用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质制造技术

为罹患癌症的患者提供改进的治疗方法。该方法鉴定肿瘤是否将对包含抗‑Her2治疗剂的治疗方案的治疗产生应答。通过SRM质谱直接在从肿瘤组织所收集的肿瘤细胞中对特定Her2片段肽进行精确定量，所述肿瘤组织获自癌症患者，并与参考水平进行比较，以确定癌症患者是否将对采用特异性靶向Her2蛋白质的治疗剂的治疗产生积极应答。

Quantitative Her2 protein for optimal cancer treatment

Provide an improved treatment for patients suffering from cancer. This method will identify whether the tumor will respond to the treatment regimen containing anti Her2 therapeutic agents. The specific Her2 fragment peptide was quantified by SRM mass spectrometry directly from tumor cells collected from the tumor tissue. The tumor tissue was obtained from cancer patients and compared with the reference level to determine whether cancer patients would respond positively to the treatment of specific targeted Her2 proteins.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质本申请要求2015年5月29日提交的美国临时申请第62/168,709号和2016年3月18日提交的美国临时申请第62/310,639号的优先权，每篇申请的题目均为“用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质”。本申请还包含通过EFS-网站以电子方式提交的序列表，该序列表作为纸件副本和计算机可读格式(CRF)，并由一个标题为“001152_8047_US02_SEQ_LISTING”的文件组成，该文件于2016年5月31日创建，其大小为444字节，并且其全部内容通过引用并入本文中。引言提供了通过分析来自患者的肿瘤组织以及识别那些最有可能对采用抗Her2治疗剂的治疗有应答的患者来治疗癌症患者的方法。通过定量来自全长Her2蛋白质的子序列(也称为Neu原癌基因、c-ErbB-2、酪氨酸激酶型细胞表面受体HER2、p185erbB2和CD340)的特定肽，来确定肿瘤组织中Her2的表达水平，并将该水平与参考水平进行比较。如果Her2的表达水平高于参考水平，则采用包含至少一种抗Her2治疗剂的方案治疗患者，而如果所述水平低于参考水平，则采用不包含抗Her2剂的方案治疗患者。使用基于质谱的选择性应监测(SRM)，也称为多重反应监测(MRM)，其在本文中称为SRM/MRM测定，来检测特定的肽。使用SRM/MRM测定来直接检测从癌症患者组织(例如福尔马林固定的癌组织)获得的细胞中存在的特定Her2片段肽以及定量地测量特定Her2片段肽的含量。肽的含量允许定量肿瘤样品中完整Her2蛋白质的含量。基于在其癌细胞中存在多少Her2蛋白质，可使用特定和优化的治疗剂和治疗策略来治疗个体癌症患者的疾病。
技术实现思路
提供了用于治疗患有癌症的患者的方法。所述方法包括以下步骤：(a)定量由获自患者的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定Her2片段肽的水平，并通过选择反应监测使用质谱来计算所述样品中Her2肽的水平；(b)将所述Her2片段肽的水平与参考水平进行比较，以及(c)当所述Her2片段肽的水平高于所述参考水平时，采用包含有效量的抗-Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗，或(d)当所述Her2片段肽的水平低于所述参考水平时，采用不包含有效量的抗-Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗。所述参考水平约为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-250amol/μg、+/-150amol/μg、+/-100amol/μg、+/-50amol/μg、±25amol/μg，并且所述癌症可以是，例如，妇科癌症、食道癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌或肺癌。优选地，所述癌症是胃癌。所述生物样品的蛋白质消化物可以通过LiquidTissue方案制备。所述蛋白质消化物可以包含蛋白酶消化物，例如，胰蛋白酶消化物。所述质谱的方法可以包括串联质谱法、离子阱质谱法、三重四极质谱法、MALDI-TOF质谱法、MALDI质谱法、混合离子阱/四极质谱法和/或飞行时间质谱法。所使用的质谱的模式可以为，例如，选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。在这些方法中，所述特定Her2肽可以具有如SEQIDNO：1所示的氨基酸序列。所述肿瘤样品可以是细胞、细胞集合或实体组织，也可以是福尔马林固定的实体组织，包括石蜡包埋的组织。可优选地通过与已知含量的掺入的内标肽进行比较来定量特定Her2片段肽，其中生物样品中的天然肽和内标肽均对应于如SEQIDNO：1中所示的Her2片段肽的相同氨基酸序列。优选地，所述内标肽为同位素标记的肽，标记有，例如，一种或多种选自18O、17O、15N、13C、2H或其组合的重稳定同位素。所述特定Her2片段肽的测量可与检测和定量来自多重形式中的其它肽进行组合，以使得有关哪种药剂用于治疗的治疗决定是依据生物样品中特定Her2片段肽与其他肽/蛋白质相结合的特定水平进行的。在上述方法中，当所述特定肽的水平高于所述参考水平时，则所述抗-Her2治疗剂包含曲妥珠单抗，反之，当所述特定肽的水平低于所述参考水平时，则治疗性治疗不包含曲妥珠单抗。附图简要说明图1显示了采用曲妥珠单抗+化疗进行治疗的患者与只采用化疗进行治疗的患者的无进展生存率的比较。将Her2＞1825amol/μg的患者与Her2＜1825amol/μg的患者进行数据比较。图2显示了采用曲妥珠单抗+化疗进行治疗的患者与只采用化疗进行治疗的患者的总生存率的比较。将Her2＞1825amol/μg的患者与Her2＜1825amol/μg的患者进行数据比较。详细说明提供了用于确定癌症患者是否将以有利的方式临床应答特异性靶向Her2蛋白质的癌症治疗剂的定量方法。具体而言，提供了用于测量来自患者的肿瘤样品或样品中Her2蛋白质的诊断方法，并且所得到的定量数据用于指导针对该患者的后续治疗决策。所述样品有利地是福尔马林固定的。使用测量特定Her2肽片段的SRM/MRM测定，以及关于该肽的特定特征，确定来源于福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织的细胞中的Her2的含量。肽片段来源于全长Her2蛋白质(ICD)的细胞内域，并具有ELVSEFSR序列。令人惊讶的是，已经发现这种肽可以在由肿瘤组织的FFPE样品制备的消化物中进行可靠地检测和定量。参见申请号为13,993,045的美国专利，其内容通过引用全文纳入本文。更具体地，SRM/MRM测定可直接测量由从诸如福尔马林固定的癌症患者组织的患者组织样品取得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中的这种肽。由福尔马林固定的组织制备蛋白质样品的方法描述在美国专利第7,473,532号中，其内容通过引用全文纳入本文。美国专利号7,473,532中描述的方法可使用获自表达病理学公司(ExpressionPathologyInc.)(马里兰州罗克维尔)的LiquidTissue试剂和方案方便地进行。来自癌症患者的组织以及癌组织的最广泛且可方便获得的组织形式为福尔马林固定的石蜡包埋的组织。手术切除的组织的甲醛/福尔马林固定是迄今为止在全世界保存癌症组织样品的最常见方法，并且是用于标准病理学实践的公认惯例。甲醛水溶液被称为福尔马林。“100％”福尔马林由甲醛在水中的饱和溶液(这是40体积％或37重量％)组成，其含有少量用于限制氧化和聚合程度的稳定剂，通常为甲醇。保藏组织的最常用方式是将整个组织在通常称为10％中性缓冲福尔马林的甲醛水溶液中长时间(8小时至48小时)浸泡，接着在室温下将固定的整个组织包埋在石蜡中以便长期储存。因此，分析福尔马林固定的癌症组织的分子分析方法将是用于分析癌症患者组织的最被接受且大量利用的方法。SRM/MRM测定的结果可用于关联自其中收集并保藏组织的患者的特定癌症内的Her2蛋白质的准确且精确的定量水平。这不仅提供有关癌症的诊断信息，还提供指导医生或其他医疗专家对病人进行适当治疗的客观标准。在这种情况下，利用该测定可以提供有关癌组织中特定Her2蛋白质表达水平并指示患者是否将以有利的方式来应答使用抗癌治疗剂的疗法的信息，所述癌组织来自患者，所述抗癌治疗剂被设计为用以特异性抑制功能和/或减少Her2蛋白质的存在。使用抗Her2治疗剂治疗癌症患者是防止癌症生长和延长癌症患者(包括本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种治疗患有癌症的患者的方法，包括：(a)定量由获自患者的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定Her2片段肽的水平，并通过选择反应监测使用质谱来计算所述样品中所述Her2肽的水平；(b)将所述Her2片段肽的水平与参考水平进行比较，以及(c)当所述Her2片段肽的水平高于所述参考水平时，采用包含有效量的抗Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗，或(d)当所述Her2片段肽的水平低于所述参考水平时，采用不包含有效量的抗Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.05.29 US 62/168,709;2016.03.18 US 62/310,6391.一种治疗患有癌症的患者的方法，包括：(a)定量由获自患者的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定Her2片段肽的水平，并通过选择反应监测使用质谱来计算所述样品中所述Her2肽的水平；(b)将所述Her2片段肽的水平与参考水平进行比较，以及(c)当所述Her2片段肽的水平高于所述参考水平时，采用包含有效量的抗Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗，或(d)当所述Her2片段肽的水平低于所述参考水平时，采用不包含有效量的抗Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平约为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-250amol/μg、+/-150amol/μg、+/-100amol/μg、+/-50amol/μg、±25amol/μg，并且所述癌症选自由妇科癌症、食道癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌以及肺癌构成的组。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-250amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-150amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-100amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。6.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-50amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-25amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述生物样品的所述蛋白质消化物通过LiquidTiss...

【专利技术属性】
技术研发人员：托德·哈姆布拉夫，方英柱，安恩京，
申请(专利权)人：爱科谱迅病理研究公司，
类型：发明
国别省市：美国,US