Detection or methods for identifying antibodies that bind to microorganisms, such as pathogenic microorganisms, such as other infectious factors of bacteria are provided. In some embodiments, a method for identifying antibodies associated with target microorganisms includes encapsulation of antibody producing cells in gel droplets with target microorganisms. Antibodies produced by this method are also provided. Antibodies combined with variants or conserved regions or epitopes of Acinetobacter spp. were also provided.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】鉴定结合细胞表面表位的抗体的筛选方法相关申请的交叉引用本申请要求2016年1月29日提交的标题为“鉴定结合细胞表面表位的抗体的筛选方法(ScreeningMethodsforIdentifyingAntibodiesthatBindCellSurfaceEpitopes)”的美国临时申请号62/288,729的优先权，其内容通过引用全文的方式纳入。通过引用纳入序列表本申请与电子格式的序列表一同提交。所提供的序列表名称为757832000140SeqList.TXT，创建于2017年1月27日，其文件大小为53,519字节。序列表的电子格式的信息通过引用其全文方式纳入本文。
本公开内容提供了用于鉴定与微生物，例如病原微生物，例如细菌其它感染性物质结合的抗体的测定或方法。在一些实施方式中，用于鉴定结合靶微生物的抗体的方法包括在凝胶微滴中凝胶包封产抗体细胞和靶微生物。本公开还提供了通过该方法产生的抗体。本公开还提供了与不动杆菌的变体或物种所具有的保守区域或表位相结合的抗体。背景多重耐药细菌已在全世界范围内出现并且患病率越来越高，其引起严重的公共卫生问题。美国疾病控制和预防中心认为每年至少有23,000人死于抗生素耐药性感染，其中一些感染类型的死亡率高达50％。据报告，在难以治疗的革兰氏阴性病原体，例如不动杆菌的种(Acinetobacterspp.)和绿脓假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)中，在美国的多重耐药率分别为63％和13％。这些多重耐药菌株的持续流行使临床医生对患有危及生命的感染的患者几乎没有治疗选择。解决这种对新抗生素的迫切需要...
【技术保护点】
1.一种鉴定结合靶微生物的抗体的方法，包括：(a)获得多个候选产抗体细胞；(b)将所述多个候选产抗体细胞与靶微生物包封在凝胶微滴中；和(c)确定凝胶微滴内的产抗体细胞是否产生结合靶微生物的抗体，从而鉴定特异性结合靶微生物的抗体。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.01.29 US 62/288,7291.一种鉴定结合靶微生物的抗体的方法，包括：(a)获得多个候选产抗体细胞；(b)将所述多个候选产抗体细胞与靶微生物包封在凝胶微滴中；和(c)确定凝胶微滴内的产抗体细胞是否产生结合靶微生物的抗体，从而鉴定特异性结合靶微生物的抗体。2.如权利要求1所述的方法，其中：步骤(b)进一步包括在微滴中包封靶微生物的含表位片段或其变体；和步骤(c)包括确定被鉴定为结合靶微生物的抗体是否也在同一凝胶微滴中结合其含表位片段。3.一种鉴定结合靶微生物的抗体的方法，包括：(a)获得多个候选产抗体细胞；(b)将所述多个候选产抗体细胞与靶微生物和所述靶微生物的含表位片段或其变体包封在凝胶微滴中；和(c)确定凝胶微滴中的产抗体细胞是否产生与存在于相同凝胶微滴中的靶微生物和/或其含表位片段结合的抗体，从而鉴定特异性结合靶微生物或其含表位片段的抗体。4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述含表位片段与固体支持物结合。5.如权利要求4所述的方法，其中所述固体支持物是珠。6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中靶微生物是细菌，真菌，寄生虫或病毒。7.如权利要求6所述的方法，其中靶微生物是细菌或真菌。8.如权利要求6或7所述的方法，其中所述微生物是多重耐药性微生物。9.如权利要求6-8中任一项所述的方法，其中所述微生物是细菌，其为革兰氏阴性细菌。10.如权利要求9所述的方法，其中所述革兰氏阴性细菌是变形菌。11.如权利要求6-10中任一项所述的方法，其中所述微生物是选自下组的细菌：不动杆菌(Acinetobacter)，蛭弧菌(Bdellovibrio)，伯克霍尔德氏菌(Burkholderia)，衣原体(Chlamydia)，肠杆菌(Enterobacter)，埃希氏菌(Escherichia)，弗朗西斯菌(Francisella)，嗜血杆菌(Haemophilus)，螺杆菌(Helicobacter)，克雷伯氏菌(Klebsiella)，军团菌(Legionella)，莫拉氏菌(Moraxella)，奈瑟菌(Neisseria)，泛菌(Pantoea)，假单胞菌(Pseudomonas)，沙门氏菌(Salmonella)，志贺氏菌(Shigella)，寡养单胞菌(Stenotrophomonas)，弧菌(Vibrio)和耶尔森氏菌(Yersinia)。12.如权利要求6-11中任一项所述的方法，其中所述微生物选自：蜂属不动杆菌(Acinetobacterapis)，鲍氏不动杆菌(Acinetobacterbaumannii)，百利不动杆菌(Acinetobacterbaylyi)，贝杰不动杆菌(Acinetobacterbeijerinckii)，贝齐不动杆菌(Acinetobacterbereziniae)，布赫不动杆菌(Acinetobacterbohemicus)，波希不动杆菌(Acinetobacterboissieri)，布菲不动杆菌(Acinetobacterbouvetii)，布瑞不动杆菌(Acinetobacterbrisouii)，乙酸钙不动杆菌(Acinetobactercalcoaceticus)，简德不动杆菌(Acinetobactergandensis)，简瑞不动杆菌(Acinetobactergerneri)，广东不动杆菌(Acinetobacterguangdongensis)，瑰丽不动杆菌(Acinetobacterguillouiae)，吉伦伯不动杆菌(Acinetobactergyllenbergii)，溶血不动杆菌(Acinetobacterhaemolyticus)，哈尔滨不动杆菌(Acinetobacterharbinensis)，印度不动杆菌(Acinetobacterindicus)，约氏不动杆菌(Acinetobacterjohnsonii)，琼氏不动杆菌(Acinetobacterjunii)，库奇不动杆菌(Acinetobacterkookii)，鲁氏不动杆菌(Acinetobacterlwoffii)，拿氏不动杆菌(Acinetobacternectaris)，诺氏不动杆菌(Acinetobacternosocomialis)，巴基斯坦不动杆菌(Acinetobacterpakistanensis)，帕尔乌斯不动杆菌(Acinetobacterparvus)，彼特不动杆菌(Acinetobacterpitii)，皮特不动杆菌(Acinetobacterpittii)，濮阳不动杆菌(Acinetobacterpuyangensis)，清风不动杆菌(Acinetobacterqingfengensis)，抗辐不动杆菌(Acinetobacterradioresistans)，抗辐射不动杆菌(Acinetobacterradioresistens)，鲁迪斯不动(Acinetobacterrudis)，辛德勒不动杆菌(Acinetobacterschindleri)，塞氏不动杆菌(Acinetobacterseifertii)，索利不动杆菌(Acinetobactersoli)，坦氏不动杆菌(Acinetobactertandoii)，提氏不动杆菌(Acinetobactertjernbergiae)，塔氏不动杆菌(Acinetobactertowneri)，乌氏不动杆菌(Acinetobacterursingii)，可变不动杆菌(Acinetobactervariabilis)，温氏不动杆菌(Acinetobactervenetianus)，大肠杆菌(Escherichiacoli)，流感嗜血菌(Haemophilusinfluenzae)，肺炎克雷伯氏菌(kilbsiellapneumoniae)，绿脓假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)，鼠伤寒沙门氏菌(Salmonellatyphimurium)，鲍氏志贺氏菌(Shigellaboydii)，痢疾志贺氏菌(Shigelladysenteriae)，弗氏志贺氏菌(Shigellaflexneri)，索氏志贺氏菌(Shigellasonnei)，霍乱弧菌(Vibriocholera)和鼠疫耶尔森氏菌(Yersiniapestis)。13.如权利要求12所述的方法，其中所述微生物是鲍氏不动杆菌(Acinetobacterbaumannii)。14.如权利要求6-8中任一项所述的方法，其中所述微生物是细菌，其为革兰氏阳性细菌。15.如权利要求14所述的方法，其中所述微生物选自葡萄球菌(Staphylococcus)和链球菌(Streptococcus)物种。16.如权利要求6-8中任一项所述的方法，其中所述微生物是真菌，其为曲霉(Aspergillus)物种或念珠菌(Candida)物种。17.如权利要求6或8所述的方法，其中所述微生物是寄生虫，其为球虫(Coccidia)或疟原虫(Plasmodium)物种。18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述多个候选产抗体细胞获自已经暴露于靶微生物或靶微生物的含表位片段或其变体的供者。19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述多个候选产抗体细胞通过包括如下操作的方法获得：(i)通过将含有产抗体细胞的细胞组合物导入免疫受损动物中来扩增从已经暴露于靶微生物或靶标微生物的含表位片段或其变体的供者获得的产抗体细胞；并且(ii)回收扩增的产抗体细胞，从而获得多个候选产抗体细胞。20.如权利要求19所述的方法，其中含有产抗体细胞的细胞组合物包括从供者的脾和/或淋巴结获得的细胞。21.如权利要求19或20所述的方法，其中所述细胞组合物包含T细胞。22.如权利要求19-21中任一项所述的方法，其中所述细胞组合物包含外周血单核细胞(PBMC)，其包含产抗体细胞。23.如权利要求19-22中任一项所述的方法，其中免疫受损动物是SCID小鼠。24.如权利要求19-23中任一项所述的方法，其中将含有产抗体细胞的细胞组合物经静脉内或通过移植到免疫受损动物的脾中而被导入所述免疫受损动物中。25.如权利要求19-24中任一项所述的方法，其中：所述产抗体细胞来自暴露于靶微生物的第一变体或其含表位片段的供者，并且在将含有产抗体细胞的细胞组合物导入免疫受损动物之前，该方法包括将产抗体细胞与靶微生物的第二变体或其含表位片段混合或孵育，其中导入的细胞组合物包括与靶微生物的第二变体或其含表位片段复合的产抗体细胞。26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述含表位片段包含靶微生物的必需蛋白质或必需蛋白质的片段。27.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中所述含表位片段包括源自所述靶微生物的细菌外膜(OM)蛋白，膜蛋白，包膜蛋白，细胞壁蛋白，细胞壁组分，表面脂质，糖脂，脂多糖，糖蛋白，表面多糖，荚膜，表面附属物，鞭毛，纤毛或菌毛，单分子表面层，或S-层或其片段。28.如权利要求1-27中任一项所述的方法，其中所述含表位片段包含来自靶微生物表面的脂质。29.如权利要求28所述的方法，其中所述含表位片段包括脂多糖(LPS)或脂蛋白。30.如权利要求1-27中任一项所述的方法，其中所述含表位片段包含外膜(OM)蛋白。31.如权利要求30所述的方法，其中所述OM蛋白选自BamA，LptD，AdeC，AdeK，BtuB，FadL，FecA，FepA，FhaC，FhuA，LamB，MepC，MexA，NalP，NmpC，NspA，NupA，Omp117，Omp121，Omp200，Omp71，OmpA，OmpC，OmpF，OmpG，OmpT，OmpW，OpcA，OprA，OprB，OprF，OprJ，OprM，OprN，OstA，PagL，PagP，PhoE，PldA，PorA，PorB，PorD，PorP，SmeC，SmeF，SrpC，SucY，TolC，TtgC和TtgF。32.如权利要求31所述的方法，其中所述OM蛋白是BamA或LptD。33.如权利要求25-27和30-32中任一项所述的方法，其中通过溶解OM蛋白或其片段来制备所述含表位片段。34.如权利要求33所述的方法，其中通过添加一种或多种去污剂或表面活性剂进行溶解。35.如权利要求33或34所述的方法，还包括在与产抗体细胞混合或孵育之前再折叠含表位片段。36.如权利要求35所述的方法，其中再折叠在一种或多种去污剂或表面活性剂的存在下进行。37.如权利要求34-36中任一项所述的方法，其中所述去污剂或表面活性剂选自：月桂基二甲基氧化胺(LDAO)，2-甲基-2,4-戊二醇(MPD)，两亲高分子，两亲高分子A8-35，C8E4，曲通X-100，辛基葡糖苷，DM(正癸基-β-D-吡喃麦芽糖苷)，DDM(正十二烷基-β-D-吡喃麦芽糖苷，3-[(3-胆酰胺丙基)二甲基铵基]-1-丙磺酸盐(CHAPS)和3-[(3-胆酰胺丙基)二甲基铵基]-2-羟基-1-丙磺酸盐(CHAPSO)。38.如权利要求34-37中任一项所述的方法，还包括用两亲性聚合物或表面活性剂替代制备中的一些或全部去污剂和/或表面活性剂。39.如权利要求34-38中任一项所述的方法，其中在与产抗体细胞混合或孵育之前，从含表位片段的制备中除去或减少过量的去污剂或表面活性剂至对产抗体细胞无毒和/或不诱导产抗体细胞裂解的水平或量。40.如权利要求25-39中任一项的方法，其中第一和第二变体各自独立地包括靶微生物的含表位片段。41.如权利要求25-40中任一项所述的方法，其中第一和第二变体共享至少一个保守区域或结构域。42.如权利要求41所述的方法，其中第一和第二变体各自包含彼此不同的至少一个区域或结构域。43.如权利要求25-42中任一项所述的方法，其中第一和第二变体包括衍生自相同微生物的两种不同临床分离物的OM蛋白或其片段。44.如权利要求25-43中任一项所述的方法，其中第一变体和/或第二变体是全长OM蛋白，且第一和/或第二变体中的另一个是OM蛋白的片段，其包括OM蛋白的免疫显性表位或环的缺失。45.如权利要求41-44中任一项所述的方法，其中鉴定的抗体结合靶微生物的至少一个保守区域或结构域。46.如权利要求18-45中任一项所述的方法，其中所述供者已经用靶微生物或靶微生物的含表位片段或其变体免疫或被其感染。47.如权利要求18-46中任一项所述的方法，其中所述供者是免疫的动物或感染的动物。48.如权利要求18-47中任一项所述的方法，其中所述供者是哺乳动物或鸟。49.如权利要求18-48中任一项所述的方法，其中所述供者是人，小鼠或鸡。50.如权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：L·R·司维姆，R·瑟兹，M·施瓦茨，K·本德，武爽，F·芬德森，M·坎努斯瓦米，D·里奇，A·帕特尔，
申请(专利权)人：尔察祯有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
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