一种用于贲门癌高危人群筛查的SNP标志物及试剂盒制造技术

本发明专利技术属于基因工程及肿瘤医学领域，具体公开了一种用于贲门癌高危人群筛查诊断的SNP标志物及试剂盒，所述SNP标志物为rs2274223、rs13042395、rs7447927、rs1642764、rs35597309、rs10074991、rs2294693、rs4072037、rs10931936、rs13016963、rs10201587、rs7578456、rs9288318、rs1801133和rs1048943的组合。本发明专利技术还公开了一种用于贲门癌高危人群筛查诊断的试剂盒。该SNP标志物组合可用于贲门癌的早期评估和大规模筛查，检出成功率高，技术重现性好，最大程度上界定了贲门癌高危易感人群，使早期贲门癌检出率达到71.4%，为贲门癌高危人群的筛查、患病风险评估提供了重要依据。

A SNP marker and kit for screening high risk population of cardiac cancer

【技术实现步骤摘要】
一种用于贲门癌高危人群筛查的SNP标志物及试剂盒
本专利技术属于基因工程及肿瘤医学领域，具体涉及一种用于贲门癌高危人群筛查诊断的SNP标志物及试剂盒。
技术介绍
贲门是位于食管胃交界部，齿状线下方2cm以内的组织器官。由于贲门解剖范围较小，该部位发生癌变后组织侵犯范围较广，较难准确定位肿瘤的部位，因此国际上对发生于食管下段胃交界部的肿瘤统称为食管胃交界部腺癌，并将其分为三类，一类为食管下段腺癌，第二类为真正的贲门腺癌，第三类为贲门下腺癌。在西方国家，主要以食管下段腺癌为主，而在我国则以第二类真正的贲门腺癌为主，第三类型则较少见。本专利中的所述的贲门癌均为第二类贲门腺癌。贲门癌是贲门粘膜腺上皮发生的恶性肿瘤。在我国食管癌高发区，贲门癌同时高发，贲门癌和食管癌发病比例保持在1：2左右。且贲门癌和食管癌一样具有明显的家族聚集现象和显著的地域分布差异，形成明显的高低发区，贲门癌患者家族史阳性率占30％-40％，甚至更高，强烈提示遗传易感因素在贲门癌发病中起重要作用。由于临床症状相似，均为上消化道梗阻，上世纪70年代之前曾被划归为食管癌进行诊治。中晚期贲门癌5年生存率仅为10％左右，早期贲门癌的5年生存率可达80％-90％以上，然临床就诊的贲门癌患者95％以上为中晚期，缺乏特异性临床症状是导致这一临床现象的主要原因。目前，对无症状人群进行胃镜普查，是早期发现贲门癌的主要技术手段，然而无症状人群胃镜普查早期贲门癌检出率仅为2％-3％左右。大量人群的陪检及重复检查、胃镜检查导致的强烈不适感和其昂贵成本严重限制胃镜检查作为一种大规模无症状人群普查技术手段的应用和推广。贲门癌高危人群的传统界定标准为：高发区，男性，家族史阳性，有长期吸烟、饮酒史。然而，这些标准界定的贲门癌高危人群，最终演变为贲门癌的比例非常低，很难做到精准界定和预判。随着现代分子生物学技术的发展和人类基因组计划的实施，基因检测越来越简单方便，贲门癌高危人群精准分子分型、早期预警和筛查成为可能，也越来越成为贲门癌早期发现、降低死亡率的重要技术手段。单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphsm,SNP)是指基因组水平上由单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，在人群中的发生频率大于1％，是人类可遗传的变异中最常见的一种。SNP遗传稳定性强，易于检测，位于基因内部的SNP能直接影响到蛋白质的结构或表达水平，进而影响到组织、器官乃至生理功能。采用SNP作为基因组标志的关联分析方法是目前最常用的疾病遗传易感基因检测方法之一。由于贲门癌是一个多因素、多基因参与的复杂性疾病，群体中存在多个贲门癌发病相关易感基因和位点，之前的研究由于缺乏高通量检测位点、高通量检测样本的技术，往往更多关注的是单个或极少数易感基因和位点与疾病发生发展的关系，导致对高危人群筛查和判定的特异性和灵敏度均较低，很难准确筛查出贲门癌高危人群，而无法做到早期发现贲门癌患者。目前，一些传统医学手段，如组织细胞检测存在着其固有的缺陷，取材位置不当、组织细胞标本材料不足或人为经验不足等都将导致疾病的误诊和漏诊。甄别贲门癌易感性分子指标，进行微创的基因型检测，界定无症状贲门癌高危易感人群，并对其进行临床跟踪检查，以期发现早期贲门癌是解决以上临床难题的有效方法。目前，尚无用于贲门癌高危人群筛查的SNP位点和试剂盒的报道。综上所述，研发一种用于筛查无症状贲门癌高危易感人群的SNP位点试剂盒，对贲门癌发病风险的预测、早期发现贲门癌、降低贲门癌死亡率具有重要意义。
技术实现思路
针对现有技术存在的问题和不足，本专利技术的第一个目的是提供一种用于贲门癌高危人群筛查的SNP标志物。本专利技术的第二个目的是提供一种用于检测上述SNP标志物的特异性引物。本专利技术的第三个目的是提供一种用于检测上述SNP标志物的特异性引物在制备用于贲门癌高危人群筛查试剂盒中的应用。本专利技术的第四个目的是提供一种用于贲门癌高危人群筛查的试剂盒。本专利技术采用的技术方案如下：一种用于贲门癌高危人群筛查的SNP标志物，所述SNP标志物为rs2274223、rs13042395、rs7447927、rs1642764、rs35597309、rs10074991、rs2294693、rs4072037、rs10931936、rs13016963、rs10201587、rs7578456、rs9288318、rs1801133和rs1048943的组合。上述SNP标志物的特异性扩增引物为：rs2274223的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.1和SEQIDNO.2；rs13042395的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.4和SEQIDNO.5；rs7447927的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.7和SEQIDNO.8；rs1642764的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.10和SEQIDNO.11；rs35597309的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.13和SEQIDNO.14；rs10074991的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.16和SEQIDNO.17；rs2294693的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.19和SEQIDNO.20；rs4072037的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.22和SEQIDNO.23；rs10931936的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.25和SEQIDNO.26；rs13016963的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.28和SEQIDNO.29；rs10201587的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.31和SEQIDNO.32；rs7578456的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.34和SEQIDNO.35；rs9288318的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.37和SEQIDNO.38；rs1801133的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.40和SEQIDNO.41；rs1048943的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.43和SEQIDNO.44。上述SNP标志物的特异性延伸引物为：rs2274223的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.3；rs13042395的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.6；rs7447927的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.9；rs1642764的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.12；rs35597309的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.15；rs10074991的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.18；rs2294693的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.21；rs4072037的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.24；rs10931936的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.27；rs13016963的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.30；rs10201587的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.33；rs7578456的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.36；rs9288318的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.39；rs1801133的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.42；rs1048943的延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNO.45。上述本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于贲门癌高危人群筛查的SNP标志物，其特征在于，所述SNP标志物为rs2274223、rs13042395、rs7447927、rs1642764、rs35597309、rs10074991、rs2294693、rs4072037、rs10931936、rs13016963、rs10201587、rs7578456、rs9288318、rs1801133和rs1048943的组合。

【技术特征摘要】
1.一种用于贲门癌高危人群筛查的SNP标志物，其特征在于，所述SNP标志物为rs2274223、rs13042395、rs7447927、rs1642764、rs35597309、rs10074991、rs2294693、rs4072037、rs10931936、rs13016963、rs10201587、rs7578456、rs9288318、rs1801133和rs1048943的组合。2.用于检测权利要求1所述SNP标志物的特异性扩增引物，其特征在于，所述特异性扩增引物如下：rs2274223的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.1和SEQIDNO.2；rs13042395的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.4和SEQIDNO.5；rs7447927的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.7和SEQIDNO.8；rs1642764的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.10和SEQIDNO.11；rs35597309的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.13和SEQIDNO.14；rs10074991的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.16和SEQIDNO.17；rs2294693的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.19和SEQIDNO.20；rs4072037的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.22和SEQIDNO.23；rs10931936的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.25和SEQIDNO.26；rs13016963的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.28和SEQIDNO.29；rs10201587的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.31和SEQIDNO.32；rs7578456的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.34和SEQIDNO.35；rs9288318的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.37和SEQIDNO.38；rs1801133的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.40和SEQIDNO.41；rs1048943的扩增引物的核苷酸序列为SEQIDNO.43和SEQIDNO.44。3.用于检测权利要求1所...

【专利技术属性】
技术研发人员：王立东，赵学科，宋昕，李欣然，靳艳，秦艳茹，常志伟，
申请(专利权)人：郑州大学第一附属医院，
类型：发明
国别省市：河南,41