检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸以及检测方法技术

本发明专利技术公开了一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸以及检测方法，涉及基因多态性检测技术领域。该核苷酸包括引物组合1‑引物组合9中的一种或多种的组合。采用该引物组可以同时对6个抗癫痫类药物相关基因的9个SNP位点的多态性进行检测，具有成本低、结果判读简单，SNP位点之间无干扰等特点。

Nucleotides and detection methods for SNP loci of genes related to antiepileptic drugs

The invention discloses a nucleotide for detecting SNP loci of genes related to antiepileptic drugs and a detection method, which relates to the technical field of gene polymorphism detection. The nucleotide consists of one or more combinations of primer combinations 1 and 9. The primer group can simultaneously detect the polymorphism of 9 SNP loci of 6 antiepileptic drug-related genes. It has the characteristics of low cost, simple result interpretation and no interference between SNP loci.

【技术实现步骤摘要】
检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸以及检测方法
本专利技术涉及基因多态性检测
，具体而言，涉及一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸以及检测方法。
技术介绍
癫痫是由于各种原因引起的脑组织局部神经元异常高频放电，导致周围大脑功能短暂失调的综合征。在中国，癫痫是仅次于头痛的精神科疾病，药物治疗则是目前控制癫痫发作的主要手段，以减少或防止癫痫发作。但是药物疗效和不良反应也呈现较明显的个体差异。出现差异的原因，除了病理、生理、性别、年龄、身高、体重、依从性等外，遗传因素是影响药物反应差异的重要因素。研究发现，用于治疗癫痫的药物的疗效与多种基因表型相关，基因表型不同，药物的治疗效果就存在显著差异。近年来，药物基因组学得到了飞速发展，在美国FDA批准的药品说明书中，已有多种抗癫痫药物添加了药物基因组学的信息。因此为取得最佳治疗效果，医生应依据患者的基因型资料选取合适的药物，即根据个体遗传特征(基因型)，选择有效的治疗方案。实现“基因导向型”个体化药物治疗和“量体用药”。传统的检测方法主要为sanger测序、片段分析或是单碱基延伸技术，每个反应仅检测1个或是几个基因位点。其存在检测效率低，通量低的问题。传统的检测方法完成一次检测周期较长，需要实验人员较多；同时检测配套试剂中，需要荧光标记引物或ddNTP或长片段引物，成本较高。由于药物代谢基因在基因组中存在有较多重复序列，传统的检测方法对基因难扩增、难检测。传统的检测方法实验流程长，样品孔反复开盖、加样次数多；同时同一反应内多个基因位点竞争性扩增，相关干扰大。传统检测方法得到的原始结果均无法在仪器上直观显示检测结果，需要实验员自行设置参数分析，结果判读复杂。传统的检测方法需要用到荧光标记的引物或ddNTP或是长片段引物，在室温或是光照条件下暴露较长时间，或是反复冻融次数过多极易导致检测失败，失败率高。鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸，采用该核苷酸可以同时对6个抗癫痫类药物相关基因的9个SNP位点的多态性进行检测，具有成本低、结果判读简单，SNP位点之间无干扰等特点。本专利技术的另一目的在于提供一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的试剂盒，采用该试剂盒可以同时对6个抗癫痫类药物相关基因的9个SNP位点的多态性进行检测，具有成本低、结果判读简单，SNP位点之间无干扰等特点。本专利技术的另一目的在于提供一种与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的检测方法，该方法可以同时对6个抗癫痫类药物相关基因的9个SNP位点的多态性进行检测，具有成本低、结果判读简单，SNP位点之间无干扰等特点。本专利技术是这样实现的：一方面，本专利技术提供了一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸，其包括引物组合1-引物组合9中的一种或多种的组合；其中，引物组合1包括：SEQIDNO.1-2所示的扩增引物和SEQIDNO.19所示的检测引物；引物组合2包括：SEQIDNO.3-4所示的扩增引物和SEQIDNO.20所示的检测引物；引物组合3包括：SEQIDNO.5-6所示的扩增引物和SEQIDNO.21所示的检测引物；引物组合4包括：SEQIDNO.7-8所示的扩增引物和SEQIDNO.22所示的检测引物；引物组合5包括：SEQIDNO.9-10所示的扩增引物和SEQIDNO.23所示的检测引物；引物组合6包括：SEQIDNO.11-12所示的扩增引物和SEQIDNO.24所示的检测引物；引物组合7包括：SEQIDNO.13-14所示的扩增引物和SEQIDNO.25所示的检测引物；引物组合8包括：SEQIDNO.15-16所示的扩增引物和SEQIDNO.26所示的检测引物；引物组合9包括：SEQIDNO.17-18所示的扩增引物和SEQIDNO.27所示的检测引物。采用本专利技术提供的核苷酸，结合飞行时间质谱技术可以同时对6个抗癫痫类药物相关基因例如ABCB1、CYP2C19、CYP2C9、HLA-B、POLG和SCN2A的共9个SNP位点例如rs1045642、rs4244285、rs4986893、rs12248560、rs1799853、rs1057910、rs10484555、rs3087374以及rs2304016的多态性进行检测，具有成本低、结果判读简单，各SNP位点检测结果之间无干扰等特点。其中，上述6个抗癫痫类药物相关基因与9个SNP位点的位置关系加下表1。表1基因名染色体位置检测位点突变类型碱基突变类型ABCB1chr7rs1045642点突变AA/AG/GGCYP2C19chr10rs4244285点突变GG/GA/AACYP2C19chr10rs4986893点突变GG/GA/AACYP2C19chr10rs12248560点突变CC/CT/TTCYP2C9chr10rs1799853点突变TT/TC/CCCYP2C9chr10rs1057910点突变CC/CA/AAHLA-Bchr6rs10484555点突变CC/CT/TTPOLGchr15rs3087374点突变CC/CA/AASCN2Achr2rs2304016点突变GG/GA/AA上述的引物组合1-引物组合9的扩增引物的序列见下表2。表2注：F：扩增用上游引物；R：扩增用下游引物上述的引物组合1-引物组合9的检测引物的序列以及检测的SNP见下表3。表3注：E：检测用引物上述的引物组合1-引物组合9的检测引物以其扩增产物的分子量大小的峰位置及其对应的SNP位点基因型见下表4。表4另一方面，本专利技术提供了一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的试剂盒，其包括上述的引物组。采用本专利技术提供的试剂盒，结合飞行时间质谱技术可以同时对6个抗癫痫类药物相关基因例如ABCB1、CYP2C19、CYP2C9、HLA-B、POLG和SCN2A的共9个SNP位点例如rs1045642、rs4244285、rs4986893、rs12248560、rs1799853、rs1057910、rs10484555、rs3087374以及rs2304016的多态性进行检测，具有成本低、结果判读简单，各SNP位点检测结果之间无干扰等特点。进一步地，在本专利技术的一些实施方案中，试剂盒还包括有如下组分：Mg2+、dNTPs和TaqDNA聚合酶。另一方面，本专利技术提供了与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的检测方法，其包括如下步骤：(1)使用上述核苷酸中的扩增引物对样品进行PCR扩增，得到第一扩增产物；(2)使用上述核苷酸中的检测引物对经碱性磷酸酶处理后的第一扩增产物进行单碱基延伸反应，得到第二扩增产物；(3)采用飞行时间质谱技术分析所述第二扩增产物的多态性。判断结果时，根据检测引物扩增的分子量大小和峰位置，各确定各SNP位点的基因型。进一步地，在本专利技术的一些实施方案中，在步骤(1)中，进行PCR扩增的体系含有：引物组合1-引物组合9的扩增引物、Mg2+、dNTPs和TaqDNA聚合酶。进一步地，在本专利技术的一些实施方案中，在步骤(1)中，所述扩增引物在体系中的浓度为0.8-1.2μM。进一步地，在本专利技术的一些实施方案中，在步骤(1)中，进行PCR本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸，其特征在于，其包括引物组合1‑引物组合9中的一种或多种的组合；其中，引物组合1包括：SEQ ID NO.1‑2所示的扩增引物和SEQ ID NO.19所示的检测引物；引物组合2包括：SEQ ID NO.3‑4所示的扩增引物和SEQ ID NO.20所示的检测引物；引物组合3包括：SEQ ID NO.5‑6所示的扩增引物和SEQ ID NO.21所示的检测引物；引物组合4包括：SEQ ID NO.7‑8所示的扩增引物和SEQ ID NO.22所示的检测引物；引物组合5包括：SEQ ID NO.9‑10所示的扩增引物和SEQ ID NO.23所示的检测引物；引物组合6包括：SEQ ID NO.11‑12所示的扩增引物和SEQ ID NO.24所示的检测引物；引物组合7包括：SEQ ID NO.13‑14所示的扩增引物和SEQ ID NO.25所示的检测引物；引物组合8包括：SEQ ID NO.15‑16所示的扩增引物和SEQ ID NO.26所示的检测引物；引物组合9包括：SEQ ID NO.17‑18所示的扩增引物和SEQ ID NO.27所示的检测引物。...

【技术特征摘要】
1.一种检测与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的核苷酸，其特征在于，其包括引物组合1-引物组合9中的一种或多种的组合；其中，引物组合1包括：SEQIDNO.1-2所示的扩增引物和SEQIDNO.19所示的检测引物；引物组合2包括：SEQIDNO.3-4所示的扩增引物和SEQIDNO.20所示的检测引物；引物组合3包括：SEQIDNO.5-6所示的扩增引物和SEQIDNO.21所示的检测引物；引物组合4包括：SEQIDNO.7-8所示的扩增引物和SEQIDNO.22所示的检测引物；引物组合5包括：SEQIDNO.9-10所示的扩增引物和SEQIDNO.23所示的检测引物；引物组合6包括：SEQIDNO.11-12所示的扩增引物和SEQIDNO.24所示的检测引物；引物组合7包括：SEQIDNO.13-14所示的扩增引物和SEQIDNO.25所示的检测引物；引物组合8包括：SEQIDNO.15-16所示的扩增引物和SEQIDNO.26所示的检测引物；引物组合9包括：SEQIDNO.17-18所示的扩增引物和SEQIDNO.27所示的检测引物。2.一种与抗癫痫类药物相关的基因的SNP位点的检测方法，其特征在于，其包括如下步骤：(1)使用权利要求1所述的核苷酸中的扩增引物对样品进行P...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡昌明，赵薇薇，严慧，朱阳进，徐艳艳，汤愿笑，甘立佳，于世辉，
申请(专利权)人：广州金域医学检验中心有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44