与主动脉夹层疾病相关的SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种基于全外显子测序技术筛选与主动脉夹层疾病相关的SNP位点，所述SNP位点包括以下主动脉夹层易感性SNP位点中的一种或两种：PTK6_c.205G>A_p.E69K；TSHZ2_c.724C>T_p.R242C。进一步，本发明专利技术提供所述SNP位点在检测主动脉夹层疾病的检测产品中的应用。本发明专利技术通过发现了两个主动脉夹层易感SNP位点并研究了其在主动脉夹层早期预测的应用前景，本发明专利技术提供的主动脉夹层相关的基因位点可能是主动脉夹层的早期生物标志物，为进一步研究主动脉夹层的遗传分子机制，探索主动脉夹层早期防治的药物靶点提供了新的方向。

【技术实现步骤摘要】
与主动脉夹层疾病相关的SNP位点及其应用
本专利技术涉及生物医学领检测
，具体涉及与主动脉夹层疾病相关的SNP位点及其应用。
技术介绍
主动脉夹层(AorticDissection，AD)系指主动脉在一系列外在因素作用下(如高血压、外伤等因素)，基于主动脉壁本身存在或不存在病变，主动脉内膜出现破口，血液自主动脉内膜破口侵入主动脉壁的中层，主动脉中层不断撕裂、纵向分离，导致呈现出一种主动脉管腔真假两腔并存的状态。主动脉夹层起病急骤，发展迅速，预后凶险。尽管目前的各种治疗手段不断改进，但是AD的发病率和死亡率依然居高不下，并且如果不进行恰当和及时的治疗，AD死亡率极高。有报道称约有近20％的AD患者在到达医院之前死亡，而30％的患者在住院治疗期间死亡。目前临床上对AD缺乏有效的药物干预手段，主要采用外科手术进行血管置换、介入手术进行主动脉腔内支架植入以及两者结合应用，但是手术风险大，费用高，并且远期的复发率和再手术率仍然较高。伴随着影像学技术及医疗设备条件的进步，AD疾病检出率呈上升趋势，对于AD的发生及发病机制的研究也在不断深入。AD生成机制与遗传学密切相关。AD相关易感基因是目前AD遗传学研究热点，从基因角度分析与AD相关的易感基因很有意义。伴随着人类基因组测序计划完成和高通量测序技术的发展，医学领域的科研工作者对人类基因组有了更深入的认识，对疾病相关遗传变异、相关基因的功能及调控网络的认识也逐渐加深，高通量测序得到广泛应用。全外显子组测序(WholeExomeSequencing，WES)技术是利用外显子捕获试剂盒捕捉整个外显子区域DNA，然后进行高通量测序，是目前基因组学研究中非常成熟的一部分。近两年来，采用WES技术研究复杂疾病的文献报道开始出现，展现出该技术的巨大优势。ZiganshinBA等学者对102例胸主动脉瘤和AD患者进行WES分析，发现21.6％患者存在1个或多个其它基因的突变，3.9％患者存在FBN1、COL5A1、MYLK、FLNA基因的有害突变。JaniceL.Farlow等对45位颅内动脉瘤患者进行了WES，发现68个基因存在变异，TMEM132B基因的表达在患者和对照者中显著不同(44VS16)。表明在常见复杂疾病中可通过高通量测序鉴别罕见变异。并且，有越来越多的证据表明稀有变异对常见疾病易患性有中到强度的效应影响，可解释很大部分的遗传缺失。罕见突变(MAF<1％或5％)的局限性，而且费用、时间成本均较高。全基因组关联分析(genomewideassociationstudies，GWAS)只能识别常见变异(commonvariants，CV：MAF＞5％)，忽略了某些未知的与AD发病相关的功能候选基因。WES相较于全基因组测序(WholeGenomeSequencing，WGS)、GWAS具有对基因组编码区域的高深度测序，除大片段的缺失重复及SNP外，还能发现低频突变、罕见突变，识别范围更广，具有低成本、高效率的优势，是寻找疾病易感基因或位点特别是发现新易感基因或位点最常用的方法之一，可弥补GWAS不能筛选未知候选基因的缺陷。AD血管风险高，不容易早期发现，基于已知致病基因的遗传学诊断阳性率有限，难于做早期风险评估，亟待发现新的分子标志物。
技术实现思路
为了解决上述问题，本专利技术的目的在于提供一种基于全外显子测序技术筛选与主动脉夹层疾病相关的SNP位点，所述SNP位点包括以下主动脉夹层易感性SNP位点中的一种或两种：PTK6_c.205G>A_p.E69K；TSHZ2_c.724C>T_p.R242C。进一步地，本专利技术提供了所述的SNP位点在制备检测主动脉夹层疾病的试剂中的应用。进一步地，本专利技术还提供了所述的SNP位点在制备预测主动脉夹层疾病早期诊断试剂盒中的应用。优选的，所述的试剂盒包括检测主动脉夹层易感性SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C是否发生突变试剂。优选的，所述试剂盒可以为采用本领域已知的任何技术检测SNP的试剂，只要其能够检出样本中易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C是否存在突变。其包括但不限于下面列举的各实施方式。在第一实施方式中，该试剂盒包括利用测序法检测样本中易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K位点A等位基因存在，和/或易感SNP位点TSHZ2_c.724C>T_p.R242C位点T等位基因存在的试剂。测序法是本领域所公知的技术，所需的引物等试剂，本领域普通技术人员均可根据需要自行选择(参见ABI、Beckman等公司测序仪相关使用说明)，在此不再赘述。利用该试剂盒，通过测序法可以直接测得样本中易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C的序列，从而判断其是否携带相应位点等位基因的变异，进而判断其主动脉夹层的易感性。在第二实施方式中，所述试剂盒包括利用Taqman探针SNP检测法检测样本中易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C基因型的试剂。其中所用Taqman探针为针对易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C设计的探针，该探针可以使用试剂公司提供的探针；也可使用软件自行设计，如PREMIERBiosoft公司的BeaconDesigner7.5。在第三实施方式中，所述试剂盒为利用PCR-单链构象多态性法检测样本中易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C基因型的试剂盒。该试剂盒中包括用于扩增易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C的引物，PCR试剂、对照样本和检测构象的电泳所需试剂。所述电泳优选非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。对照样本中包括易感SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69KGG纯合子的阴性对照样本和位点AA纯合子的阳性对照样本中的至少一个，另外同时还可以包括易感SNP位点TSHZ2_c.724C>T_p.R242CCC纯合子的阴性对照样本，和位点TT纯合子的阳性对照样本中的至少一个，此外还可以包括也可以不包括杂合子相应杂合子的对照样本。优选同时包括上述三类对照样本。待测样本扩增产物与对照样本的扩增产物同时电泳，比较其电泳结果可以得出待测样本中是否携带相应等位基因变异的检测结果。更进一步地，本专利技术提供了所述的SNP位点在制备诊断主动脉夹层疾病装置中的应用。优选的，所述诊断装置是测序芯片。再进一步地，本专利技术提供一种筛选与主动脉夹层疾病相关的SNP位点的方法，所述方法包括以下步骤：(1)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于全外显子测序技术筛选与主动脉夹层疾病相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点包括以下主动脉夹层易感性SNP位点中的一种或两种：PTK6_c.205G>A_p.E69K；TSHZ2_c.724C>T_p.R242C。

【技术特征摘要】
1.一种基于全外显子测序技术筛选与主动脉夹层疾病相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点包括以下主动脉夹层易感性SNP位点中的一种或两种：PTK6_c.205G>A_p.E69K；TSHZ2_c.724C>T_p.R242C。2.权利要求1所述的SNP位点在制备检测主动脉夹层疾病的试剂中的应用。3.权利要求1所述的SNP位点在制备预测主动脉夹层疾病早期诊断试剂盒中的应用。4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，所述的试剂盒包括检测主动脉夹层易感性SNP位点PTK6_c.205G>A_p.E69K和/或TSHZ2_c.724C>T_p.R242C是否发生突变试剂。5.权利要求1所述的SNP位点在制备检测主动脉夹层疾病装置中的应用。6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，所述检测装置是测序芯片。7.一种筛选与主动脉夹层疾病相关的SNP位点的筛选方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)提取主动脉夹层患者和正常对照的外周血样本的DNA；(2)将DNA进行超声片段化,打断片段末端补平，3’端加A，连接adaptor，选择350～400bp之间的片段制备全基因组文库；(3)应用GenCap液相捕获目标基因技术进行全外显子检测；用高通量测序仪进行双端测序,读长为100bp；(4)外...

【专利技术属性】
技术研发人员：王赞鑫，魏民新，
申请(专利权)人：王赞鑫，
类型：发明
国别省市：广东,44