诊断菌群失调的方法技术

本公开内容涉及诊断受试者中菌群失调的方法、确定合适的治疗的方法以及治疗菌群失调的方法。在一些方面，本公开内容涉及诊断或确定肠易激综合征(IBS)的亚型。

Methods for diagnosis of flora disorders

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】诊断菌群失调的方法
本公开内容涉及诊断受试者中菌群失调的方法、确定合适的治疗的方法以及治疗菌群失调的方法。
技术介绍
人类微生物群由数万亿个微生物组成，其中大多数是细菌来源的并且是非致病性的微生物。所述微生物群在人类健康中起着至关重要的作用，并与宿主的免疫系统共同发挥作用以防止病原体的入侵和定殖。它还通过提供必需维生素和营养素的来源以及协助从食物中提取能量和营养素(例如氨基酸和短链脂肪酸)而具有基本的代谢功能。在这方面，宿主在显著有助于健康的许多重要生物学功能上高度依赖其微生物群。越来越多的证据表明，人类微生物群的菌群失调与多种疾病相关。然而，由于微生物群中细菌种之间高度复杂的相互作用，因此难以确定或预测微生物群对人类健康的确切影响及其与人类疾病的关系。因此，需要能够有效诊断菌群失调的方法以鉴定有发展相关疾病的风险的受试者。
技术实现思路
本专利技术人开发了一种诊断受试者中的菌群失调的方法，所述方法涉及分析所述受试者的微生物组并将其与参比样品进行比较。此外，专利技术人已经鉴定出有几个细菌种和细菌属，它们在微生物组中的丰度指示菌群失调及其亚型，所述菌群失调及其亚型与包括肠易激综合征(IBS)、自闭症和肠衰老在内的特定疾病相关。因此，本公开内容提供了一种确定受试者中IBS亚型的方法，其包括确定来自所述受试者或所述受试者环境的样品中至少10个细菌属的丰度，其中所述至少10个细菌属选自嗜碱菌属(Alkaliphilus)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、Pelotomaculum、埃格特菌属(Eggerthella)、真杆菌属(Eubacterium)、副球菌属(Paracoccus)、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属(Bacillus)、棍状厌氧菌属(Anaerorhabdus)、放线菌属(Actinomyces)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、Peptoclostridium、Erysipelatoclostridium、Anaerostipes、萨顿氏菌属(Sutterella)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、梭菌属(Clostridium)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、史雷克氏菌属(Slackia)、芽单胞菌属(Blastomonas)、乳杆菌属(Lactobacillus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、土壤杆菌属(Agrobacterium)以及叶杆菌属(Phyllobacterium)。在一个实施方案中，所述至少10个细菌属包括选自以下的至少5个属：嗜碱菌属、鞘氨醇单胞菌属、Pelotomaculum、埃格特菌属、真杆菌属、副球菌属、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属、棍状厌氧菌属以及放线菌属。在一个实施方案中，所述至少10个细菌属包括嗜碱菌属、鞘氨醇单胞菌属、Pelotomaculum、埃格特菌属、真杆菌属、副球菌属、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属、棍状厌氧菌属以及放线菌属。在一个实施方案中，确定了至少20个细菌属的丰度。本公开内容还提供了确定受试者中IBS亚型的方法，其包括确定来自所述受试者或所述受试者环境的样品中至少5个细菌种的丰度，其中所述至少5个细菌种选自小克里斯滕森氏菌(Christensenellaminuta)、Papillibactercinnamivorans、沃氏嗜胆菌(Bilophilawadsworthia)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcusbromii)、Soleaferreamassiliensis、嗜粘蛋白阿克曼氏菌(Akkermansiamuciniphila)、颤杆菌(Oscillibactervalericigenes)、Desulfitobacteriumfrappieri、Anaerofilumpentosovorans、Lactobacillusjaponicas、Catabacterhongkongensis、球孢梭菌(Clostridiumsporosphaeroides)以及普拉梭菌(Faecalibacteriumprausnitzii)。在一个实施方案中，所述至少5个细菌种包括选自以下的至少2个种：小克里斯滕森氏菌、Papillibactercinnamivorans、沃氏嗜胆菌、布氏瘤胃球菌以及Soleaferreamassiliensis。在一个实施方案中，所述至少5个细菌种包括小克里斯滕森氏菌、Papillibactercinnamivorans、沃氏嗜胆菌、布氏瘤胃球菌以及Soleaferreamassiliensis。在一个实施方案中，确定了至少10个细菌种的丰度。本公开内容还提供了一种诊断自闭症的方法，其包括确定来自受试者或受试者环境的样品中至少10个细菌属的丰度，其中所述至少10个细菌属选自瘤胃梭菌属(Ruminiclostridium)、八叠球菌属(Sarcina)、Lachnoclostridium、Asaccharospora、Lachnobacterium、Anaerostipes、Faecalibacterium、拟杆菌属(Bacteroides)、Mogibacterium、嗜血菌属(Haemophilus)、Intestinibacter、动弯杆菌属(Mobiluncus)、乳杆菌属、Alistipes、Dorea、铁还原单胞菌属(Ferrimonas)、Romboutsia、放线杆菌属(Actinobacillus)、厌氧细杆菌属(Anaerofilum)、欧文氏菌属(Erwinia)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、月形单胞菌属(Selenomonas)、微杆菌属(Microbacterium)、脲芽胞杆菌属(Ureibacillus)、变形杆菌属(Proteus)、巨单胞菌属(Megamonas)、克里斯滕森氏菌属(Christensenella)、Butyricimonas、弓形杆菌属(Arcobacter)、耶尔森氏菌属(Yersinia)、毛绒厌氧杆菌属(Lachnoanaerobaculum)、贪噬菌属(Variovorax)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、类芽孢杆菌(Paenibacillus)、厌氧枝原体属(Anaeroplasma)、Fictibacillus、Eisenbergiella、口动菌属(Lautropia)以及Howardella。在一个实施方案中，所述至少10个细菌属包括选自以下的至少5个细菌属：瘤胃梭菌属、八叠球菌属、Lachnoclostridium、Asaccharospora、Lachnobacterium、Anaerostipes、Faecalibacterium、拟杆菌属、Mogibacterium以及嗜血菌属。在一个实施方本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定受试者中肠易激综合征(IBS)亚型的方法，其包括确定来自所述受试者或所述受试者的环境的样品中至少10个细菌属的丰度，其中所述至少10个细菌属选自嗜碱菌属(Alkaliphilus)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、Pelotomaculum、埃格特菌属(Eggerthella)、真杆菌属(Eubacterium)、副球菌属(Paracoccus)、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属(Bacillus)、棍状厌氧菌属(Anaerorhabdus)、放线菌属(Actinomyces)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、Peptoclostridium、Erysipelatoclostridium、Anaerostipes、萨顿氏菌属(Sutterella)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、梭菌属(Clostridium)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、史雷克氏菌属(Slackia)、芽单胞菌属(Blastomonas)、乳杆菌属(Lactobacillus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、土壤杆菌属(Agrobacterium)以及叶杆菌属(Phyllobacterium)。/n...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170717 AU 20179027861.一种确定受试者中肠易激综合征(IBS)亚型的方法，其包括确定来自所述受试者或所述受试者的环境的样品中至少10个细菌属的丰度，其中所述至少10个细菌属选自嗜碱菌属(Alkaliphilus)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、Pelotomaculum、埃格特菌属(Eggerthella)、真杆菌属(Eubacterium)、副球菌属(Paracoccus)、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属(Bacillus)、棍状厌氧菌属(Anaerorhabdus)、放线菌属(Actinomyces)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、Peptoclostridium、Erysipelatoclostridium、Anaerostipes、萨顿氏菌属(Sutterella)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、梭菌属(Clostridium)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、史雷克氏菌属(Slackia)、芽单胞菌属(Blastomonas)、乳杆菌属(Lactobacillus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、土壤杆菌属(Agrobacterium)以及叶杆菌属(Phyllobacterium)。


2.根据权利要求1所述的方法，其中确定至少20个细菌属的丰度。


3.一种确定受试者中IBS亚型的方法，其包括确定来自所述受试者或所述受试者的环境的样品中至少5个细菌种的丰度，其中所述至少5个细菌种选自小克里斯滕森氏菌(Christensenellaminuta)、Papillibactercinnamivorans、沃氏嗜胆菌(Bilophilawadsworthia)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcusbromii)、Soleaferreamassiliensis、嗜粘蛋白阿克曼氏菌(Akkermansiamuciniphila)、颤杆菌(Oscillibactervalericigenes)、Desulfitobacteriumfrappieri、Anaerofilumpentosovorans、Lactobacillusjaponicas、Catabacterhongkongensis、球孢梭菌(Clostridiumsporosphaeroides)以及普拉梭菌(Faecalibacteriumprausnitzii)。


4.根据权利要求3所述的方法，其中确定至少10个细菌种的丰度。


5.一种诊断自闭症的方法，其包括确定来自所述受试者或所述受试者的环境的样品中至少10个细菌属的丰度，其中所述至少10个细菌属选自：瘤胃梭菌属(Ruminiclostridium)、八叠球菌属(Sarcina),Lachnoclostridium、Asaccharospora、Lachnobacterium、Anaerostipes、Faecalibacterium、拟杆菌属(Bacteroides)、Mogibacterium、嗜血菌属(Haemophilus)、Intestinibacter、动弯杆菌属(Mobiluncus)、乳杆菌属、Alistipes、Dorea、铁还原单胞菌属(Ferrimonas)、Romboutsia、放线杆菌属(Actinobacillus)、厌氧细杆菌属(Anaerofilum)、欧文氏菌属(Erwinia)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、月形单胞菌属(Selenomonas)、微杆菌属(Microbacterium)、脲芽胞杆菌属(Ureibacillus)、变形杆菌属(Proteus)、巨单胞菌属(Megamonas)、克里斯滕森氏菌属(Christensenella)、Butyricimonas、弓形杆菌属(Arcobacter)、耶尔森氏菌属(Yersinia)、毛绒厌氧杆菌属(Lachnoanaerobaculum)、贪噬菌属(Variovorax)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、类芽孢杆菌(Paenibacillus)、厌氧枝原体属(Anaeroplasma)、Fictibacillus、Eisenbergiella、口动菌属(Lautropia)以及Howardella。


6.根据权利要求5所述的方法，其中确定至少20个细菌属的丰度。


7.根据权利要求5所述的方法，其中确定至少30个细菌属的丰度。


8.一种诊断受试者中菌群失调的方法，其包括确定来自所述受试者的样品中至少5个细菌种的丰度，其中所述至少5个细菌种选自极小棒杆菌(Corynebacteriumminutissimum)、龈炎普雷沃氏菌(Prevotellaoulora)、舟形梭杆菌(Fusobacteriumnaviforme)、栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotellaruminicola)、嗜热酸双歧杆菌(Bifidobacteriumthermacidophilum)、Dysgonomonaswimpennyi、疮疱丙酸杆菌(Propionibacteriumacnes)、结核硬脂酸棒杆菌(Corynebacteriumtuberculostearicum)、乳酪短杆菌(Brevibacteriumcasei)、Lachnobacteriumbovis、Prevotelladentasini、苏格兰普雷沃氏菌(Prevotellaalbensis)、非典型韦荣氏球菌(Veillonellaatypica)、Kytococcusschroeteri、Prevotellacopri、Bacteroidesbarnesiae、Prevotellaconceptionensis、Anaerofustisstercorihominis、嗜热双歧杆菌(Bifidobacteriumthermophilum)、短普雷沃氏菌(Prevotellabrevis)、肠道罗斯伯里氏菌(Roseburiaintestinalis)、共生梭菌(Clostridiumsymbiosum)、肠道巴恩斯氏菌(Barnesiellaintestinihominis)、脆弱拟杆菌(Bacteroidesfragilis)、Anaerostipesrhamnosus、产气柯林斯菌(Collinsellaaerofaciens)、鲍氏梭菌(Clostridiumbolteae)、肌氨酸酐水解节杆菌(Arthrobactercreatinolyticus)、化石阿托波氏菌(Atopobiumfossor),Prevotellapaludivivens以及Pelotomaculumisophthalicicum。


9.根据权利要求8所述的方法，其中确定至少10个细菌种的丰度。


10.根据权利要求8所述的方法，其中确定至少20个细菌种的丰度。


11.一种诊断受试者中菌群失调的方法，其包括确定来自所述受试者的样品中至少5个细菌属的丰度，其中所述至少5个细菌属选自：棒杆菌属(Corynebacterium)、Lachnobacterium、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、盖球菌属(Kytococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、Anaerofustis、节杆菌属(Arthrobacter)、Dysgonomonas、眉藻属(Calothrix)、阿托波氏菌属(Atopobium)、短杆菌属(Brevibacterium)、微球菌属(Micrococcus)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)、韦荣氏球菌属、Pelotomaculum、氨基酸球菌属(Acidaminococcus)、光岗菌属(Mitsuokella)、阿里松氏菌属(Allisonella)、Odoribacter、拟杆菌属(Bacteroides)、粪杆菌属(Coprobacter)、Alistipes、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、铁还原单胞菌属、嗜碱菌属以及口动菌属。


12.根据权利要求11所述的方法，其中确定至少10个细菌属的丰度。


13.根据权利要求11所述的方法，其中确定至少20个细菌属的丰度。


14.根据权利要求8至13中任一项所述的方法，其中所述菌群失调为IBS。


15.一种在患有IBS的受试者中确定IBS亚型的方法，其包括确定来自所述受试者的样品中至少5个细菌种的丰度，其中所述至少5个细菌种选自小克里斯滕森氏菌、Soleaferreamassiliensis、Papillibactercinnamivorans、颤杆菌、布氏瘤胃球菌、甲酸芽殖菌(Gemmigerformicilis)、Desulfitobacteriumfrappie...

【专利技术属性】
技术研发人员：M·史密斯，
申请(专利权)人：智能DNA股份有限公司，
类型：发明
国别省市：澳大利亚;AU