一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，属于分子标记与遗传育种领域。所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第5号染色体第24359610位，且该处碱基是G或C。本发明专利技术还提供了用于检测上述SNP标记的引物组合及其应用。利用该SNP分子标记和引物组合，可建立鸡粉壳蛋暗斑高效准确的分子标记辅助育种方法，从而有效地对暗斑进行针对性选择，获得较好的遗传进展。进而有效地改善粉壳蛋暗斑的选育方法，促进地方特色蛋鸡产业的发展。

【技术实现步骤摘要】
一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于分子标记
，具体涉及一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
随着我国经济的迅速发展，人们消费水平的提高，对地方特色蛋鸡的需求越来越高，我国地方特色蛋鸡的年饲养量已超过2亿只，占蛋鸡总量的10％。地方特色蛋鸡市场份额提高的同时，人们对蛋品质的要求越来越高。市场上暗斑严重的鸡蛋影响了消费者的选择，使消费者购买欲望低，严重影响了养殖效益。蛋壳暗斑最早由Holst等于1932年提出，国内学者称为薄斑或底斑，主要是由蛋壳厚度不均匀而出现的一种现象，影响鸡蛋的外观。在蛋壳上表现有条状、片状、带状、点状等，直径也从针尖大小至几厘米，肉眼下可见几个至成百上千个。不同蛋壳颜色鸡蛋的暗斑数量不同，褐壳蛋的暗斑很少，粉壳蛋暗斑相对较多。受我国消费市场对粉壳蛋的需求影响，蛋鸡育种者有必要对粉壳蛋的暗斑性状进行选择。暗斑的选择首先要确定暗斑的评定方案，目前对暗斑的度量多采用四级评分系统，然而该方法易受不同人的判断影响结果。生产中无论从表观测定还是分子标记均无对蛋壳暗斑的有效选择方法。随着分子生物学技术的发展，分子标记辅助选择方法(markerassistedselection,MAS)被越来越多地应用于育种环节中加快了遗传进展。诸多研究表明，蛋壳暗斑可遗传给后代，利用分子标记技术对该性状进行准确选择，能够改善蛋壳暗斑的选育方法，加快蛋壳暗斑的选育进程。
技术实现思路
为了解决生产中鸡粉壳蛋暗斑性状选育方法的不足，专利技术人进行了大量研究，意外地发现国际鸡参考基因组GRCg6aPrimaryAssembly版本第5号染色体上物理位置第24359610核苷酸处的G>C突变与鸡粉壳蛋暗斑相关，从而完成本专利技术。本专利技术第一方面提供一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，所述SNPSNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6aPrimaryAssembly版本第5号染色体第24359610位，且该处碱基是G或C。所述的SNP标记在国际鸡参考基因组上的名称为rs315949374。本专利技术第二方面提供一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，且其第216位碱基是G或C。本专利技术第三方面提供检测本专利技术第一方面或第二方面所述的SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定待测鸡种或品系粉壳蛋暗斑性状的试剂盒中的应用。在本专利技术的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述SNP分子标记的引物组合。在本专利技术的一些实施方案中，所述引物组合由具有SEQIDNO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQIDNO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。本专利技术的第四方面提供一种用于鉴定待测鸡种或品系粉壳蛋暗斑性状的试剂盒，包括能够检测本专利技术第一方面或第二方面所述的SNP分子标记的试剂。在本专利技术的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述分子标记的引物组合。在本专利技术的一些实施方案中，所述引物组合由具有SEQIDNO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQIDNO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。本专利技术的第五方面提供一种选育产低暗斑指数粉壳蛋鸡种或品系的方法，包括以下步骤：(1)获取产粉壳蛋鸡待测个体的基因组DNA；(2)检测所述基因组DNA中本专利技术第一方面或第二方面所述SNP分子标记的基因型，选择GG基因型个体，淘汰GC和CC基因型个体。在本专利技术的一些实施方案中，步骤(2)中利用引物组合检测所述SNP分子标记的基因型。在本专利技术的一些具体实施方案中，所述引物组合由具有SEQIDNO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQIDNO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。在本专利技术中，所述暗斑指数是指本领域通常所述的暗斑评级数(王德贺.鸡蛋暗斑形成机理探索研究.中国农业大学.2017)，级别数即为暗斑指数。在本专利技术中，GG基因型的暗斑指数较低，GC和CC基因型的暗斑指数较高。在本专利技术的一些实施方案中，所述低暗斑指数或暗斑指数低是指暗斑指数小于参考值，所述高暗斑指数或暗斑指数高是指暗斑指数大于参考值。在本专利技术的一些优选实施方案中，所述参考值是指选育暗斑指数鸡种大量样本暗斑指数的平均值或中位值，在本专利技术的一些更优选实施方案中，所述大量样本是指具有统计学意义数量的样本。在本专利技术的另一些更优选实施方案中，所述大量样本是指50只、100只、200只、500只、1000只、10000只或更多。在本专利技术的一些具体实施方案中，所述大量样本是指407只。本专利技术的有益效果本专利技术相对于现有技术具有如下的优势和效果：(1)利用本专利技术的与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记进行分子标记辅助选择，能够有效地使鸡粉壳蛋暗斑程度降低。(2)本专利技术同时提供了该SNP分子标记的序列以及鉴定的引物，通过该分子标记和引物，可利用Sanger测序法建立快速高效准确的分子标记辅助育种技术，使鸡粉壳蛋暗斑程度降低，可在早期进行选育，降低饲养成本，提高生产效益。(3)本专利技术提供的SNP分子标记对鸡粉壳蛋暗斑的表型效应在5.10％和2.41％，利用该SNP分子标记可有效降低鸡粉壳蛋暗斑，达到快速选育目的。附图说明图1示出了由东乡绿壳蛋鸡和白莱航蛋鸡构建的F2代资源群体关于粉壳暗斑双变量的全基因组关联分析(genome-wideassociationstudy,GWAS)曼哈顿图；其中横坐标代表鸡的染色体编号；纵坐标代表-logP值，黑色水平线代表以8.43×10-7为显著性表达水平阈值。图2示出了5号染色体鉴定到显著SNP标记的连锁不平衡分析。图3示出了不同基因型的粉蛋壳在产蛋当天和7天的暗斑值。图4示出了不同基因型SNP位点的测序结果。具体实施方式为了使本专利技术所解决的技术问题、技术方案及有益效果更加清楚明白，以下结合实施例，对本专利技术进行进一步详细说明。实施例以下例子在此用于示范本专利技术的优选实施方案。本领域内的技术人员会明白，下述例子中披露的技术代表专利技术人发现的可以用于实施本专利技术的技术，因此可以视为实施本专利技术的优选方案。但是本领域内的技术人员根据本说明书应该明白，这里所公开的特定实施例可以做很多修改，仍然能得到相同的或者类似的结果，而非背离本专利技术的精神或范围。除非另有定义，所有在此使用的技术和科学的术语，和本专利技术所属领域内的技术人员所通常理解的意思相同，在此公开引用及他们引用的材料都将以引用的方式被并入。那些本领域内的技术人员将意识到或者通过常规试验就能了解许多这里所描述的专利技术的特定实施方案的许多等同技术。这些等同将被包含在权利要求书中。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的仪器设备，如无特殊说明，均为实验室常规仪器设备；下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为常规生化试剂商店可购买到的。<本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第5号染色体第24359610位，且该处碱基是G或C。/n

【技术特征摘要】
1.一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6aPrimaryAssembly版本第5号染色体第24359610位，且该处碱基是G或C。


2.一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，且其第28位碱基是G或C。


3.检测权利要求1-2任一所述的SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定待测鸡粉壳蛋暗斑性状的试剂盒中的应用。


4.一种用于鉴定待测鸡粉壳蛋暗斑性状的试剂盒，其特征在于，包括能够检测权利要求1-2任一所述的SNP分子标记的试剂。


5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂为能够扩增所述SNP分子标记的引物组合。


6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：曲亮，王克华，马猛，沈曼曼，窦套存，郭军，李永峰，胡玉萍，卢建，李尚民，王星果，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：江苏;32