一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物及方法技术

本发明专利技术涉及一种鉴别大马哈鱼与虹鳟的分子标记引物及方法，该标记引物序列为：MiFish‑U‑F：5’‑GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC‑3′；MiFish‑U‑R：5’‑CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG‑3′。本发明专利技术有助于解决大马哈鱼属鱼类种质混杂问题，且操作简单，易于掌握，准确性高。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物及方法
本专利技术涉及分子生物学领域，尤其涉及一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物及方法。
技术介绍
虹鳟隶属于辐鳍鱼纲、鲑形目、鲑科、大麻哈鱼属，其外部形态与大麻哈鱼相似：体长，稍侧扁。吻圆钝。口大，向上微斜。颌齿发达。眼中大。体被圆鳞。背鳍起点前于腹鳍，其后方具脂鳍，背鳍条Ⅳ—9～12。胸鳍小，不达腹鳍，胸鳍条Ⅰ，11～13。腹鳍灰白色，两侧银色白。臀鳍条Ⅱ—8～12。尾鳍叉形。体背部苍绿或黄绿色，头、背、体侧及各鳍散布数量不等的小黑斑点。鳃耙20；侧线鳞118～130。体长为体高的3.3～3.5倍，为头长的3.9～4.6倍，为尾柄长的7.7～9.2倍，为尾柄高的9～9.4倍。头长为吻长的3.7～4.4倍，为眼径的5.8～6.6倍，为眼间距的2.6～2.8倍。尾柄长为尾柄高的1～1.2倍。其肉质细腻鲜美，具有很高的食用价值，历来被人们视为名贵鱼类。由于大马哈鱼与虹鳟的外部形态相似，仅凭借其形态特征很难将两者区分。目前，用于鉴定大马哈鱼与虹鳟的方法尚无正式报道。因此，寻找区分大马哈鱼与虹鳟的可靠标准，从混杂的种质中鉴别、分离种质成为一个亟待解决的问题。这将有助于解决种质混杂等问题，为种质保护、合理利用以及种质的生物多样性研究提供技术支撑。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题在于提供一种鉴别大马哈鱼与虹鳟的分子标记引物及方法，有助于解决大马哈鱼属鱼类种质混杂问题，本专利技术方法操作简单，易于掌握，准确性高。为解决上述技术问题，本专利技术提出的技术方案为：一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物，该标记引物序列为：MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3′。作为一个总的技术构思，本专利技术还提供一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记方法，包括以下步骤：(1)选用北太平洋游泳动物调查采集的大马哈鱼与虹鳟，组成大马哈鱼样本群和虹鳟样本群，提取2个样本群体的总基因组DNA；(2)以所提取的总基因组DNA为模板进行PCR扩增反应；(3)对成功扩增的PCR产物进行纯化、测序，比对测序结果。优选地，所述步骤(2)中的PCR扩增反应操作方法是将17.5ul的超纯水，2.5ul的10×buffer，2ul的dNTPs，0.15ul的rTaq酶，1ul的总基因组DNA模板，1ul的Primer依次加入到0.2ml的离心管中。优选地，所述步骤(2)中的PCR扩增程序为：94℃预变性2min，(94℃变性15sec，50℃退火15sec，72℃延伸15sec)×30个循环，72℃延伸3min，4℃保存。本专利技术的有益效果是：由大马哈鱼与虹鳟线粒体DNA12S基因目的片段序列比对结果，可以看出大马哈鱼与虹鳟序列间存在4个碱基变异位点，分别为3个转换，1个插入/缺失，无颠换现象。5尾大马哈鱼个体的扩增结果一致，5尾虹鳟个体的扩增结果亦一致，均表现出高度的一致性。由此可以看出该方法的结果稳定，可重复性强，保证了极高的准确性，因此基于12S基因的碱基差异可以作为大麻哈鱼与虹鳟的种质区分的分子标记，且鉴别方法简单，易操作。具体实施方式下面通过实例来对本专利技术的技术方案作进一步解释，但本专利技术的保护范围不受实例任何形式上的限制。一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记方法，包括以下步骤：(1)选用北太平洋游泳动物调查采集的大马哈鱼与虹鳟，组成大马哈鱼样本群和虹鳟样本群，提取2个样本群体的总基因组DNA；(2)以所提取的总基因组DNA为模板进行PCR扩增反应；(3)对成功扩增的PCR产物进行纯化、测序，比对测序结果。得到的分子标记引物序列为MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3′。分别取1ul的2个样本群体的总基因组DNA，并分别进行PCR扩增反应，PCR扩增反应在0.2ml的离心管中进行，操作方法具体为：在0.2ml的离心管中分别依次加入17.5ul的超纯水，2.5ul的10×buffer，2ul的dNTPs，0.15ul的rTaq酶，1ul的总基因组DNA模板，1ul的Primer。PCR扩增程序为94℃预变性2min，(94℃变性15sec，50℃退火15sec，72℃延伸15sec)×30个循环，72℃延伸3min，4℃保存。对PCR产物进行纯化后进行双向测序，并对2个样本群的序列进行比对，大马哈鱼样本群和虹鳟样本群的线粒体DNA12S基因目的片段序列的比对结果为：Ok：CACCGCGGTTATACGAGAGGCCCTAGTTGATAACTACCGOm：***************************************Ruler：········9········18········27···········39Ok：GCGTAAAGAGTGGTTATGGAAAA-TATTTAATAAAGCCGOm：***********************A***************Ruler：········48········57········66···········78Ok：AACACCCCCTCAGCCGTCATACGCACCTGGGAGCACGAAOm：***************************************Ruler：········87········96········105···········117Ok：GACCTACCGCGAAAGCAGCTTTAATTATGCCTGACCCCAOm：*******T**A*************C**************Ruler：········126········135········144···········156Ok：CGACAGCTAAGAAAOm：**************Ruler：·····162·······170其中Ok代表大麻哈鱼样品；Om代表虹鳟样品；“*”表示相同的碱基序列位点；“Ruler：·”表示碱基序列位点的序号。由大马哈鱼和虹鳟的线粒体DNA12S基因目的片段序列排序结果，可以看出大马哈鱼和虹鳟序列间存在4个碱基变异位点，分别为3个转换，1个插入/缺失。测序结果表明，5尾大麻哈鱼个体扩增结果一致，5尾虹鳟个体扩增结果亦一致，均表现出高度的一致性，结果稳定且可重复性强，保证了极高的准确性，因此基于12S基因的碱基差异可以作为大麻哈鱼与虹鳟的种质区分的分子标记，且鉴别方法简单，易操作。本具体实施例仅仅是对本专利技术的解释，其并不是对本专利技术的限制，本领域技术人员在阅读完本说明书后可以根据需要对本实施例做出没有创造性贡献的修改，但只要在本专利技术的权利要求范围内都受到专利法的保护。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物，该标记引物序列为：MiFish‑U‑F：5’‑GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC‑3′；MiFish‑U‑R：5’‑CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG‑3′。

【技术特征摘要】
1.一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物，该标记引物序列为：MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3′。2.一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记方法，其包括以下步骤：(1)选用北太平洋游泳动物调查采集的大马哈鱼与虹鳟，组成大马哈鱼样本群和虹鳟样本群，提取2个样本群体的总基因组DNA；(2)以所提取的总基因组DNA为模板进行PCR扩增反应；(3)对成功扩增的PCR产物进行纯化、测序，比对测序结果。3.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：李渊，张静，张然，林龙山，
申请(专利权)人：国家海洋局第三海洋研究所，集美大学，
类型：发明
国别省市：福建,35