本发明专利技术涉及与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10与应用。与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10，上游标记核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，下游标记核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。本发明专利技术首次筛选出了与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L08。上述SSR标记能够将水稻第1染色体高杆基因进行遗传分析和精细定位，可用于构建水稻高密度遗传图谱和品种指纹图谱。
【技术实现步骤摘要】
与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10与应用
本专利技术涉及与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10与应用，特别涉及水稻简单重复序列(SSR，Simplesequencerepeats)分析标记及其在水稻高杆基因遗传分析和精细定位中的应用，属于DNA分子标记技术和分子生物学
技术介绍
SSR(simplesequencerepeat，简单重复序列)，又叫微卫星位点(Microsatellites)，是由1-6个核苷酸的重复单元串联重复而成的序列(Sharmaetal.,2007)，也是一种基于PCR(polymerasechainreaction)的DNA分子遗传标记，广泛分布于整个植物基因组。同一物种中不同材料的SSR基序重复次数不同，用重复区两侧相对保守的单拷贝序列设计引物，对基因组总DNA进行扩增，扩增片断的长度多态性可作为不同材料的特异分子标记。现已证实SSR存在于真核生物和绝大部分原核生物中。与RFLP、RAPD、AFLP等分子标记相比，SSR具有多态性高、结果重复性高、稳定可靠、操作简便等特点，已成为遗传分析和植物育种中应用最广泛的一类共显性分子标记(PlieskeandStruss,2001)。传统获得SSR标记的方法需通过建立、筛选基因组文库、克隆测序、引物设计等一系列实验，耗费许多人力、物力。随着基因组测序越来越便捷，由基因组数据中直接开发SSR标记的方法也被运用得越来越多。目前已在大豆、玉米、水稻、小麦、番茄、棉花等许多作物中开发出大量的SSR引物，用于这些作物的遗传多样性评价以及其它工作中(Ziekiewiczetal.,1994；Varshneyetal.,2005)。水稻是人类赖以生存的主要粮食作物，全世界约有1/2的人口以大米为主食。水稻也是一种重要的战略性物资，占我国粮食总产的一半以上，保障水稻生产对确保我国粮食安全和农业可持续发展有十分重要的战略意义。水稻由于具有基因组较小、遗传转化系统建立完善以及与其它禾本科植物存在较好的共性等优点，已经成为禾本科植物以及单子叶植物的模式植物(IzawaandShimamoto,1996)。目前，根据水稻基因组测序结果已经开发了大量SSR标记(McCouchetal.,2002；Sainietal.,2004；Nonoueetal.,2008；Matsubaraetal.,2008；Maasetal.,2010)，但对水稻SSR标记的开发仍未饱和。鉴于水稻在粮食安全和农业可持续发展方面重要性，开发新的特异性水稻SSR标记引物，对于构建高密度遗传图谱和品种指纹图谱具有重要意义，对于水稻分子育种、新品种开发、种子资源评价和栽培技术创新具有重要的指导意义。
技术实现思路
本专利技术针对现有技术的不足，提供与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10与应用。上述SSR分子标记为提供多态性，弥补目前水稻SSR标记较为缺乏的不足，为水稻种质鉴定研究及其群体遗传学提供了有力的研究工具。本专利技术提供了3对水稻第1染色体上SSR标记，并将它们应用于水稻高杆基因遗传分析和精细定位中。本专利技术技术方案如下：与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L06，该分子标记为一对，上游标记核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，下游标记核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。上述与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L06在构建水稻第1染色体高密度遗传图谱和品种指纹图谱中的应用。上述与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L06在水稻第1染色体高杆基因遗传分析和精细定位中的应用。与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L08，该分子标记为一对，上游标记核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，下游标记核苷酸序列如SEQIDNO.4所示。上述与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L08在构建水稻第1染色体高密度遗传图谱和品种指纹图谱中的应用。上述与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L08在水稻第1染色体高杆基因遗传分析和精细定位中的应用。与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10，该分子标记为一对，上游标记核苷酸序列如SEQIDNO.5所示，下游标记核苷酸序列如SEQIDNO.6所示。上述与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10在构建水稻第1染色体高密度遗传图谱和品种指纹图谱中的应用。上述与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10在水稻第1染色体高杆基因遗传分析和精细定位中的应用。有益效果本专利技术首次筛选出了3对与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L06、SSR分子标记L08、SSR分子标记L10。通过对水稻单片段代换系W27-14-1-2-03-24和轮回亲本HJX74基因组DNA进行扩增，并利用6％变性聚丙烯酰氨凝胶电泳进行检测，发现上述3对与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记的扩增产物带型明显，且在品种间具有很好的多态性，利用上述3对SSR标记能够将水稻高杆基因进行遗传分析和精细定位，可用于构建水稻第1染色体高密度遗传图谱和品种指纹图谱。附图说明图1为水稻单片段代换系上SSR标记亲本多态性筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果；其中：1为轮回亲本HJX74，2为水稻单片段代换系W27-14-1-2-03-24，a为RM315多态性筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果，b为RM104亲本多态性筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果，c为RM529多态性筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果，d为PSM331多态性筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果，e为PSM423多态性筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果；图2为水稻SSR标记PSM331，RM1068在F2群体中的分离中变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果；其中：(a)和(b)分别为利用SSR标记对PSM331和RM1068在HJX74(P1)和单片段代换系W27-14-1-2-03-24(P2)分离群体中的PH-1(t)基因扩增结果，1-20为F2群体个体；图3为轮回亲本HJX74与水稻单片段代换系W27-14-1-2-03-24杂交发展的作图群体定位的株高基因PH-1(t)的遗传图；图4为水稻SSR标记L06，L08和L10在F2群体中的分离中变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果；其中：(a)、(b)和(c)分别为利用SSR引物对L06，L08和L10在HJX74(P1)和单片段代换系W27-14-1-2-03-24(P2)分离群体中的PH-1(t)基因扩增结果，1-20为F2群体个体；图5为显性高秆基因在水稻第1染色体短臂上的分子连锁图。具体实施方式下面结合说明书附图及实施例对本专利技术的技术方案做进一步说明，但本专利技术所保护的范围不限于此。实施例中涉及的生物材料来源如下：水稻单片段代换系W27-14-1-2-03-24和轮回亲本HJX74购自华南农业大学农学院；实施例中涉及的酶、试剂及试剂盒均为普通市售产品。实施例1与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记的设计1.1引物设计方法：在需要发展微卫星标记的染色体区段进行分子标记的设计。从TIGR网站上(TheInstituteofGenomeResearch)(http://www.tigr.org/tdb/rice)下载该区域PAC/BAC克隆的序列。TIGR本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10，该分子标记为一对，上游标记核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，下游标记核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。
【技术特征摘要】
1.与水稻高杆QTL紧密连锁的SSR分子标记L10，该分子标记为一对，上游标记核苷酸序列如SEQIDNO.5所示，下游标记核苷酸序列如SEQIDNO.6所示。2.权利要求1所述与水稻高杆QTL紧密连...
【专利技术属性】
技术研发人员：姚方印，陈高，张华，柳絮，宣宁，杨永义，
申请(专利权)人：山东省农业科学院生物技术研究中心，
类型：发明
国别省市：山东,37
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