一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记制造技术

本发明专利技术属于家畜分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记。该标记从水牛ACAA1基因中筛选得到，其序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列776位碱基处发生一个A/T碱基突变，导致ACAA1基因多态性。筛选方法为：从水牛血液中提取基因组DNA，设计引物，PCR扩增，PCR产物克隆、测序，序列比较分析，SNP检测，质谱分型，标记与泌乳性状间相关性分析。公开了地中海水牛ACAA1基因promoter区的SNP分型检测技术，发现该A/T突变位点与305d乳脂量、306d乳蛋白量、305乳脂率、305乳蛋白量等产奶性状显著相关。本发明专利技术为水牛标记辅助选择提供了新的遗传标记资源。

【技术实现步骤摘要】
一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记
本专利技术属于水牛的标记辅助选择
，具体涉及一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记。所述的遗传标记分离自ACAA1基因的启动子(promoter)区域(即该基因的部分核苷酸序列)。本专利技术还包括该遗传标记在水牛标记辅助选择关联分析中的应用。
技术介绍
水牛主要分布于热带与亚热带地区，是全球第二大产奶家畜。水牛奶被誉为“奶中之王”，乳脂肪、乳糖、乳蛋白含量高，同时富含锌、铁等矿物元素，且易于吸收，奶质佳，香味浓，营养价值远高于荷斯坦奶牛所产的牛奶。产奶性状是水牛的重要经济性状，主要包括产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳脂量和乳蛋白量等，是典型的由微效多基因控制的数量性状，并且受环境影响。利用分子标记辅助选择(MarkerAssistedSelection，MAS)技术，通过对产奶性状基因或与之连锁的遗传标记的选择，实现对控制性状的数量性状基因座位(QuantitativeTraitLoci，QTL)的选择，寻找对产奶性状有明显效应的主效基因，进而应用于水牛产奶性状的改良，对于培养专门化乳用品种具有重要的意义。水牛分子育种的研究和应用也在快速的发展，发现了一些与生产性状有关联的功能基因和基因类型。Freitas等对136头摩拉水牛A2M基因进行了多态性研究，结果共发现3个SNP位点，其中，A2M-exon29(g.241A>G)位点与乳脂量、乳脂率和乳蛋白率显著相关，GG基因型个体乳脂量、乳脂率和乳蛋白率较高。Ozdil等利用PCR-RFLP和PCR产物直接测序技术对Anatolian水牛DGAT1基因第8外显子的多态性进行了研究，结果表明，所有水牛群体的DGAT1基因已固定，均为K232A等位基因型，且其与高乳脂量相关。ACAA1(acetyl-CoenzymeAacyltransferase1，乙酰辅酶A酰基转移酶1)主要分布在过氧化物酶体，为酰基转移酶。其在脂肪分解代谢中起着重要的作用，多种与脂肪代谢有关的药物通过影响乙酰辅酶A酰基转移酶mRNA的合成调节脂类代谢。ACAA1的缺乏可引起酮症，甚至导致死亡。李恒德等研究表明黄牛ACAA1基因A1066G突变位点的3种基因型间眼肌面积差异显著(P<0.05)，AA型最高，AG型次之，GG型最低；ACAA1基因A1452G突变位点的3种基因型间眼肌面积差异显著(P<0.05)，GG型最高，AG型次之，AA型最低。目前ACAA1基因与泌乳水平的研究较少，实验室前期RNAseq的结果表明：ACAA1基因在泌乳期高表达，故检测水牛ACAA1基因多态性，进而筛选与产奶性状相关的分子标记很有必要。
技术实现思路
本专利技术的目的是筛选一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记。通过克隆水牛ACAA1基因的启动子(promoter)区的序列，运用直接测序法寻找SNP位点，并通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)进行基因分型，分析该突变位点与水牛泌乳性状的关联性。从而为水牛的泌乳性状建立新的标记辅助选择位点。本专利技术通过以下技术方案实现：本专利技术获得了地中海水牛ACAA1基因启动子序列片段(即ACAA1基因的部分核苷酸序列)，该片段长度为1016bp，其核苷酸序列如序列表SEQIDNO：1所述，通过在NCBI网站对上述序列进行blast比对，在该扩增片段内发现一处核苷酸多态性(SNP)位点，该SNP位点如图2所示。其突变位点具体在翻译起始密码子TAG之前第298bp处，(即在该序列的第776位碱基处，发生一个等位基因的突变)。申请人将在本说明书中涉及到该突变的位点都命名为A298T。选择地中海水牛为试验材料，从水牛血液中提取全基因组DNA，根据NCBI数据库公布的水牛ACAA1基因序列(基因登陆号见实施例1所述)设计引物对，该引物对的序列如下所示：正向引物：5’-CCCCTGGCAATAGTGAAAT-3’，反向引物：5’-TTACCTCTGACCCACGGATA-3’。上述引物对可对SEQIDNO:1所述的遗传标记和对ACAA1基因片段(该片段的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示)进行分型。利用该引物对进行PCR扩增、PCR产物的纯化、克隆测序和序列比对分析。筛选得到一种与水牛生长性状关联的遗传标记，该遗传标记的核苷酸序列如下所示(R旁的括号内为突变位点)：GCCCTGGGATTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGCCTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACCAACTCGATGGACGTGAGTTTGAGTGAACTCCGGGAGATGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAACTGAACTGATGCATGTATACGGCTCTTTCTCCAGATAGGGAGTCCCGTCACATCTCGGCCACTTTGTATAATCCGTTCTCCTGCCACCCCAGAATCCCAGATTCCCTCAGTCTTCTCGAAAGACTTCCCAGGAGAGCCCAAACACGTCAAGGTAGGCTCTGGGGCATCTCGGAATTATCTCGGTCTCCCAGCCTGGGGGAGACAGCAGAGAAGGTTAGGAAGGGAGAAGAGGAACGAGAGGCCCCGGCGCCTCTTTCCCGGCTAAGAAACTGTAGGCAGCGCTCCTGACAATTCGCCATGTGTTTGGTGGCGGGCAGTGGGCAGGGTTGTAGGGAAAGGGACCCCTGGCAATAGTGAAATTTTCTTCAAGAAACGAAAGGTGCTCCTGCAAACCCGCCTGCGGTTTGGCAGTAGGTAGGGCTGCAAGTGCAAAGAATTCCTGTCTGCGTTTCTGCGCGAGGCTTCAGAAAAGTCCACCTCCCGGTTGGCRGGCGTAGGCTACTGTAGGCGGGGCTTTGAGTAAAAAGACTCTCTGAGGTCTAACTTTGGGAAGCTCGGTTTGCGGATTGGGGCGGGACCTCAGGCAGGCTCGCCAACCAGAGGTTGGCTGAGGTGGGGAGATGGGCGGGACTTTTAGAGGGAAAGGCCAGTCAGACCAGTAGGTCTGTGGGTGGGACTTAGATATCCGTGGGTCAGAGGTAAGGTCCCGTGCCTGCGTGGGCCACGGCCT上述序列中776位碱基处的R是A或T，该突变导致ACAA1基因多态性。本专利技术提供了一种筛选水牛泌乳性状相关联的遗传标记方法，所述的方法包括以下步骤：从地中海纯种水牛血液中提取基因组DNA，根据水牛ACAA1基因基因组序列设计引物，该引物的序列如SEQIDNO：2和SEQIDNO：3所示，用所述的引物对在水牛基因组DNA中本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记，其特征在于它的核苷酸序列如下所示：GCCCTGGGATTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGCCTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACCAACTCGATGGACGTGAGTTTGAGTGAACTCCGGGAGATGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAACTGAACTGATGCATGTATACGGCTCTTTCTCCAGATAGGGAGTCCCGTCACATCTCGGCCACTTTGTATAATCCGTTCTCCTGCCACCCCAGAATCCCAGATTCCCTCAGTCTTCTCGAAAGACTTCCCAGGAGAGCCCAAACACGTCAAGGTAGGCTCTGGGGCATCTCGGAATTATCTCGGTCTCCCAGCCTGGGGGAGACAGCAGAGAAGGTTAGGAAGGGAGAAGAGGAACGAGAGGCCCCGGCGCCTCTTTCCCGGCTAAGAAACTGTAGGCAGCGCTCCTGACAATTCGCCATGTGTTTGGTGGCGGGCAGTGGGCAGGGTTGTAGGGAAAGGGACCCCTGGCAATAGTGAAATTTTCTTCAAGAAACGAAAGGTGCTCCTGCAAACCCGCCTGCGGTTTGGCAGTAGGTAGGGCTGCAAGTGCAAAGAATTCCTGTCTGCGTTTCTGCGCGAGGCTTCAGAAAAGTCCACCTCCCGGTTGGCRGGCGTAGGCTACTGTAGGCGGGGCTTTGAGTAAAAAGACTCTCTGAGGTCTAACTTTGGGAAGCTCGGTTTGCGGATTGGGGCGGGACCTCAGGCAGGCTCGCCAACCAGAGGTTGGCTGAGGTGGGGAGATGGGCGGGACTTTTAGAGGGAAAGGCCAGTCAGACCAGTAGGTCTGTGGGTGGGACTTAGATATCCGTGGGTCAGAGGTAAGGTCCCGTGCCTGCGTGGGCCACGGCCT上述776位碱基处的R是A或T，导致ACAA1基因的多态性。...

【技术特征摘要】
1.一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记，其特征在于它的核苷酸序列如下所示：GCCCTGGGATTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGCCTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACCAACTCGATGGACGTGAGTTTGAGTGAACTCCGGGAGATGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAACTGAACTGATGCATGTATACGGCTCTTTCTCCAGATAGGGAGTCCCGTCACATCTCGGCCACTTTGTATAATCCGTTCTCCTGCCACCCCAGAATCCCAGATTCCCTCAGTCTTCTCGAAAGACTTCCCAGGAGAGCCCAAACACGTCAAGGTAGGCTCTGGGGCATCTCGGAATTATCTCGGTCTCCCAGCCTGGGGGAGACAGCAGAGAAGGTTAGGAAGGGAGAAGAGGAACGAGAGGCCCCGGCGCCTCTTTCCCGGCTAAGAAACTGTAGGCAGCGCTCCTGACAATTCGCCATGTGTTTGGTGGCGGGCAGTGGGCAGGGTTGTAGGGAAAGGGACCCCTGGCAATAGTGAAATTTTCTTCAAGAAACGAAAGGTGCTCCTGCAAACCCGCCTGCGGTTTGGCAGTAGGTAGGGCTGCAAGTGCAAAGAATTCC...

【专利技术属性】
技术研发人员：滑国华，杨利国，魏鹏飞，邓廷贤，梁爱心，杜超，邵宝顺，张燊，孙晖，李俊，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42