用于检测由融合基因和/或外显子跳跃产生的转录产物的探针以及方法技术

本发明专利技术的课题在于提供能够简便地检测由融合基因和/或外显子跳跃产生的转录产物的方法等。在一实施方式中，本发明专利技术涉及用于判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量的探针组、用于判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量的探针组、包含该探针组的试剂盒、使用该探针组来判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量的方法、以及判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量的方法等。

Probes and methods for detecting transcripts produced by fusion genes and / or exon jumps

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测由融合基因和/或外显子跳跃产生的转录产物的探针以及方法
本专利技术涉及用于判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量的探针、用于判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量的探针、包含该探针的试剂盒、使用该探针来判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量的方法、以及判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量的方法等。
技术介绍
融合基因作为体细胞癌症变异的一个原因而已知，目前为止，针对起因于融合基因的癌症研发出了几种治疗法。例如，可列举针对具有慢性骨髓白血病中的BCR-ABL1融合基因(非专利文献1)、非小细胞肺癌中的EML4-ALK融合基因(非专利文献2)等的癌症变异的患者使用酪氨酸激酶抑制剂的第一选择疗法。由此，改善了起因于融合基因的癌症的治疗成绩。通过近年来的测序技术的进步，能够进行癌症基因组以及转录组中的染色体重排的全面检测，发现了RET、ROS1、NTRK1、NRG1或FGRF1/2/3基因等的融合基因(非专利文献3～8)，也使这些融合基因应用于癌症的诊断。此外，表明了近年来除了融合基因之外，MET14外显子跳跃等的外显子跳跃也可能成为癌症的原因。然而，由于这些融合基因以及外显子跳跃的发生为比较低的频率，其种类也多样，因此难以同时检测成为靶向基因的多个融合基因。此外，由于FISH、免疫组织化学以及逆转录PCR等的以往方法的诊断需要专业技术，因此为了临床应用而迫切期望能够简便地检测多个靶向基因的方法。基于通过扩增子PCR或杂交捕获进行的gDNA的靶向基因富集的癌症相关基因的靶向测序，是融合基因等的变异的检测所使用的方法的一例。然而，融合基因等的连接点在多数情况下广泛地分布于各基因的内含子。因此，在通常的杂交捕获法中，为了捕捉融合基因以及外显子跳跃的连接点，而需要对内含子无偏移地制作探针，需要多个探针。此外，作为用于从新鲜的冷冻样品或细胞株检测融合转录物的替代法，提出了RNA测序(RNA-seq)。但是，在福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)等的RNA的质量较低的样品(低质RNA样品)中，由于难以通过通常mRNA浓缩所使用的多聚A选择等来制作能够信赖的文库，因此较难应用。此外，也有在使用低质RNA样品的情况下cDNA捕获法或基于锚定多重PCR的方法对RNA-seq有用的报告，但由于在这些方法中成为对象的基因的种类非常受限定，因此临床上的有用性较低。因此，一直谋求对于低质RNA样品也能够简便地检测多个靶向基因的方法。非专利文献1：J.Erikson等人，Proc.Natl.Acad.Sci.,USA83,1807-1811,1986非专利文献2：M.Soda等人，Nature,448,561-566,2007非专利文献3：T.Kohno等人，Nat.Med.18,375-377,2012非专利文献4：K.Takeuchi等人，Nat.Med.18,378-381,2012非专利文献5：D.Lipson等人，Nat.Med.18,382-384,2012非专利文献6：L.Fernandez-Cuesta等人，CancerDiscov.4,415-422,2014非专利文献7：A.Vaishnavi等人，Nat.Med.,19,1469-1472,2013非专利文献8：R.Wang,L等人，Clin.CancerRes.20,,4107-4114,2014
技术实现思路
在一实施方式中，本专利技术的课题在于提供一种能够简便地检测由融合基因和/或外显子跳跃产生的转录产物的方法。本专利技术人发现，制作为了检测在大规模并行测序中由基因组上的融合基因或外显子跳跃产生的转录产物而可使用的探针，使用本探针能够有效地检测由基因组上的融合基因或外显子跳跃产生的转录产物。本申请专利技术包含以下的方式。(1)一种探针，是用于在大规模并行测序中判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量的探针，所述融合基因表达5’侧的基因A的一部分和3’侧的基因B的一部分在假想连接点连接后的转录产物，所述探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的基因A或B中的任一方的区域杂交，在将探针与所述cDNA杂交时从所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。(2)一种探针组，是用于在大规模并行测序中判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量的探针组，所述融合基因表达5’侧的基因A的一部分和3’侧的基因B的一部分在假想连接点连接后的转录产物，包含至少两个不同的探针，该至少两个不同的探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的基因A或B中的任一方的区域杂交，在将探针与所述cDNA杂交时从各所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将在各所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。(3)一种探针，是用于在大规模并行测序中判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量的探针，在所述转录产物中，5’侧的外显子A’和3’侧的外显子B’在假想连接点连接，所述探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的外显子A’或B’中的任一方的区域杂交，在将探针与所述cDNA杂交时从所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。(4)一种探针组，是用于在大规模并行测序中判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量的探针组，在所述转录产物中，5’侧的外显子A’和3’侧的外显子B’在假想连接点连接，包含至少两个不同的探针，所述至少两个不同的探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的外显子A’或B’中的任一方的区域杂交，在将探针与所述cDNA杂交时从各所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将在各所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。(5)根据(1)～(4)中任一项所述的探针或探针组，x为0～140，y为30～140，z为100～300。(6)根据(2)、(4)以及(5)中任一项所述的探针组，包含至少六个所述探针。(7)根据(2)以及(4)～(6)中任一项所述的探针组，仅由满足z≥x+y的探针构成。(8)根据(2)以及(4)～(7)中任一项所述的探针组，探针组包含n个探针，在将各探针的所述最短碱基长分别设为x1、x2、x3、……xn(只是，x1＜x2＜x3……＜xn)的情况下，x1＝0、x2＝xn×1/(n-1)、x3＝xn×2/(n-1)、……xn＝xn×(n-1)/(n-1)。(9)一种探针，是用于在大规模并行测序中判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量的探针，<本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种探针，用于在大规模并行测序中判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量，/n所述融合基因表达5’侧的基因A的一部分和3’侧的基因B的一部分在假想连接点连接后的转录产物，/n所述探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的基因A或B中的任一方的区域杂交，/n在将探针与所述cDNA杂交时从所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170627 JP 2017-1250741.一种探针，用于在大规模并行测序中判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量，
所述融合基因表达5’侧的基因A的一部分和3’侧的基因B的一部分在假想连接点连接后的转录产物，
所述探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的基因A或B中的任一方的区域杂交，
在将探针与所述cDNA杂交时从所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。


2.一种探针组，用于在大规模并行测序中判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量，
所述融合基因表达5’侧的基因A的一部分和3’侧的基因B的一部分在假想连接点连接后的转录产物，
包含至少两个不同的探针，所述至少两个不同的探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的基因A或B中的任一方的区域杂交，
在将探针与所述cDNA杂交时的从各所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将在各所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。


3.一种探针，用于在大规模并行测序中判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量，
在所述转录产物中，5’侧的外显子A’和3’侧的外显子B’在假想连接点连接，
所述探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的外显子A’或B’中的任一方的区域杂交，
在将探针与所述cDNA杂交时从所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。


4.一种探针组，用于在大规模并行测序中判定由外显子跳跃产生的转录产物的存在或其表达量，
在所述转录产物中，5’侧的外显子A’和3’侧的外显子B’在假想连接点连接，
包含至少两个不同的探针，所述至少两个不同的探针与来源于从所述转录产物制备的cDNA的外显子A’或B’中的任一方的区域杂交，
在将探针与所述cDNA杂交时从各所述探针的末端部至所述假想连接点的最短碱基长设为x、将在各所述探针中与cDNA杂交的区域的碱基长设为y、将大规模并行测序的读长设为z的情况下，z≥x+y。


5.根据权利要求1至4中任一项所述的探针或探针组，其中，x为0～140，y为30～140，z为100～300。


6.一种探针，用于在大规模并行测序中判定基因组上的融合基因的转录产物的存在或其表达量，
所述融合基因表达5’侧的基因A的一部分和3’侧的基因B的一部分在假想连接点连接后的转录...

【专利技术属性】
技术研发人员：间野博行，高阪真路，上野敏秀，
申请(专利权)人：国立大学法人东京大学，
类型：发明
国别省市：日本;JP