与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用。本发明专利技术公开的与番茄果实颜色相关的分子标记名称为SlANT1‑InD，是下述A1)或A2)：A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79‑82位为TTCT或不含TTCT；A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段。实验证明，本发明专利技术的番茄分子标记SlANT1‑InD与番茄果实颜色相关，可将其与atv基因位点的多态性(即atv基因位点为atv基因或其等位基因)联合在一起进行分子标记辅助育种培育紫色番茄果实，不仅可以在苗期就可完成果实颜色的鉴定，而且可以大规模地进行材料筛选，加快紫果番茄的选育进程，具有重要的应用价值和社会效益。

Molecular marker related to tomato fruit color and its application

The present invention discloses a molecular marker related to the color of tomato fruit and its application. Molecular markers associated with the name of tomato fruit color is disclosed for SlANT1 InD, is the A1) or A2):A1) corresponding to the tomato genome sequence of SEQ ID No.1 seventy-ninth 82 TTCT or TTCT; A2) the tomato genome contains A1) features of DNA fragment. Experiments show that the invention of the SlANT1 InD molecular markers in tomato and tomato fruit color, the polymorphism and ATV gene locus (ATV locus of ATV gene and its alleles) combination of molecular marker assisted breeding cultivation of purple tomato fruit, not only can complete the identification at seedling stage the color of fruit, but also to carry out large-scale screening materials, speed up the breeding process of purple tomato, has important application value and social benefits.

【技术实现步骤摘要】
与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用
本专利技术涉及生物
中，与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用。
技术介绍
番茄(Solanumlycopersicum)果实颜色丰富多彩，几乎每一种色泽都对应着不同的天然色素组成和含量，且大多数色素都具有抗氧化及清除自由基、抗突变和抗癌等功能。但是，人类自身不能合成这些天然色素，只能从食物中摄取。因此，番茄果实作为人类健康的一种重要膳食，一直受到人们的青睐，成为世界上消费最多的蔬菜之一。花青素(Anthocyanins)是植物中普遍存在的一种天然色素，对于植物自身的生长、发育、抗逆等有着重要的作用，也是人类健康的重要膳食组分之一。但是，栽培番茄果实中几乎不含花青素，市场上所见到的紫色、棕色或黑色番茄大多数是由于成熟果实中番茄红素和叶绿素的并存造成的。而有一些野生番茄果实中能积累花青素，使得果实呈现紫色或紫黑色。经典遗传研究发现，野生番茄中存在多个与花青素积累相关的基因，如来自于智利番茄的Aft、来自于类番茄的Abg和来自于契斯曼尼番茄的atv等基因均可提高花青素的含量。Aft和Abg为显性基因，位于番茄的10号染色体上，这两个基因均可使番茄果实呈现一定的紫色，而atv为隐性基因，位于7号染色体上，主要使叶片和茎秆呈现紫色，在果实上没有明显的表型。目前有两种方法可以使得番茄果实合成花青素。第一种是通过转基因将金鱼草或番茄中的基因AN2在栽培番茄中过表达，这种方法能够使得番茄的果实颜色呈现紫色，果实中花青素含量显著增加，但是由于涉及到转基因技术，培育新品种难度大，而且人们对转基因番茄的认可度还有一定的距离。第二种是常规育种方法，将野生番茄与栽培番茄杂交，再用栽培番茄经过多年回交选育也能得到紫色果实的番茄，但是这种常规选育方法需要借助于表型鉴定，而果实的颜色需要等到果实长大到一定时期才能看见，且不断的回交选育需要很长的时间，因此是一种费时费力的方法，在选育新品种时具有明显的局限性。现代分子生物学技术的迅猛发展为开发分子标记提供了技术保障，也为分子标记辅助选择提供了工具。单核苷酸多态性(SNP)标记由于其在基因组中的遍在性及高通量检测手段的可行性而成为目前很多研究工作的首选标记，但是，检测设备和资金的缺乏使得大多数育种工作者难以应用这一类型的标记。相反，在基因组中存在频率仅次于SNP的插入缺失(InDel)多态性标记的检测方法则比较简单，使用成本低，且也可进行高通量检测，因而越来越受到重视。开发与紫果颜色相关的InDel标记，采用分子标记辅助选择技术在番茄育种将具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一个用于番茄果实颜色鉴定的InDel分子标记SlANT1-InD，SlANT1-InD可用于番茄果实颜色育种。本专利技术首先提供了下述1)或2)的应用：1)名称为SlANT1-InD的番茄分子标记或其多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；所述SlANT1-InD为下述A1)或A2)：A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位为TTCT或不含TTCT；A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段；2)成套番茄分子标记或所述成套番茄分子标记的多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；所述成套番茄分子标记由所述SlANT1-InD与名称为CTF的番茄分子标记组成，所述CTF为番茄基因组中的atv基因位点为atv基因或其等位基因。上述应用中，A2)可为序列表中SEQIDNo.1的第43-114位所示的DNA分子或SEQIDNo.2的第43-110位所示的DNA分子。上述应用中，A2)可为序列表中SEQIDNo.1所示的DNA分子或SEQIDNo.2所示的DNA分子。本专利技术还提供了鉴定番茄基因型的方法，所述基因型是权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点的基因型，为AA基因型、AB基因型或BB基因型，所述方法包括M1)或M2)或M3)：M1)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位，如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位均为TTCT，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位均不含TTCT，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位为TTCT，另一条染色体对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位不含TTCT，所述待测番茄为AB基因型番茄；M2)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的第43-114位的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g1)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g2)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g1)，另一条染色体为g2)，所述待测番茄为AB基因型番茄；g1)对应于SEQIDNo.1的第43-114位为SEQIDNo.1的第43-114位的染色体；g2)对应于SEQIDNo.1的第43-114位为SEQIDNo.2的第43-110位的染色体；M3)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g3)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g4)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g3)，另一条染色体为g4)，所述待测番茄为AB基因型番茄；g3)对应于SEQIDNo.1为SEQIDNo.1的染色体；g4)对应于SEQIDNo.1为SEQIDNo.2的染色体。上述鉴定番茄基因型的方法中，M3)可利用引物对P1或引物对P2进行；所述引物对P1由名称分别为P1-F和P1-R的两条单链DNA组成，P1-F的序列为序列表中SEQIDNo.3，P1-R的序列为序列表中SEQIDNo.4；所述引物对P2由名称分别为P2-F和P2-R的两条单链DNA组成，P2-F的序列为序列表中SEQIDNo.5，P2-R的序列为序列表中SEQIDNo.6。利用所述引物对P1或所述引物对P2鉴定番茄基因型，可通过PCR扩增进行。在进行PCR扩增时，所述引物对P1的退火温度可为54℃，所述引物对P2的退火温度可为53℃。所述引物对P1与所述引物对P2中的两条单链DNA的摩尔比均可为1:1。本专利技术还提供了检测或辅助检测番茄果实颜色的方法，所述方法包括Ⅰ或Ⅱ：Ⅰ、利用所述鉴定番茄基因型的方法检测所述SlANT1-InD位点的番茄基因型，AA基因型番茄果实颜色为红色，AB和BB基因型番茄果实均带有紫色斑点或为紫色；Ⅱ、检测或辅助检测番茄果实颜色的方法，包括N1)和N2)：N1)利用所述鉴定番茄基因型的方法检测待测番茄基因型；N2)检测所述待测番茄的所述CTF位点的基因型，所述基因型为atvatv基因型、AtvAtv基因型和Atvatv基因型，所述atvatv基因型为番茄基因组中所述CTF位点均为atv基因的纯合型，所述AtvAtv基因型为番茄基因组中所述CTF位点均为非atv基因的纯合型，所述Atvatv基因型为番茄基因组中所述CTF位点为atv基因和非atv基因的杂合型；根据如下标准确定所述待测番茄本文档来自技高网...

【技术保护点】
下述1)或2)的应用：1)名称为SlANT1‑InD的番茄分子标记或其多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；所述SlANT1‑InD为下述A1)或A2)：A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79‑82位为TTCT或不含TTCT；A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段；2)成套番茄分子标记或所述成套番茄分子标记的多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；所述成套番茄分子标记由所述SlANT1‑InD与名称为CTF的番茄分子标记组成，所述CTF为番茄基因组中的atv基因位点为atv基因或其等位基因。

【技术特征摘要】
1.下述1)或2)的应用：1)名称为SlANT1-InD的番茄分子标记或其多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；所述SlANT1-InD为下述A1)或A2)：A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位为TTCT或不含TTCT；A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段；2)成套番茄分子标记或所述成套番茄分子标记的多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；所述成套番茄分子标记由所述SlANT1-InD与名称为CTF的番茄分子标记组成，所述CTF为番茄基因组中的atv基因位点为atv基因或其等位基因。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：A2)为序列表中SEQIDNo.1的第43-114位所示的DNA分子或SEQIDNo.2的第43-110位所示的DNA分子。3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：A2)为序列表中SEQIDNo.1所示的DNA分子或SEQIDNo.2所示的DNA分子。4.鉴定番茄基因型的方法，所述基因型是权利要求1-3中任一所述SlANT1-InD位点的基因型，为AA基因型、AB基因型或BB基因型，所述方法包括M1)或M2)或M3)：M1)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位，如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位均为TTCT，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体中对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位均不含TTCT，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位为TTCT，另一条染色体对应于序列表中SEQIDNo.1的第79-82位不含TTCT，所述待测番茄为AB基因型番茄；M2)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的第43-114位的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g1)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g2)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g1)，另一条染色体为g2)，所述待测番茄为AB基因型番茄；g1)对应于SEQIDNo.1的第43-114位为SEQIDNo.1的第43-114位的染色体；g2)对应于SEQIDNo.1的第43-114位为SEQIDNo.2的第43-110位的染色体；M3)检测待测番茄基因组中对应于序列表中SEQIDNo.1的序列，如所述待测番茄的两条染色体均为g3)，所述待测番茄为AA基因型番茄；如所述待测番茄的两条染色体均为g4)，所述待测番茄为BB基因型番茄；如所述待测番茄的一条染色体为g3)，另一条染色体为g4)，所述待测番茄为AB基因型番茄；g3)对应于SEQIDNo.1为SEQIDNo.1的染色体；g4)对应于SEQIDNo.1为SEQIDNo.2的染色体。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：M3)利用引物对P1或引物对P2进行；所述引物对P1由名称分别为P1-F和P1-R的两条单链DNA组成，P1-F的序列为序列表中SEQIDNo...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨文才，李宁，孙亮，高佳彤，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：北京,11