一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用，属于生物技术领域。所述CAPS标记引物组包括正向引物F和反向引物R，所述正向引物F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述反向引物R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。利用所述CAPS标记引物组对185份F2分离群体进行节间长度鉴定，结果显示正常节间长度和节间缩短的西瓜鉴定的准确率为100％。本发明专利技术不需要经过西瓜伸蔓期鉴定，在苗期就可以准确快速的鉴定出西瓜节间长度，可以提高育种效率，缩短鉴定时间，且还具有工作量小、生产成本低等优点。本发明专利技术适用于西瓜的遗传鉴定与育种。

A caps primer set linked to the length of watermelon internode and its application

【技术实现步骤摘要】
一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用
本专利技术属于生物
，涉及西瓜育种技术，具体涉及一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用。
技术介绍
在传统的选择育种中，因为难以确定后代的基因型，选择的依据通常是植物的表现型而不是基因型，选择时间较长，且表现型易受环境因素的影响，导致选择的不准确和效率较低。分子标记辅助育种以与目标形状紧密连锁分子标记为工具对目标性状进行筛选，通过分子标记以基因型进行种质资源的筛选，具有准确、快速、不受环境条件干扰的优点，避免了传统育种过程中性状选择的盲目性，提高了育种效率。CAPS标记是对扩增产物进行酶切分析的一种分子标记，具有高通量、简单、稳定、灵敏度高等特定，是目前分子标记辅助育种工作中极具发展前景的分子标记。西瓜是一种重要的园艺作物，我国是世界第一大的西瓜生产和消费大国，然而在西瓜育种过程中，可用的分子标记较少，仍以传统的选择育种为主，效率较低，难以快速获得满足市场需求的新品种。节间长度是西瓜重要的农艺性状，节间较短的节间缩短植株，株型紧凑，适于高密度栽培，在一定程度上能节约土地资源，提高单位面积产量，因此节间缩短西瓜是西瓜育种中很重要的种质资源。因此存在需求开展西瓜节间长度研究，开发可用于西瓜育种的分子标记，以缩短育种进程提高育种效率。
技术实现思路
为解决上述西瓜育种过程中的技术问题，本专利技术基于西瓜节间长度的研究，开发一种可用于西瓜育种的分子标记，以缩短育种进程，提高育种效率。具体地，本专利技术给出一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组，利用该CAPS标记引物组能够在苗期准确、快速地鉴定出西瓜蔓长，具有通量大、扩增产物稳定、检测快速等优点，可显著提高西瓜节间长度选择育种效率。一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组，所述CAPS标记引物组包括正向引物F和反向引物R，所述正向引物F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，所述反向引物R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。优选地，所述与西瓜节间长度连锁的CAPS标记酶切位点位于西瓜第9号染色体第1859049bp处，多态性表现为A/G碱基差异。本专利技术还给出了所述的CAPS标记引物组在西瓜育种中的应用。本专利技术还进一步给出了所述的CAPS标记引物组在鉴定节间缩短西瓜资源中的应用。本专利技术还进一步给出了所述的CAPS标记引物组在鉴定节间缩短西瓜基因型中的应用。作为本专利技术所述CAPS标记引物组应用的优选，所述CAPS标记引物组通过PCR方法进行应用。本专利技术给出了所述PCR方法，具体包括：以西瓜基因组DNA为模板DNA进行PCR反应，得PCR扩增产物；将所述部分扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，剩余部分扩增产物进行酶切反应；酶切所述PCR扩增产物后琼脂糖凝胶电泳；根据所述酶切产物的带型判断节间长度性状的等位基因型；扩增片段经TaqI酶切，节间缩短纯合子酶切成638bp的条带，正常节间长度纯合子酶切成172bp和466bp的两条带，正常节间长度杂合子酶切成172bp、466bp和638bp的三条带。作为本专利技术所述CAPS标记引物组应用的优选，所述PCR反应体系以20μL计，包括10μL2×TaqPCRMasterMix，2μL模板DNA，正、反向引物各1μL和6μLddH2O。作为本专利技术所述CAPS标记引物组应用的优选，所述PCR反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸50s，30个循环；72℃延伸10min，4℃保存。作为本专利技术所述CAPS标记引物组应用的优选，所述酶切的反应体系以15μL计，包括0.3μL限制酶、1.5μLbuffer、3.2μLddH2O和10μLPCR产物。与现有技术相比，本专利技术所述与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用，具有的有益效果或优点包括：本专利技术不需要经过西瓜伸蔓期鉴定，在苗期就可以准确快速的鉴定出西瓜节间长度，可以提高育种效率，缩短鉴定时间，且还具有工作量小、生产成本低等优点。利用本专利技术所述引物组进行西瓜育种时，检测方法准确可靠，操作简便，能够更简单检测西瓜节间长度，从而更好的服务西瓜品种的选育或是改良，在分子辅助育种领域，为节间缩短西瓜品种选育或改良提供了科学依据。附图说明图1是本专利技术所述与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组PCR扩增产物电泳图。图2是本专利技术所述酶切产物电泳图。具体实施方式下面结合实施例对本专利技术提供的与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组及其应用进行详细的说明。一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组，所述CAPS标记引物组包括正向引物F和反向引物R，所述正向引物F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，所述反向引物R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。CAPS标记引物组的信息见表1。表1，CAPS标记引物组信息引物名称引物序列(5’-3’)SEQIDNOFCCCAAACCCCACCTCACTTT1RATACCAACAGGCACGTGGTT2在本专利技术中，所述控制西瓜节间长度基因的CAPS标记酶切位点位于西瓜第9号染色体第1859049bp处，多态性表现为A/G碱基差异。本专利技术提供了上述CAPS标记引物组在西瓜育种中的应用。具体地，所述应用包括西瓜杂交育种中节间缩短后代的筛选。通过用节间缩短西瓜资源与常规西瓜品种杂交后，在F2群体中的大批量筛选，以及将节间缩短性状转育到现有的栽培种的后代筛选，借助分子标记跟踪检测，可以快速、准确选育出具有节间缩短性状的西瓜新品种。本专利技术所述鉴定通过PCR的方式进行，PCR方法具体包括：以西瓜基因组DNA为模板DNA进行PCR反应，得PCR扩增产物；将所述部分扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，剩余部分进行酶切反应；酶切所述PCR产物后琼脂糖凝胶电泳；根据所述酶切产物的带型判断节间长度性状的等位基因型；扩增片段经TaqI酶切，结果为节间缩短纯合子得到638bp左右的条带，正常节间长度纯合子酶切成172bp和466bp左右的两条带，正常节间长度杂合子则显示出172bp、466bp和638bp左右的三条带。本专利技术利用PCR进行基因型鉴定时，以西瓜基因组DNA为模板DNA进行PCR，得PCR产物。本专利技术对所述西瓜基因组DNA的来源并没有特殊限定。本专利技术以所述西瓜基因组DNA为模板DNA进行PCR，所述PCR的反应体系以20μL计，包括10μL2×TaqPCRMasterMix，2μL模板DNA，正、反向引物各1μL和6μLddH2O。本专利技术所述PCR的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸50s，30个循环；72℃延伸10min，4℃保存。得扩增产物后，本专利技术将所述部本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组，其特征在于，所述CAPS标记引物组包括正向引物F和反向引物R，所述正向引物F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述反向引物R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。/n

【技术特征摘要】
1.一种与西瓜节间长度连锁的CAPS标记引物组，其特征在于，所述CAPS标记引物组包括正向引物F和反向引物R，所述正向引物F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，所述反向引物R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。


2.根据权利要求1所述的CAPS标记引物组，其特征在于，所述与西瓜节间长度连锁的CAPS标记酶切位点位于西瓜第9号染色体第1859049bp处，多态性表现为A/G碱基差异。


3.权利要求1所述的CAPS标记引物组在西瓜育种中的应用。


4.权利要求1所述的CAPS标记引物组在鉴定节间缩短西瓜资源中的应用。


5.权利要求1所述的CAPS标记引物组在鉴定节间缩短西瓜基因型中的应用。


6.根据权利要求3至5中任一项所述的应用，其特征在于，所述CAPS标记引物组通过PCR方法进行应用。


7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述PCR方法包括：
以西瓜基因组DNA为模板DNA进行PCR反应，得PCR扩增产物；

【专利技术属性】
技术研发人员：刘文革，赵胜杰，何楠，路绪强，朱红菊，
申请(专利权)人：中国农业科学院郑州果树研究所，
类型：发明
国别省市：河南;41