一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物及其筛选方法技术方案

本发明专利技术公开了一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物，该标志物为由骨桥蛋白基因rs1126772，rs11728697，rs4754构建的单体型A‑T‑C，其可用于系统性红斑狼疮检测，并通过以下步骤筛选得到：(a)受试者人群的选取；(b)基因组DNA的提取；(c)基因组DNA的PCR扩增；(d)扩增后的基因组DNA测序、对照；(e)得到骨桥蛋白基因标志物。提供了一种用于系统性红斑狼疮精确诊断的骨桥蛋白基因标志物及该标志物的筛选方法，提高了医学精确诊断水平。

A gene marker of osteopontin in systemic lupus erythematosus and its screening method

【技术实现步骤摘要】
一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物及其筛选方法
本专利技术涉及医学检测
，具体涉及一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物及其筛选方法。
技术介绍
系统性红斑狼疮(SLE)是一种自身免疫性炎症结缔组织疾病，涉及全身多个组织器官，包括皮肤、黏膜、关节、心脏、肾脏等，临床表现形式多样。遗传、内分泌、感染、免疫异常和一些环境因素被认为是SLE的发病机制，大多数学者认为遗传因素起着关键作用。然而系统性红斑狼疮的检测在目前临床医学中仍然是一个难题，缺乏有效的基因标志物以完成系统性红斑狼疮的精确诊断及得到该基因标志物的筛选方法。
技术实现思路
本专利技术为了解决上述问题，提供了一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物，该标志物为由骨桥蛋白基因rs1126772，rs11728697，rs4754构建的单体型A-T-C，其可用于系统性红斑狼疮检测并通过以下步骤筛选得到：(a)受试者人群的选取；(b)基因组DNA的提取；(c)基因组DNA的PCR扩增；(d)扩增后的基因组DNA测序、对照；(e)得到骨桥蛋白基因标志物。进一步的，所述受试者人群分为正常组和患病组，正常组和患病组样本大小为200。进一步的，所述基因组DNA的PCR扩增选用引物为：rs1126772，正向引物序列为：5′-GCAAAATGAAAGAGAACATGAAATGC-3′；反向引物序列为：5′-CTGGACAACCGTGGGAAAACAA-3′；延伸引物序列为：5′-TTTTTTTACAAACTAAACTAATTATCAAACACAT-3′；rs11728697，正向引物序列为：5′-CAAGCTACTGCATACTCGAAATCACAA-3′；反向引物序列为：5′-GGGATCCCATGAAAAAGGGAGA-3′；延伸引物序列为：5′-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCCTGCAAGGAGTTCAGA-3′rs4754，正向引物序列为：5′-TTCCCGGCCATCTTAATTTTCA-3′；反向引物序列为：5′-AAAACTTCGGTTGCTGGCAGGT-3′；延伸引物序列为：5′-TTTTTTTTTTTTTTGAGTCCTGGCTGTCCACATGGTC-3′。本专利技术的有益效果：提供了一种用于系统性红斑狼疮精确诊断的骨桥蛋白基因标志物及该标志物的筛选方法，提高了医学精确诊断水平。具体实施方式下面对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其它实施例，都属于本专利技术保护的范围。一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物，该标志物为由骨桥蛋白基因rs1126772，rs11728697，rs4754构建的单体型A-T-C，其可用于系统性红斑狼疮检测，并通过以下步骤筛选得到：(a)受试者人群的选取；(b)基因组DNA的提取；(c)基因组DNA的PCR扩增；(d)扩增后的基因组DNA测序、对照；(e)得到骨桥蛋白基因标志物。其中的，所述受试者人群分为正常组和患病组，正常组和患病组样本大小为200。其中的，所述基因组DNA的PCR扩增选用引物为：rs1126772，正向引物序列为：5′-GCAAAATGAAAGAGAACATGAAATGC-3′；反向引物序列为：5′-CTGGACAACCGTGGGAAAACAA-3′；延伸引物序列为：5′-TTTTTTTACAAACTAAACTAATTATCAAACACAT-3′；rs11728697，正向引物序列为：5′-CAAGCTACTGCATACTCGAAATCACAA-3′；反向引物序列为：5′-GGGATCCCATGAAAAAGGGAGA-3′；延伸引物序列为：5′-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCCTGCAAGGAGTTCAGA-3′rs4754，正向引物序列为：5′-TTCCCGGCCATCTTAATTTTCA-3′；反向引物序列为：5′-AAAACTTCGGTTGCTGGCAGGT-3′；延伸引物序列为：5′-TTTTTTTTTTTTTTGAGTCCTGGCTGTCCACATGGTC-3′。本实施例通过以下实验进行验证本专利技术的效果：1.材料和方法1.1研究对象根据1997年美国风湿病学会(ACR)关于SLE的诊断标准，选择右江民族医学院附属医院经临床诊断为SLE的200名女性患者作为病例组，排除恶性肿瘤、传染病和其他自身免疫性疾病。同时，选择同一时期就诊的200名年龄匹配的健康女性作为对照组。所有研究对象均为居住于百色市的中国居民。本研究通过右江民族医学院附属医院伦理委员会批准，并获得所有研究对象的书面知情同意。1.2OPNSNPs的选择在PubMed中选择合适的OPNSNPs具体标准如下：(a)在汉族HapMap数据库中选择最小等位基因频率(MAF)大于0.05的SNP；(b)优先选择启动子区、外显子区、5‘-UTR区、3’-UTR区的SNP；(c)参阅关于OPNSNPs和其他疾病的相关文献。1.3DNA提取与OPN基因分型利用全血基因组DNA提取试剂盒[亚能生物技术(深圳)有限公司(中国深圳)]从外周血中提取基因组DNA。PCR引物根据GenBank中的参考序列用在线软件Primer3(http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi)设计(见表1)。采用多核苷酸引物延伸技术检测OPNSNPs(rs1126772，rs11728697，rs4754)的基因型，应用生物系统技术(Genemapper4.1)对基因分型结果进行分析。采用SNaPshot多重单碱基延伸反应检测OPNSNPs(rs1126772，rs11728697，rs4754)的基因型并应用GeneMapper4.1(Appliedbiosystems)来分析基因分型结果。表1.引物序列表1.4统计分析研究对象与Hardy-Weinbery平衡的符合程度采用χ2检验，用卡方检验分析3个SNPs基因型和等位基因频率在病例组与对照组之间的差异。OPN多态性与SLE风险之间的相关性程度用95％置信区间(95％CI)的优势比(OR)表示。OR，95％CI和P值根据年龄用logistic回归进行校正。用R2评价连锁不平衡强度，用SHEsis(http://analysis.bio-x.cn/myAnalysis.php)在线软件进行单倍型分析。所有数据均采用SPSS17.0软件包进行分析。2.结果2.1研究对象的临床特征及实验室参数SLE患者和对照组的临床特征和实验室参数见表2。病例组与对照组年龄的差异无显著性(P＝0.088)。表2SLE患者和对照组的临床特征及实验室参数2.2OPN基因多态性与SLE的关系SLE组和对照组OPN基因rs1126772、rs11728697、rs4754位点的基因型和等位基因频率见表3。两组的基因型分布均符合Hardy-Weinbery遗传平衡定律(HWE)(P>0.05)。rs1本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物，其特征在于，由骨桥蛋白基因rs1126772，rs11728697，rs4754构建的单体型A‑T‑C。

【技术特征摘要】
1.一种系统性红斑狼疮骨桥蛋白基因标志物，其特征在于，由骨桥蛋白基因rs1126772，rs11728697，rs4754构建的单体型A-T-C。2.根据权利要求1所述的标志物用于系统性红斑狼疮检测。3.用于权利要求1所述的标志物的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：(a)受试者人群的选取；(b)基因组DNA的提取；(c)基因组DNA的PCR扩增；(d)扩增后的基因组DNA测序、对照；(e)得到骨桥蛋白基因标志物。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述受试者人群分为正常组和患病组，正常组和患病组样本大小为200。5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述基因组DNA的PCR扩增选用引物为：rs1126772，正向引物序列为：5′-GCAAAATGAAAGAGAACATGAAATGC-3′；反向引物序列为：5′-CTGG...

【专利技术属性】
技术研发人员：王俊利，庞晓霞，凌燕兰，韦玉霞，罗小琼，王春芳，陈兴鸿，
申请(专利权)人：右江民族医学院附属医院，
类型：发明
国别省市：广西,45