一种我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型的鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一个我国土生鸡种伴性芦花表型相关的相互连锁的SNP位点组合，所述SNP位点包括SNP1、SNP2和SNP3，其中SNP1为CDKN2A基因启动子区域、转录起始位点上游267bp处，SNP2为CDKN2A基因内含子1的380bp处，SNP3为CDKN2A基因外显子1的170bp处。本发明专利技术首次发现我国土生鸡种的3个与性连锁芦花鸡表型相关的SNP位点，并以此建立了检测性连锁芦花鸡表型及其基因型的方法，方法操作简单、准确性高、重复性好、省时，可相互检验，达到100％准确率，可用于培育自别雌雄的配套系，利用羽色自别雌雄，准确率高、操作简便，且能节约时间和成本，有很好的应用价值，值得大力推广。

A Method for Genotype Identification of Chinese Native Chicken Breeds Associated Linkage Luhua Chicken

【技术实现步骤摘要】
一种我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型的鉴定方法
本专利技术涉及家禽的分子育种
，更具体地，涉及一种我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型的鉴定方法。
技术介绍
羽色作为鸡育种中的一项重要选择指标，不仅拥有一定的观赏价值，还拥有一定的经济效益。家禽的羽色种类繁多，通过生物化学和组织学分析将其分为二种：一种是有色羽，一种是无色(白色)羽，且各种有色羽的差别仅在于所含黑色素的不同，以及受黑色素迁移和分布的影响。进一步研究发现羽色产生的根源是色素源基因CC和氧化酶基因OO相互作用的结果，黑色是色素原氧化反应的最终产物，红、黄、蓝等则为色素原氧化反应的中间产物；而无色羽出现的原因之一是缺乏色素原基因CC或氧化酶基因OO。大量的研究发现，鸡的羽色由众多基因控制，因此对羽色的选择成为了育种工作者的一项难题。芦花鸡由其全身羽毛呈黑白相间、宽窄一致的斑纹状而得名。鸡的芦花(也叫横斑)表型，主要包括性染色体上的芦花表型和常染色体上的芦花表型。Crawford(1990)提出性染色体上的芦花是伴随着色素沉着的完全缺失，由单基因控制；而常染色体上的芦花产生深色和明亮的色素沉着交替的不规则的条纹，它是由两个基因座位Db和Pg联合作用而导致。Spollman于1908年首次报道了性连锁的横斑表型，横斑等位基因标记为B*B，野生型标记为B*N。Cock(1964)发现鸡的性连锁横斑表型为不完全显性遗传，具有剂量效应，B基因纯合个体白色横纹宽度大于杂合子个体及半合子个体。Bitgood(1988)通过连锁作图把B等位基因定位在Z染色体的长臂末端。2009年，Dorshorst和Ashwell把它定位在染色体长臂末端的355kb的范围内。国外对于其当地鸡种影响性连锁横斑表型(芦花表型)的分子机制的研究已经比较深入。Hellstrom等(2010)把控制性连锁横斑表型的突变定位在CDKN2A/B基因座，并发现四个SNP位点：SNP1和SNP2为非编码突变，SNP1位于CDKN2A(ARF)基因转录起始位点上游265bp的启动子区域；SNP2位于CDKN2A基因转录起始位点下游385bp的第一内含子处；SNP3和SNP4位于CDKN2A基因的外显子1上，位置是参考序列(GeneBankGU470992)的7500bp和7502bp处，两个突变均为错义突变：V9D和R10C。Thalmann等(2017)发现性连锁芦花鸡等位基因的演变涉及CDKN2A基因上的调控和编码改变，且将芦花表型分为B0：极端稀释的芦花表型，B1：经典芦花表型，B2：有一定稀释度的芦花表型。其中B0型芦花鸡仅含有SNP1和SNP2，B1型芦花鸡含有SNP1、SNP2和SNP3，B2型芦花鸡含有SNP1、SNP2和SNP4。目前虽然已经发现CDKN2A基因与性连锁芦花表型相关，但影响其表型的具体突变位点还未确定，且CDKN2A基因上每个SNP的作用也不清楚，芦花表型的形成机制也在继续探寻中。对于我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型及其鉴定方法的缺失严重的影响了我国种鸡育种。
技术实现思路
本专利技术的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型的鉴定方法。本专利技术的第一个目的是提供一个我国土生鸡种伴性芦花表型相关的相互连锁的SNP位点组合。本专利技术的第二个目的是提供所述的SNP1的检测引物。本专利技术的第三个目的是提供所述的SNP2的检测引物。本专利技术的第四个目的是提供所述的SNP3的检测引物。本专利技术的第五个目的是提供一种检测我国土生鸡种伴性芦花表型的方法。本专利技术的第六个目的是提供一种检测我国土生鸡种伴性芦花表型的试剂盒。本专利技术的第七个目的是提供所述检测引物中的一对或几对，或所述检测试剂盒在检测我国土生鸡种伴性芦花表型中的应用。为了实现上述目的，本专利技术是通过以下技术方案予以实现的：一个我国土生鸡种伴性芦花表型相关的相互连锁的SNP位点组合，所述SNP位点包括SNP1、SNP2和SNP3，其中SNP1为CDKN2A基因启动子区域、转录起始位点上游的267bp处，SNP2为CDKN2A基因内含子1的380bp处，SNP3为CDKN2A基因外显子1的170bp处。CDKN2A基因的登录号，GeneID：395077。一对检测所述SNP1的检测引物，其核苷酸序列如SEQIDNO:1～2所示。SNP1上游引物：5’-GTTACCCGTTTCTGCTCCTTGACGC-3’(SEQIDNO:1)；SNP1下游引物：5’-GCCCCCACCGTAAGAAAGCTCTCTC-3’(SEQIDNO:2)。一对检测所述SNP2的检测引物，其核苷酸序列如SEQIDNO:3～4所示。SNP2上游引物：5’-GGTCGGCAGGCTATCTCTAT-3’(SEQIDNO:3)；SNP2下游引物：5’-AGGTCCACGTATTCTCATCA-3’(SEQIDNO:4)。一对检测所述SNP3的检测引物，其核苷酸序列如SEQIDNO:5～6所示。SNP3上游引物：5’-CTCTCCTGTTCCCATGACCTCTCG-3’(SEQIDNO:5)；SNP3下游引物：5’-GATAGAGATAGCCTGCCGACCACC-3’(SEQIDNO:6)，一种检测我国土生鸡种伴性芦花表型的方法，检测所述的SNP位点组合的中的一个或几个SNP位点。优选地，使用所述的检测引物中的一对或几对检测所述的SNP位点组合中的一个或几个SNP位点。一种检测我国土生鸡种伴性芦花表型的试剂盒，含有检测所述的SNP位点组合中的一个或几个SNP位点的试剂。优选地，所述检测所述的SNP位点组合中的一个或几个SNP位点的试剂为所述的检测引物中的一对或几对。所述检测引物中的一对或几对或所述检测试剂盒在检测鸡伴性芦花表型中的应用。优选地，所述我国土生鸡种为汶上芦花鸡、白芦花文昌鸡、黑芦花文昌鸡、非芦花表型的文昌鸡、广西鸿光芦花鸡和非芦花表型的华农粤黄鸡中的一种或几种。优选地，所述我国土生鸡种为我国华南地区土生鸡种。优选地，所述我国华南地区土生鸡种为白芦花文昌鸡、黑芦花文昌鸡、非芦花表型的文昌鸡、广西鸿光芦花鸡和非芦花表型的华农粤黄鸡中的一种或几种。与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：本专利技术首次发现我国土生鸡种的3个相互连锁的与性连锁芦花鸡表型相关的SNP位点，并以此建立了检测性连锁芦花鸡表型及其基因型的方法，方法操作简单、准确性高、重复性好、省时，可进行相互检验，达到100％准确率，该方可用于培育自别雌雄的配套系，利用羽色自别雌雄，准确率高、操作简便，且能节约时间和成本，有很好的应用价值，值得大力推广。具体实施方式下面结合说明书和具体实施例对本专利技术作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。实施例1一种检测鸡伴性芦花表型的方法SNP1为CDKN2A基因启动子区域、转录起始位点上游的267bp处，根据其在基因组上的位置设计引物，并筛选出扩增特异性高的引物，并优化扩增体系和反应程序。一、实验方法采集鸡血样，并提取血样DNA，对血样DNA进行扩增，扩增引物为：SNP1上游引本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一个我国土生鸡种伴性芦花表型相关的相互连锁的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点包括SNP1、SNP2和SNP3，其中SNP1为CDKN2A基因启动子区域、转录起始位点上游的267bp处，SNP2为CDKN2A基因内含子1的380bp处，SNP3为CDKN2A基因外显子1的170bp处。

【技术特征摘要】
1.一个我国土生鸡种伴性芦花表型相关的相互连锁的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点包括SNP1、SNP2和SNP3，其中SNP1为CDKN2A基因启动子区域、转录起始位点上游的267bp处，SNP2为CDKN2A基因内含子1的380bp处，SNP3为CDKN2A基因外显子1的170bp处。2.一对检测权利要求1中所述的SNP1的检测引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO:1～2所示。3.一对检测权利要求1中所述的SNP2的检测引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO:3～4所示。4.一对检测权利要求1中所述的SNP3的检测引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO:5～6所示。5.一种检测我国土生鸡种伴性芦花表型的方法，其特征在于，检测权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：符蓉，张细权，郑茗，张梓豪，莫国东，赵蒙蒙，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：广东,44