花楸树EST-SSR标记、其引物对及应用制造技术

本发明专利技术涉及分子生物学领域，具体而言，涉及一种花楸树EST‑SSR标记、其引物对及应用。这些分子标记的引物对可用于鉴定等位基因多态性，鉴定相同或相关的植物，区分植物及研究种群中的遗传多样性。分子标记也可用于使用统计学方法的遗传和表型研究，例如，连锁分析、QTL定位、系谱确证、群体遗传多态性研究、连锁不平衡等。所述信息可用于植物特异性状的鉴定和/或新品种分子身份证构建。

【技术实现步骤摘要】
花楸树EST-SSR标记、其引物对及应用
本专利技术涉及分子生物学领域，具体而言，涉及一种花楸树EST-SSR标记、其引物对及应用。
技术介绍
简单重复序列(simplesequencerepeat，SSR)又称微卫星标记，是由1～6个核苷酸的串联重复单元组成的一类DNA序列。SSR标记具有多态性高、共显性、重复性和稳定性高等优点，是目前最具应用价值的分子标记之一，广泛应用于人类医学、动物、植物及微生物的学科领域。然而，SSR标记物种特异性一定程度上限制了其引物的通用性，对基因序列未知的物种而言，SSR标记的开发较为困难。传统SSR标记开发以基因文库构建法(包括SSR富集文库)为主，其实验过程繁杂、费时费力、效率较低。SSR标记还可以利用公共基因数据库(NCBI，EMBL，DDBJ)中的共享序列来设计开发，但对于非模式生物或新物种来说，有限的基因序列资源依然是SSR标记开发的瓶颈。2005年以来，第二代高通量测序技术的发展为规模化遗传变异检测和标记位点开发带来了新机遇。如何利用高通量测序数据高效、快速地开发SSR标记位点，成为当前分子遗传学领域研究的热点之一。SSR根据来源不同可分为基因组SSR(GenomicsSSR,gSSR)和表达序列标签SSR(ExpressedSequenceTagSSR,EST-SSR)。EST数据来源于基因的转录区域，其多态性可能与基因功能直接相关，因此，EST-SSR比gSSR标记具有更高通用性。目前，基于转录组信息进行SSR标记引物开发在穗花杉(Amentotaxusspp.)、金钱槭(Dipteroniaspp.)、落羽杉(Taxodium‘zhongshansa’)、杜仲(Eucommiaulmoides)、红松(Pinuskoraiensis)、杉木(Cunninghamialanceolata)、以及南方红豆杉(Taxuschinensisvar.mairei)等林木上得到有效应用。此外，基于DNA测序仪为平台的荧光标记毛细管电泳技术为SSR标记提供了高效自动化检测方法，研究表明该技术检测效率，结果更为精确灵敏，已在杨树(Populusspp.)、桃树(Prunuspersica)、蔷薇属(RosaL.)等树种上得到证实。花楸树(Sorbuspohuashanensis)为蔷薇科(Rosaceae)苹果亚科(Maloideae)花楸属(Sorbus)落叶小乔木，又名百花花楸，其果实称“花楸果”，是一种重要的观叶、观花、观果树种，具有极高的园林及生态价值。早在《中华本草》就有记载：花楸果具有止咳化痰，健脾利水的功效。现代研究表明，花楸树中含有较丰富的黄酮、花青素、生氰苷、醌等成分，具有强抗氧化、抗癌、抗辐射和止咳平喘等药理作用。近年来，花楸树因其独具魅力的观赏价值日益受到人们的喜爱，市场上对其新品种的需求也十分迫切。然而，目前关于花楸树的研究大多集中在种群天然更新、群体交配系统、苗期形状地理种源变异、人工繁育技术以及引种驯化等方面，对于该物种的遗传多样性研究主要局限于同工酶等生化标记技术。
技术实现思路
本专利技术涉及EST-SSR标记和用于扩增EST-SSR标记的引物。本专利技术的EST-SSR标记可用于分子基因分型和/或遗传指纹图谱构建。根据本专利技术的一方面，本专利技术涉及一种鉴定植物样品基因型的方法，包括：1)、提取所述植物样品的DNA；2)、用选自下列的至少一个引物对扩增至少一种EST-SSR标记：SEQIDNO:1和2；SEQIDNO:3和4；SEQIDNO:5和6；SEQIDNO:7和8；SEQIDNO:9和10；SEQIDNO:11和12；SEQIDNO:13和14；SEQIDNO:15和16；SEQIDNO:17和18；SEQIDNO:19和20；SEQIDNO:21和22；SEQIDNO:23和24；SEQIDNO:25和26；SEQIDNO:27和28；SEQIDNO:29和30；或扩增各引物对对应的扩增产物的片段或变体；及3)、鉴定所述植物样品中的至少一种多态等位基因。在一些实施方式中，所述植物样品的DNA的提取方法包括饱和苯酚-氯仿法、树脂提取法或磁珠提取法提取。优选的，如上所述的方法，其中步骤2)包括用对应引物对扩增2种或更多EST-SSR标记；更优选的，其中步骤2)包括用对应引物对扩增3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15种EST-SSR标记。根据特定实施方式，分析全部15种标记的多态性。各扩增反应可独立地实施，或2种或更多SSR标记的扩增可在单个反应中一起实施(多重PCR)。优选的，如上所述的方法，在步骤2)中，用所述引物对扩增至少一种EST-SSR标记时，除SEQIDNO:21和22的退火温度为56℃～60℃外，其余引物对的退火温度均为50℃～64℃。具体的，所述方法包括：用对应引物对扩增15种EST-SSR标记中的每一种；及自15种扩增产物中的每一种鉴定样品中的至少一种多态等位基因。本专利技术的分子基因分型和/或遗传指纹方法可用于：(i)鉴定植物种群中的相同或相关基因型；(ii)鉴定植物等位基因多态性和区分植物种群中的植物变体；或者(iii)研究植物种群中的遗传多样性。例如，可对相关的植物基因型进行分类。鉴定相关的植物基因型也包括亲子关系鉴定。尽管本专利技术的EST-SSR标记从花楸树(Sorbuspohuashanensis)得到，但它们可应用于花楸属(Sorbus)植物的分子基因分型；优选的，前述任一项所述的方法及应用，所述植物包括但不仅限于水榆花楸S.alnifolia、黄山花楸S.amabilis、锐齿花楸S.arguta、毛背花楸S.aronioides、多变花楸S.astateria、美脉花楸S.caloneura、冠萼花楸S.coronata、白叶花楸S.cuspidata、北京花楸S.discolor、棕脉花楸S.dunnii、附生花楸S.epidendron、麻叶花楸S.esserteauiana、锈色花楸S.ferruginea、纤细花楸S.filipes、石灰花楸S.folgneri、圆果花楸S.globosa、球穗花楸S.glomerulata、疣果花楸S.granulosa、巨叶花楸S.harrowiana、钝齿花楸S.helenae、江南花楸S.hemsleyi、湖北花楸S.hupehensis、卷边花楸S.insignis、毛序花楸S.keissleri、俅江花楸S.kiukiangensis、陕甘花楸S.koehneana、大果花楸S.megalocarpa、泡吹叶花楸S.meliosmifolia、维西花楸S.monbeigii、多对花楸S.multijuga、宾川花楸S.obsoletidentata、褐毛花楸S.ochracea、少齿花楸S.oligodonta、灰叶花楸S.pallescens、花楸树S.pohuashanensis、侏儒花楸S.poteriifolia、西康花楸S.prattii、蕨叶花楸S.pteridophylla、台湾花楸S.randaiensis、铺地花楸S.reducta、西南花楸S.rehderiana、鼠李叶花楸S.rhamnoides、红毛花楸S.本文档来自技高网...

【技术保护点】
鉴定植物样品基因型的方法，包括：1)、提取所述植物样品的DNA；2)、用选自下列的至少一个引物对扩增至少一种EST‑SSR标记：SEQ ID NO:1和2；SEQ ID NO:3和4；SEQ ID NO:5和6；SEQ ID NO:7和8；SEQ ID NO:9和10；SEQ ID NO:11和12；SEQ ID NO:13和14；SEQ ID NO:15和16；SEQ ID NO:17和18；SEQ ID NO:19和20；SEQ ID NO:21和22；SEQ ID NO:23和24；SEQ ID NO:25和26；SEQ ID NO:27和28；SEQ ID NO:29和30；或扩增各引物对对应的扩增产物的片段或变体；及3)、鉴定所述植物样品中的至少一种多态等位基因。

【技术特征摘要】
1.鉴定植物样品基因型的方法，包括：1)、提取所述植物样品的DNA；2)、用选自下列的至少一个引物对扩增至少一种EST-SSR标记：SEQIDNO:1和2；SEQIDNO:3和4；SEQIDNO:5和6；SEQIDNO:7和8；SEQIDNO:9和10；SEQIDNO:11和12；SEQIDNO:13和14；SEQIDNO:15和16；SEQIDNO:17和18；SEQIDNO:19和20；SEQIDNO:21和22；SEQIDNO:23和24；SEQIDNO:25和26；SEQIDNO:27和28；SEQIDNO:29和30；或扩增各引物对对应的扩增产物的片段或变体；及3)、鉴定所述植物样品中的至少一种多态等位基因。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，其中步骤2)包括用对应引物对扩增2种或更多EST-SSR标记；优选的，其中步骤2)包括用对应引物对扩增15种EST-SSR标记。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤2)中，用所述引物对扩增至少一种EST-SSR标记时，除SEQIDNO:21和22的退火温度为56℃～60℃外，其余引物对的退火温度均为50℃～64℃。4.根据权利要求1～3任一项所述的方法，其特征在于，所述植物包括水榆花楸S.alnifolia、黄山花楸S.amabilis、锐齿花楸S.arguta、毛背花楸S.aronioides、多变花楸S.astateria、美脉花楸S.caloneura、冠萼花楸S.coronata、白叶花楸S.cuspidata、北京花楸S.discolor、棕脉花楸S.dunnii、附生花楸S.epidendron、麻叶花楸S.esserteauiana、锈色花楸S.ferruginea、纤细花楸S.filipes、石灰花楸S.folgneri、圆果花楸S.globosa、球穗花楸S.glomerulata、疣果花楸S.granulosa、巨叶花楸S.harrowiana、钝齿花楸S.helena...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑健，关雪莲，胡增辉，冷平生，窦德泉，张克中，
申请(专利权)人：北京农学院，
类型：发明
国别省市：北京,11