25个人类染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术涉及25个人类染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用。本发明专利技术提供一种人类染色体25个基因座的复合扩增体系，包括用于扩增25个基因座的特异性引物，所述25个基因座包括23个常染色体的STR基因座、1个性别识别基因座和1个Y染色体Indel位点。利用六色荧光标记技术对25对特异性引物进行分组荧光标记，通过引物序列和工作引物浓度的设计和优化，实现了25个人类染色体基因座的同时高效、特异、灵敏扩增。该复合扩增体系的检测结果具有很高的个体识别能力，且具有良好的数据兼容性，进而在实践上可以用于亲子鉴定和个体识别，有效降低了人类DNA分型的检测成本，提高了检测的工作效率。

Compound Amplification Kit for 25 Human Chromosome Loci and Its Application

The invention relates to a composite amplification kit for 25 human chromosome loci and its application. The present invention provides a multiplex amplification system for 25 loci of human chromosome, including specific primers for amplifying 25 loci, which include 23 autosomal STR loci, 1 sex recognition locus and 1 Y chromosome Indel locus. 25 pairs of specific primers were grouped by six-color fluorescence labeling technology. Through the design and optimization of primer sequence and working primer concentration, 25 human chromosome loci were amplified simultaneously with high efficiency, specificity and sensitivity. The test results of the multiplex amplification system have high individual identification ability and good data compatibility, which can be used for paternity and individual identification in practice, effectively reducing the detection cost of human DNA typing and improving the detection efficiency.

【技术实现步骤摘要】
25个人类染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用
本专利技术涉及分子遗传学和生物检测
，具体涉及25个人类染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用。
技术介绍
短串联重复序列(简称STR)也称为微卫星或简单序列重复(SSR)，是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA串联重复序列，核心序列为2-6个碱基重复单位。STR基因座数量大，分部广泛，约占整个人类基因组的3％，而且多态性高，其多态性主要源自核心序列重复次数在个体间的差异，并且这种差异在遗传过程中遵循孟德尔遗传规律。因此，STR扩增检测技术被广泛用于个体识别、亲缘鉴定和群体遗传学研究。目前STR复合扩增技术为法医个体识别和亲子鉴定的主要技术手段，在世界各地的DNA实验室得到广泛应用。广泛应用于案件分析，为案件侦破提供有力证据。随着DNA检测技术的发展，很多国家利用STR复合扩增技术建立犯罪分子及嫌疑人的DNA数据库，即对在押犯人和犯罪嫌疑人的DNA数据分析并录入到数据库中，便于进行数据比对和嫌疑人排查等工作。早期的STR复合扩增技术只能够实现在一个反应体系中扩增10个左右的STR基因座，随着应用的推广和数据比对需求的增加，10个基因座提供的信息不能满足要求，国内外的厂家开发出新的更多基因座的产品，比如美国ABI公司的AmpFISTRIdentifiler试剂盒和美国Promega公司的16试剂盒都是15个STR基因座加性别决定基因。国内也有类似的产品，比如公安部二所的DNATyper15能够同时实现15个基因座扩增(DNATyper15基因座的研究与选择，叶健等，《刑事技术》，2007年03)。近年来随着DNA检测技术作为鉴定手段的应用越来越广，用户对试剂盒的基因座数量、信息含量、扩增时间和检测效率有了更高的要求。此外，在DNA数据库建设方面，对于试剂盒兼容性也提出了新的要求。随着我国DNA数据库建设规模的不断扩大，数据比对的作用越来越重要。数据比对是建立在STR复合扩增分析得到的数据基础之上，需要各个STR试剂盒涉及的基因座具有兼容性(中国法庭科学DNA数据库，《中国法医学杂志》，姜先华，2006年第12卷第5期)。目前所采用的试剂盒大多以美国的CODIS标准规定的13个核心基因座(vWA、D21S11、D18S51、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、FGA、D8S1179、D3S1358、CSF1PO、TH01、TPOX)为基础，在此基础只是选择增加其它基因座，还有部分产品删除了13个核心序列中的部分基因座。随着用户对试剂盒的基因座数量、信息含量和兼容性的更高需求，各厂商推出了具有更多位点且符合最新CODIS位点的试剂盒。如果采用不同生产商的STR试剂盒，导入到DNA数据库中的数据是有基因座差异的。这样在比对的时候，不是所有数据都有效，只有相同基因座部分的数据可以比对，而不同的部分就无法应用。例如，Identifiler试剂盒和16试剂盒之间相同STR基因座为13个，其它两个STR基因座由于不同所以在数据比对时不能发挥作用。并且，这13个可比对基因座数据用于案件排除的时候是可靠的，但是用于案件认定的情况下往往是不够的，还需要更多的基因座数据。因此，由于现有技术中的STR试剂盒基因座的不同，导致数据兼容性不好，DNA数据库部分数据资源浪费、有效性降低。随着STR检测试剂盒的应用越来越广泛，快速扩增也是试剂盒性能提升的重要性能，扩增速度的提高大大减少了时间成本的浪费，提高了工作效率。传统的试剂盒扩增时间在3～4小时左右，申请人前期开发的Goldeneye20A试剂盒扩增时间也在2.5小时左右。因此，仍需进一步缩短扩增时间，提升试剂盒的性能和工作效率。综上所述，DNA鉴定领域亟需开发能够实现一个反应同时扩增更多基因座、能提供更多信息量、具有更好兼容性和更快扩增速度的基因座扩增体系。
技术实现思路
为解决现有技术中存在的复合扩增同时检测的STR基因座的数量限制、试剂盒的兼容性差等技术问题，本专利技术提供一种能够同时检测25个染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用。一方面，本专利技术提供一种用于人类染色体DNA分型的基因座分子标记，其特征在于，所述分子标记包括如下人类染色体上的25个基因座：常染色体的23个STR基因座：vWA、D10S1248、D2S441、D21S11、D18S51、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、FGA、D2S1338、D22S1045、D1S1656、D19S433、D6S1043、D12S391、D8S1179、D3S1358、CSF1PO、PentaD、PentaE、TH01、TPOX；1个性别识别基因座Amelogenin；1个Y染色体Indel位点：rs2032678。一种用于扩增所述的人类染色体上的25个基因座的的引物混合物，包括序列如SEQIDNO.1～50所示的25对引物。另一方面，本专利技术提供一种人类染色体25个基因座的复合扩增试剂盒，其包括所述的25个基因座的扩增引物。本领域技术人员应当理解，用于复合扩增所述25个基因座的产品可以根据需要制备为不同的形式，其包括但不限于检测试剂、试剂盒、检测或扩增体系，所有包括所述25个基因座的扩增引物且能够实现所述25个基因座的复合扩增的产品均在本专利技术的保护范围内。优选的，所述复合扩增试剂盒的引物成分为如下引物组成的混合物：25个基因座的扩增引物及两个内部质量参考(InternalQualityControl，IQC)的扩增引物。优选的，所述25个基因座的扩增引物的序列如SEQIDNO.1～50所示：其中，D3S1358、SEQIDNO.1～2；CSF1PO、SEQIDNO.3～4；D2S441、SEQIDNO.5～6；D21S11、SEQIDNO.7～8；PentaE、SEQIDNO.9～10；D8S1179、SEQIDNO.11～12；D5S818、SEQIDNO.13～14；D19S433、SEQIDNO.15～16；D16S539、SEQIDNO.17～18；PentaD、SEQIDNO.19～20；vWA、SEQIDNO.23～24；D2S1338、SEQIDNO.25～26；D18S51、SEQIDNO.27～28；D22S1045、SEQIDNO.29～30；TH01、SEQIDNO.31～32；D12S391、SEQIDNO.33～34；DYS393TPOX、SEQIDNO.35～36；FGA、SEQIDNO.37～38；D13S317、SEQIDNO.39～40；D1S1656、SEQIDNO.41～42；D10S1248、SEQIDNO.43～44；D6S1043、SEQIDNO.45～46；D7S820、SEQIDNO.47～48、Amelogenin、SEQIDNO.21～22；rs2032678、SEQIDNO.49～50。更优选的，所述复合扩增试剂盒中的引物在扩增时的工作浓度如下：D3S13580.03μM、CSF1PO0.04μM、D2S4410.05μM、D21S110.1μM、PentaE0.13μM、D8S11790.78μM、D5S8180.09μM、D19S4330.3μM、D16S5390本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于人类染色体DNA分型的基因座分子标记，其特征在于，所述分子标记包括如下的人类染色体25个基因座：常染色体的23个STR基因座：vWA、D10S1248、D2S441、D21S11、D18S51、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、FGA、D2S1338、D22S1045、D1S1656、D19S433、D6S1043、D12S391、D8S1179、D3S1358、CSF1PO、Penta D、Penta E、TH01、TPOX；1个性别识别基因座Amelogenin；1个Y染色体Indel位点：rs2032678。

【技术特征摘要】
1.一种用于人类染色体DNA分型的基因座分子标记，其特征在于，所述分子标记包括如下的人类染色体25个基因座：常染色体的23个STR基因座：vWA、D10S1248、D2S441、D21S11、D18S51、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、FGA、D2S1338、D22S1045、D1S1656、D19S433、D6S1043、D12S391、D8S1179、D3S1358、CSF1PO、PentaD、PentaE、TH01、TPOX；1个性别识别基因座Amelogenin；1个Y染色体Indel位点：rs2032678。2.一种用于扩增权利要求1所述的人类染色体25个基因座的的引物混合物，其特征在于，包括序列如SEQIDNO.1～50所示的25对引物。3.一种人类染色体25个基因座的复合扩增试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的25个基因座的扩增引物。4.根据权利要求3所述的复合扩增试剂盒，其特征在于，所述扩增引物的序列如SEQIDNO.1～50所示：其中，D3S1358、SEQIDNO.1～2；CSF1PO、SEQIDNO.3～4；D2S441、SEQIDNO.5～6；D21S11、SEQIDNO.7～8；PentaE、SEQIDNO.9～10；D8S1179、SEQIDNO.11～12；D5S818、SEQIDNO.13～14；D19S433、SEQIDNO.15～16；D16S539、SEQIDNO.17～18；PentaD、SEQIDNO.19～20；vWA、SEQIDNO.23～24；D2S1338、SEQIDNO.25～26；D18S51、SEQIDNO.27～28；D22S1045、SEQIDNO.29～30；TH01、SEQIDNO.31～32；D12S391、SEQIDNO.33～34；DYS393TPOX、SEQIDNO.35～36；FGA、SEQIDNO.37～38；D13S317、SEQIDNO.39～40；D1S1656、SEQIDNO.41～42；D10S1248、SEQIDNO.43～44；D6S1043、SEQIDNO.45～46；D7S820、SEQIDNO.47～48、Amelogenin、SEQIDNO.21～22；rs2032678、SEQIDNO.49～50。5.根据权利要求3或4所述的复合扩增试剂盒，其特征在于，所述复合扩增试剂盒中的25个基因座的引物在扩增时的工作浓度如下：D3S13580.03μM、CSF1PO0.04μM、D2S4410.05μM、D21S110.1μM、PentaE0.13μM、D8S11790.78μM、D5S8180.09μM、D19S4330.3μM、D16S5390.06μM、PentaD0.1μM、vWA0.08μM、D2S13380.1μM、D18S510.11μM、D22S10450.12μM、TH010.15μM、D12S3910.08μM、TPOX0.12μM、FGA0.17μM、D13S3170.06μM、D1S16560.19μM、D10S12480.14μM、D6S10430.23μM、D7S8200.21μM；Amelogenin0.09μM；rs20326780.06μM。6.根据权利要求3～5任一项所述的复合扩增试剂盒，其特征在于，所述扩增引物携带...

【专利技术属性】
技术研发人员：不公告发明人，
申请(专利权)人：基点认知技术北京有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11