抗-ROR1抗体及其用途制造技术

本公开涉及抗‑ROR1结合蛋白，包括结合ROR1或其部分如ROR1蛋白的胞内C端部分的那些，并且涉及此种结合蛋白在免疫组化和诊断方法中的用途。还提供了使用所述结合蛋白的相关试剂盒和方法，以及治疗被确定为此种通过本文公开的结合蛋白或方法的治疗的候选人的患有疾病或病症的受试者的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗-ROR1抗体及其用途政府利益声明本专利技术利用国立健康研究院给予的在CA114536和CA138293下的政府资助进行。政府拥有本专利技术的某些权利。关于序列表的声明与本申请相关的序列表以文本格式而非纸件提供，并且通过引用到申请文件中而结合于此。含有序列表的文本文件的名称为360056_437WO_SEQUENCE_LISTING。该文本文件为52.2KB，于2017年2月1日生成，并且经由EFS-Web电子提交。背景受体酪氨酸激酶ROR1是在多种肿瘤中过表达而极少在正常组织中过表达的癌胚胎抗原。ROR1在B-细胞慢性淋巴细胞白血病(CLL)，套细胞淋巴瘤(MCL)并且在一些上皮癌症中高度表达。人ROR1由基因Ror1编码，所述基因编码两个推定的剪接变体：定位于细胞表面的937个氨基酸的全长同种型(ROR1_v1)，和保持细胞内定位的主要含有全长ROR1的N端部分的短的(截短的)393个氨基酸的同种型(ROR1_v2)(Hudecek等，Blood116：4532，2010)。基于ROR1在肿瘤细胞表面的高表达和正常组织中的最小ROR1表达，ROR1是利用治疗剂靶向的良好的肿瘤特异性或肿瘤相关性抗原。例如，表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞已被设计为靶向表达ROR1的肿瘤(Hudecek等，Blood116：4532-41，2010)。为了确定患者是否具有表达ROR1的恶性肿瘤以及适合于ROR1特异性疗法，重要的是具有能够检测受试者细胞中的内源ROR1(如在获自受试者的样品中的那些，例如表达在细胞表面上的ROR1形式，如在例如组织切片中的细胞表面表达的全长ROR1分子)表达的诊断试剂。免疫组化(IHC)是一种用于确定蛋白质在组织中存在与否的医学诊断中使用的常规技术。在其进行IHC分析前，肿瘤组织通常是福尔马林固定的和石蜡包埋的(FFPE组织)。因此，ROR1诊断抗体应当能够检测组织样品中内源表达的ROR1。可商购的抗-ROR1抗体无法有效地检测FFPE组织中的内源ROR1。此外，大多数商业抗体靶向ROR1的N端部分并且不能检测全长ROR1和仅含全长ROR1的氨基端部分的短的ROR1同种型之间的差异。因此，仍然需要可用于检测和量化内源表达的ROR1的抗体。本公开满足了此种需要，并且还提供了其他相关优点。概述在某些方面，本公开涉及结合蛋白，所述结合蛋白特异性结合位于ROR1的胞内蛋白激酶结构域的C端的ROR1的部分，其中所述结合蛋白任选地是免疫球蛋白样结合蛋白和/或是或包含抗体或其抗原-结合片段。在其他方面，本公开提供结合蛋白，所述结合蛋白特异性结合(i)包含SEQIDNO.：3的肽，其中所述肽任选地由SEQIDNO.：3组成，和/或(ii)ROR1蛋白的表位，所述表位(a)在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内和/或(b)包含在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内的一个或多个氨基酸。在另外的其他方面，提供包含抗体或其片段的结合蛋白，所述抗体或其片段包含与SEQIDNO.：15或16所示的氨基酸序列具有至少90％同一性的轻链可变结构域(VL)，以及与SEQIDNO.：12，13，或14所示的氨基酸序列具有至少90％同一性的重链可变结构域(VH)，其中所述抗体任选地特异性结合(i)包含SEQIDNO.：3的肽，其中所述肽任选地由SEQIDNO.：3组成，和/或(ii)ROR1蛋白的表位，所述表位(a)在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内和/或(b)包含在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内的一个或多个氨基酸。在另外的其他方面，本公开提供结合蛋白，所述结合蛋白与参比结合蛋白或免疫球蛋白样结合蛋白竞争与位于ROR1的胞内蛋白激酶结构域的C端的ROR1表位的特异结合。在一些实施方案中，本公开提供结合蛋白，所述结合蛋白与参比蛋白竞争与SEQIDNO：3的肽的结合。在某些方面，本公开涉及组合物，所述组合物包含如本文所述的结合蛋白。在某些方面，本公开涉及多核苷酸，所述多核苷酸编码如本文所述的结合蛋白。在某些方面，本公开涉及表达构建体，所述表达构建体包含编码如本文所述的结合蛋白的多核苷酸。在某些其他方面，本公开涉及宿主细胞，所述宿主细胞包含如本文所述的表达构建体，或由如本文所述的表达构建体提供的多核苷酸。在某些其他方面，提供用于制备根据本公开所述的结合蛋白的方法，所述方法包括在适合于表达所述结合蛋白的条件下培养包含表达构建体或由表达构建体提供的多核苷酸的宿主细胞，并且任选地从培养物分离所述结合蛋白。在某些其他方面，提供用于鉴别表达全长ROR1的细胞的方法，所述方法包括将细胞与如本文公开的结合蛋白接触并检测所述结合蛋白与所述细胞的特异结合，由此鉴定表达全长ROR1的细胞。在某些其他方面，本公开提供检测方法，其包括(a)将生物样品与如本文公开的结合蛋白或组合物接触；以及(b)检测所述结合蛋白与所述样品中的肽或表位的特异结合，或其缺乏，其中所述方法由此检测在所述样品中ROR1或ROR1表位存在与否。在某些其他方面，本公开提供用于鉴定ROR1在组织样品中的存在的方法，所述方法包括将组织样品与如本文公开的结合蛋白接触并且检测所述结合蛋白与所述组织的特异结合，由此鉴定表达ROR1的组织，所述ROR1任选地是全长和/或细胞表面ROR1。在某些其他方面，提供用于鉴定患有或处于患有与表达全长ROR1的细胞相关的疾病的风险的受试者的方法，所述方法包括将来自所述受试者的组织样品与结合蛋白接触并检测所述结合蛋白与所述组织的特异结合，由此鉴定患有或处于患有与表达全长ROR1的细胞相关的疾病的风险的受试者。在某些其他方面，提供用于鉴定患有过度增殖疾病或病症的受试者是否将受益于ROR1特异性治疗的方法，所述方法包括将来自所述受试者的组织样品与如本文公开的结合蛋白接触并检测所述结合蛋白与所述组织的特异结合，由此鉴定所述受试者是否将受益于ROR1特异性治疗。在某些其他方面，提供用于鉴定患有过度增殖疾病或病症的受试者是否将受益于ROR1特异性治疗的方法，所述方法包括将来自所述受试者的组织样品与如本文公开的结合蛋白接触并检测所述结合蛋白与所述组织的特异结合，由此鉴定所述受试者是否将受益于ROR1特异性治疗。在某些其他方面，提供用于确定患有与表达全长ROR1的细胞相关的过度增殖疾病或病症的受试者的预后的方法，所述方法包括将来自所述受试者的组织样品与如本文公开的结合蛋白接触并检测所述结合蛋白与所述组织的特异结合，其中检测特异结合将所述受试者鉴定为在不存在ROR1特异性治疗的情况下具有不良的预后。在某些其他方面，提供治疗方法，所述方法包括向患有疾病或病症的受试者施用抗-ROR1疗法，其中受试者中的疾病或病症的组织或样品已被鉴定为具有表面表达的ROR1的均一或均质的表达。在一些实施方案中，通过以上公开的方法进行所述确定。在另一方面，本公开提供试剂盒，所述试剂盒包含如本文公开的结合蛋白或免疫球蛋白样结合蛋白，或组合物。附图简述图1显示ROR1剪接变体的示意图。Ror1被表达为如下的两个剪接变体：定位于细胞表面的ROR1的全长937个氨基酸的同种型(本文中被称为″ROR1_v1″)；以及仅包含ROR1_v1的胞外N端部分(即，缺少跨膜结构域和含有酪本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.特异性结合位于ROR1的胞内蛋白激酶结构域的C端的ROR1的部分的结合蛋白，其中所述结合蛋白任选地是免疫球蛋白样结合蛋白和/或是或包含抗体或其抗原‑结合片段。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.02.02 US 62/290,337;2016.04.19 US 62/324,8761.特异性结合位于ROR1的胞内蛋白激酶结构域的C端的ROR1的部分的结合蛋白，其中所述结合蛋白任选地是免疫球蛋白样结合蛋白和/或是或包含抗体或其抗原-结合片段。2.结合蛋白，所述结合蛋白特异性结合(i)包含SEQIDNO.：3的肽，其中所述肽任选地由SEQIDNO.：3组成，和/或(ii)ROR1蛋白的表位，所述表位(a)在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内和/或(b)包含在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内的一个或多个氨基酸。3.结合蛋白，所述结合蛋白包含抗体或其片段，所述抗体或其片段包含轻链可变结构域(VL)和重链可变结构域(VH)，所述轻链可变结构域(VL)与SEQIDNO.：15或16所示的氨基酸序列具有至少90％同一性，所述重链可变结构域(VH)与SEQIDNO.：12，13，或14所示的氨基酸序列具有至少90％同一性，其中所述抗体任选地特异性结合(i)包含SEQIDNO.：3的肽，其中所述肽任选地由SEQ1DNO.：3组成，和/或(ii)ROR1蛋白的表位，所述表位(a)在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内和/或(b)包含在SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列内的一个或多个氨基酸。4.根据权利要求1至3中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白结合位于与SEQIDNO.：3所示的氨基酸序列具有至少90％同一性的氨基酸序列内的表位。5.根据权利要求1至4中任一项所述的结合蛋白，其中所述ROR1或ROR1蛋白是人ROR1。6.根据权利要求1至5中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白以1x10-7M或更小的Kd结合所述ROR1和/或所述肽和/或所述表位。7.根据权利要求1至6中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白包含(a)SEQIDNO.：6所示的重链CDR1氨基酸序列，或具有1或2个氨基酸置换的SEQIDNO.：6的变体；(b)SEQIDNO.：7所示的重链CDR2氨基酸序列，或具有1或2个氨基酸置换的SEQIDNO.：7的变体；和(c)SEQIDNO.：8所示的重链CDR3氨基酸序列，或具有1或2个氨基酸置换的SEQIDNO.：8的变体。8.根据权利要求1至7中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白包含(a)SEQIDNO.：9所示的轻链CDR1氨基酸序列，或具有1或2个氨基酸置换的SEQIDNO.：9的变体；(b)SEQIDNO.：10所示的轻链CDR2氨基酸序列，或具有1或2个氨基酸置换的SEQIDNO.：10的变体；和(c)SEQIDNO.：11所示的轻链CDR3氨基酸序列，或具有1或2个氨基酸置换的SEQIDNO.：11的变体。9.根据权利要求1至8中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白包含(i)重链CDR3，其具有SEQIDNO.：12，13，或14所示的重链可变结构域(VH)序列内的CDR3的氨基酸序列；和/或(ii)轻链CDR3，其具有SEQIDNO.：15或16所示的轻链可变结构域(VL)序列内的CDR3的氨基酸序列。10.根据权利要求9所述的结合蛋白，其中所述重链CDR3包含SEQIDNO.：29或SEQIDNO.：30所示的序列和/或所述轻链CDR3包含SEQIDNO.：35或SEQIDNO.：36所示的序列。11.根据权利要求9或10所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白还包含重链CDR1和/或重链CDR2，所述重链CDR1和/或重链CDR2分别具有在SEQIDNO.：12，13，或14所示的重链可变结构域(VH)序列内的CDR1和/或CDR2的氨基酸序列；和/或(ii)轻链CDR1和/或轻链CDR2，所述轻链CDR1和/或轻链CDR2分别具有在SEQIDNO.：15或16所示的轻链可变结构域(VL)序列内的CDR3的氨基酸序列。12.根据权利要求11所述的结合蛋白，其中所述重链CDR1包含SEQIDNO.：21，22，23，或24所示的序列，和/或所述重链CDR2包含SEQIDNO.：25，26，27，或28所示的序列；和/或所述轻链CDR1包含SEQIDNO.：31或32所示的序列并且所述轻链CDR2包含SEQIDNO.：33或34所示的序列。13.根据权利要求1至12中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白包含轻链可变结构域(VL)和重链可变结构域(VH)，所述轻链可变结构域(VL)与SEQIDNO.：15或16所示的氨基酸序列具有至少90％同一性，所述重链可变结构域(VH)与SEQIDNO.：12，13，或14所示的氨基酸序列具有至少90％同一性；和/或其中所述结合蛋白包含含有SEQIDNO.：37的VH和/或含有SEQIDNO.：38的VL。14.根据权利要求1至13中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白是抗体或其抗原-结合片段。15.根据权利要求14所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白包含抗体并且所述抗体是单克隆抗体或其抗原-结合片段。16.根据权利要求15所述的结合蛋白，其中所述单克隆抗体是和/或包含命名为6D4的抗体的抗原-结合部分。17.根据权利要求16所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白包含抗体的抗原-结合片段并且所述抗原-结合片段是scFv。18.根据权利要求17所述的结合蛋白，其中所述scFv包含单克隆抗体6D4的VL和VH。19.根据权利要求1至18中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白不结合ROR2。20.与参比结合蛋白或免疫球蛋白样结合蛋白竞争特异性结合位于ROR1的胞内蛋白激酶结构域的C端的ROR1表位的结合蛋白。21.与权利要求1至19中任一项的结合蛋白竞争结合ROR1和/或SEQIDNO：3的肽和/或与权利要求1至19中任一项的结合蛋白结合相同的或重叠的ROR1表位的结合蛋白。22.根据权利要求20所述的结合蛋白，其中所述参比结合蛋白包含SEQIDNO.：6所示的重链CDR1氨基酸序列，SEQIDNO.：7所示的重链CDR2氨基酸序列，SEQIDNO.：8所示的重链CDR3氨基酸序列，SEQIDNO.：9所示的轻链CDR1氨基酸序列，SEQIDNO.：10所示的轻链CDR2氨基酸序列，和SEQIDNO.：11所示的轻链CDR3氨基酸序列。23.根据权利要求20或22所述的结合蛋白，其中所述参比结合蛋白包含与SEQIDNO.：15或16所示的氨基酸序列具有至少90％同一性的轻链可变结构域(VL)，以及与SEQIDNO.：12，13，或14所示的氨基酸序列具有至少90％同一性的重链可变结构域(VH)。24.根据权利要求20至23中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白，所述参比结合蛋白，或两者，是抗体或其抗原-结合片段。25.根据权利要求24所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白，所述参比结合蛋白，或两者包含抗体并且所述抗体是单克隆抗体。26.根据权利要求24或25所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白，所述参比结合蛋白，或两者是嵌合或人源化抗体。27.根据权利要求24所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白，所述参比结合蛋白，或两者包含抗体的抗原-结合片段并且所述抗原-结合片段是scFv。28.根据权利要求20至27中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白，所述参比结合蛋白，或两者是包含抗原-结合结构域的融合蛋白。29.根据权利要求28所述的结合蛋白，其中所述融合蛋白的抗原-结合结构域是抗体的抗原-结合片段。30.根据权利要求29所述的结合蛋白，其中所述抗体的抗原-结合片段是scFv。31.根据权利要求20至30中任一项所述的结合蛋白，其中所述参比抗体是单克隆抗体6D4。32.根据权利要求1至31中任一项所述的结合蛋白，其中所述结合蛋白还包含标记。33.根据权利要求32所述的结合蛋白，其中所述标记是酶，染料，荧光标记，肽标签，或蛋白标签。34.根据权利要求1至33中任一项所述的结合蛋白，其中：(a)所述结合蛋白能够特异性结合内源存在于生物样品的细胞中的所述蛋白，ROR1和/或表位，所述样品任选地包含福尔马林固定的或冷冻的组织切片和/或经渗透化的细胞和/或任选地来源于受试者的肿瘤和/或(b)所述结合蛋白能够在所述参比抗体检测不到ROR1的内源表达的条件下检测到所述内源表达，所述参比抗体任选地选自由以下各项组成的组：多克隆ROR1抗体，识别ROR1的N端部分的ROR1抗体，ab135669，抗-人ROR1山羊多克隆抗体，抗-人ROR1兔多克隆抗体，抗-ROR14A5，和抗-人ROR12A2。35.根据权利要求34所述的结合蛋白，其中所述样品来源于肿瘤组织，所述肿瘤组织选自由以下各项组成的组：血液恶性肿瘤和实体瘤。36.根据权利要求35所述的结合蛋白，其中所述样品(a)来源于CLL或MCL或(b)来源于卵巢癌，肺癌，所述肺癌任选地选自肺腺癌，腺癌，鳞状细胞癌，小细胞癌，和非典型类癌，或乳腺癌，所述乳腺癌任选地是三阴性乳腺癌。37.根据权利要求35所述的结合蛋白，其中所述样品来源于正常组织，所述正常组织选自由以下各项组成...

【专利技术属性】
技术研发人员：阿什维尼·巴拉克里什南，本杰明·G·霍夫斯特伦，朱莉·伦道夫哈贝克，斯坦利·R·瑞德，
申请(专利权)人：弗雷德哈钦森癌症研究中心，
类型：发明
国别省市：美国,US