Some embodiments disclosed herein provide a plurality of compositions, each comprising protein-binding reagents conjugated with oligonucleotides. The oligonucleotide includes a unique label of the protein binding reagent conjugated with the protein binding reagent, and the protein binding reagent can specifically bind to the protein target. Methods and kits for quantitative analysis of multiple protein targets in samples and simultaneous quantitative analysis of protein and nucleic acid targets in samples are further disclosed. Systems and methods for preparing labeled biomolecular reagents are also disclosed. The labeled biomolecular reagents include labeled biomolecular reagents, and the labeled biomolecular reagents include protein binding reagents conjugated with oligonucleotides.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用具有条形码化的寡核苷酸序列的试剂测量蛋白质表达相关申请的交叉引用本申请根据35U.S.C.§119(e)要求于2016年9月26日提交的美国临时专利号62/399,795、2017年2月27日提交美国临时专利号62/464279、和2017年6月6日提交的美国临时专利号62/515,952的优先权，这些相关申请中每个申请的内容在此通过引用以其全文明确地并入本文中。序列表的引用本申请是连同电子格式的序列表一起提交的。序列表被提供为题为Sequence_Listing_BDCRI_025A.txt的文件，创建于2017年9月24日，大小是2,988个字节。将电子格式的序列表的信息通过引用以其全文并入本文。背景
本披露总体上涉及分子生物学，并更具体地涉及蛋白质表达和基因表达的同时测量。相关技术说明当前技术允许以大量平行方式(例如，>10,000个细胞)通过将细胞特异性寡核苷酸条形码附着于来自单个细胞的聚(A)mRNA分子测量单个细胞的基因表达，因为这些细胞中的每一个与皮升微孔中条形码化的试剂珠共定位。其他可用的技术允许一次测量96至384个单个细胞的基因表达。可以通过首先用荧光抗体标记细胞并通过流式分选仪分选细胞(例如，BDFACSseq仪)实现索引分选。FACSseq是一种经济实惠的流式分选仪，允许进行一次参数分选。对于想要检查多种蛋白质表达的研究人员来说，他们将需要更复杂的多色流式分选仪。存在对能够定量分析蛋白质表达的方法和系统以及允许同时测量细胞中蛋白质表达和基因表达的方法和系统的需要。
技术实现思路
本文披露的一些实施例提供多个组合物，其各自包...
【技术保护点】
1.多个组合物，其各自包括与寡核苷酸缀合的蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包括与该蛋白质结合试剂缀合的该蛋白质结合试剂的独特标识，并且该蛋白质结合试剂能够特异性结合蛋白质靶。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.09.26 US 62/399,795;2017.02.27 US 62/464,279;1.多个组合物，其各自包括与寡核苷酸缀合的蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包括与该蛋白质结合试剂缀合的该蛋白质结合试剂的独特标识，并且该蛋白质结合试剂能够特异性结合蛋白质靶。2.如权利要求1所述的多个组合物，其中该独特标识包括长度为25-45个核苷酸的核苷酸序列。3.如权利要求1或2所述的多个组合物，其中该独特标识选自独特标识的多元组。4.如权利要求3所述的多个组合物，其中独特标识的该多元组包括至少100种不同的独特标识。5.如权利要求3所述的多个组合物，其中独特标识的该多元组包括至少1,000种不同的独特标识。6.如权利要求3所述的多个组合物，其中独特标识的该多元组包括至少10,000种不同的独特标识。7.如权利要求1-6中任一项所述的多个组合物，该多个组合物包括多个抗体、多个适配子、或其组合。8.如权利要求1-7中任一项所述的多个组合物，其中该寡核苷酸通过接头与该蛋白质结合试剂缀合。9.如权利要求8所述的多个组合物，其中该接头包括化学基团。10.如权利要求8所述的多个组合物，其中该寡核苷酸包括该接头。11.如权利要求9或10所述的多个组合物，其中该化学基团可逆地附接至该蛋白质结合试剂。12.如权利要求8-11中任一项所述的多个组合物，其中该化学基团选自下组，该组由以下组成：UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、及其任何组合。13.如权利要求1-12中任一项所述的多个组合物，其中该独特标识与样品的基因组序列不同源。14.如权利要求13所述的多个组合物，其中该样品是单个细胞、多个细胞、组织、肿瘤样品、或其任何组合。15.如权利要求13或14所述的多个组合物，其中该样品是哺乳动物样品、细菌样品、病毒样品、酵母样品、真菌样品、或其任何组合。16.如权利要求1-15中任一项所述的多个组合物，其中该寡核苷酸包括条形码序列、聚(A)尾、或其组合。17.如权利要求1-16中任一项所述的多个组合物，该多个组合物包括至少100种不同的蛋白质结合试剂。18.如权利要求1-16中任一项所述的多个组合物，该多个组合物包括至少1,000种不同的蛋白质结合试剂。19.如权利要求1-16中任一项所述的多个组合物，该多个组合物包括至少10,000种不同的蛋白质结合试剂。20.如权利要求17-19中任一项所述的多个组合物，其中每种蛋白质结合试剂与一个或多个寡核苷酸缀合，这些寡核苷酸包括选自一组至少10种不同的条形码序列中的至少一种条形码序列。21.如权利要求17-19中任一项所述的多个组合物，其中每种蛋白质结合试剂与一个或多个寡核苷酸缀合，这些寡核苷酸包括选自一组至少100种不同的条形码序列中的至少一种条形码序列。22.如权利要求17-19中任一项所述的多个组合物，其中每种蛋白质结合试剂与一个或多个寡核苷酸缀合，这些寡核苷酸包括选自一组至少1,000种不同的条形码序列中的至少一种条形码序列。23.如权利要求1-22中任一项所述的多个组合物，其中该多个组合物进一步包括一种或多种第二蛋白质结合试剂，这些试剂不与该寡核苷酸缀合。24.如权利要求23所述的多个组合物，其中该蛋白质结合试剂与该一种或多种第二蛋白质结合试剂是相同的。25.如权利要求1-24中任一项所述的多个组合物，该多个组合物能够特异性结合多个蛋白质靶。26.如权利要求25所述的多个组合物，其中该多个蛋白质靶包括细胞表面蛋白质、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、抗体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、或其任何组合。27.如权利要求25所述的多个组合物，其中该多个蛋白质靶包括10-400种不同的蛋白质靶。28.一种对样品中多个蛋白质靶定量分析的方法，该方法包括：提供包括多个蛋白质靶的样品；提供多个组合物，每个组合物包括与寡核苷酸缀合的蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包括与该蛋白质结合试剂缀合的该蛋白质结合试剂的独特标识，并且该蛋白质结合试剂能够特异性结合该多个蛋白质靶中的至少一个；将该多个组合物与样品接触用于与该多个蛋白质靶特异性结合；去除未结合的组合物；提供多个寡核苷酸探针，其中该多个寡核苷酸探针中的每个包括靶结合区和条形码序列，其中该条形码序列来自独特条形码序列的多元组；使该多个寡核苷酸探针与该多个组合物的寡核苷酸接触；延伸与这些寡核苷酸杂交的寡核苷酸探针以产生多个经标记的核酸，其中每个经标记的核酸包括独特标识和条形码序列；并且确定针对每种独特标识的独特条形码序列的数量，凭此确定样品中每种蛋白质靶的数量。29.如权利要求28所述的方法，其中该独特标识包括长度为25-45个核苷酸的核苷酸序列。30.如权利要求28或29所述的方法，其中该独特标识选自独特标识的多元组。31.如权利要求30所述的方法，其中独特标识的该多元组包括至少100种不同的独特标识。32.如权利要求30所述的方法，其中独特标识的该多元组包括至少1,000种不同的独特标识。33.如权利要求30所述的方法，其中独特标识的该多元组包括至少10,000种不同的独特标识。34.如权利要求28-33中任一项所述的方法，其中该多个组合物包括多个抗体、多个适配子、或其组合。35.如权利要求28-34中任一项所述的方法，其中该寡核苷酸通过接头与该蛋白质结合试剂缀合。36.如权利要求35所述的方法，其中该接头包括化学基团。37.如权利要求35所述的方法，其中该寡核苷酸包括该接头。38.如权利要求36或37所述的方法，其中该化学基团可逆地附接至该蛋白质结合试剂。39.如权利要求35-38中任一项所述的方法，其中该化学基团选自下组，该组由以下组成：UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、及其任何组合。40.如权利要求28-39中任一项所述的方法，其中该样品包括单个细胞。41.如权利要求40所述的方法，其中该多个蛋白质靶在该单个细胞的表面上表达。42.如权利要求40或41所述的方法，其中去除未结合的组合物包括用洗涤缓冲液洗涤该单个细胞。43.如权利要求42所述的方法，该方法包括裂解该单个细胞。44.如权利要求28-43中任一项所述的方法，该方法包括将这些寡核苷酸与这些蛋白质结合试剂分离。45.如权利要求44所述的方法，其中将这些寡核苷酸通过UV光解、化学处理(二硫苏糖醇)、加热、酶处理、或其任何组合与这些蛋白质结合试剂分离。46.如权利要求28-45中任一项所述的方法，其中这些寡核苷酸探针中的每一个包括细胞标记、通用引物的结合位点、或其任何组合。47.如权利要求28-46中任一项所述的方法，其中该靶结合区包括聚(dT)。48.如权利要求28-47中任一项所述的方法，其中该多个寡核苷酸探针被固定在固体支持物上。49.如权利要求48所述的方法，其中该固体支持物是珠。50.如权利要求28-49中任一项所述的方法，该方法进一步包括扩增该多个经标记的核酸以产生多个扩增子。51.如权利要求50所述的方法，其中该扩增包括对该条形码序列的至少一部分和该独特标识的至少一部分进行PCR扩增。52.如权利要求28-51中任一项所述的方法，其中独特条形码序列的该多元组包括至少100个独特条形码序列。53.如权利要求28-51中任一项所述的方法，其中独特条形码序列的该多元组包括至少1,000个独特条形码序列。54.如权利要求28-51中任一项所述的方法，其中独特条形码序列的该多元组包括至少10,000个独特条形码序列。55.如权利要求28-54中任一项所述的方法，其中该多个组合物进一步包括一种或多种第二蛋白质结合试剂，这些试剂不与该寡核苷酸缀合。56.如权利要求55所述的方法，其中该蛋白质结合试剂与该一种或多种第二蛋白质结合试剂是相同的。57.如权利要求50-54中任一项所述的方法，该方法进一步包括对该多个扩增子测序。58.如权利要求57所述的方法，其中该测序包括对该条形码序列的至少一部分和该独特标识的至少一部分进行测序。59.一种对样品中多个蛋白质靶和多个核酸靶分子同时定量分析的方法，该方法包括：提供包括多个蛋白质靶和多个核酸靶分子的样品；提供多个组合物，每个组合物包括与寡核苷酸缀合的蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包括与该蛋白质结合试剂缀合的该蛋白质结合试剂的独特标识，并且该蛋白质结合试剂能够特异性结合该多个蛋白质靶中的至少一个；将该多个组合物与样品接触用于与该多个蛋白质靶特异性结合；去除未结合的组合物；提供多个寡核苷酸探针，其中该多个寡核苷酸探针中的每个包括靶结合区和条形码序列，其中该条形码序列来自独特条形码序列的多元组；使该多个寡核苷酸探针与这些组合物的寡核苷酸和该多个核酸靶分子接触用于杂交；延伸与这些寡核苷酸和核酸靶分子杂交的寡核苷酸探针以产生多个经标记的核酸，其中每个经标记的核酸包括独特标识或核酸靶分子，以及条形码序列；并且确定针对每种独特标识和每种核酸靶分子的独特条形码序列的数量，凭此确定样品中每种蛋白质靶和每种核酸靶分子的数量。60.如权利要求59所述的方法，其中该独特标识包括长度为25-45个核苷酸的核苷酸序列。61.如权利要求59或60所述的方法，其中该独特标识选自独特标识的多元组。62.如权利要求61所述的方法，其中独特标识的该多元组包括至少100种不同的独特标识。63.如权利要求61所述的方法，其中独特标识的该多元组包括至少1,000种不同的独特标识。64.如权利要求61所述的方法，其中独特标识的该多元组包括至少10,000种不同的独特标识。65.如权利要求59-64中任一项所述的方法，其中该多个组合物包括多个抗体、多个适配子、或其组合。66.如权利要求59-65中任一项所述的方法，其中该寡核苷酸通过接头与该蛋白质结合试剂缀合。67.如权利要求66所述的方法，其中该接头包括化学基团。68.如权利要求66所述的方法，其中该寡核苷酸包括该接头。69.如权利要求67或68所述的方法，其中该化学基团可逆地附接至该蛋白质结合试剂。70.如权利要求67-69中任一项所述的方法，其中该化学基团选自下组，该组由以下组成：UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、及其任何组合。71.如权利要求59-70中任一项所述的方法，其中该样品包括单个细胞。72.如权利要求71所述的方法，其中该多个蛋白质靶在该单个细胞的表面上表达。73.如权利要求71或72所述的方法，其中去除未结合的组合物包括用洗涤缓冲液洗涤该单个细胞。74.如权利要求73所述的方法，该方法包括裂解该单个细胞。75.如权利要求59-74中任一项所述的方法，该方法包括将这些寡核苷酸与这些蛋白质结合试剂分离。76.如权利要求75所述的方法，其中将这些寡核苷酸通过UV光解、化学处理(二硫苏糖醇)、加热、酶处理、或其任何组合与这些蛋白质结合试剂分离。77.如权利要求59-76中任一项所述的方法，其中这些寡核苷酸探针中的每一个包括细胞标记、通用引物的结合位点、或其任何组合。78.如权利要求59-77中任一项所述的方法，其中该靶结合区包括聚(dT)。79.如权利要求59-78中任一项所述的方法，其中该多个寡核苷酸探针被固定在固体支持物上。80.如权利要求79所述的方法，其中该固体支持物是珠。81.如权利要求59-80中任一项所述的方法，该方法进一步包括扩增该多个经标记的核酸以产生多个扩增子。82.如权利要求81所述的方法，其中该扩增包括对该条形码序列的至少一部分、该独特标识的至少一部分和该核酸靶分子的至少一部分进行PCR扩增。83.如权利要求59-82中任一项所述的方法，其中独特条形码序列的该多元组包括至少100个独特条形码序列。84.如权利要求59-82中任一项所述的方法，其中独特条形码序列的该多元组包括至少1,000个独特条形码序列。85.如权利要求59-82中任一项所述的方法，其中独特条形码序列的该多元组包括至少10,000个独特条形码序列。86.如权利要求59-85中任一项所述的方法，其中该多个组合物进一步包括不与该寡核苷酸缀合的一种或多种第二蛋白质结合试剂。87.如权利要求86所述的方法，其中该蛋白质结合试剂与该一种或多种第二蛋白质结合试剂是相同的。88.如权利要求81-87中任一项所述的方法，该方法进一步包括对该多个扩增子测序。89.如权利要求88所述的方法，其中该测序包括对该条形码序列的至少一部分、该独特标识的至少一部分和该核酸靶分子的至少一部分进行测序。90.一种用于对样品中多个蛋白质靶和多个核酸靶分子进行同时定量分析的试剂盒，该试剂盒包括多个组合物和多个寡核苷酸探针，该多个组合物中的每个包括与寡核苷酸缀合的蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包括与该蛋白质结合试剂缀合的该蛋白质结合试剂的独特标识并且该蛋白质结合试剂能够特异性结合蛋白质靶，其中该多个寡核苷酸探针中的每个包括靶结合区和条形码序列，其中该条形码序列来自独特条形码序列的多元组。91.一种用于对样品中多个蛋白质靶和多个核酸靶分子进行同时定量分析的试剂盒，该试剂盒包括多个组合物和多个寡核苷酸探针，该多个组合物中的每个包括各自与寡核苷酸缀合的两个或更多个蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包含与该两个或更多个蛋白质结合试剂中一个缀合的该两个或更多个蛋白质结合试剂中一个的独特标识，并且这些蛋白质结合试剂能够特异性结合蛋白质靶，其中该多个寡核苷酸探针中的每个包含靶结合区和条形码序列，其中该条形码序列来自独特条形码序列的多元组。92.一种用于对样品中多个蛋白质靶和多个核酸靶分子进行同时定量分析的试剂盒，该试剂盒包括多个组合物和多个寡核苷酸探针，该多个组合物中的每个包括各自与寡核苷酸缀合的两个或更多个蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包括与该蛋白质结合试剂缀合的该蛋白质结合试剂的独特标识并且这些蛋白质结合试剂能够特异性结合蛋白质靶，其中该多个寡核苷酸探针中的每个包括靶结合区和条形码序列，其中该条形码序列来自独特条形码序列的多元组。93.如权利要求90-92中任一项所述的试剂盒，其中这些寡核苷酸探针中的每一个包括细胞标记、通用引物的结合位点、或其任何组合。94.如权利要求90-93中任一项所述的试剂盒，其中该靶结合区包括聚(dT)。95.如权利要求90-94中任一项所述的试剂盒，其中该多个寡核苷酸探针被固定在固体支持物上。96.如权利要求95所述的试剂盒，其中该固体支持物是珠。97.如权利要求90-96中任一项所述的试剂盒，其中独特条形码序列的该多元组包括至少100个独特条形码序列。98.如权利要求90-96中任一项所述的试剂盒，其中独特条形码序列的该多元组包括至少1,000个独特条形码序列。99.如权利要求90-96中任一项所述的试剂盒，其中独特条形码序列的该多元组包括至少10,000个独特条形码序列。100.如权利要求90-99中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括至少1,000个寡核苷酸探针。101.如权利要求90-99中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括至少10,000个寡核苷酸探针。102.如权利要求90-99中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括至少100,000个寡核苷酸探针。103.如权利要求90-99中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括至少1,000,000个寡核苷酸探针。104.如权利要求90-103中任一项所述的试剂盒，其中该独特标识包括25-45个核苷酸。105.如权利要求90-104中任一项所述的试剂盒，其中该独特标识选自独特标识的多元组。106.如权利要求105所述的试剂盒，其中独特标识的该多元组包括至少100种不同的独特标识。107.如权利要求105所述的试剂盒，其中独特标识的该多元组包括至少1,000种不同的独特标识。108.如权利要求105所述的试剂盒，其中独特标识的该多元组包括至少10,000种不同的独特标识。109.如权利要求90-108中任一项所述的试剂盒，其中该多个组合物进一步包括不与该寡核苷酸缀合的一种或多种第二蛋白质结合试剂。110.如权利要求109所述的试剂盒，其中该蛋白质结合试剂与该一种或多种第二蛋白质结合试剂是相同的。111.如权利要求90-110中任一项所述的试剂盒，其中该多个组合物包括多个抗体、多个适配子、或其组合。112.如权利要求90-111中任一项所述的试剂盒，其中该寡核苷酸通过接头与该蛋白质结合试剂缀合。113.如权利要求112所述的试剂盒，其中该接头包括化学基团。114.如权利要求112所述的试剂盒，其中该寡核苷酸包括该接头。115.如权利要求113或114所述的试剂盒，其中该化学基团可逆地附接至该蛋白质结合试剂。116.如权利要求112-115中任一项所述的试剂盒，其中该化学基团选自下组，该组由以下组成：UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、及其任何组合。117.如权利要求90-116中任一项所述的试剂盒，其中该独特标识与样品的基因组序列不同源。118.如权利要求117所述的试剂盒，其中该样品是单个细胞、多个细胞、组织、肿瘤样品、或其任何组合。119.如权利要求117或118所述的试剂盒，其中该样品是哺乳动物样品、细菌样品、病毒样品、酵母样品、真菌样品、或其任何组合。120.如权利要求90-119中任一项所述的试剂盒，其中该寡核苷酸包括条形码序列、聚(A)尾、或其组合。121.如权利要求90-120中任一项所述的试剂盒，该多个组合物包括至少100种不同的蛋白质结合试剂。122.如权利要求90-120中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括至少1,000种不同的蛋白质结合试剂。123.如权利要求90-120中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括至少10,000种不同的蛋白质结合试剂。124.如权利要求121-123中任一项所述的试剂盒，其中每种蛋白质结合试剂与一个或多个寡核苷酸缀合，这些寡核苷酸包括选自一组至少10种不同的条形码序列中的至少一种条形码序列。125.如权利要求121-123中任一项所述的试剂盒，其中每种蛋白质结合试剂与一个或多个寡核苷酸缀合，这些寡核苷酸包括选自一组至少100种不同的条形码序列中的至少一种条形码序列。126.如权利要求121-123中任一项所述的试剂盒，其中每种蛋白质结合试剂与一个或多个寡核苷酸缀合，这些寡核苷酸包括选自一组至少1,000种不同的条形码序列中的至少一种条形码序列。127.如权利要求90-126中任一项所述的试剂盒，该多个组合物能够特异性结合多个蛋白质靶。128.如权利要求127所述的试剂盒，其中该多个蛋白质靶包括细胞表面蛋白质、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、抗体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、或其任何组合。129.如权利要求127所述的试剂盒，其中该多个蛋白质靶包括10-400种不同的蛋白质靶。130.一种鉴定样品中生物标志物的方法，该方法包括：提供包括多个蛋白质靶和多个核酸靶分子的样品；提供多个组合物，每个组合物包括与寡核苷酸缀合的蛋白质结合试剂，其中该寡核苷酸包括与该蛋白质结合试剂缀合的该蛋白质结合试剂的独特标识，并且该蛋白质结合试剂能够特异性结合该多个蛋白质靶中的至少一个；将该多个组合物与样品接触用于与该多个蛋白质靶特异性结合；去除未结合的组合物；提供多个寡核苷酸探针，其中该多个寡核苷酸探针中的每个包括靶结合区和条形码序列，其中该条形码序列来自独特条形码序列的多元组；使该多个寡核苷酸探针与这些组合物的寡核苷酸和该多个核酸靶分子接触用于杂交；延伸与这些寡核苷酸和核酸靶分子杂交的寡核苷酸探针以产生多个经标记的核酸，其中每个经标记的核酸包括独特标识或核酸靶分子，以及条形码序列；确定针对每种独特标识和每种核酸靶分子的独特条形码序列的数量；并且使用蛋白质靶的数量或核酸靶分子的数量鉴定生物标志物。131.如权利要求130所述的方法，该方法包括确定至少一种蛋白质靶和至少一种核酸靶分子的数量。132.如权利要求130所述的方法，该方法包括将至少一种蛋白质靶及其对应的核酸靶分子的数量进行比较。133.如权利要求132所述的方法，该方法包括如果蛋白质靶的数量高于其对应的核酸靶分子则鉴定生物标志物。134.如权利要求132所述的方法，该方法包括如果蛋白质靶的数量至少10X高于其对应的核酸靶分子则鉴定生物标志物。135.如权利要求132所述的方法，该方法包括如果蛋白质靶的对应核酸靶分子的数量少于10则鉴定生物标志物。136.如权利要求132所述的方法，该方法包括如果蛋白质靶的对应核酸靶分子的数量为0则鉴定生物标志物。137.一种对照颗粒组合物，其包括与对照颗粒相关联的多个对照颗粒寡核苷酸，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中每一个包括对照条形码序列和聚(dA)区。138.如权利要求137所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个包括不同的对照条形码序列。139.如权利要求137-138中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照条形码序列长度为至少6个核苷酸。140.如权利要求137-138中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照条形码序列长度为25-45个核苷酸。141.如权利要求137-138中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照条形码序列长度为约128个核苷酸。142.如权利要求137-138中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照条形码序列长度为至少128个核苷酸。143.如权利要求137-138中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照条形码序列长度为约200-500个核苷酸。144.如权利要求137-140中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约50个核苷酸。145.如权利要求137-140中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约100个核苷酸。146.如权利要求137-142中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约200个核苷酸。147.如权利要求137-142中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为至少200个核苷酸。148.如权利要求137-143中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为少于约200-300个核苷酸。149.如权利要求137-143中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约500个核苷酸。150.如权利要求137-149中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少五个的对照条形码序列是相同的。151.如权利要求137-149中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约10个的对照条形码序列是相同的。152.如权利要求137-149中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约100个的对照条形码序列是相同的。153.如权利要求137-149中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约1000个的对照条形码序列是相同的。154.如权利要求137-153中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少三个包括不同的对照条形码序列。155.如权利要求137-153中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少五个包括不同的序列。156.如权利要求137-153中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少10个包括不同的序列。157.如权利要求137-153中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少100个包括不同的序列。158.如权利要求137-157中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸包括多个第一对照颗粒寡核苷酸，其各自包括第一对照条形码序列，和多个第二对照颗粒寡核苷酸，其包括第二对照条形码序列，并且其中该第一对照条形码序列和该第二对照条形码序列具有不同的序列。159.如权利要求158所述的对照颗粒组合物，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量和该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量大约是相同的。160.如权利要求158所述的对照颗粒组合物，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量和该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量是不同的。161.如权利要求160所述的对照颗粒组合物，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量至少两倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。162.如权利要求160所述的对照颗粒组合物，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量至少10倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。163.如权利要求160所述的对照颗粒组合物，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量约100倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。164.如权利要求137-163中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照条形码序列与物种的基因组序列不同源。165.如权利要求137-163中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照条形码序列与物种的基因组序列同源。166.如权利要求165所述的对照颗粒组合物，其中该物质是非哺乳动物物种。167.如权利要求166所述的对照颗粒组合物，其中该非哺乳动物物种是噬菌体物种。168.如权利要求167所述的对照颗粒组合物，其中该噬菌体物种是T7噬菌体、PhiX噬菌体、或其组合。169.如权利要求137-168中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸包括条形码序列。170.如权利要求137-169中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸包括通用引物的结合位点。171.如权利要求137-170中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个通过接头与该对照颗粒相关联。172.如权利要求171所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个包括该接头。173.如权利要求171-172中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该接头包括化学基团。174.如权利要求173所述的对照颗粒组合物，其中该化学基团可逆地附接至该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个。175.如权利要求173-174中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。176.如权利要求137-175中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒的直径是约1-1000微米。177.如权利要求137-175中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒的直径为约10-100微米。178.如权利要求137-175中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒的直径为约7.5微米。179.如权利要求137-178中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被固定在该对照颗粒上。180.如权利要求137-178中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被部分固定在该对照颗粒上。181.如权利要求137-178中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被包封在该对照颗粒中。182.如权利要求137-178中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被部分包封在该对照颗粒中。183.如权利要求137-182中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒是可破坏的。184.如权利要求137-183中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒包括珠。185.如权利要求137-184中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒包括琼脂糖凝胶珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠、或其任何组合。186.如权利要求137-185中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒包括聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、琼脂糖凝胶、纤维素、尼龙、硅酮、或其任何组合的材料。187.如权利要求137-186中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒包括可破坏的水凝胶颗粒。188.如权利要求137-187中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒与可检测部分相关联。189.如权利要求137-188中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸与可检测部分相关联。190.如权利要求137-189中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒与多个第一蛋白质结合试剂相关联，并且其中该多个第一蛋白质结合试剂中的至少一个与该多个对照颗粒寡核苷酸中的一个相关联。191.如权利要求190所述的对照颗粒组合物，其中该第一蛋白质结合试剂包括第一抗体。192.如权利要求190-191中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒寡核苷酸通过接头与该第一蛋白质结合试剂缀合。193.如权利要求192所述的对照颗粒组合物，其中该第一对照颗粒寡核苷酸包括该接头。194.如权利要求192-193中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该接头包括化学基团。195.如权利要求194所述的对照颗粒组合物，其中该化学基团可逆地附接至该第一蛋白质结合试剂。196.如权利要求194-195中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。197.如权利要求190-196中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该第一蛋白质结合试剂与该多个对照颗粒寡核苷酸中的具有相同对照条形码序列的两个或更多个相关联。198.如权利要求190-197中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该第一蛋白质结合试剂与该多个对照颗粒寡核苷酸中的具有不同对照条形码序列的两个或更多个相关联。199.如权利要求190-198中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该多个第一蛋白质结合试剂中的至少一个不与该多个对照颗粒寡核苷酸中的任一个相关联。200.如权利要求199所述的对照颗粒组合物，其中与该对照颗粒寡核苷酸相关联的第一蛋白质结合试剂和不与任何对照颗粒寡核苷酸相关联的第一蛋白质结合试剂是相同的蛋白质结合试剂。201.如权利要求190-200中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照颗粒与多个第二蛋白质结合试剂相关联。202.如权利要求201所述的对照颗粒组合物，其中该多个第二蛋白质结合试剂中至少一个与该多个对照颗粒寡核苷酸中的一个相关联。203.如权利要求202所述的对照颗粒组合物，其中与该第一蛋白质结合试剂相关联的对照颗粒寡核苷酸以及与该第二蛋白质结合试剂相关联的对照颗粒寡核苷酸包括不同的对照条形码序列。204.如权利要求202所述的对照颗粒组合物，其中该第一蛋白质结合试剂和该第二蛋白质结合试剂是相同的蛋白质结合试剂。205.如权利要求190-204中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该第一蛋白质结合试剂与配偶体结合试剂相关联，并且其中使用配偶体结合试剂使该第一蛋白质结合试剂与该对照颗粒相关联。206.如权利要求205所述的对照颗粒组合物，其中该配偶体结合试剂包括配偶体抗体。207.如权利要求206所述的对照颗粒组合物，其中该配偶体抗体包括抗猫抗体、抗鸡抗体、抗奶牛抗体、抗狗抗体、抗驴抗体、抗山羊抗体、抗豚鼠抗体、抗仓鼠抗体、抗马抗体、抗人抗体、抗美洲驼抗体、抗猴抗体、抗小鼠抗体、抗猪抗体、抗兔抗体、抗大鼠抗体、抗绵羊抗体、或其组合。208.如权利要求206-207中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该配偶体抗体包括免疫球蛋白G(IgG)、F(ab’)片段、F(ab’)2片段、其组合、或其片段。209.如权利要求190-208中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该第一蛋白质结合试剂与可检测部分相关联。210.如权利要求190-209中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该第二蛋白质结合试剂与可检测部分相关联。211.一种用于确定靶的数量的方法，该方法包括：使用多个条形码使多个细胞中的细胞的多个靶和多个对照颗粒寡核苷酸条形码化，以创建多个条形码化的靶和多个条形码化的对照颗粒寡核苷酸，其中该多个条形码的每个包括细胞标记序列、条形码序列、和靶结合区，其中该多个条形码中的至少两个条形码的条形码序列包括不同的序列，并且其中该多个条形码中的至少两个条形码包括相同的细胞标记序列，其中对照颗粒组合物包括与该多个对照颗粒寡核苷酸相关联的对照颗粒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的每一个包括对照条形码序列和假-靶区，该假-靶区包括与该多个条形码中至少一个的靶结合区基本互补的序列；获得该多个条形码化的靶和该多个条形码化的对照颗粒寡核苷酸的测序数据；对测序数据中与具有该对照条形码序列的多个对照颗粒寡核苷酸相关联的具有不同序列的条形码序列的数量进行计数；并且对于该多个靶中的至少一个靶：对测序数据中与该靶相关联的具有不同序列的条形码序列的数量进行计数；并且估计靶的数量，其中经估计的靶的数量跟与经计数的靶相关联的具有不同序列的条形码序列的数量和与对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量相关。212.如权利要求211所述的方法，其中该假-靶区包括聚(dA)区。213.如权利要求211-212中任一项所述的方法，其中该假-靶区包括该靶的子序列。214.如权利要求211-213中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少6个核苷酸。215.如权利要求211-213中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为25-45个核苷酸。216.如权利要求211-213中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约128个核苷酸。217.如权利要求211-213中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少128个核苷酸。218.如权利要求211-213中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约200-500个核苷酸。219.如权利要求211-215中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约50个核苷酸。220.如权利要求211-215中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约100个核苷酸。221.如权利要求211-217中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约200个核苷酸。222.如权利要求211-217中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为至少200个核苷酸。223.如权利要求211-218中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为少于约200-300个核苷酸。224.如权利要求211-218中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约500个核苷酸。225.如权利要求211-224中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少五个的对照条形码序列是相同的。226.如权利要求211-224中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约10个的对照条形码序列是相同的。227.如权利要求211-224中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约100个的对照条形码序列是相同的。228.如权利要求211-224中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约1000个的对照条形码序列是相同的。229.如权利要求211-228中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少三个包括不同的对照条形码序列。230.如权利要求211-228中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少五个包括不同的序列。231.如权利要求211-228中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少10个包括不同的序列。232.如权利要求211-228中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少100个包括不同的序列。233.如权利要求211-232中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸包括多个第一对照颗粒寡核苷酸，其各自包括第一对照条形码序列，和多个第二对照颗粒寡核苷酸，其包括第二对照条形码序列，并且其中该第一对照条形码序列和该第二对照条形码序列具有不同的序列。234.如权利要求233所述的方法，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量和该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量大约是相同的。235.如权利要求233所述的方法，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量和该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量是不同的。236.如权利要求235所述的方法，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量至少两倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。237.如权利要求235所述的方法，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量至少10倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。238.如权利要求235所述的方法，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量至少100倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。239.如权利要求233-238中任一项所述的方法，其中对测序数据中与具有该对照条形码序列的多个对照颗粒寡核苷酸相关联的具有不同序列的条形码序列的数量进行计数包括：对测序数据中与该第一对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量进行计数；并且对测序数据中与该第二对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量进行计数。240.如权利要求239所述的方法，其中经估计的靶的数量与以下相关与经计数的靶相关联的具有不同序列的条形码序列的数量，与该第一对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量，以及与该第二对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量。241.如权利要求211-232中任一项所述的方法，其中经估计的靶的数量与以下相关与经计数的靶相关联的具有不同序列的条形码序列的数量，与该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量，以及包括该对照条形码序列的该多个对照颗粒寡核苷酸的数量。242.如权利要求241所述的方法，其中经估计的靶的数量与以下相关与经计数的靶相关联的具有不同序列的条形码序列的数量，以及包括该对照条形码序列的该多个对照颗粒寡核苷酸的数量，和与该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量的比率。243.如权利要求211-242中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸与细胞的基因组序列不同源。244.如权利要求211-242中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸与物种的基因组序列不同源。245.如权利要求211-242中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸与物种的基因组序列同源。246.如权利要求245所述的方法，其中该物种是非哺乳动物物种。247.如权利要求246所述的方法，其中该非哺乳动物物种是噬菌体物种。248.如权利要求247所述的方法，其中该噬菌体物种是T7噬菌体、PhiX噬菌体、或其组合。249.如权利要求211-248中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸通过接头与该对照颗粒缀合。250.如权利要求249所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个通过接头与该对照颗粒相关联。251.如权利要求249-250中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个包括该接头。252.如权利要求251所述的方法，其中该化学基团可逆地附接至该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个。253.如权利要求251-252中任一项所述的方法，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。254.如权利要求211-253中任一项所述的方法，其中该对照颗粒的直径是约1-1000微米。255.如权利要求211-253中任一项所述的方法，其中该对照颗粒的直径是约10-100微米。256.如权利要求211-253中任一项所述的方法，其中该对照颗粒的直径是约7.5微米。257.如权利要求211-256中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被固定在该对照颗粒上。258.如权利要求211-256中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被部分固定在该对照颗粒上。259.如权利要求211-256中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被包封在该对照颗粒中。260.如权利要求211-256中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被部分包封在该对照颗粒中。261.如权利要求211-260中任一项所述的方法，该方法包括在使该多个靶和该对照颗粒以及该多个对照颗粒寡核苷酸条形码化之前从该对照颗粒释放该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个。262.如权利要求211-261中任一项所述的方法，其中该对照颗粒是可破坏的。263.如权利要求211-262中任一项所述的方法，其中该对照颗粒包括对照颗粒珠。264.如权利要求211-263中任一项所述的方法，其中该对照颗粒包括琼脂糖凝胶珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠、或其任何组合。265.如权利要求211-264中任一项所述的方法，其中该对照颗粒包括聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、琼脂糖凝胶、纤维素、尼龙、硅酮、或其任何组合的材料。266.如权利要求211-265中任一项所述的方法，其中该对照颗粒包括可破坏的水凝胶颗粒。267.如权利要求211-266中任一项所述的方法，其中该对照颗粒与可检测部分相关联。268.如权利要求211-267中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸与可检测部分相关联。269.如权利要求211-268中任一项所述的方法，其中该对照颗粒与多个第一蛋白质结合试剂相关联，并且其中该多个第一蛋白质结合试剂中的至少一个与该多个对照颗粒寡核苷酸中的一个相关联。270.如权利要求269所述的方法，其中该第一蛋白质结合试剂包括第一抗体。271.如权利要求269-270中任一项所述的方法，其中该对照颗粒寡核苷酸通过接头与该第一蛋白质结合试剂缀合。272.如权利要求271所述的方法，其中该第一对照颗粒寡核苷酸包括该接头。273.如权利要求271-272中任一项所述的方法，其中该接头包括化学基团。274.如权利要求273所述的方法，其中该化学基团可逆地附接至该第一蛋白质结合试剂。275.如权利要求273-274中任一项所述的方法，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。276.如权利要求269-275中任一项所述的方法，其中该第一蛋白质结合试剂与该多个对照颗粒寡核苷酸中的具有相同对照条形码序列的两个或更多个相关联。277.如权利要求269-276中任一项所述的方法，其中该第一蛋白质结合试剂与该多个对照颗粒寡核苷酸中的具有不同对照条形码序列的两个或更多个相关联。278.如权利要求269-277中任一项所述的方法，其中该多个第一蛋白质结合试剂中的至少一个不与该多个对照颗粒寡核苷酸中的任一个相关联。279.如权利要求278所述的方法，其中与该对照颗粒寡核苷酸相关联的第一蛋白质结合试剂和不与任何对照颗粒寡核苷酸相关联的第一蛋白质结合试剂是相同的蛋白质结合试剂。280.如权利要求278-279中任一项所述的方法，其中该对照颗粒与多个第二蛋白质结合试剂相关联。281.如权利要求280所述的方法，其中该多个第二蛋白质结合试剂中至少一个与该多个对照颗粒寡核苷酸中的一个相关联。282.如权利要求281所述的方法，其中与该第一蛋白质结合试剂相关联的对照颗粒寡核苷酸以及与该第二蛋白质结合试剂相关联的对照颗粒寡核苷酸包括不同的对照条形码序列。283.如权利要求281所述的方法，其中该第一蛋白质结合试剂和该第二蛋白质结合试剂是相同的蛋白质结合试剂。284.如权利要求269-283中任一项所述的方法，其中该第一蛋白质结合试剂与配偶体结合试剂相关联，并且其中使用配偶体结合试剂使该第一蛋白质结合试剂与该对照颗粒相关联。285.如权利要求284所述的方法，其中该配偶体结合试剂包括配偶体抗体。286.如权利要求285所述的方法，其中该配偶体抗体包括抗猫抗体、抗鸡抗体、抗奶牛抗体、抗狗抗体、抗驴抗体、抗山羊抗体、抗豚鼠抗体、抗仓鼠抗体、抗马抗体、抗人抗体、抗美洲驼抗体、抗猴抗体、抗小鼠抗体、抗猪抗体、抗兔抗体、抗大鼠抗体、抗绵羊抗体、或其组合。287.如权利要求285-286中任一项所述的方法，其中该配偶体抗体包括免疫球蛋白G(IgG)、F(ab’)片段、F(ab’)2片段、其组合、或其片段。288.如权利要求269-287中任一项所述的方法，其中该第一蛋白质结合试剂与可检测部分相关联。289.如权利要求269-288中任一项所述的方法，其中该第二蛋白质结合试剂与可检测部分相关联。290.如权利要求211-287中任一项所述的方法，其中该条形码包括通用引物的结合位点。291.如权利要求211-290中任一项所述的方法，其中该靶结合区包括聚(dT)区。292.如权利要求211-291中任一项所述的方法，其中该多个条形码与条形码化颗粒相关联。293.如权利要求292所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被固定在该条形码化颗粒上。294.如权利要求292所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分固定在该条形码化颗粒上。295.如权利要求292所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被包封在该条形码化颗粒中。296.如权利要求292所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分包封在该条形码化颗粒中。297.如权利要求292-296中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒是可破坏的。298.如权利要求292-297中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括条形码化珠。299.如权利要求292-298中任一项所述的方法，其中该条形码化珠包括琼脂糖凝胶珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠、或其任何组合。300.如权利要求292-299中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、琼脂糖凝胶、纤维素、尼龙、硅酮、或其任何组合的材料。301.如权利要求292-300中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括可破坏的水凝胶颗粒。302.如权利要求292-301中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒的条形码包括选自至少1000种不同的条形码序列的条形码序列。303.如权利要求292-302中任一项所述的方法，其中条形码化颗粒的条形码包括选自至少10000种不同的条形码序列的条形码序列。304.如权利要求292-303中任一项所述的方法，其中这些条形码的条形码序列包括随机序列。305.如权利要求292-304中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括至少10000个条形码。306.如权利要求211-305中任一项所述的方法，其中使用该多个条形码使该多个靶和该多个对照颗粒寡核苷酸条形码化包括：使该多个条形码与该多个靶的靶以及该多个对照颗粒寡核苷酸的对照颗粒寡核苷酸接触以生成与这些靶和这些对照颗粒寡核苷酸杂交的条形码；并且延伸与这些靶和这些对照颗粒寡核苷酸杂交的条形码以生成多个条形码化的靶和多个条形码化的对照颗粒寡核苷酸。307.如权利要求306所述的方法，其中延伸这些条形码包括使用DNA聚合酶、逆转录酶、或其组合延伸这些条形码。308.如权利要求211-307中任一项所述的方法，该方法包括扩增该多个条形码化的靶和该多个条形码化的对照颗粒寡核苷酸以产生多个扩增子。309.如权利要求308所述的方法，其中扩增该多个条形码化的靶和该多个条形码化的对照颗粒寡核苷酸包括使用聚合酶链式反应(PCR)对，该条形码序列的至少一部分和该对照颗粒寡核苷酸的至少一部分或该条形码序列的至少一部分和该对照颗粒寡核苷酸的至少一部分进行扩增。310.如权利要求308-309中任一项所述的方法，其中获得测序数据包括获得该多个扩增子的测序数据。311.如权利要求310所述的方法，其中获得测序数据包括对该条形码序列的至少一部分和该对照颗粒寡核苷酸的至少一部分，或该条形码序列的至少一部分和该对照颗粒寡核苷酸的至少一部分进行测序。312.一种试剂盒，该试剂盒包括：包括与对照颗粒相关联的多个对照颗粒寡核苷酸的对照颗粒组合物，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的每一个包括对照条形码序列和聚(dA)区。313.如权利要求312所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个包括不同的对照条形码序列。314.如权利要求312-313中任一项所述的试剂盒，其中该对照条形码序列长度为至少6个核苷酸。315.如权利要求312-313中任一项所述的试剂盒，其中该对照条形码序列长度为25-45个核苷酸。316.如权利要求312-313中任一项所述的试剂盒，其中该对照条形码序列长度为约128个核苷酸。317.如权利要求312-313中任一项所述的试剂盒，其中该对照条形码序列长度为至少128个核苷酸。318.如权利要求312-313中任一项所述的试剂盒，其中该对照条形码序列长度为约200-500个核苷酸。319.如权利要求312-315中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约50个核苷酸。320.如权利要求312-315中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约100个核苷酸。321.如权利要求312-317中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约200个核苷酸。322.如权利要求312-317中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为至少200个核苷酸。323.如权利要求312-318中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为少于约200-300个核苷酸。324.如权利要求312-318中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸长度为约500个核苷酸。325.如权利要求312-324中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少五个的对照条形码序列是相同的。326.如权利要求312-324中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约10个的对照条形码序列是相同的。327.如权利要求312-324中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约100个的对照条形码序列是相同的。328.如权利要求312-324中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约1000个的对照条形码序列是相同的。329.如权利要求312-328中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少三个包括不同的对照条形码序列。330.如权利要求312-328中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少五个包括不同的序列。331.如权利要求312-328中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少10个包括不同的序列。332.如权利要求312-328中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少100个包括不同的序列。333.如权利要求312-332中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸包括多个第一对照颗粒寡核苷酸，其各自包括第一对照条形码序列，和多个第二对照颗粒寡核苷酸，其包括第二对照条形码序列，并且其中该第一对照条形码序列和该第二对照条形码序列具有不同的序列。334.如权利要求333所述的试剂盒，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量和该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量大约是相同的。335.如权利要求333所述的试剂盒，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量和该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量是不同的。336.如权利要求335所述的试剂盒，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量至少两倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。337.如权利要求335所述的试剂盒，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量至少10倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。338.如权利要求335所述的试剂盒，其中该多个第一对照颗粒寡核苷酸的数量约100倍高于该多个第二对照颗粒寡核苷酸的数量。339.如权利要求312-338中任一项所述的试剂盒，其中该对照条形码序列与物种的基因组序列不同源。340.如权利要求312-338中任一项所述的试剂盒，其中该对照条形码序列与物种的基因组序列同源。341.如权利要求340所述的试剂盒，其中该物种是非哺乳动物物种。342.如权利要求341所述的试剂盒，其中该非哺乳动物物种是噬菌体物种。343.如权利要求342所述的试剂盒，其中该噬菌体物种是T7噬菌体、PhiX噬菌体、或其组合。344.如权利要求312-343中任一项所述的试剂盒，其中该第一对照颗粒寡核苷酸包括条形码序列。345.如权利要求312-344中任一项所述的试剂盒，其中该第一对照颗粒寡核苷酸包括通用引物的结合位点。346.如权利要求312-345中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个通过接头与该对照颗粒相关联。347.如权利要求346所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个包括该接头。348.如权利要求346-347中任一项所述的试剂盒，其中该接头包括化学基团。349.如权利要求348所述的试剂盒，其中该化学基团可逆地附接至该多个对照颗粒寡核苷酸中的至少一个。350.如权利要求348-349中任一项所述的试剂盒，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。351.如权利要求312-350中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒的直径是约1-1000微米。352.如权利要求312-350中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒的直径是约10-100微米。353.如权利要求312-350中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒的直径是约7.5微米。354.如权利要求312-353中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被固定在该对照颗粒上。355.如权利要求312-353中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被部分固定在该对照颗粒上。356.如权利要求312-353中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被包封在该对照颗粒中。357.如权利要求312-353中任一项所述的试剂盒，其中该多个对照颗粒寡核苷酸被部分包封在该对照颗粒中。358.如权利要求312-357中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒是可破坏的。359.如权利要求312-358中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒包括珠。360.如权利要求359所述的试剂盒，其中该珠包括琼脂糖凝胶珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠、或其任何组合。361.如权利要求312-360中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒包括选自下组的材料，该组由以下组成：聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、琼脂糖凝胶、纤维素、尼龙、硅酮、及其任何组合。362.如权利要求312-361中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒包括可破坏的水凝胶颗粒。363.如权利要求312-362中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒与可检测部分相关联。364.如权利要求312-363中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸与可检测部分相关联。365.如权利要求312-364中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒与多个第一蛋白质结合试剂相关联，并且其中该多个第一蛋白质结合试剂中的至少一个与该多个对照颗粒寡核苷酸中的一个相关联。366.如权利要求365所述的试剂盒，其中该第一蛋白质结合试剂包括第一抗体。367.如权利要求365-366中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒寡核苷酸通过接头与该第一蛋白质结合试剂缀合。368.如权利要求367所述的试剂盒，其中该第一对照颗粒寡核苷酸包括该接头。369.如权利要求367-368中任一项所述的试剂盒，其中该接头包括化学基团。370.如权利要求369所述的试剂盒，其中该化学基团可逆地附接至该第一蛋白质结合试剂。371.如权利要求369-370中任一项所述的试剂盒，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。372.如权利要求365-371中任一项所述的试剂盒，其中该第一蛋白质结合试剂与该多个对照颗粒寡核苷酸中的具有相同对照条形码序列的两个或更多个相关联。373.如权利要求365-372中任一项所述的试剂盒，其中该第一蛋白质结合试剂与该多个对照颗粒寡核苷酸中的具有不同对照条形码序列的两个或更多个相关联。374.如权利要求365-373中任一项所述的试剂盒，其中该多个第一蛋白质结合试剂中的至少一个不与该多个对照颗粒寡核苷酸中的任一个相关联。375.如权利要求374所述的试剂盒，其中与该对照颗粒寡核苷酸相关联的第一蛋白质结合试剂和不与任何对照颗粒寡核苷酸相关联的第一蛋白质结合试剂是相同的蛋白质结合试剂。376.如权利要求365-375中任一项所述的试剂盒，其中该对照颗粒与多个第二蛋白质结合试剂相关联。377.如权利要求376所述的试剂盒，其中该多个第二蛋白质结合试剂中至少一个与该多个对照颗粒寡核苷酸中的一个相关联。378.如权利要求377所述的试剂盒，其中与该第一蛋白质结合试剂相关联的对照颗粒寡核苷酸以及与该第二蛋白质结合试剂相关联的对照颗粒寡核苷酸包括不同的对照条形码序列。379.如权利要求377所述的试剂盒，其中该第一蛋白质结合试剂和该第二蛋白质结合试剂是相同的蛋白质结合试剂。380.如权利要求365-375中任一项所述的试剂盒，其中该第一蛋白质结合试剂与配偶体结合试剂相关联，并且其中使用配偶体结合试剂使该第一蛋白质结合试剂与该对照颗粒相关联。381.如权利要求380所述的试剂盒，其中该配偶体蛋白质结合试剂包括配偶体抗体。382.如权利要求381所述的试剂盒，其中该配偶体抗体包括抗猫抗体、抗鸡抗体、抗奶牛抗体、抗狗抗体、抗驴抗体、抗山羊抗体、抗豚鼠抗体、抗仓鼠抗体、抗马抗体、抗人抗体、抗美洲驼抗体、抗猴抗体、抗小鼠抗体、抗猪抗体、抗兔抗体、抗大鼠抗体、抗绵羊抗体、或其组合。383.如权利要求381-382中任一项所述的试剂盒，其中该第二抗体包括免疫球蛋白G(IgG)、F(ab’)片段、F(ab’)2片段、其组合、或其片段。384.如权利要求312-383中任一项所述的试剂盒，其中该第一蛋白质结合试剂与可检测部分相关联。385.如权利要求312-384中任一项所述的试剂盒，其中该第二蛋白质结合试剂与可检测部分相关联。386.如权利要求312-383中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括多个条形码。387.如权利要求386所述的试剂盒，其中该多个条形码中的条形码包括靶结合区和条形码序列，并且其中该多个条形码中至少两个条形码的条形码序列包括不同的分子标记序列。388.如权利要求387所述的试剂盒，其中该条形码包括细胞标记序列、通用引物的结合位点、或其任何组合。389.如权利要求387-388中任一项所述的试剂盒，其中该靶结合区包括聚(dT)区。390.如权利要求386-389中任一项所述的试剂盒，其中该多个条形码与条形码化颗粒相关联。391.如权利要求390所述的试剂盒，其中该多个条形码中的至少一个条形码被固定在该条形码化颗粒上。392.如权利要求390所述的试剂盒，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分固定在该条形码化颗粒上。393.如权利要求390所述的试剂盒，其中该多个条形码中的至少一个条形码被包封在该条形码化颗粒中。394.如权利要求390所述的试剂盒，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分包封在该条形码化颗粒中。395.如权利要求390-394中任一项所述的试剂盒，其中该条形码化颗粒是可破坏的。396.如权利要求390-395中任一项所述的试剂盒，其中该条形码化颗粒包括第二珠。397.如权利要求390-396中任一项所述的试剂盒，其中该条形码化颗粒包括琼脂糖凝胶珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠、或其任何组合。398.如权利要求390-397中任一项所述的试剂盒，其中该条形码化颗粒包括选自下组的材料，该组由以下组成：聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、琼脂糖凝胶、纤维素、尼龙、硅酮、及其任何组合。399.如权利要求390-398中任一项所述的试剂盒，其中该条形码化颗粒包括可破坏的水凝胶颗粒。400.如权利要求390-399中任一项所述的试剂盒，其中该条形码化颗粒的条形码包括选自至少1000种不同的条形码序列的条形码序列。401.如权利要求390-400中任一项所述的试剂盒，其中条形码化颗粒的条形码包括选自至少10000种不同的条形码序列的条形码序列。402.如权利要求390-401中任一项所述的试剂盒，其中这些条形码的条形码序列包括随机序列。403.如权利要求390-402中任一项所述的试剂盒，其中该条形码化颗粒包括至少10000个条形码。404.如权利要求306-403中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括DNA聚合酶。405.如权利要求306-404中任一项所述的试剂盒，该试剂盒包括用于聚合酶链式反应(PCR)的试剂。406.一种用于测序对照的方法，该方法包括：使多个细胞中的一个或多个细胞与多个对照组合物中的对照组合物接触，其中该多个细胞中的细胞包括多个靶和多个蛋白质靶，其中该多个对照组合物中的每一个包括与对照寡核苷酸相关联的蛋白质结合试剂，其中该蛋白质结合试剂能够特异性结合该多个蛋白质靶中的至少一个，并且其中该对照寡核苷酸包括对照条形码序列和假-靶区，该假-靶区包括与该多个条形码中至少一个的靶结合区基本互补的序列；使用多个条形码使该对照寡核苷酸条形码化，以创建多个条形码化的对照寡核苷酸，其中该多个条形码的每个包括细胞标记序列、条形码序列、和靶结合区，其中该多个条形码中的至少两个条形码的条形码序列包括不同的序列，并且其中该多个条形码中的至少两个条形码包括相同的细胞标记序列；获得该多个条形码化的对照寡核苷酸的测序数据；使用测序数据中该多个条形码化的对照寡核苷酸的至少一个特征确定该一个或多个细胞的至少一个特征。407.如权利要求406所述的方法，其中该假-靶区包括聚(dA)区。408.如权利要求406-407中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少6个核苷酸。409.如权利要求406-407中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为25-45个核苷酸。410.如权利要求406-407中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约128个核苷酸。411.如权利要求406-407中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少128个核苷酸。412.如权利要求406-407中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约200-500个核苷酸。413.如权利要求406-409中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约50个核苷酸。414.如权利要求406-409中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约100个核苷酸。415.如权利要求406-411中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约200个核苷酸。416.如权利要求406-411中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为至少200个核苷酸。417.如权利要求406-412中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为少于约200-300个核苷酸。418.如权利要求406-412中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约500个核苷酸。419.如权利要求406-418中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个的对照条形码序列是相同的。420.如权利要求406-418中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约10个的对照条形码序列是相同的。421.如权利要求406-418中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约100个的对照条形码序列是相同的。422.如权利要求406-418中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约1000个的对照条形码序列是相同的。423.如权利要求406-422中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个包括不同的对照条形码序列。424.如权利要求406-422中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少10个包括不同的序列。425.如权利要求406-422中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少100个包括不同的序列。426.如权利要求406-422中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少1000个包括不同的序列。427.如权利要求406-426中任一项所述的方法，其中确定该一个或多个细胞的至少一个特征包括：确定测序数据中与该多个条形码化的对照寡核苷酸相关联的具有不同序列的细胞标记序列的数量；并且使用与该多个条形码化的对照寡核苷酸相关联的具有不同序列的细胞标记序列的数量，确定该一个或多个细胞的数量。428.如权利要求427所述的方法，该方法包括基于经确定的该一个或多个细胞的数量确定单个细胞捕获效率。429.如权利要求427所述的方法，该方法包括基于经确定的该一个或多个细胞的数量和该多个细胞的数量的比率确定单个细胞捕获效率。430.如权利要求406-426中任一项所述的方法，其中使用测序数据中该多个条形码化的对照寡核苷酸的特征确定该一个或多个细胞的至少一个特征包括：对于测序数据中的每个细胞标记，确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量；并且使用与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量确定该一个或多个细胞的数量。431.如权利要求430所述的方法，其中确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量包括：对于测序数据中的每个细胞标记，确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有最多数量不同序列的条形码序列的数量。432.如权利要求431所述的方法，其中使用与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量确定该一个或多个细胞的数量包括：生成具有最多数量不同序列的条形码序列的数量和测序数据中与具有最多数量不同序列的条形码序列的数量相关联的细胞标记的数量的图；并且在该图中确定截止值作为该一个或多个细胞的数量。433.如权利要求406-432中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸与该多个细胞中任一个的基因组序列不同源。434.如权利要求406-433中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸与物种的基因组序列同源。435.如权利要求434所述的方法，其中该物种是非哺乳动物物种。436.如权利要求435所述的方法，其中该非哺乳动物物种是噬菌体物种。437.如权利要求436所述的方法，其中该噬菌体物种是T7噬菌体、PhiX噬菌体、或其组合。438.如权利要求406-433中任一项所述的方法，该方法包括在使该对照寡核苷酸条形码化之前从该蛋白质结合试剂释放该对照寡核苷酸。439.如权利要求406-438中任一项所述的方法，该方法包括去除该多个对照组合物中未结合的对照组合物。440.如权利要求439所述的方法，其中去除这些未结合的对照组合物包括用洗涤缓冲液洗涤该多个细胞中的一个或多个细胞。441.如权利要求439所述的方法，其中去除这些未结合的细胞鉴定组合物包括使用流式细胞术选择与该对照组合物的至少一个蛋白质结合试剂结合的细胞。442.如权利要求406-438中任一项所述的方法，其中该多个蛋白质靶中的至少一个在细胞表面上。443.如权利要求406-442中任一项所述的方法，其中该多个蛋白质靶中的至少一个包括细胞表面蛋白质、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、整合素、或其任何组合。444.如权利要求406-443中任一项所述的方法，其中该蛋白质结合试剂包括抗体。445.如权利要求406-444中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸通过接头与该蛋白质结合试剂缀合。446.如权利要求445所述的方法，其中该对照寡核苷酸包括该接头。447.如权利要求445-446中任一项所述的方法，其中该接头包括化学基团。448.如权利要求447所述的方法，其中该化学基团可逆地附接至该第一蛋白质结合试剂。449.如权利要求447-448中任一项所述的方法，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。450.如权利要求406-449中任一项所述的方法，其中该蛋白质结合试剂与具有相同对照条形码序列的两个或更多个对照寡核苷酸相关联。451.如权利要求406-449中任一项所述的方法，其中该蛋白质结合试剂与具有不同相同的对照条形码序列的两个或更多个对照寡核苷酸相关联。452.如权利要求中406-451任一项所述的方法，其中该多个对照组合物的第二蛋白质结合试剂不与该对照寡核苷酸相关联。453.如权利要求452所述的方法，其中该蛋白质结合试剂和该第二蛋白质结合试剂是相同的。454.如权利要求406-453中任一项所述的方法，其中该条形码包括通用引物的结合位点。455.如权利要求406-454中任一项所述的方法，其中该靶结合区包括聚(dT)区。456.如权利要求406-454中任一项所述的方法，其中该多个条形码与条形码化颗粒相关联。457.如权利要求456所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被固定在该条形码化颗粒上。458.如权利要求456所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分固定在该条形码化颗粒上。459.如权利要求456所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被包封在该条形码化颗粒中。460.如权利要求456所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分包封在该条形码化颗粒中。461.如权利要求456-460中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒是可破坏的。462.如权利要求456-461中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括条形码化珠。463.如权利要求456-462中任一项所述的方法，其中该条形码化珠包括琼脂糖凝胶珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠、或其任何组合。464.如权利要求456-463中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、琼脂糖凝胶、纤维素、尼龙、硅酮、或其任何组合的材料。465.如权利要求456-464中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括可破坏的水凝胶颗粒。466.如权利要求456-465中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒与光学部分相关联。467.如权利要求456-466中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照寡核苷酸与光学部分相关联。468.如权利要求456-467中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒的条形码包括选自至少1000种不同的条形码序列的条形码序列。469.如权利要求456-468中任一项所述的方法，其中条形码化颗粒的条形码包括选自至少10000种不同的条形码序列的条形码序列。470.如权利要求456-469中任一项所述的方法，其中这些条形码的条形码序列包括随机序列。471.如权利要求456-470中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括至少10000个条形码。472.如权利要求406-471中任一项所述的方法，其中使该对照寡核苷酸条形码化包括：使用多个条形码使该对照寡核苷酸条形码化，以创建多个条形码化的对照寡核苷酸。473.如权利要求406-472中任一项所述的方法，其中使用该多个条形码使该多个对照寡核苷酸条形码化包括：使该多个条形码与该多个对照组合物的对照寡核苷酸接触以生成与这些对照寡核苷酸杂交的条形码；并且延伸与这些对照寡核苷酸杂交的条形码以生成多个条形码化的对照寡核苷酸。474.如权利要求473所述的方法，其中延伸这些条形码包括使用DNA聚合酶、逆转录酶、或其组合延伸这些条形码。475.如权利要求406-474中任一项所述的方法，该方法包括扩增该多个条形码化的对照寡核苷酸以产生多个扩增子。476.如权利要求475所述的方法，其中扩增该多个条形码化的对照寡核苷酸包括使用聚合酶链式反应(PCR)对该条形码序列的至少一部分和该对照寡核苷酸的至少一部分进行扩增。477.如权利要求475-476中任一项所述的方法，其中获得测序数据包括获得该多个扩增子的测序数据。478.如权利要求477所述的方法，其中获得测序数据包括对该条形码序列的至少一部分和该对照寡核苷酸的至少一部分进行测序。479.一种用于测序对照的方法，该方法包括：使多个细胞中的一个或多个细胞与多个对照组合物中的对照组合物接触，其中该多个细胞中的细胞包括多个靶和多个结合靶，其中该多个对照组合物中的每一个包括与对照寡核苷酸相关联的细胞组分结合试剂，其中该细胞组分结合试剂能够特异性结合该多个细胞组分靶中的至少一个，并且其中该对照寡核苷酸包括对照条形码序列和假-靶区，该假-靶区包括与该多个条形码中至少一个的靶结合区基本互补的序列；使用多个条形码使该对照寡核苷酸条形码化，以创建多个条形码化的对照寡核苷酸，其中该多个条形码的每个包括细胞标记序列、条形码序列、和靶结合区，其中该多个条形码中的至少两个条形码的条形码序列包括不同的序列，并且其中该多个条形码中的至少两个条形码包括相同的细胞标记序列；获得该多个条形码化的对照寡核苷酸的测序数据；使用测序数据中该多个条形码化的对照寡核苷酸的至少一个特征确定该一个或多个细胞的至少一个特征。480.如权利要求479所述的方法，其中该假-靶区包括聚(dA)区。481.如权利要求479-480中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少6个核苷酸。482.如权利要求479-480中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为25-45个核苷酸。483.如权利要求479-480中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约128个核苷酸。484.如权利要求479-480中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少128个核苷酸。485.如权利要求479-480中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约200-500个核苷酸。486.如权利要求479-482中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约50个核苷酸。487.如权利要求479-482中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约100个核苷酸。488.如权利要求479-484中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约200个核苷酸。489.如权利要求479-484中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为至少200个核苷酸。490.如权利要求479-485中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为少于约200-300个核苷酸。491.如权利要求479-485中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约500个核苷酸。492.如权利要求479-491中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个的对照条形码序列是相同的。493.如权利要求479-491中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约10个的对照条形码序列是相同的。494.如权利要求479-491中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约100个的对照条形码序列是相同的。495.如权利要求479-491中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约1000个的对照条形码序列是相同的。496.如权利要求479-495中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个包括不同的对照条形码序列。497.如权利要求479-495中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少10个包括不同的序列。498.如权利要求479-495中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少100个包括不同的序列。499.如权利要求479-495中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少1000个包括不同的序列。500.如权利要求479-499中任一项所述的方法，其中确定该一个或多个细胞的至少一个特征包括：确定测序数据中与该多个条形码化的对照寡核苷酸相关联的具有不同序列的细胞标记序列的数量；并且使用与该多个条形码化的对照寡核苷酸相关联的具有不同序列的细胞标记序列的数量，确定该一个或多个细胞的数量。501.如权利要求500所述的方法，该方法包括基于经确定的该一个或多个细胞的数量确定单个细胞捕获效率。502.如权利要求500所述的方法，该方法包括基于经确定的该一个或多个细胞的数量和该多个细胞的数量的比率确定单个细胞捕获效率。503.如权利要求479-499中任一项所述的方法，其中确定该一个或多个细胞的至少一个特征包括：对于测序数据中的每个细胞标记，确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量；并且使用与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量确定该一个或多个细胞的数量。504.如权利要求503所述的方法，其中确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量包括：对于测序数据中的每个细胞标记，确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有最多数量不同序列的条形码序列的数量。505.如权利要求504所述的方法，其中使用与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量确定该一个或多个细胞的数量包括：生成具有最多数量不同序列的条形码序列的数量和测序数据中与具有最多数量不同序列的条形码序列的数量相关联的细胞标记的数量的图；并且在该图中确定截止值作为该一个或多个细胞的数量。506.如权利要求479-505中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸与该多个细胞中任一个的基因组序列不同源。507.如权利要求479-506中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸与物种的基因组序列同源。508.如权利要求507所述的方法，其中该物种是非哺乳动物物种。509.如权利要求508所述的方法，其中该非哺乳动物物种是噬菌体物种。510.如权利要求509所述的方法，其中该噬菌体物种是T7噬菌体、PhiX噬菌体、或其组合。511.如权利要求479-506中任一项所述的方法，该方法包括在使该对照寡核苷酸条形码化之前从该细胞组分结合试剂释放该对照寡核苷酸。512.如权利要求479-511中任一项所述的方法，其中该多个结合靶中至少一个在细胞表面上表达。513.如权利要求479-512中任一项所述的方法，其中该多个结合靶中的至少一个包括细胞表面蛋白质、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、整合素、或其任何组合。514.如权利要求479-513中任一项所述的方法，其中该细胞组分结合试剂包括细胞表面结合试剂、抗体、四聚体、适配子、蛋白质骨架、侵入物、或其组合。515.如权利要求479-514中任一项所述的方法，其中该细胞组分结合试剂的结合靶选自包括10-100种不同的结合靶的组。516.如权利要求515所述的方法，其中该细胞组分结合试剂的结合靶包括碳水化合物、脂质、蛋白质、细胞外蛋白质、细胞表面蛋白质、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、整合素、细胞内蛋白质、或其任何组合。517.如权利要求479-516中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸通过接头与细胞组分结合试剂缀合。518.如权利要求517所述的方法，其中该对照寡核苷酸包括该接头。519.如权利要求517-518中任一项所述的方法，其中该接头包括化学基团。520.如权利要求519所述的方法，其中该化学基团可逆地附接至该第一细胞组分结合试剂。521.如权利要求519-520中任一项所述的方法，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。522.如权利要求479-521中任一项所述的方法，其中该细胞组分结合试剂与具有相同对照条形码序列的两个或更多个对照寡核苷酸相关联。523.如权利要求479-521中任一项所述的方法，其中该细胞组分结合试剂与具有不同相同的对照条形码序列的两个或更多个对照寡核苷酸相关联。524.如权利要求中479-523任一项所述的方法，其中该多个对照组合物的第二细胞组分结合试剂不与该对照寡核苷酸相关联。525.如权利要求524所述的方法，其中该细胞组分结合试剂和该第二细胞组分结合试剂是相同的。526.如权利要求479-525中任一项所述的方法，其中该条形码包括通用引物的结合位点。527.如权利要求479-526中任一项所述的方法，其中该靶结合区包括聚(dT)区。528.如权利要求479-527中任一项所述的方法，其中该多个条形码与条形码化颗粒相关联。529.如权利要求528所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被固定在条形码化颗粒上。530.如权利要求528所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分固定在该条形码化颗粒上。531.如权利要求528所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被包封在该条形码化颗粒中。532.如权利要求528所述的方法，其中该多个条形码中的至少一个条形码被部分包封在该条形码化颗粒中。533.如权利要求529-532中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒是可破坏的。534.如权利要求528-533中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括条形码化珠。535.如权利要求528-534中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括琼脂糖凝胶珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠、或其任何组合。536.如权利要求528-535中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、琼脂糖凝胶、纤维素、尼龙、硅酮、或其任何组合的材料。537.如权利要求528-536中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括可破坏的水凝胶颗粒。538.如权利要求528-537中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒与光学部分相关联。539.如权利要求528-538中任一项所述的对照颗粒组合物，其中该对照寡核苷酸与光学部分相关联。540.如权利要求528-536中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒的条形码包括选自至少1000种不同的条形码序列的条形码序列。541.如权利要求528-540中任一项所述的方法，其中条形码化颗粒的条形码包括选自至少10000种不同的条形码序列的条形码序列。542.如权利要求528-541中任一项所述的方法，其中这些条形码的条形码序列包括随机序列。543.如权利要求528-542中任一项所述的方法，其中该条形码化颗粒包括至少10000个条形码。544.如权利要求479-543中任一项所述的方法，其中使该对照寡核苷酸条形码化包括：使用多个条形码使该对照寡核苷酸条形码化，以创建多个条形码化的对照寡核苷酸。545.如权利要求479-544中任一项所述的方法，其中使用该多个条形码使该多个对照寡核苷酸条形码化包括：使该多个条形码与该多个对照组合物的对照寡核苷酸接触以生成与这些对照寡核苷酸杂交的条形码；并且延伸与这些对照寡核苷酸杂交的条形码以生成多个条形码化的对照寡核苷酸。546.如权利要求545所述的方法，其中延伸这些条形码包括使用DNA聚合酶、逆转录酶、或其组合延伸这些条形码。547.如权利要求479-546中任一项所述的方法，该方法包括扩增该多个条形码化的对照寡核苷酸以产生多个扩增子。548.如权利要求547所述的方法，其中扩增该多个条形码化的对照寡核苷酸包括使用聚合酶链式反应(PCR)对该条形码序列的至少一部分和该对照寡核苷酸的至少一部分进行扩增。549.如权利要求547-548中任一项所述的方法，其中获得测序数据包括获得该多个扩增子的测序数据。550.如权利要求549所述的方法，其中获得测序数据包括对该条形码序列的至少一部分和该对照寡核苷酸的至少一部分进行测序。551.一种用于测序对照的方法，该方法包括：使多个细胞中的一个或多个细胞与多个对照组合物中的对照组合物接触，其中该多个细胞中的细胞包括多个靶和多个蛋白质靶，其中该多个对照组合物中的每一个包括与对照寡核苷酸相关联的蛋白质结合试剂，其中该蛋白质结合试剂能够特异性结合该多个蛋白质靶中的至少一个，并且其中该对照寡核苷酸包括对照条形码序列和假-靶区，该假-靶区包括与该多个条形码中至少一个的靶结合区基本互补的序列；并且使用该多个对照寡核苷酸的至少一个特征确定该一个或多个细胞的至少一个特征。552.如权利要求551所述的方法，其中该假-靶区包括聚(dA)区。553.如权利要求551-552中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少6个核苷酸。554.如权利要求551-552中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为25-45个核苷酸。555.如权利要求551-552中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约128个核苷酸。556.如权利要求551-552中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少128个核苷酸。557.如权利要求551-552中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约200-500个核苷酸。558.如权利要求551-554中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约50个核苷酸。559.如权利要求551-554中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约100个核苷酸。560.如权利要求551-556中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约200个核苷酸。561.如权利要求551-556中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为至少200个核苷酸。562.如权利要求551-557中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为少于约200-300个核苷酸。563.如权利要求551-557中任一项所述的方法，其中该对照条形码寡核苷酸长度为约500个核苷酸。564.如权利要求551-563中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为25-45个核苷酸。565.如权利要求551-552中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为约128个核苷酸。566.如权利要求551-552中任一项所述的方法，其中该对照条形码序列长度为至少128个核苷酸。567.如权利要求551-566中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个的对照条形码序列是相同的。568.如权利要求551-566中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约10个的对照条形码序列是相同的。569.如权利要求551-566中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约100个的对照条形码序列是相同的。570.如权利要求551-566中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中约1000个的对照条形码序列是相同的。571.如权利要求551-570中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少两个包括不同的对照条形码序列。572.如权利要求551-570中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少10个包括不同的序列。573.如权利要求551-570中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少100个包括不同的序列。574.如权利要求551-570中任一项所述的方法，其中该多个对照颗粒寡核苷酸中至少1000个包括不同的序列。575.如权利要求551-574中任一项所述的方法，其中确定该一个或多个细胞的至少一个特征包括：确定测序数据中与该多个条形码化的对照寡核苷酸相关联的具有不同序列的细胞标记序列的数量；并且使用与该多个条形码化的对照寡核苷酸相关联的具有不同序列的细胞标记序列的数量，确定该一个或多个细胞的数量。576.如权利要求575所述的方法，该方法包括基于经确定的该一个或多个细胞的数量确定单个细胞捕获效率。577.如权利要求575所述的方法，该方法包括基于经确定的该一个或多个细胞的数量和该多个细胞的数量的比率确定单个细胞捕获效率。578.如权利要求551-574中任一项所述的方法，其中确定该一个或多个细胞的至少一个特征包括：对于测序数据中的每个细胞标记，确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量；并且使用与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量确定该一个或多个细胞的数量。579.如权利要求578所述的方法，其中确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量包括：对于测序数据中的每个细胞标记，确定与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有最多数量不同序列的条形码序列的数量。580.如权利要求579所述的方法，其中使用与该细胞标记和该对照条形码序列相关联的具有不同序列的条形码序列的数量确定该一个或多个细胞的数量包括：生成具有最多数量不同序列的条形码序列的数量和测序数据中与具有最多数量不同序列的条形码序列的数量相关联的细胞标记的数量的图；并且在该图中确定截止值作为该一个或多个细胞的数量。581.如权利要求551-580中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸与该多个细胞中任一个的基因组序列不同源。582.如权利要求551-581中任一项所述的方法，其中该对照寡核苷酸与物种的基因组序列同源。583.如权利要求582所述的方法，其中该物种是非哺乳动物物种。584.如权利要求583所述的方法，其中该非哺乳动物物种是噬菌体物种。585.如权利要求584所述的方法，其中该噬菌体物种是T7噬菌体、PhiX噬菌体、或其组合。586.如权利要求551-585中任一项所述的方法，该方法包括在使该对照寡核苷酸条形码化之前从该蛋白质结合试剂释放该对照寡核苷酸。587.如权利要求551-586中任一项所述的方法，该方法包括去除该多个对照组合物中未结合的对照组合物。588.如权利要求587所述的方法，其中去除这些未结合的对照组合物包括用洗涤缓冲液洗涤该多个细胞中的一个或多个细胞。589.如权利要求588所述的方法，其中去除这些未结合的细胞鉴定组合物包括使用流式细胞术选择与该对照组合物的至少一个蛋白质结合试剂结合的细胞。590.如权利要求551-589中任一项所述的方法，其中该多个蛋白质靶中的至少一个在细胞表面上表达。591.如权利要求551-590中任一项所述的方法，其中该多个蛋白质靶中的至少一个包括细胞表面蛋白质、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、整合素、或其任何组合。592.如权利要求551-591中任一项所述的方法，其中该蛋白质结合试剂包括碳水化合物、脂质、蛋白质、细胞外蛋白质、细胞表面蛋白质、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、细胞内蛋白质或其任何组合。593.如权利要求592所述的方法，其中该对照寡核苷酸通过接头与该蛋白质结合试剂缀合。594.如权利要求593所述的方法，其中该对照寡核苷酸包括该接头。595.如权利要求593-594中任一项所述的方法，其中该接头包括化学基团。596.如权利要求595所述的方法，其中该化学基团可逆地附接至该第一蛋白质结合试剂。597.如权利要求595-596中任一项所述的方法，其中该化学基团包括UV可光解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺、二硫键联、或其任何组合。598.如权利要求551-597中任一项所述的方法，其中该蛋白质结合试剂与具有相同对照条形码序列的两个或更多个对照寡核苷酸相关联。599.如权利要求551-597中任...
【专利技术属性】
技术研发人员：克里斯蒂娜·范，克里斯蒂娜·张，艾琳·夏姆，奥拉夫·佐尔纳，尼坦杰里·班萨尔，詹姆斯·贾迪亚里，格雷琴·因博恩·拉姆，艾瑞克·延森，于尔格·罗雷尔，布伦特·盖洛德，乔迪·马丁，杰森·G·维达尔，
申请(专利权)人：赛卢拉研究公司，贝克顿迪金森公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
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