KFS相关基因突变在制备检测试剂盒中的应用制造技术

本发明专利技术公开了与KFS相关的KMT2D基因的3个突变位点，并提供检测KMT2D易感SNP位点基因型的试剂在制备KFS检测的试剂盒中的应用。进一步，本发明专利技术公开了一种用于检测与KFS相关基因突变的试剂。本发明专利技术筛选了3个与KFS相关的易感SNP位点，并提供其在KFS诊断中的应用，阐述SNP对于KFS进展的影响，揭示其在诊断、治疗中价值。因此，本发明专利技术可开发出利用SNP基因型对KFS早期诊断的试剂盒和生物制剂，不仅能够快速有效的做到早期诊断，其精确度大大提高，而且为基因治疗、药物治疗等临床应用提供了治疗靶点和重要依据。

Application of KFS related gene mutation in the preparation of detection kit

【技术实现步骤摘要】
KFS相关基因突变在制备检测试剂盒中的应用
本专利技术涉及生物医学
，具体涉及KFS相关基因突变在制备检测试剂盒中的应用。
技术介绍
先天性颈椎融合畸形(Klippel-FeilSyndrome，KFS)是一种先天性的颈椎椎体发育畸形，发病率约为1/40000-1/42000，其临床典型特点为：颈部短粗、后发际低、颈部活动受限；但只有不到50％的患者同时具有三项表现。KFS多合并多种先天性疾病和其他系统畸形，患者的神经压迫症状从神经根病到四肢麻痹、死亡等均可出现，还可造成严重的身心问题，给家庭和社会造成极大负担。目前，因缺乏早期预测手段，KFS患者多在出现颈椎严重畸形时才被发现，治疗方法仅能通过支具或手术矫形来控制颈椎畸形的进展，但对其他系统畸形病变无法改善。因此，探索早期预测、诊断方法和病因治疗靶点是当前KFS的研究热点。但目前KFS病因未明，近年的研究表明KFS的病因可能与基因突变、环境因素以及发育异常相关，其中尤以基因突变最为密切。基因突变在KFS的发生、发展过程中起着非常重要的作用。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对解决上述技术问题，提出一种用于KFS疾病早期诊断的标志物及其在制备产品中应用。本专利技术的第二目的是提供检测KMT2D易感SNP位点基因型的试剂在制备KFS检测的试剂盒中的应用。本专利技术的第三个目的是提供一种用于检测与KFS相关基因突变的生物制剂。专利技术人收集KFS患者血液样本通过全外显子水平寻找基因的致病性突变，并通过小量样本进行基因型验证，进一步证实新突变是有害的，可以作为KFS诊断标志物，为预测疾病发展和指导临床早期干预提供理论依据，早日实现KFS的个体化早期诊断和治疗。为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：本专利技术首先提供了检测KMT2D易感SNP位点基因型的试剂在制备KFS检测的试剂盒中的应用，所述KMT2D基因携带3个易感SNP位点，所述SNP位点分别为：人类第12号染色体第49425124位碱基由G到A的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.13364G>A(p.Arg4455His)；人类第12号染色体第49444297位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.3074C>T(p.Ser1025Leu)；人类第12号染色体第49432200位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.8939C>T(p.Ala2980Val)。优选的，所述试剂盒包括用于扩增所述SNP位点的引物对。优选的，所述试剂盒包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶。优选的，所述引物对的核苷酸序列如SEQIDNO.1-6所示。优选的，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq酶、Mg2+和PCR反应缓冲液。进一步地，本专利技术还提供了一种用于检测与KFS相关基因突变的生物制剂，所述生物制剂包括用于扩增SNP位点的引物对，或是包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶；所述SNP位点为：人类第12号染色体第49425124位碱基由G到A的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.13364G>A(p.Arg4455His)；人类第12号染色体第49444297位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.3074C>T(p.Ser1025Leu)；人类第12号染色体第49432200位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.8939C>T(p.Ala2980Val)。优选的，所述引物对的核苷酸序列如SEQIDNO.1-6所示。优选的，扩增所述SNP位点的引物对是按照PrimerPremier5.0引物设计软件或NCBI数据库提供的在线引物设计软件设计的引物对，在一优选实施例中本专利技术选用如SEQIDNO.1-6所示的KFS易感基因的SNP位点引物对。本专利技术选用的引物对特异性强，扩增效果好，扩增的序列亦可作为KFS诊断、预测等分子手段的生物标志物。更进一步地，本专利技术提供了所述的生物制剂在制备KFS检测产品中的应用。有益效果本专利技术通过对患者血液DNA进行全外显子测序筛选了KMT2D基因的3个易感SNP位点在KFS早期诊断中的应用，阐述SNP对于KFS进展的影响，揭示其在早期诊断中的价值。因此，本专利技术通过检测SNP基因型来诊断KFS是否发生，并进一步开发KFS的诊断试剂盒和生物制剂，能够快速有效的做到早期诊断、为患者争取最好的早期干预时间。具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。本专利技术的技术方案具体包括：采集符合标准的血液样本，提取DNA；基因型检测：选择KFS病例、与KFS病例年龄匹配的健康对照，利用外显子测序，找出与KFS相关的SNP；进一步采用基因分型进行检测，验证其应用于临床诊断的可重复性；KFS检测试剂盒的研制：根据KFS病例和健康对照中基因型分布频率有显著差异的SNP开发KFS早期检测试剂盒。数据分析中各数值表示如下：1、ljb23_sift：SIFT分值(version2.3)，表示该变异对蛋白序列的影响，包含三个值，一是SIFT初始分值，二是转换后的值(1-SIFT)，三是T或者D。当该变异同时影响多个蛋白序列时，对每条蛋白序列有一个SIFT值，取最小值。SIFT分值越小越“有害”，表明该SNP导致蛋白结构或功能改变的可能性大；D:Deleterious(sift<＝0.05)；T:tolerated(sift>0.05)；2、ljb23_pp2hvar：利用PolyPhen2基于HumanVar数据库预测该变异对蛋白序列的影响，用于单基因遗传病。该列包含两个值，第一个是PolyPhen2分值，数值越大越“有害”，表明该SNP导致蛋白结构或功能改变的可能性大；第二个是D或P或B(D:Probablydamaging(>＝0.909),P:possiblydamaging(0.447<＝pp2_hvar<＝0.909)；B:benign(pp2_hvar<＝0.446))；3、ljb23_pp2hdiv：利用PolyPhen2基于HumanDiv数据库预测该变异对蛋白序列的影响，用于复杂疾病。该列包含两个值，第一个是PolyPhen2分值，数值越大越“有害”，表明该SNP导致蛋白结构或功能改变的可能性大；第二个是D或P或B(D:Probablydamaging(>＝0.957)，P:possiblydamaging(0.453<＝pp2_hdiv<＝0.956)；B:benign(pp2_hdiv<＝0.452))；4、ljb23_mt：MutationTaster分值(version本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测KMT2D易感SNP位点基因型的试剂在制备KFS检测的试剂盒中的应用，所述KMT2D基因携带3个易感SNP位点，所述SNP位点分别为：/n人类第12号染色体第49425124位碱基由G到A的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.13364G>A(p.Arg4455His)；/n人类第12号染色体第49444297位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.3074C>T(p.Ser1025Leu)；/n人类第12号染色体第49432200位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.8939C>T(p.Ala2980Val)。/n

【技术特征摘要】
1.检测KMT2D易感SNP位点基因型的试剂在制备KFS检测的试剂盒中的应用，所述KMT2D基因携带3个易感SNP位点，所述SNP位点分别为：
人类第12号染色体第49425124位碱基由G到A的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.13364G>A(p.Arg4455His)；
人类第12号染色体第49444297位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.3074C>T(p.Ser1025Leu)；
人类第12号染色体第49432200位碱基由C到T的突变，具体信息为：NM_003482.3:c.8939C>T(p.Ala2980Val)。


2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂盒包括用于扩增所述SNP位点的引物对。


3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂盒包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶。


4.如权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如SEQIDNO.1-6所示。

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【专利技术属性】
技术研发人员：李子全，赵森，蔡思逸，吴南，吴志宏，王以朋，
申请(专利权)人：中国医学科学院北京协和医院，
类型：发明
国别省市：北京;11