分型方法技术

本发明专利技术提供了一种确定表观遗传染色体相互作用的方法，所述方法涉及神经退行性疾病的表观遗传学测试。

Typing method

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】分型方法
本专利技术涉及检测染色体相互作用。
技术介绍
目前对神经退行性疾病的诊断，特别是在早期阶段通常很困难。通常诊断发生于症状如精神能力变差开始出现之时。
技术实现思路
本专利技术人已经确定出所述基因组中染色体相互作用与神经退行性疾病相关的区域。本专利技术人的工作允许基于染色体相互作用将个体分型成具有不同神经退行性特征的亚组。因此，本方法提供了确定与神经退行性疾病的表观遗传学测试相关的所述表观遗传染色体相互作用的方法，其中所述测试区分亚组，包括使来自所述亚组的第一组核酸与代表染色体相互作用的索引群体(indexpopulation)的第二组核酸接触，和允许互补序列进行杂交，其中所述第一和第二组核酸中的核酸代表包含来自两个在表观遗传染色体相互作用中聚集至一起的染色体区域的序列的连接产物，并且其中所述第一和第二组核酸之间的杂交模式允许确定哪些表观遗传染色体相互作用对于所述群体中的亚组具有特异，其中所述亚组在至少一种可选地选自诊断、预后、发展可能性和/或所述病症的易感性(predisposition)的与所述病症相关的特征方面是不同的。本专利技术还提供了确定个体中神经退行性疾病的特征的方法，包括：(a)对至少一种已通过上述方法鉴定的染色体相互作用进行分型，和/或(b)对至少一种与神经退行性疾病的特征相关的染色体相互作用进行分型，其中所述特征可选地选自诊断、预后、发展可能性、易感性和/或病症的早期症状前检测(earlypre-symptomaticdetectionofthecondition)，并且其中所述相关可以是所述染色体相互作用的存在或不存在。所述病症优选是痴呆或认知功能受损，优选阿尔茨海默病。附图说明图1是所述3C提取方法(3Cextractionmethod)的示意图。3C表示染色质构象捕获(chromatinconformationcapture)或染色体构象捕获(chromosomeconformationcapture)。图2是与对照样品相比针对阿尔茨海默病患者中普遍存在的标记物，图2中的(A)单个样品的电泳图和图2中的(B)使用LabChipGX系统比较多个样品产生的虚拟凝胶图像的实例。使用每个样品50μL血液进行分析。在图2中的(B)中，每列顶部的所述标记代表所述样品类型(ALZ：阿尔茨海默氏病患者；CTL：对照患者)和所使用的PCR引物。引物对：OBD140_061.063；标记：10_14270092_14271521_14310504_14315691_RR；所述标记的q值：0.006191144。图3是与阿尔茨海默氏病患者相比针对对照样品中普遍存在的标记，图3中的(A)单个样品的电泳图和图3中(B)使用LabChipGX系统比较多个样品产生的虚拟凝胶图像的实例。使用每个样品50μL血液进行分析。在图3中(B)中，每列顶部的标记代表样品类型(ALZ：阿尔茨海默氏病患者；CTL：对照患者)和所使用的PCR引物。引物对：OBD140_005.007；标记：8_3184876_3186946_3214817_3221560_FR；所述标记的q值为0.005343515。具体实施方式本专利技术具有多个不同方面，尤其是包括：-用于鉴定与不同亚组相关的表观遗传染色体相互作用的方法；-选择出具有特定特征的亚组的方法，和/或鉴定个体的亚组的方法；-鉴定能够用于治疗或预防神经退行性疾病的药物的方法。与神经退行性疾病相关的区域本专利技术涉及对与神经退行性疾病相关的疾病相关或表观遗传学活性区域中的染色体相互作用的分型。在这样的区域中，将要发生的染色体相互作用会影响所述病症的一个方面。所述染色体相互作用可以影响患有或易患该病症或预后(与结果有关)或与之相关。因此，所述染色体相互作用可以与诊断或发展疾病的可能性相关。在本文的表中公开了与神经退行性疾病相关的特异性染色体相互作用、基因和区域。被分型的染色体相互作用可以是或可以不是在基因(包括编码序列)和其调节区如启动子之间发生的相互作用。被分型的染色体相互作用可以是或可以不是遗传性的，例如，基因区域的遗传印记特征的相互作用。所述染色体相互作用可以是或可以不是两个调节区之间发生的相互作用，例如，如增强子和启动子之间的相互作用或启动子和另一个启动子之间的相互作用。所述染色体相互作用可以与基因的失调(deregulation)有关，例如，增强子中所述活性的变化(如增加或减少)。预后正如本文所用的预后涉及预测医学病症的可能过程，如一种或多种结果。预后因素通常是客观可测量的并提供关于所述神经退行性疾病的可能结果的信息的临床或生物学特征。表观遗传相互作用正如本文所用，所述术语“表观遗传(epigenetic)”相互作用通常是指染色体上基因座的远端区域之间的相互作用，所述相互作用是动态的，并且根据所述染色体的所述区域的状态而改变、形成或破坏。在本专利技术的具体方法中，染色体相互作用通过首先生成包含来自所述相互作用的部分的所述染色体的两个区域的序列的连接核酸进行检测。在这些方法中，所述区域能够通过任何合适的方式交联。在一个优选的实施方式中，所述相互作用使用甲醛进行交联，但也可以通过任何醛或D-生物素酰基(biotinoyl)-e-氨基己酸-N-羟基琥珀酰亚胺酯或地高辛(digoxigenin)-3-O-甲基羰基-e-氨基己酸-N-羟基琥珀酰亚胺酯进行交联。多聚甲醛是优选的，并能够交联间隔4埃的DNA链。所述染色体相互作用，例如，如果它被转录或抑制，则可以反映所述染色体区域的状态。据发现，对于本文定义的亚组具有特异性的染色体相互作用是稳定的，因此提供了测量所述两个亚组之间的差异的可靠方法。另外，例如，与其他表观遗传标记如甲基化或组蛋白结合的变化相比，对于特性具有特异性的染色体相互作用通常会早期出现于生物过程中。因此，本专利技术的所述方法能够检测生物过程的早期阶段。这允许早期干预(例如，治疗)，这可能因此更有效。此外，同一亚组内个体之间的所述相关染色体相互作用变化很小。在本专利技术中，染色体相互作用的分型允许早期和/或症状前诊断。在某些实施方式中，它允许在症状发展之前至少1、5、10、20或40年检测所述病症的特征(其中一年定义为365天)。早期或症状前检测对于涉及阿尔茨海默病的实施方式是特别优选的。表观遗传相互作用的定位和原因表观遗传染色体相互作用可以重叠并包括已被证明编码相关或未描述基因的染色体区域，但同样可以处于基因间区域中。还应该注意的是，本专利技术人已发现所有区域中的表观遗传相互作用在确定所述染色体基因座的状态方面同样重要。这些相互作用不一定处于位于所述基因座的特定基因的编码区中，并可能处于基因间区域中。这些相互作用可以是或可以不是基因与其调节元件之间的长程相互作用。这些相互作用可以包括或可以不包括启动子-启动子相互作用和/或启动子-增强子相互作用。在本专利技术中检测到的染色体相互作用能够由基础DNA序列(underlyingDNAsequence)的变化、环境因素、DNA甲基化、非编码反义RNA转录物、非诱变致癌物、组蛋白修饰、染色质重塑和特异性局部DNA相互作用引起。导致所述染色体相互作用的变化可能是由所述基础核酸序列的变化引起的，其本身不会直接影响基因产物或基因表达模式。这种变化可以是，例如，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定表观遗传染色体相互作用的方法，所述方法涉及神经退行性疾病的表观遗传学测试，其中所述测试区分亚组，包括使来自所述亚组的第一组核酸与代表染色体相互作用的索引群体的第二组核酸接触，和允许互补序列杂交，其中所述第一组核酸和第二组核酸中的核酸代表连接产物，所述连接产物包含来自在所述表观遗传染色体相互作用中聚集至一起的两个染色体区域的序列，并且其中所述第一组核酸和第二组核酸之间的杂交模式允许确定哪些表观遗传染色体相互作用对于群体中的亚组具有特异性，其中所述亚组在与所述疾病相关的至少一种特征上是不同的，所述特征可选地选自所述疾病的诊断、预后、发展可能性和/或易感性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种确定表观遗传染色体相互作用的方法，所述方法涉及神经退行性疾病的表观遗传学测试，其中所述测试区分亚组，包括使来自所述亚组的第一组核酸与代表染色体相互作用的索引群体的第二组核酸接触，和允许互补序列杂交，其中所述第一组核酸和第二组核酸中的核酸代表连接产物，所述连接产物包含来自在所述表观遗传染色体相互作用中聚集至一起的两个染色体区域的序列，并且其中所述第一组核酸和第二组核酸之间的杂交模式允许确定哪些表观遗传染色体相互作用对于群体中的亚组具有特异性，其中所述亚组在与所述疾病相关的至少一种特征上是不同的，所述特征可选地选自所述疾病的诊断、预后、发展可能性和/或易感性。2.根据权利要求1所述的方法，其中：-所述神经退行性疾病是阿尔茨海默病，和/或-所述神经退行性疾病是痴呆或认知功能受损，和/或-所述特征是所述疾病的早期症状前检测，和/或-所述亚组是人群的亚组，和/或-所述第一组核酸来自至少8个个体；和/或-所述第一组核酸来自源于第一亚组的至少4个个体和源于优选与所述第一亚组不重叠的第二亚组的至少4个个体，和/或-所述第二组核酸代表未选择组的染色体相互作用，和/或-所述第二组核酸在限定的位置结合至阵列，和/或-所述第二组核酸代表至少100个不同基因或基因座中的染色体相互作用，和/或-所述第二组核酸包含代表至少1000种不同的表观遗传染色体相互作用的至少1000种不同核酸，和/或-所述第一组核酸和所述第二组核酸包含长度为10～100个核苷酸碱基的核酸序列。3.一种确定个体中神经退行性疾病的特征的方法，包括：(a)对通过权利要求1或2所述的方法确定的至少一种染色体相互作用进行分型，和/...

【专利技术属性】
技术研发人员：阿鲁尔·塞尔瓦姆·拉马达斯，埃万·亨特，亚历山大·阿库利切夫，
申请(专利权)人：牛津生物动力有限公司，
类型：发明
国别省市：英国,GB