抗大豆胞囊线虫相关CAPS标记检测方法及引物技术

本发明专利技术公开了一种与大豆胞囊线虫抗性相关的CAPS标记检测方法及引物。本发明专利技术提供了大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫的抗性中的应用；所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T。本发明专利技术通过检测所述SNP位点的基因型可选择出抗大豆胞囊线虫的材料，可避免耗时耗力的表型鉴定，通过基因型对育种材料进行大豆胞囊线虫抗性筛选，极大提高了育种过程中抗病品种的选择效率、缩短育种时间，对于抗大豆胞囊线虫品种的培育效果显著。

Detection methods and primers for CAPS markers related to resistance to soybean cyst nematode

The invention discloses a CAPS marker detecting method and primer relating to the resistance of soybean cyst nematode. The invention provides a soybean genome following SNP loci or single nucleotide polymorphisms for single nucleotide polymorphism detection material in soybean genome following SNP loci in the identification or assisted identification of soybean resistance to soybean cyst nematode application; the SNP loci corresponding to the sequence in the sequence table 1 shows the nucleotide sequence of the 113rd in the soybean genome nucleotide; the SNP site is G or T. The genotype by detecting the SNP locus of the invention can choose the resistance to soybean cyst nematode material, can avoid the time consuming of phenotypic identification, breeding materials were screened for resistance to soybean cyst nematode by genotype, which greatly improves the selection efficiency in breeding resistant varieties rate, shorten breeding time, for cultivation the effect of varieties on resistance of soybean cyst nematode significantly.

【技术实现步骤摘要】
抗大豆胞囊线虫相关CAPS标记检测方法及引物
本专利技术属于生物
，涉及一种与大豆胞囊线虫抗性相关的CAPS标记检测方法及引物。
技术介绍
大豆胞囊线虫(SoybeanCystNematode，SCN)是一种根内必须性静态寄生线虫，对大豆生产造成了巨大的损失。仅在美国，从1996年到2014年，大豆上的各种病害中由大豆胞囊线虫造成的损害，约达到了36％。培育抗性材料及结合作物轮作是控制病害的一个主要方法。由于SCN抗性基因在遗传上的复杂性和大豆胞囊线虫生理小种的多样性，利用传统育种方法培育抗大豆胞囊线虫的品种不但需要花费很长的时间，而且难于成功，不能应对线虫的毒性变异，不能够满足当前抗线育种的发展，急需一种更为准确、高效的鉴定SCN的方法。随着分子标记的开发和使用，分子标记辅助选择(Molecularmarker-assistedselection，MAS)成为可以节约人力、物力和加速育种进程的有效方法。MAS的最大优点是在不需要评估表型特征的情况下，通过确认是否带有目标基因而鉴定出抗性植株，能增加育种工作的效率和速度。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的是提供大豆基因组(Glyma.Wm82.a2)中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定大豆胞囊线虫抗性中的应用。所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T。本专利技术的第二个目的是提供一种用于鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫的抗性的试剂。本专利技术所提供的用于鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫的抗性的试剂，是用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质；所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T。具体的，所述“用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”可为如下a)或b)：a)引物对A，为如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列2和序列3所示的两条单链DNA组成的引物对；(a2)由将序列表中序列2和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的两条单链DNA组成的，且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对。b)所述引物对A和限制性内切酶AciI或其同裂酶。所述引物对A中，序列表中序列2所示的单链DNA和序列表中序列3所示的单链DNA的摩尔比可为1:1。所述引物对A中，两条单链DNA可独立包装，也可按照摩尔比1:1混合包装。含有所述试剂的试剂盒也属于本专利技术的保护范围。所述试剂或所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定待测大豆对大豆胞囊线虫的抗性中的应用也属于本专利技术的保护范围。本专利技术的第三个目的是提供如下两种鉴定大豆对大豆胞囊线虫的抗性的方法。方法I：一种鉴定或辅助鉴定待测大豆是否抗大豆胞囊线虫的方法，具体可包括如下步骤：检测待测大豆的基因组中如下SNP位点处的核苷酸，以确定所述待测大豆的基因型；根据所述待测大豆的基因型按照如下确定所述待测大豆是否抗大豆胞囊线虫：若所述待测大豆为T:T基因型，则所述待测大豆抗或候选抗大豆胞囊线虫；若所述待测大豆为G:G基因型，则所述待测大豆不抗或候选不抗大豆胞囊线虫。方法II：一种鉴定或辅助鉴定待测大豆对大豆胞囊线虫的抗性的强弱的方法，具体可包括如下步骤：检测待测大豆的基因组中如下SNP位点处的核苷酸，以确定所述待测大豆的基因型；根据所述待测大豆的基因型按照如下确定所述待测大豆对大豆胞囊线虫的抗性的强弱：T:T基因型的所述待测大豆对大豆胞囊线虫的抗性强于或候选强于G:G基因型的所述待测大豆。在上述两种方法中，所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T。所述T:T基因型为大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位为T的纯合型。所述G:G基因型为大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位为G的纯合型。在上述两种方法中，所述“检测待测大豆的基因组中如下SNP位点处的核苷酸”的方法具体可包括如下两个步骤：PCR扩增和对所述PCR扩增所得产物采用限制性内切酶AciI或其同裂酶进行完全酶切从而确定所述SNP位点处的核苷酸；所述PCR扩增所用的引物对满足如下条件：以所述待测大豆的基因组DNA为模板进行PCR扩增所得扩增产物的序列含有序列表中序列1。进一步，所述引物对可为前文所述引物对A。更加具体的，所述“检测待测大豆的基因组中如下SNP位点处的核苷酸”的方法包括如下步骤：以所述待测大豆的基因组DNA为模板，采用所述引物对A进行PCR扩增，得到扩增产物；对所述扩增产物采用限制性内切酶AciI进行完全酶切(反应条件可为：37℃条件下酶切反应40分钟)，根据酶切结果按照如下确定所述待测大豆基因组中所述SNP位点处的核苷酸：若所得酶切产物为283bp单一DNA片段，则所述待测大豆基因组中所述SNP位点处的核苷酸为T；若所得酶切产物为112bp和171bp两个DNA片段，则所述待测大豆基因组中所述SNP位点处的核苷酸为G。其中，所述283bp单一DNA片段为序列表中序列1所示DNA片段(序列1的第113位为T)。所述112bp和171bp两个DNA片段分别为序列表中序列1的第1-112位和第113-283位所示的两个DNA片段(序列1的第113位为G)。所述试剂或所述试剂盒或所述方法在大豆育种中的应用也属于本专利技术的保护范围。本专利技术的第四个目的是提供培育抗大豆胞囊线虫大豆新品种的方法。本专利技术所提供的培育抗大豆胞囊线虫大豆品种的方法，具体可包括选择T:T基因型的大豆作为亲本进行育种的步骤；所述T:T基因型为大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位为T的纯合型。在本专利技术中，所述大豆胞囊线虫具体为大豆胞囊线虫3号生理小种。实验证明，本专利技术检测出抗病基因Glyma.11G234500上存在的SNP位点，开发为CAPS标记，通过检测其基因型可选择出携带该基因抗病等位变异的材料，可避免耗时耗力的表型鉴定，通过基因型对育种材料进行大豆胞囊线虫3号生理小种抗性筛选，极大提高了育种过程中抗病品种的选择效率、缩短育种时间，对于抗大豆胞囊线虫品种的培育效果显著。附图说明图1为引物对A扩增产物的酶切后琼脂糖凝胶电泳检测的示意图。具体实施方式下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。大豆胞囊线虫3号生理小种：记载于“史学晖,李英慧,于佰双等.大豆胞囊线虫主效抗病基因Rhg4(GmSHMT)的CAPS/dCAPS标记开发和利用.作物学报,2015,41(10):1463-1471”一文，公众可从申请人处获得，仅可用于重复本专利技术实验使用。实施例1、抗大豆胞囊线虫相关CAPS标记的开发及应用一、引物设计及标记开发从phytozome(https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html)下载Glyma.11G234500基因序列，基因Glyma.11G234500和其同源基因Glyma.18G022500在核苷酸序列本文档来自技高网...

【技术保护点】
大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定大豆胞囊线虫抗性中的应用；所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T。

【技术特征摘要】
1.大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定大豆胞囊线虫抗性中的应用；所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T。2.用于鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫的抗性的试剂，是用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质；所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T；具体的，所述“用于检测大豆基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”为如下a)或b)：a)引物对A，为如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列2和序列3所示的两条单链DNA组成的引物对；(a2)由将序列表中序列2和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的两条单链DNA组成的，且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对；b)所述引物对A和限制性内切酶AciI或其同裂酶。3.用于鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫的抗性的试剂盒，含有权利要求2所述的试剂。4.权利要求2所述试剂或权利要求3所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定待测大豆对大豆胞囊线虫的抗性中的应用。5.方法，为如下方法I或方法II：方法I：一种鉴定或辅助鉴定待测大豆是否抗大豆胞囊线虫的方法，包括如下步骤：检测待测大豆的基因组中如下SNP位点处的核苷酸，以确定所述待测大豆的基因型；根据所述待测大豆的基因型按照如下确定所述待测大豆是否抗大豆胞囊线虫：若所述待测大豆为T:T基因型，则所述待测大豆抗或候选抗大豆胞囊线虫；若所述待测大豆为G:G基因型，则所述待测大豆不抗或候选不抗大豆胞囊线虫；所述SNP位点在大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为G或T；所述T:T基因型为大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位为T的纯合型；所述G:G基因型为大豆基因组中对应于序列表中序列1所示核苷酸序列的第113位为G的纯合型；方法II：一种鉴定或辅助鉴定待测大豆对大豆胞囊线虫的...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱丽娟，李英慧，田宇，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11