The invention belongs to the technical field of microbial molecular biology detection, and specifically discloses a method for the extraction of microorganism macrogenomics from the sputum, including the first sputum liquefaction, second sputum liquefaction, microbiological wall breaking, DNA extraction and nucleic acid quality detection and so on. The invention also disclosed a method for the establishment of microgenome microgenome Library of sputum, including the extraction of genomic DNA, genomic DNA, library amplification, library initial purification, two step selection and machine detection. The present invention adopts the gentle digestion method of combination of trypsin and SDS to release the host genome into the solution to obtain the microorganism with the intact cell wall structure, and to achieve the nucleic acid extraction of the host microorganism. The extraction method and construction method provided by the invention have good compatibility, and can be widely used in the mainstream sequencing platform. It has the advantages of flexible, convenient, efficient and fast and cost saving, and has a good prospect of popularization and application.
【技术实现步骤摘要】
一种痰液微生物宏基因组去宿主化提取和建库方法
本专利技术涉及微生物分子生物学检测
,具体地,涉及一种痰液微生物宏基因组去宿主化提取和建库方法。
技术介绍
近年来微生物宏基因组领域的研究越来越热门,尤其是在人体肠道微生物与人类健康方面取得了重大进展,但呼吸道微生物方面却因为呼吸道样品处理和建库较困难,进展缓慢。呼吸道微生物方面研究的主要是呼吸道疾病,如重症肺炎、肺结核、囊性纤维化病、流感等带有传染性的疾病。这些疾病常见的样品类型为唾液、痰液、气道灌洗液等,常见菌有金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、溶血性链球菌、肠杆菌科细菌、结核分枝杆菌、乙肝病毒、厌氧链球菌、米勒链球菌、拟杆菌属、卡他莫拉菌、铜绿假单胞菌、呼吸道真菌、呼吸道病毒等,这些病原微生物多数为《人间传染的病原微生物名录》危害程度分类为二类、三类高传染、高致病性的微生物,且要求在基础实验室-二级生物安全水平(BSL-2)进行处理,即有配套微生物处理规范的病毒房里进行实验操作。因此,对工作人员及科研单位要求较高,目前常规医院及科研公司尚未具备相应条件,而无法开展实验。常见样本中的痰液痰核粘稠坚硬,气道灌洗液中也含有痰液或血液,在进行核酸提取前,需要进行液化,才能将痰液里面的细菌DNA释放出来,进而使用过柱法或者磁珠法进行核酸提取。目前,痰液的液化和核酸提取主要有以下四种方法:(1)直接水煮法,煮沸10min后将上清液进行PCR扩增检测反应,该法方便快捷、成本低,但容易造成部分液化不全、基因组断裂;(2)先用4%或1MNaOH溶液液化处理后再提取,该法试剂来源方便、反应时间足够长,能够完全液化痰液,但碱性 ...
【技术保护点】
一种用于痰液微生物宏基因组去宿主化提取的工作液,其特征在于,包括第一次痰液液化工作液和第二次痰液液化工作液;所述第一次痰液液化工作液由胰蛋白酶和TB1 buffer组成;所述TB1 buffer包含如下终浓度的各组分:45~55mM CaCl2、132~142mM NaCl、2.2~3.2mM KCl、9.5~10.5mM Na2HPO4•12H2O和1.5~2.5mM KH2PO4,pH值为7~9;所述第二次痰液液化工作液由TB2 buffer组成,包含如下终浓度的各组分:5~15mM Tris‑HCl、10~20mM EDTA、0.5~1.5% Triton X‑100、0.2~0.3%(w/v) SDS、45~55mM DTT和15~25mM HEPS‑KOH,pH值为8.0。
【技术特征摘要】
1.一种用于痰液微生物宏基因组去宿主化提取的工作液,其特征在于,包括第一次痰液液化工作液和第二次痰液液化工作液;所述第一次痰液液化工作液由胰蛋白酶和TB1buffer组成;所述TB1buffer包含如下终浓度的各组分:45~55mMCaCl2、132~142mMNaCl、2.2~3.2mMKCl、9.5~10.5mMNa2HPO4•12H2O和1.5~2.5mMKH2PO4,pH值为7~9;所述第二次痰液液化工作液由TB2buffer组成,包含如下终浓度的各组分:5~15mMTris-HCl、10~20mMEDTA、0.5~1.5%TritonX-100、0.2~0.3%(w/v)SDS、45~55mMDTT和15~25mMHEPS-KOH,pH值为8.0。2.根据权利要求1所述用于痰液微生物宏基因组去宿主化提取的工作液,其特征在于,所述胰蛋白酶活力为1:2500、1:250或1:300。3.根据权利要求1所述用于痰液微生物宏基因组去宿主化提取的工作液,其特征在于,所述TB1buffer包含如下终浓度的各组分:50mMCaCl2、137mMNaCl、2.7mMKCl、10mMNa2HPO4•12H2O和2mMKH2PO4,pH值为7~9。4.根据权利要求1所述用于痰液微生物宏基因组去宿主化提取的工作液,其特征在于,所述TB2buffer包含如下终浓度的各组分:10mMTris-HCl、15mMEDTA、1%TritonX-100、0.25%(w/v)SDS、50mMDTT和20mMHEPS-KOH,pH值为8.0。5.一种痰液微生物宏基因组去宿主化提取方法,其特征在于,包括以下步骤:第一次痰液液化、第二次痰液液化、微生物破壁、DNA提取和核酸质量检测;所述第一次痰液液化为取痰液...
【专利技术属性】
技术研发人员:伍泳彰,陈杰,
申请(专利权)人:广州赛哲生物科技股份有限公司,
类型:发明
国别省市:广东,44