并入。
技术介绍
癌症、细菌和病毒都是对人健康的主要威胁,并给全球经济带来沉重负担。尽管有很大的不同,但是癌症、细菌和病毒共享一个关键因素-它们进化和获得耐药性的能力。显然,仅凭单一“魔术弹”是无法有效地应对诸如此类的迅速进化的靶标。然而,使用常规方法发现治疗这些疾病的新药物的发现可能需要数年时间。因此,需要用于开发新治疗的新的更快速和更具成本效益的方法来产生针对这些靶标的新治疗剂。适体是可与特定靶分子结合的和/或对其施加作用的短的单链核酸寡聚物。适体在迭代过程中通常选自大的随机寡核苷酸汇集物。最近,已在体内和体外成功地在细胞中选择了适体。适体的选择、其结构-功能关系以及其作用机理均知之甚少。尽管已解决和报道了100多种适体结构,但几乎没有鉴定出重复的结构基序。已描述了用于鉴定能够与特定靶标结合的适体的多种不同的适体选择方法。然而,快速且方便地鉴定能够介导对目标靶标的所需功能性作用的适体的能力将对适体疗法以及对快速进化的疾病的治疗产生深远的影响。
技术实现思路
本公开涉及用于治疗由快速进化的生物实体(例如,癌症、细菌感染、病毒感染、真菌感染等)引起的疾病和病症的组合物和方法。本文公开的方法允许用于治疗与快速进化的靶标(例如,癌症、细菌感染、病毒感染、真菌感染等)相关的疾病或病患的新型治疗剂(例如,靶标特异性适体)的治疗性开发。在某些方面,本文提供了用于治疗受试者(例如,人受试者)的与快速进化的生物实体相关的疾病(例如,癌症、细菌感染、病毒感染、真菌感染等)的方法。在一些实施方案中,所述方法包括(a)向受试者施用靶向快速进化的生物实体(例如,癌细胞、细菌、病毒)的治疗性核酸(例如,适体或干扰RNA);(b)确定受试者是否表现出治疗响应;以及(c)如果受试者未能表现出治疗响应,则从受试者获得包含快速进化的生物实体的样品,进行筛选测定以鉴定靶向快速进化的生物实体的新的治疗性核酸,并向受试者施用所述新的治疗性核酸。在一些实施方案中,所述方法的步骤(c)还包括如果所述受试者显示出治疗响应,则继续施用所述治疗性核酸。在一些实施方案中,所述治疗性核酸是核酸适体。在一些实施方式中,重复方法的步骤(b)-(c)(例如,重复至少2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次或10次)。在一些实施方案中,重复步骤(b)-(c),直至治疗了受试者的与快速进化的生物实体相关的疾病和/或消除了受试者中的快速进化的生物实体。在一些实施方案中,所述方法还包括(1)从受试者获得包含快速进化的生物实体的样品;(2)在步骤(a)之前进行筛选测定以鉴定靶向快速进化的生物实体的治疗性核酸。在一些实施方案中,所述方法还包括在步骤(a)之前对快速进化的生物实体进行分析。在某些方面,本文公开了用于治疗受试者(例如,人受试者)的与快速进化的生物实体相关的疾病(例如,癌症、细菌感染、病毒感染、真菌感染等)的方法。其中所述方法包括(a)向受试者施用靶向快速进化的生物实体的治疗性核酸(例如,适体或干扰RNA);(b)在一段时间后,从受试者获得包括快速进化的生物实体的样品;(c)进行筛选测定以鉴定靶向快速进化的生物实体的新的治疗性核酸;以及(d)向受试者施用新的治疗性核酸。在一些实施方案中,治疗性核酸是核酸适体。在一些实施方案中,步骤(b)中的时间段等于或短于快速进化的生物实体获得对第一治疗性核酸的抗性所需的时间段。在一些实施方案中,步骤(b)中的时间段等于或短于快速进化的生物实体完成复制周期所需的时间段。在一些实施例中,时间段为至少20分钟、30分钟、40分钟、50分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月或6个月。在某些实施方案中,时间段不超过6小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月或6个月。在某些实施方案中,时间段为约6小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月或6个月。在一些实施方案中,重复方法的步骤(b)-(d)(例如,重复至少2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次或10次)。在一些实施方案中,重复步骤(b)-(d),直至治疗了受试者的与快速进化的生物实体相关的疾病和/或消除了受试者中的快速进化的生物实体。在一些实施方案中,所述方法还包括(1)从受试者获得包含快速进化的生物实体的样品;(2)在步骤(a)之前进行筛选测定以鉴定靶向快速进化的生物实体的治疗性核酸。在一些实施方案中,所述方法还包括在步骤(a)之前对快速进化的生物实体进行分析。在某些实施方案中,所述方法还包括鉴定与快速进化的生物实体特异性结合的一种或多种适体的方法。在一些实施方案中,该方法包括(i)使固定在表面(例如,流通池表面)上的多个适体簇与快速进化的生物实体接触;以及(ii)鉴定与所述快速进化的生物实体结合的固定的适体簇。在某些实施方案中,所述方法还包括在步骤(i)之后进行洗涤步骤以从表面(例如,流通池表面)去除未结合的快速进化的生物实体。在一些实施方案中,将快速进化的生物实体可检测地标记(例如,荧光标记)。在一些实施方案中,所述方法包括鉴定调节快速进化的生物实体的特性的一种或多种适体的方法。在一些实施方案中,所述方法包括(i)使固定在表面上的多个适体簇与快速进化的生物实体接触;以及(ii)鉴定调节快速进化的生物实体性质(例如,细胞生存力、细胞增殖、基因表达、细胞形态等)的固定的适体簇。在一些实施方案中,所述方法还包括在步骤(i)之后进行洗涤步骤以从表面(例如,流通池表面)去除未结合的快速进化的生物实体。在一些实施方案中,快速进化的生物实体包含可检测标记物(例如,荧光染料,诸如钙敏感染料、细胞示踪染料、亲脂性染料、细胞增殖染料、细胞周期染料、代谢产物敏感染料、pH敏感染料、膜电位敏感染料、线粒体膜电位敏感染料或氧化还原电位染料)。在一些实施方案中,快速进化的生物实体性质的改变引起可检测标记物的性质的变化,检测所述可检测标记物的性质变化以鉴定调节快速进化的生物实体性质的固定的适体簇。在某些实施方案中,该方法还包括产生固定的适体簇。在一些实施方案中,通过以下方式产生固定的适体簇:(a)将多个适体(例如,来自适体文库)固定在表面上;以及(b)在流通池表面上局部扩增多个固定的适体(例如,通过桥式PCR或滚环扩增),以形成多个固定的适体簇。在一些实施方案中,所述方法还包括从所述固定的适体簇中除去互补链以提供单链的固定的适体簇。在某些实施方案中,在步骤(b)之后对固定的适体簇进行测序(例如,本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种治疗受试者的与快速进化的生物实体相关的疾病的方法,所述方法包括:/n(a)向所述受试者施用靶向所述快速进化的生物实体的治疗性核酸;/n(b)确定所述受试者是否表现出治疗响应;以及/n(c)如果所述受试者未能表现出治疗响应:/n(i)从所述受试者获得包含所述快速进化的生物实体的样品;/n(ii)进行筛选测定以鉴定靶向所述快速进化的生物实体的新的治疗性核酸;以及/n(iii)向所述受试者施用所述新的治疗性核酸。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170508 US 62/5030741.一种治疗受试者的与快速进化的生物实体相关的疾病的方法,所述方法包括:
(a)向所述受试者施用靶向所述快速进化的生物实体的治疗性核酸;
(b)确定所述受试者是否表现出治疗响应;以及
(c)如果所述受试者未能表现出治疗响应:
(i)从所述受试者获得包含所述快速进化的生物实体的样品;
(ii)进行筛选测定以鉴定靶向所述快速进化的生物实体的新的治疗性核酸;以及
(iii)向所述受试者施用所述新的治疗性核酸。


2.如权利要求1所述的方法,其中步骤(c)还包括如果所述受试者显示出治疗响应,则继续施用所述治疗性核酸。


3.如权利要求2所述的方法,其中重复步骤(b)-(c)。


4.如权利要求2所述的方法,其中重复步骤(b)-(c),直至从所述受试者消除所述快速进化的生物实体。


5.如权利要求2所述的方法,其中重复步骤(b)-(c),直至治疗与所述快速进化的生物实体相关的所述疾病。


6.如权利要求1至5中任一项所述的方法,所述方法还包括在步骤(a)之前,进行以下步骤:
(1)从所述受试者获得包含所述快速进化的生物实体的样品;以及
(2)进行筛选测定以鉴定所述治疗性核酸。


7.如权利要求1至6中任一项所述的方法,所述方法还包括在步骤(a)之前,对所述快速进化的生物实体进行分析。


8.如权利要求7所述的方法,其中对所述快速进化的生物实体的分析包括核酸测序分析、蛋白质组学分析、表面标记表达分析、细胞周期分析、代谢组学分析或通过在无所述实体的基因型和/或表型的先验知识的情况下直接选择所述核酸而进行的分析。


9.一种治疗受试者的与快速进化的生物实体相关的疾病的方法,所述方法包括:
(a)向所述受试者施用靶向所述快速进化的生物实体的治疗性核酸;
(b)在一段时间后,从所述受试者获得包含所述快速进化的生物实体的样品;
(c)进行筛选测定以鉴定靶向所述快速进化的生物实体的新的治疗性核酸;
(d)向所述受试者施用新的治疗性核酸。


10.如权利要求9所述的方法,其中步骤(b)中的所述时间段等于或短于所述快速进化的生物实体获得对所述治疗性核酸的抗性所需的时间段。


11.如步骤9所述的方法,其中步骤(b)中的所述时间段等于或短于所述快速进化的生物实体完成复制周期所需的所述时间段。


12.如权利要求7或8所述的方法,其中重复步骤(b)-(d),直至治疗与所述快速进化的生物实体相关的疾病。


13.如权利要求9至12中任一项所述的方法,所述方法还包括在步骤(a)之前,进行以下步骤:
(1)从所述受试者获得包含所述快速进化的生物实体的样品;以及
(2)进行筛选测定以鉴定所述治疗性核酸。


14.如权利要求9至13中任一项所述的方法,所述方法还包括在步骤(a)之前,对所述快速进化的生物实体进行分析。


15.如权利要求11所述的方法,其中对所述快速进化的生物实体的分析包括核酸测序分析、蛋白质组学分析、表面标记表达分析、细胞周期分析、代谢组学分析或通过在无所述实体的基因型和/或表型的先验知识的情况下直接选择所述核酸而进行的分析。


16.如权利要求1至12中任一项所述的方法,其中所述快速进化的生物实体是细菌。


17.如权利要求16所述的方法,其中所述细菌属于以下属:曲霉菌属、布鲁格丝虫属、念珠菌属、衣原体属、梭菌属、球菌属、隐球菌属、恶丝虫属、淋球菌属、肠球菌属、埃希氏菌属、螺杆菌属、组织胞浆菌属、利什曼原虫属、分枝杆菌属、支原体属、草履虫属、百日咳、疟原虫属、分枝杆菌属、支原体属、肺炎球菌属、肺囊虫属、假单胞菌属、立克次体属、沙门菌属、志贺菌属、葡萄球菌属、链球菌属、弓形虫属和霍乱弧菌。


18.如权利要求16所述的方法,其中所述细菌属于以下的种:鲍氏不动杆菌、淋病奈瑟氏球菌、脑膜炎奈氏球菌、结核分枝杆菌、白色念珠菌、热带念珠菌、阴道毛滴虫、阴道嗜血菌、B组链球菌属某种、人型支原体、Mycoplasmaadleri、刚果嗜皮菌、Diplorickettsiamassiliensis、无乳支原体、两形支原体、发酵支原体、生殖支原体、猫血支原体、人型支原体、猪肺炎支原体、猪鼻支原体、肺炎支原体、杜氏嗜血菌、肺炎克雷伯氏菌、腹股沟肉芽肿、性病性淋巴肉芽肿、苍白密螺旋体、结核分枝杆菌、流产布鲁氏菌、羊布鲁氏菌、猪布鲁氏菌、犬布鲁氏菌、胎儿弯曲菌、胎儿肠弯曲杆菌、波蒙那钩端螺旋体、厌氧消化链球菌、不解糖消化链球菌、单核细胞增生性李斯特氏菌、金黄色葡萄球菌、绵羊布鲁氏菌、鹦鹉热衣原体、牛毛滴虫、刚地弓形虫、大肠埃希氏菌、马驹放线杆菌、羊流产沙门菌、马流产沙门菌、铜绿假单胞菌、马棒杆菌、肺炎链球菌、化脓性链球菌、鸡咽脲枝原体、化脓棒杆菌、多枝巴斯德氏芽菌、精液放线杆菌、牛生殖道支原体、烟曲霉、分枝犁头霉、马媾疫锥虫、驽巴贝斯虫病、破伤风梭菌和肉毒梭菌。


19.如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中所述快速进化的生物实体是病毒。


20.如权利要求19所述的方法,其中所述病毒是人乳头瘤病毒(HPV)、HBV、丙型肝炎病毒(HCV)、人免疫缺陷病毒(HIV-1、HIV-2)、水痘病毒、疱疹病毒、爱泼斯坦巴尔病毒(EBV)、腮腺炎病毒、风疹病毒、狂犬病病毒、麻疹病毒、病毒性肝炎、病毒性脑膜炎、巨细胞病毒(CMV)、HSV-1、HSV-2或流感病毒。


21.如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中所述快速进化的生物实体是癌细胞。


22.如权利要求21所述的方法,其中所述癌症是巨细胞癌和梭形细胞癌;小细胞癌;乳头状癌;鳞状细胞癌;淋巴上皮癌;基底细胞癌;毛基质癌;移行细胞癌;乳头状移行细胞癌;腺癌;恶性胃泌素瘤;胆管癌;肝细胞癌;混合型肝细胞和胆管癌;小梁性腺癌;腺样囊性癌;腺瘤性息肉内腺癌;腺癌,家族性结肠息肉病;实体癌;恶性类癌瘤;细支气管腺泡状腺癌;乳头状腺癌;嫌色细胞癌;嗜酸细胞癌;嗜酸性腺癌;嗜碱细胞癌;透明细胞腺癌;颗粒细胞腺癌;滤泡腺癌;乳头状和滤泡状腺癌;非包围性硬化性癌;肾上腺皮质细胞癌;内膜样癌;皮肤附属器癌;大汗腺腺癌;皮脂腺癌;耵聍腺腺癌;粘液表皮样癌;囊腺癌;乳头状囊腺癌;乳头状浆液性囊腺癌;粘液性囊腺癌;粘液腺癌;印戒细胞癌;浸润性导管癌;髓样癌;小叶癌;炎性癌;乳房佩吉特氏病;腺泡细胞癌;腺鳞癌;无鳞状化生的腺癌;恶性胸腺瘤;恶性卵巢基质肿瘤;恶性泡膜细胞瘤;恶性粒层细胞瘤;以及恶性母细胞瘤;塞托利细胞癌;恶性莱迪希细胞瘤;恶性脂质细胞瘤;恶性副神经节瘤;恶性乳房外副神经节瘤;嗜铬细胞瘤;血管球肉瘤;恶性黑素瘤;无黑色素性黑素瘤;浅表扩散性黑素瘤;巨大色素痣中的恶性黑素瘤;上皮样细胞黑素瘤;恶性蓝痣;肉瘤;纤维肉瘤;恶性纤维组织细胞瘤;粘液肉瘤;脂肪肉瘤;平滑肌肉瘤;横纹肌肉瘤;胚胎性横纹肌肉瘤;腺泡状横纹肌肉瘤;基质肉瘤;恶性混合瘤;缪勒混合瘤;肾母细胞瘤;肝母细胞瘤;癌肉瘤;恶性间充质瘤;恶性布伦纳瘤;恶性叶状肿瘤;滑膜肉瘤;恶性间皮瘤;无性细胞瘤;胚胎性癌;恶性畸胎瘤;恶性卵巢甲状腺肿样瘤;绒毛膜癌;恶性中肾瘤;血管肉瘤;恶性血管内皮瘤;卡波西肉瘤;恶性血管外皮细胞瘤;淋巴管肉瘤;骨肉瘤;近皮质骨髓瘤;软骨肉瘤;恶性软骨母细胞瘤;间质软骨肉瘤...

【专利技术属性】
技术研发人员:I巴彻莱特E拉维S萨森LA巴萨利E德比A沙皮罗I鲁西内克G哈拉里D卡罗阿塔N马梅特Y阿米尔A阿布霍罗维奇
申请(专利权)人:奥曼尼提纳米有限公司
类型:发明
国别省市:以色列;IL

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