一套适用于鉴定啤酒花品种及纯度的SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一套适用于鉴定啤酒花品种及纯度的SNP位点，共包括5个啤酒花SNP位点。本发明专利技术基于对10个国内外具有代表性的啤酒花品种的全基因组测序结果，对全基因组的SNP位点进行比对筛选，目前验证了多态性较好的5个SNP位点进行啤酒花品种及纯度的鉴定，该5个SNP位点能够对啤酒花品种进行鉴别，并且基因分型结果稳定，待后续的SNP位点真实性验证工作完成后将补全啤酒花SNP位点指纹数据库。本发明专利技术提供的SNP位点及鉴定方法，为啤酒生产行业提供了一种低成本、高效率、标准化的啤酒花品种及纯度鉴定体系。

【技术实现步骤摘要】
一套适用于鉴定啤酒花品种及纯度的SNP位点及其应用
本专利技术属于生物
，具体涉及一套适用于鉴定啤酒花品种及纯度的SNP位点及其应用。
技术介绍
啤酒花(Humuluslupulus)，又名忽布、香蛇麻花、酒花和野酒花。在我国主要分布在新疆、东北、华北以及山东、甘肃和陕西等省份。啤酒花是一种具有贵重经济价值和药用价值的作物。啤酒花含有树脂类、挥发油、黄酮类、鞣质、胆碱、粗纤维，氨基酸等多种化学成分，具有抗菌、抗肿瘤、抗氧化、镇静等活性。其中所含的树脂赋予啤酒独特的芳香和清爽的苦味；鞣质既能消除发酵过程中产生的乳酸菌，又能将酒液中多余的蛋白质凝固、分离出来使酒液澄清。因此啤酒花是酿造啤酒过程中必不可少的主要原料。近年来，我国啤酒生产企业对于啤酒花原料的采购不仅来自地产，同样进口啤酒花也占一定市场份额，而市场上提供的某些啤酒花原料存在着不同程度的混杂，而啤酒企业对啤酒花原料又没有简便有效的鉴定手段，由此对啤酒企业造成了经济损失。因此，高效准确的啤酒花品种及纯度的鉴定方法亟需建立。DNA分子标记是近年来常用的鉴定品种及纯度的有效手段。SNP(singlenucleotidepolymorphism)，即单核苷酸多态性，是第三代分子标记，与其他分子标记相比具有无可比拟的优势，因此在品种分型检测方面被推荐为更新换代的标记。SNP标记具有以下的优势：1.遗传变异稳定；2.适用于高通量大规模筛选和准确的基因分型；3.样品DNA仅需要ng级。本研究利用英国LGC(LaboratoryoftheGovernmentChemist，政府化学家实验室)有限公司的KASP技术，基于10个国内外常用的啤酒花品种全基因组测序结果，发掘了啤酒花基因组中SNP位点，目前筛选出了5个多态性较好的啤酒花SNP位点，通过利用合成的5组KASP特异性引物进行实时定量PCR，根据PCR产物的荧光强度来对啤酒花进行品种及纯度检测。该方法建立了标准化、高效率、低成本的分子检测平台，为啤酒花样品品种真实性及纯度鉴定鉴定了良好的基础。
技术实现思路
1.本专利技术的第一个目的，旨在提供一套利用啤酒花的5个SNP位点来对啤酒花进行基因分型。所述的5个SNP位点的信息如下：SNP位点1为NCBI上提交的ContigLD161349.1的第9970位核苷酸，具体所在序列如下：GCCACCTACAACAATTCAAGGTGCCAGAAGGACACTTGGATCTCAGCGAACCAGGTCCTGAGGGCGCCCACATAAGAATATCAGCCACTCTGTCAGGAAAACAACTCCT(A/C)GTATGCAGTTGCTATTTGGAGGGCAAACACCCCAAGTTGAACTACAACGAGTTAATCAGATAGCTCGGGAAAACAGAGACGGACTCCCTTCTAATCCGAC；SNP位点2为NCBI上提交的ContigLD205009.1的第1776位核苷酸，具体所在序列如下：CTCGTGGAGAGTGAGACCACGCGGTTCTAAGAACACGCGCCTGTGCTCCCAACAAATCCCCAATTACTCGGAATTCGTGTGTCAGGAGGGTCAGGTTAGAATTTT(G/T)CCTTGGAGGGAAAGTTCCAATAGGCAAGAAAGGCAAAACCGCCTGTGAAGCGTGTCCCCTAAGCTACCTGGTTTTGGACCCAAAATACTGGAAA；SNP位点3为NCBI上提交的ContigLD169680.1的第2676位核苷酸，具体所在序列如下：GTCAGGAGTTCTCAGATTACAGCTGCAAGAAGAAAGGACAGGTAAGAGAAGAATTGATCTGAAGCCGCAAAGAAGCTAATGAAGAGCGTCTGAAG(A/G)ATTGAAAGCATAACAAGACTGGTAAGCGCGTCATCTATTGCACAAGCACCTCCGGAGACGACTACATCAGAGATGAGAAGAACAGCAAAACTTG；SNP位点4为NCBI上提交的ContigLD167190.1的16972位核苷酸，具体所在序列如下:TCCCGCAAGGTTCGACCCATCCTCGCGCCAGATGCGCCTGGGCGTGCACAATCCGTGACGCACTCCCACAAGTCCATGTCCTCATCATAGA(T/C)CACGTCCTTTATGCCACCACTCTTAACTTAACCATAACACACATATATTCCAGCATCATCAGATGTCAATCAATTCTTACCTTGTCTTCTGAATTTCT；SNP位点5为NCBI上提交的ContigLD201072.1的2650位核苷酸，具体所在序列如下：GATATTACCAGTTCGCTGACATCTATCACAGGCCTTGACAAAAACATTAGCATCCTTGAATAATGAAGGCCAATAGAAACCACTTTGTAATACCTTGGC(T/C)GCCGTTCTTGATGCTCCAAAGTGCCCACCACATTGTTGAGTGTGACAATGGTTGAGAATTGACTGCATCTCTTCTTCAGGAACACACCTTCTGATAATCT；2.本专利技术的第二个目的，旨在提供一套用于鉴定啤酒花品种及纯度的5个SNP位点，结合KASP特异性引物及PCR试剂对啤酒花样品进行品种及纯度的鉴定。所述的5组引物如下：(1)用于检测啤酒花基因组SNP位点1的引物组1为：上游引物1：CTGTCAGGAAAACAACTCCTA上游引物2：CTGTCAGGAAAACAACTCCTC下游引物：CATACGTCAACGATAAACCT(2)用于检测啤酒花基因组SNP位点2的引物组2为：上游引物1：GAGGGTCAGGTTAGAATTTTG上游引物2：GAGGGTCAGGTTAGAATTTTT下游引物：GGAACCTCCCTTTCAAGGTT(3)用于检测啤酒花基因组SNP位点3的引物组3为：上游引物1：CTAATGAAGAGCGTCTGAAGA上游引物2：CTAATGAAGAGCGTCTGAAGG下游引物：TAACTTTCGTATTGTTCTGA(4)用于检测啤酒花基因组SNP位点4的引物组4为：上游引物1：GTCCATGTCCTCATCATAGAT上游引物2：GTCCATGTCCTCATCATAGAC下游引物：GTGCAGGAAATACGGTGGTG(5)用于检测啤酒花基因组SNP位点5的引物组5为：上游引物1：CCACTTTGTAATACCTTGGCT上游引物2：CCACTTTGTAATACCTTGGCC下游引物：CGGCAAGAACTACGAGGTTT鉴定过程中使用的PCR试剂如下：PCR试剂组1包括：引物组1及通用PCR试剂PCR试剂组2包括：引物组2及通用PCR试剂PCR试剂组3包括：引物组3及通用PCR试剂PCR试剂组4包括：引物组4及通用PCR试剂PCR试剂组5包括：引物组5及通用PCR试剂3.本专利技术的第三个目的，旨在提供10个全基因组测序的啤酒花品种在筛选的5个SNP位点基因分型情况(如表1)，以备后续的啤酒花样品定量及定性检测。表1本文档来自技高网...

【技术保护点】
本专利技术筛选出的啤酒花基因组中的5个SNP位点，其特征在于，可在如下应用中使用：啤酒花品种基因分型；构建啤酒花SNP位点指纹数据库；啤酒花样品纯度定量鉴定；啤酒花样品混杂品种定性鉴定；所述5个SNP位点如下：SNP位点1为NCBI上提交的Contig LD161349.1的第9970位核苷酸，具体所在序列如下：GCCACCTACAACAATTCAAGGTGCCAGAAGGACACTTGGATCTCAGCGAACCAGGTCCTGAGGGCGCCCACATAAGAATATCAGCCACTCTGTCAGGAAAACAACTCCT(A/C)GTATGCAGTTGCTATTTGGAGGGCAAACACCCCAAGTTGAACTACAACGAGTTAATCAGATAGCTCGGGAAAACAGAGACGGACTCCCTTCTAATCCGAC；SNP位点2为NCBI上提交的Contig LD205009.1的第1776位核苷酸，具体所在序列如下：CTCGTGGAGAGTGAGACCACGCGGTTCTAAGAACACGCGCCTGTGCTCCCAACAAATCCCCAATTACTCGGAATTCGTGTGTCAGGAGGGTCAGGTTAGAATTTT(G/T)CCTTGGAGGGAAAGTTCCAATAGGCAAGAAAGGCAAAACCGCCTGTGAAGCGTGTCCCCTAAGCTACCTGGTTTTGGACCCAAAATACTGGAAA；SNP位点3为NCBI上提交的Contig LD169680.1 的第2676位核苷酸，具体所在序列如下：GTCAGGAGTTCTCAGATTACAGCTGCAAGAAGAAAGGACAGGTAAGAGAAGAATTGATCTGAAGCCGCAA AGAAGCTAATGAAGAGCGTCTGAAG(A/G)ATTGAAAGCATAACAAGACTGGTAAGCGCGTCATCTATTGCACAAGCACCTCCGGAGACGACTACATCAGAGATGAGAAGAACAGCAAAACTTG；SNP位点4为NCBI上提交的Contig LD167190.1 的16972位核苷酸，具体所在序列如下:TCCCGCAAGGTTCGACCCATCCTCGCGCCAGATGCGCCTGGGCGTGCACAATCCGTGACGCACTCCCACAAGTCCATGTCCTCATCATAGA(T/C)CACGTCCTTTATGCCACCACTCTTAACTTAACCATAACACACATATATTCCAGCATCATCAGATGTCAATCAATTCTTACCTTGTCTTCTGAATTTCT；SNP位点5为NCBI上提交的Contig LD201072.1的2650位核苷酸，具体所在序列如下：GATATTACCAGTTCGCTGACATCTATCACAGGCCTTGACAAAAACATTAGCATCCTTGAATAATGAAGGCCAATAGAAACCACTTTGTAATACCTTGGC(T/C)GCCGTTCTTGATGCTCCAAAGTGCCCACCACATTGTTGAGTGTGACAATGGTTGAGAATTGACTGCATCTCTTCTTCAGGAACACACCTTCTGATAATCT。...

【技术特征摘要】
1.本发明筛选出的啤酒花基因组中的5个SNP位点，其特征在于，可在如下应用中使用：啤酒花品种基因分型；构建啤酒花SNP位点指纹数据库；啤酒花样品纯度定量鉴定；啤酒花样品混杂品种定性鉴定；所述5个SNP位点如下：SNP位点1为NCBI上提交的ContigLD161349.1的第9970位核苷酸，具体所在序列如下：GCCACCTACAACAATTCAAGGTGCCAGAAGGACACTTGGATCTCAGCGAACCAGGTCCTGAGGGCGCCCACATAAGAATATCAGCCACTCTGTCAGGAAAACAACTCCT(A/C)GTATGCAGTTGCTATTTGGAGGGCAAACACCCCAAGTTGAACTACAACGAGTTAATCAGATAGCTCGGGAAAACAGAGACGGACTCCCTTCTAATCCGAC；SNP位点2为NCBI上提交的ContigLD205009.1的第1776位核苷酸，具体所在序列如下：CTCGTGGAGAGTGAGACCACGCGGTTCTAAGAACACGCGCCTGTGCTCCCAACAAATCCCCAATTACTCGGAATTCGTGTGTCAGGAGGGTCAGGTTAGAATTTT(G/T)CCTTGGAGGGAAAGTTCCAATAGGCAAGAAAGGCAAAACCGCCTGTGAAGCGTGTCCCCTAAGCTACCTGGTTTTGGACCCAAAATACTGGAAA；SNP位点3为NCBI上提交的ContigLD169680.1的第2676位核苷酸，具体所在序列如下：GTCAGGAGTTCTCAGATTACAGCTGCAAGAAGAAAGGACAGGTAAGAGAAGAATTGATCTGAAGCCGCAAAGAAGCTAATGAAGAGCGTCTGAAG(A/G)ATTGAAAGCATAACAAGACTGGTAAGCGCGTCATCTATTGCACAAGCACCTCCGGAGACGACTACATCAGAGATGAGAAGAACAGCAAAACTTG；SNP位点4为NCBI上提交的ContigLD167190.1的16972位核苷酸，具体所在序列如下:TCCCGCAAGGTTCGACCCATCCTCGCGCCAGATGCGCCTGGGCGTGCACAATCCGTGACGCACTCCCACAAGTCCATGTCCTCATCATAGA(T/C)CACGTCCTTTATGCCACCACTCTTAACTTAACCATAACACACATATATTCCAGCATCATCAGATGTCAATCAATTCTTACCTTGTCTTCTGAATTTCT；SNP位点5为NCBI上提交的ContigLD201072...

【专利技术属性】
技术研发人员：栾春光，郝建秦，刘诗宇，王德良，
申请(专利权)人：中国食品发酵工业研究院，
类型：发明
国别省市：北京,11