一种与绵羊单胎多羔性状相关的SNP分子标记及SMAD1基因分型检测试剂盒和应用制造技术

本发明专利技术提供了一种与绵羊单胎多羔性状相关的SNP分子标记及其检测试剂盒和应用，属于绵羊SNP分子标记技术领域，所述SNP位点位于绵羊第17号染色体上第12487190bp位点(NC_019474.1(12462102‑12544485)，所述位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔具有显著的相关性。通过对所述SNP位点进行分型即可确定待测绵羊产羔性能。本发明专利技术提供的利用检测绵羊所述SNP位点基因型的方法，灵敏度，准确性更高，性价比更高，可对所述SNP位点实现自动化检测，在绵羊育种过程中，可将具有单胎产多羔性状的TT纯合个体和GT杂合个体选留下来，从而提高绵羊的繁殖力。

A SNP Molecular Marker and SMAD1 Genotyping Kit Related to Single Lambing Traits in Sheep and Its Application

The present invention provides a SNP molecular marker and its detection kit and application related to the single lambing trait of sheep, belonging to the technical field of sheep SNP molecular marker. The SNP locus is located at the 1248 790 BP locus (NC_019474.1 (12462 102 12544485) on chromosome 17 of sheep, and there is a G/T base mutation on the locus, which has a significant correlation with multiple lambs of sheep. The lambing performance of sheep can be determined by typing the SNP loci. The method of detecting the genotype of SNP locus in sheep has higher sensitivity, accuracy and cost-effectiveness. The method can realize automatic detection of the SNP locus. In the process of sheep breeding, TT homozygotes and GT heterozygotes with single birth and multiple lambs can be selected to remain, thereby improving the reproductive capacity of sheep.

【技术实现步骤摘要】
一种与绵羊单胎多羔性状相关的SNP分子标记及SMAD1基因分型检测试剂盒和应用
本专利技术属于绵羊SNP分子标记
，尤其涉及一种与绵羊单胎多羔性状相关的SNP分子标记及SMAD1基因分型检测试剂盒和应用。
技术介绍
产羔性状是绵羊的重要经济性状之一。对于绵羊而言，提高每胎的产羔数是提升生产经济效益的重要措施。应用基因组学方法的研究能在整个基因组的水平去筛选出与绵羊繁殖性状相关的候选基因和分子标记，使学者们能够更深入的理解绵羊多羔性状的遗传机理，可对我国绵羊业的可持续发展将带来巨大的经济效益。SMAD1基因位于绵羊17号染色体上，包含10个外显子，编码区总长2000bp，编码蛋白含465个氨基酸。该基因在山羊、牛和猪等哺乳动物之间具有非常高的同源性。研究表明：在哺乳动物卵泡发育和颗粒细胞生长分化过程中，需要促性腺激素、性腺类固醇激素和细胞因子等共同调控，其中细胞因子以旁分泌和自分泌方式在生殖细胞间进行信号对话，实现对卵泡发育和颗粒细胞生长分化的调控作用，主要包括Wnt/β-catenin、MAPK和TGF-β/Smad信号通路等。其中，TGF-β/SMADs信号通路在哺乳动物卵巢的卵泡发育，卵泡闭锁与成熟过程中发挥极其重要的调控作用。SMAD蛋白作为TGF-β/SMADs信号通路下游重要的转录因子，介导细胞外TGF-β信号在细胞内的转导，广泛分布于不同的组织并介导多种类型的生理过程。池秋蝶(池秋蝶,董迎辉,姚韩韩,林志华.文蛤Smad1/5基因克隆、时空表达及生长相关SNP位点筛查[J].水生生物学报,2018,42(02):277-283)等通过外显子测序获得文蛤Smad1基因多态信息，并发现其多态性明显影响文蛤的生长发育。Xu(XUSS,GAOL,XIEXL,RENYL,SHENZQ,WANGF,SHENM,EYORSDOTTIRE,HALLSSONJH,KISELEVAT,KANTANENJ,LIMH.Genome-wideassociationanalyseshighlightthepotentialfordifferentgeneticmechanismsforlittersizeamongsheepbreeds[J].FrontiersinGenetics,2018,9:118.)等研究发现位于SMAD1基因内含子区域的rs40635766突变与湖羊繁殖力密切相关，可能是控制湖羊多羔繁殖的一个主效基因。目前在SMAD1基因中尚没有发现与绵羊产羔性能紧密相关的SNP位点。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种与绵羊单胎多羔性状相关的SNP分子标记及其检测试剂盒和应用。为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供了一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记，所述SNP位点位于绵羊第17号染色体上第12487190bp位点(NC_019474.1(12462102-12544485)点，所述位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔具有显著的相关性，当所述位点为T碱基时，绵羊具有单胎产多羔性状；当所述位点为G碱基时，绵羊无单胎产多羔性状；所述SNP位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1，2012年9月。本专利技术还提供了利用SequenomSNP技术检测绵羊SMAD1基因型的引物组，包括第一引物、第二引物和延伸引物；所述第一引物的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示；所述第二引物的核苷酸序列如SEQIDNo.2所示；所述延伸引物的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示。本专利技术还提供了利用SequenomSNP技术检测绵羊SMAD1基因型的试剂盒，包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、MgCl2、PCR反应缓冲液和SAP酶，还包括所述的引物组。优选的，所述引物组中第一引物和第二引物的使用浓度独立为0.45～0.55μmol/L；所述引物组中的延伸引物的浓度为0.6～1.3μmol/L。优选的，所述试剂盒还包括基因型为TT的标准阳性模板DNA。本专利技术还提供了利用SequenomSNP技术检测绵羊SMAD1基因型的方法，包括以下步骤：1)提取待测绵羊的基因组DNA；2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用所述引物组中的第一引物和第二引物进行PCR扩增反应获得PCR扩增产物；3)用SAP酶对步骤2)中获得的PCR扩增产物进行消化获得消化后的产物；4)以消化后的产物为模板，利用所述引物组中的延伸引物进行延伸反应获得延伸产物；5)利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术分析延伸产物，确定所述SNP位点的基因型。优选的，步骤2)中所述PCR扩增反应使用的反应体系以5μL计包括：所述PCR扩增反应的程序为：预变性94℃2min；变性94℃20s；退火56℃30s；延伸72℃60s；所述变性、退火和延伸步骤进行45个循环后；72℃保持3min。优选的，步骤3)中所述消化体系以2μL计包括：10×SAPBuffer0.17μL；1.7U/μLSAP酶0.30μL；去离子水1.53μL；所述消化的程序为：37℃，40min；85℃，5min。优选的，步骤4)中所述延伸反应的体系以2μL计包括：所述延伸反应的程序为：94℃30s；[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]；其中所述(52℃5s，80℃5s)进行5个循环，所述[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]进行40个循环；72℃3min。本专利技术还提供了所述的SNP位点在绵羊辅助育种中的应用，在绵羊育种过程中，筛选所述SNP位点为T碱基的绵羊进行后续育种。本专利技术的有益效果：本专利技术提供的与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记，所述SNP位点位于绵羊第17号染色体上第12487190bp位点(NC_019474.1(12462102-12544485)，所述位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔具有显著的相关性，当所述位点为T碱基时，绵羊具有单胎产多羔性状；当所述位点为G碱基时，绵羊无单胎产多羔性状。所述SNP位点的G/T碱基突变与绵羊多羔性状紧密相关，通过对所述SNP位点进行分型即可确定待测绵羊产羔性能。本专利技术提供的利用SequenomSNP技术检测绵羊SMAD1基因型的方法，灵敏度，准确性更高，性价比更高，能同时对数百至数千份样本中数十到数百个SNP位点进行检测。本专利技术中所述方法可对所述SNP位点实现自动化检测，在绵羊育种过程中，可以将具有单胎产多羔性状的TT纯合个体和GT杂合个体选留下来，从而提高绵羊的繁殖力，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。附图说明图1为本专利技术实施例1中利用SequenomSNP技术对SMAD1基因的三种基因型，即GG、GT和TT的检测结果。具体实施方式本专利技术提供了一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记，所述SNP位点位于绵羊第17号染色体上第12487190bp位点(NC_019474.1(12462102-12544485)，所述位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔具有显著的相关性，当所述位点为T碱基时，绵羊具有单胎产多羔性状；当所述位点为G碱基时，绵羊无单胎产多羔性状；所述SNP位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1，2012年9月。本专利技术中所述SNP位点位于SMAD1基因中。本专利技术还提供了利用Sequenom本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP位点位于绵羊第17号染色体上第12487190bp位点(NC_019474.1(12462102‑12544485)，所述位点位于SMAD1基因内部，所述位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔具有显著的相关性，当所述位点为T碱基时，绵羊具有单胎产多羔性状；当所述位点为G碱基时，绵羊无单胎产多羔性状；所述SNP位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1，2012年9月。

【技术特征摘要】
1.一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP位点位于绵羊第17号染色体上第12487190bp位点(NC_019474.1(12462102-12544485)，所述位点位于SMAD1基因内部，所述位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔具有显著的相关性，当所述位点为T碱基时，绵羊具有单胎产多羔性状；当所述位点为G碱基时，绵羊无单胎产多羔性状；所述SNP位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1，2012年9月。2.利用SequenomSNP技术检测绵羊SMAD1基因型的引物组，其特征在于，包括第一引物、第二引物和延伸引物；所述第一引物的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示；所述第二引物的核苷酸序列如SEQIDNo.2所示；所述延伸引物的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示。3.利用SequenomSNP技术检测绵羊SMAD1基因型的试剂盒，包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、MgCl2、PCR反应缓冲液和SAP酶，其特征在于，还包括权利要求2所述的引物组。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述引物组中第一引物和第二引物的使用浓度独立为0.45～0.55μmol/L；所述引物组中的延伸引物的浓度为0.6～1.3μmol/L。5.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括基因型为TT的标准阳性模板DNA。6.利用SequenomSNP技术检测绵羊SMAD1基因型的方法，包括以下步骤：1)提取待测绵羊的基因组DNA；2...

【专利技术属性】
技术研发人员：储明星，田志龙，刘秋月，狄冉，王翔宇，胡文萍，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11