H7N9亚型流感病毒全基因组测序方法技术

技术编号：16913303 阅读：528 留言：0更新日期：2017-12-30 20:45

本发明专利技术公开了一种H7N9亚型禽流感病毒全基因组测序方法，该方法针对H7N9亚型流感病毒PB2,PB1,PA,HA,NP,NA,MP和NS基因保守区域设计了覆盖基因全长(开放读码框)21对共42条寡核苷酸引物序列，如SEQ ID No.1～SEQ ID No.42所示，并在正反向扩增引物的两端增加了M13正反向引物序列，简化了基因扩增后的测序反应步骤。同时公开了待检样本的处理、RT‑PCR反应体系及反应条件、测序反应体系和反应条件。本发明专利技术可以实现对我国大陆流行的H7N9亚型禽流感病毒全基因组扩增,从而获得H7N9亚型禽流感病毒的全基因组序列信息，操作简单、应用方便，为我国流行的H7N9亚型禽流感病毒病原学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。

Genome sequencing of H7N9 subtype influenza virus

The invention discloses a H7N9 subtype avian influenza virus genome sequencing method, the method for H7N9 influenza virus subtype PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, MP and NS genes conserved region was designed to cover the full-length gene (ORF) 21 of a total of 42 oligonucleotide primer sequences, such as SEQ ID No.1 ~ SEQ ID No.42 shows, and increase the M13 forward and reverse primer sequences at the ends of forward and reverse primers, simplify the sequencing reaction steps after gene amplification. At the same time to sample processing, RT PCR reaction system and reaction conditions, the sequencing reaction system and reaction conditions are disclosed. The invention can realize on the mainland of China popular H7N9 subtype avian influenza virus genome amplification, so as to obtain the whole genome sequence of avian influenza virus subtype H7N9, simple operation, convenient application, provides a feasible method for the H7N9 subtype of avian influenza virus pathogens prevalent in China analysis and molecular evolution.

全部详细技术资料下载

【技术实现步骤摘要】
H7N9亚型流感病毒全基因组测序方法
本专利技术属于生物
，涉及一种RT-PCR扩增技术，尤其涉及一种流感病毒RT-PCR全基因组测序方法及其应用。
技术介绍
流感病毒正粘病毒科，目前已有三种型别，分别是A型流感病毒，B型流感病毒和C型流感病毒，其中以A型流感病毒最为常见。A型流感病毒可根据表面蛋白血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)进一步划分为17个HA亚型和10个NA亚型。水禽是A型流感病毒的天然宿主，H1至H16，N1至N9亚型的流感病毒均可以在水禽中发现。流感病毒通过表面蛋白HA和NA的点突变以及不同亚型病毒之间的基因重配而发生抗原漂变，产生新型流感病毒，其中一些跨越宿主屏障感染缺乏免疫保护的人类，并且获得在人际间传播的能力，引起流感大流行。2013年2月在中国发现了以前从未报道过的一种新型流感病毒，H7N9亚型禽流感病毒。该病毒首先在中国上海市和安徽省报道的两个病例中发现，随后该病毒迅速在长江三角和珠三角地区蔓延。2016年10月份开始，H7N9亚型流感病毒迎来第五个流行高峰，与前四次流行高峰比，此次流行高峰出现的时间提前，流行的地域范围更广，造成感染的人数最多，截至2017年2月23日共报道了477例实验室确诊病例。一些实验研究结果显示一些H7N9亚型禽流感病毒获得了与人上呼吸道受体结合特性，这有可能增加病毒在人际中的传播能力。第五个流行高峰期间从广东两个病例的标本检测到高致病性H7N9亚型禽流感病毒，与此同时家禽中的H7N9亚型禽流感病毒已经进化为高致病性。通过测序获得病毒的基因组信息有利于掌握病毒的流行趋势和变异情况，以Sanger双脱...
H7N9亚型流感病毒全基因组测序方法

【技术保护点】
一种H7N9亚型禽流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物包括长度为38～44bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。

【技术特征摘要】
1.一种H7N9亚型禽流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物包括长度为38～44bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。2.根据权利要求1所述的H7N9亚型禽流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，用于扩增不同基因中，所述基因包括PB1、PB2、PA、HA、NA、NP、MP和NS。3.根据权利要求1所述的H7N9亚型禽流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物为21对，具体包括：H7N9-PB1-F1和H7N9-PB1-R809、H7N9-PB1-F752和H7N9-PB1-R1541、H7N9-PB1-F1481和H7N9-PB1-R2300、H7N9-PB2-F1和H7N9-PB2-R819、H7N9-PB2-F770和H7N9-PB2-R1563、H7N9-PB2-F1498和H7N9-PB2-R2280、H7N9-PA-F1和H7N9-PA-R727、H7N9-PA-F660和H7N9-PA-R1445、H7N9-PA-F1360和H7N9-PA-R2159、H7N9-HA-F1和H7N9-HA-R747、H7N9-HA-F680和H7N9-HA-R1322、H7N9-HA-F1254和H7N9-HA-R1683、H7N9-NP-F1和H7N9-NP-R752、H7N9-NP-F719和H7N9-NP-R1497、H7N9-NA-F1和H7N9-NA-R798、H7N9-NA-F654和H7N9-NA-R1398、H7N9-MP-F1和H7N9-MP-R460、H7N9-...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱兆奎，李晓丹，赵百慧，
申请(专利权)人：上海伯杰医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31

全部详细技术资料下载我是这个专利的主人