测序对照制造技术

本公开一般涉及用于遗传测序和定量测定法的人工对照，其可用于校准极其多种遗传测序和定量方法。例如，本文公开的测序对照可用于校准极其多种高通量测序方法(例如，称为下一代测序方法的那些)。本公开还通常涉及在极其多种应用中(例如包括在极其多种测序方法的校准中)使用测序对照。

Sequencing comparison

This publication generally involves manual controls for genetic sequencing and quantitative assays, which can be used to calibrate extremely diverse genetic sequencing and quantification methods. For example, the sequencing control disclosed in this paper can be used to calibrate very high throughput sequencing methods (for example, those called next generation sequencing methods). This publication also involves sequencing control in a variety of applications (including calibration in a variety of sequencing methods).

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】测序对照专利
本公开通常涉及可用于校准极其多种测序方法的测序对照(或“标准品”)。例如，本文公开的测序对照可用于校准极其多种高通量测序方法(例如，那些称为下一代测序方法的)。本公开还通常涉及在极其多种应用中(例如包括在多种测序方法的校准中)使用测序对照。专利技术背景下一代测序(NGS)技术(以如下公司提供的服务和产品为例：Illumina,Nanopore,PacBio,IonTorrent,Roche454Pyrosequencing(参见例如Bentley,D.R.etal.,2008；Clarke,J.etal.,2009；Ronaghi,M.etal.,1998；Eid,J.etal.,2009；Rothberg,J.M.etal.,2011)和其他)实现核酸分子的高通量、大规模平行测序。这些技术有能力确定单个样品中数百万个RNA和DNA分子的核苷酸碱基序列。此外，确定个别RNA或DNA序列的速率与样品中个别RNA或DNA序列的相对丰度成比例。因此，NGS也可用于确定样品中一个或多个核酸序列的量。NGS广泛用于测定核酸的序列和/或测量核酸的量，所述核酸发现于天然来源的样品中，如动物，植物，微生物或环境样品中微生物的不同群体(Edwards,R.A.etal.,2006)。这些使用包括测定微生物的全基因组序列(参见例如Bentley,D.R.etal.,2008)，测定样品中存在的信使RNA的序列和丰度(例如参见Mortazavi,A.etal.,2008)，或者测序和测量一系列细胞特征，如表观遗传修饰(例如参见Bernstein,B.E.etal.,2005)，蛋白质结合位点(例如参见Johnson,D.S.,etal.,2007)，和三维DNA结构(例如参见Lieberman-Aiden,E.etal.,2009)，以及其他特征。由NGS测定的数百万的个别RNA或DNA序列可以通过从头组装合并为更长的序列(称为重叠群)或与已知参考序列匹配。DNA序列的从头组装可用于组装生物体的基因组；RNA序列的从头组装可以指示基因序列，长度和同等型。DNA序列与参考基因组的匹配或比对可以鉴定个体间遗传差异或变异的位置。DNA序列与参考基因组之间的匹配位置可以指示表观遗传特征的位置，如组蛋白修饰或蛋白质结合位点。RNA序列与参考基因组的比对可以指示在基因剪接(splicing)过程中切出的内含子序列的存在。在某些情况下，在此类测序方法的操作过程中，已经将已知量或序列核酸(称为标准品)添加(或“掺入(spikedin)”)到天然的核酸样品中。然后可以使用一系列遗传技术(例如NGS技术)分析所得的组合混合物，所述遗传技术包括微阵列技术，定量聚合酶链反应方法等。可以将样品核酸的量或序列与添加的核酸标准品的已知量或序列相比较，以提供可用于测量和测定核酸天然样品的量或序列的参考量表(scale)。目前使用的RNA和DNA标准品源自天然来源。例如，已经广泛地表征了从最初来源于高加索人女性的NA12878细胞系提取的DNA序列，并且其已被用于评估分析工具的性能来鉴定遗传变异(Zook,J.M.etal.,2014)。开发了含有源自古细菌Methanocaldococcusjannaschii序列的核糖核酸标准品(称为ERCCSpike-Ins)用于微阵列和qRT-PCR技术(Baker,S.C.etal.,2005；Consortium,E.R.C.,2005)并且已被用于RNA测序(Jiang,L.etal.,2011)。然而，源自天然来源的核酸标准品的缺点是它们通常不能直接添加到样品中，因为它们与样品中感兴趣的核酸序列共享同源序列。使用源自天然来源的核酸标准品导致无法区分标准品与样品中存在的感兴趣的同源序列。因此，此类标准品作为校准应用于感兴趣样品的测序方法的工具的价值是有限的，并且仍然需要替代的和改善的测量对照。专利技术概述本专利技术人已开发了可以分别使用或与人工染色体结合使用的新型人工测量对照。术语“对照”在本文中可与术语“标准品”互换使用。因此，本公开提供了新型、人工测序标准品。一方面，本公开提供了包含人工多核苷酸序列的人工染色体，其中人工多核苷酸序列的任何片段可与任何已知的天然存在的基因组序列区分开。所述片段可以是任何大小从20到10,000,000个连续核苷酸的。在一个实例中，该片段长度为1,000个或更多个核苷酸。在另一个实例中，该片段长度为100个或更多个核苷酸。在另一个实例中，该片段长度为21个或更多个核苷酸。在本文公开的人工染色体中，人工多核苷酸序列的任何1,000个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。在另一个实例中，人工多核苷酸序列的任何100个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。在另一个实例中，人工多核苷酸序列的任何21个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。在另一个实例中，人工多核苷酸序列的任何20个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。在另一个实例中，在本文公开的人工染色体中，人工多核苷酸序列的任何1,000个或更多个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。在另一个实例中，人工多核苷酸序列的任何100个或更多个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。在另一个实例中，人工多核苷酸序列的任何21个或更多个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。在另一个实例中，人工多核苷酸序列的任何20个或更多个连续的核苷酸可以与任何已知相同长度的天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。本文公开的人工染色体可以包含天然存在的真核染色体的选自下组的任何一个或多个特征：基因座，CpG岛，移动元件，重复多核苷酸特征，小规模遗传变异和大规模遗传变异。人工多核苷酸序列可以包含多个基因座；重复多核苷酸特征可以包括末端重复，串联重复，反向重复和散在重复的任何一个或多个；基因座可以包含免疫受体基因座；小规模遗传变异可以包含一个或多个SNP，一个或多个插入，一个或多个缺失，一个或多个微卫星和/或多个核苷酸多态性；和/或大规模遗传变异可以包含一个或多个缺失，一个或多个重复，一个或多个拷贝数变体，一个或多个插入，一个或多个倒置和/或一个或多个易位。或者或另外，本文公开的人工染色体可以包含天然存在的原核染色体的一个或多个特征。例如，人工染色体可以包含天然存在的原核染色体的选自下组的任何一个或多个特征：基因座、DNA重复、移动元件,和操纵子。本公开还提供了本文公开的人工染色体的片段，该片段包含人工多核苷酸序列的20至10,000,000个连续核苷酸。所述片段可以是RNA片段或DNA片段。本公开还提供了包含本专利技术连结(conjoined)的两个或多个片段以形成连续的多核苷酸序列的人工多核苷酸序列。所述人工多核苷酸序列可以是RNA或DNA多核苷酸序列。本公开还提供了载体，其包含本文公开的人工染色体的本文档来自技高网...

【技术保护点】
包含人工多核苷酸序列的人工染色体，其中所述人工多核苷酸序列的任何片段与任何已知的天然存在的基因组序列是能区分的。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.12.16 AU 2014905092;2015.09.24 AU 20159038921.包含人工多核苷酸序列的人工染色体，其中所述人工多核苷酸序列的任何片段与任何已知的天然存在的基因组序列是能区分的。2.权利要求1的人工染色体，其中所述人工多核苷酸序列的任何1,000个连续的核苷酸与相同长度的任何已知天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。3.权利要求1的人工染色体，其中所述人工多核苷酸序列的任何100个连续的核苷酸与相同长度的任何已知天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。4.权利要求1的人工染色体，其中所述人工多核苷酸序列的任何21个连续的核苷酸与相同长度的任何已知天然存在的基因组序列具有小于100％的序列同一性。5.前述权利要求中任一项的人工染色体，其中所述人工多核苷酸序列包含选自下组的天然存在的真核染色体的任何一个或多个特征：基因座、CpG岛、移动元件(mobileelements)、重复多核苷酸特征(repetitivepolynucleotidefeatures)、小规模遗传变异和大规模遗传变异。6.权利要求5的人工染色体，其中：i)所述人工多核苷酸序列包含多个基因座(multiplegeneloci)；ii)所述重复多核苷酸特征包含下列任何一个或多个：末端重复、串联重复、反向重复和散在重复(interspersedrepeats)；iii)所述基因座包含免疫受体基因座；iv)所述小规模遗传变异包含一个或多个SNP、一个或多个插入、一个或多个缺失、一个或多个微卫星和/或多个核苷酸多态性；和/或v)所述大规模遗传变异包含一个或多个缺失、一个或多个重复、一个或多个拷贝数变体、一个或多个插入、一个或多个倒位和/或一个或多个易位。7.权利要求1至4中任一项的人工染色体，其包含天然存在的原核染色体的一个或多个特征。8.前述权利要求中任一项的人工染色体的片段，其包含所述人工多核苷酸序列的20至10,000,000个连续的核苷酸。9.权利要求8的片段，其是RNA片段或DNA片段。10.人工多核苷酸序列，其包含连结的(conjoined)权利要求8的两个或更多个片段以形成连续的多核苷酸序列。11.权利要求10的人工多核苷酸序列，其是RNA或DNA多核苷酸序列。12.载体，其包含权利要求1至7中任一项的人工染色体的DNA片段，所述片段包含所述人工多核苷酸序列的20至10,000,000个连续的核苷酸。13.载体，其包含权利要求10的人...

【专利技术属性】
技术研发人员：T默瑟，
申请(专利权)人：加文医学研究所，
类型：发明
国别省市：澳大利亚,AU