一种癫痫脑病基因芯片及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种癫痫脑病基因芯片，所述基因芯片包括针对如下基因的探针：ABCC8、NOTCH3、SCN1A、GCK、TSC2、GALNS、NPC1、MECP2、NF1。在一个实施方案中，所述探针的序列为SEQ ID NO.1‑79。本发明专利技术是基因芯片可以实现对癫痫脑病的基因检测。

Epilepsy encephalopathy gene chip and application thereof

The invention discloses an epileptic encephalopathy gene chip, which comprises probes for the following genes: ABCC8, NOTCH3, SCN1A, GCK, TSC2, GALNS, NPC1, MECP2, NF1. In one embodiment, the probe sequence is SEQ ID NO.1 79. The invention is a gene chip, which can realize gene detection of epileptic encephalopathy.

【技术实现步骤摘要】
一种癫痫脑病基因芯片及其应用
本专利技术属于遗传病检测领域，特别涉及癫痫脑病的检测，特别是一种癫痫脑病基因芯片及其应用。
技术介绍
早期癫痫性脑病是指在新生儿期或婴儿期出现持续的癫痫性活动(包括临床频繁的癫痫发作以及发作间期脑电持续的痫性放电)，从而导致认知、运动全面发育落后，智力低下，自闭症等灾难性的神经系统后遗症。由于病因复杂、发病机制不明，导致医师盲目换药，患者四处求医。如何明确这些患儿的病因、识别早期疾病预警标志、提供精准治疗也成为了困扰临床医师的棘手问题，是目前临床亟待解决的重要问题。癫痫虽可继发于各种脑损伤，但超过50％的癫痫是存在遗传基础的，甚至获得性癫痫也被认为与遗传因素相关。对癫痫和癫痫脑病的遗传学研究层出不穷，积累了大量遗传学数据。同时遗传学知识的运用，也改变了癫痫的传统诊断模式。随着高通量测序技术的发展与成熟，人类全基因组测序已经成为遗传相关致病基因突变研究和诊断的重要工具。通过全基因组测序对被测样本进行全基因组扫描，可实现对基因突变零遗漏，从而成为遗传代谢病相关致病基因突变研究和诊断的有效工具。由于人类基因组的大小约为3Gb，对其进行全基因组测序总计约需90Gb测序数据。巨大的数据量要求所致高昂的测序成本，导致全基因组测序应用遗传代谢病的基因诊断收到限制。全基因组测序需要产生大量的测序数据量，测序成本高，因此测序深度不大可能太深。对于检查基因突变而言，想要实现突变检查的零遗漏，全基因组测序确实难以担当此任。特别是对于，一次检测数百个基因上发生的所有突变，高深度测序才能实现对突变检测的准确性。全基因组测序需要产生大量的测序数据量，测序成本高，因此测序深度不可能太深。对于检查基因突变而言，想要实现突变检查的零遗漏，全基因组测序确实难以担当此任。特别是对于，一次检测数百个基因上发生的所有突变，高深度测序才能实现对突变检测的准确性。因此，开发一款价格低廉的，准确性高的基因突变检查产品，特别是对于癫痫脑病基因突变的诊断产品，具有重要的意义。
技术实现思路
本专利技术人经过对大量临床病人的基因组数据进行分析，提供了一组基因探针，通过包括这些基因探针的基因芯片，实现对癫痫脑病的基因检测。因此，在第一方面，本专利技术提供了一种癫痫脑病基因芯片，所述基因芯片包括针对如下基因的探针：ABCC8、NOTCH3、SCN1A、GCK、TSC2、GALNS、NPC1、MECP2、NF1。ABCC8突变位点为：c.892C>T、c.4532T>C、c.3593C>T和c.382G>A；NOTCH3突变位点为：c.5764G>T、c.2129A>G、c.1759C>T、c.1630C>T、c.734G>A、c.434C>G和c.199T>G；SCN1A突变位点为：c.4246G>A、c.4764T>G、c.4450G>A、c.3138T>G、c.2791C>T、c.1834C>T和c.1072C>T；GCK突变位点为：c.716A>G；TSC2突变位点为：c.5051G>A、c.1093A>G、c.1096G>A和c.5027G>A；GALNS突变位点为：c.1485C>G；NPC1突变位点为：c.1301C>T；MECP2突变位点为：c.844C>T、c.799C>T和c.383C>G；NF1突变位点为：c.2554C>T和c.6611G>A。在一个实施方案中，检测这些突变位点的探针包括SEQIDNO.8、SEQIDNO.2、SEQIDNO.5、SEQIDNO.11、SEQIDNO.14、SEQIDNO.23、SEQIDNO.17、SEQIDNO.20、SEQIDNO.26、SEQIDNO.29、SEQIDNO.32、SEQIDNO.40、SEQIDNO.37、SEQIDNO.34、SEQIDNO.47、SEQIDNO.42、SEQIDNO.44、SEQIDNO.50、SEQIDNO.53、SEQIDNO.60、SEQIDNO.56、SEQIDNO.59、SEQIDNO.63、SEQIDNO.66、SEQIDNO.72、SEQIDNO.68、SEQIDNO.75和SEQIDNO.78。在一个实施方案中，检测这些突变位点的探针分别包括选自如下各组的1-3个探针：SEQIDNO.7-9、SEQIDNO.1-3、SEQIDNO.4-6、SEQIDNO.10-12、SEQIDNO.13-15、SEQIDNO.22-24、SEQIDNO.16-18、SEQIDNO.19-21、SEQIDNO.25-27、SEQIDNO.28-30、SEQIDNO.31-33、SEQIDNO.39-40、SEQIDNO.36-38、SEQIDNO.34-35、SEQIDNO.46-48、SEQIDNO.41-42、SEQIDNO.43-45、SEQIDNO.49-51、SEQIDNO.52-53、SEQIDNO.59-61、SEQIDNO.54-56、SEQIDNO.55-57、SEQIDNO.58-60、SEQIDNO.62-64、SEQIDNO.65-67、SEQIDNO.70-72、SEQIDNO.68-69、SEQIDNO.74-76和SEQIDNO.77-79。在优选的实施方案中，检测这些突变位点的探针分别还包括这样的探针，即上述探针的位点被突变碱基替换的探针。在一个实施方案中，所述基因芯片包括针对如下基因的探针：NF1、SCN1A、TSC2、MECP2、GCK、SCN5A、CHD7、IDS、ABCC8、PTEN、HNF1A、NSD1、HPRT1、SLC12A3、PAX6、NPC1、ATP7A、NIPBL、PTCH1、OPA1、TSC1、L1CAM、CASR、NOTCH3、PLP1、CREBBP、WFS1、RS1、GALNS和POLG。在一个实施方案中，所述基因芯片包括针对表1中列出的基因的探针。在第二方面，本专利技术提供了一种利用基因芯片筛查受试者基因突变的方法，所述方法包括：1)提取所述受试者的基因组DNA，或者提取所述受试者的RNA，反转录成cDNA；2)将所述DNA或cDNA打断至200-300bp的范围；3)对上述打碎的基因组DNA进行DNA小片段文库的制备；4)将DNA小片段文库和本专利技术第一方面的基因芯片进行杂交，检测基因突变。在一个实施方案中，在步骤2)中采用illuminaTruSeqDNAlibrarypreparation试剂盒，进行DNA小片段文库的制备。在第三方面中，本专利技术还提供了本专利技术第一方面的基因芯片用于检测癫痫脑病的用途。本专利技术的方法和基因芯片至少有如下优点：相对于全基因组测序，大大节约了所需要的测序数据量；一次性检测疾病相关致病基因的大多数突变，平衡了性价比，为疾病的治疗和干预提供保障。具体实施方式通过参考示范性实施例，本专利技术的目的和功能以及用于实现这些目的和功能的方法将得以阐明。然而，本专利技术并不受限于以下所公开的示范性实施例；可以通过不同形式来对其加以实现。说明书的实质仅仅是帮助相关领域技术人员综合理解本专利技术的具体细节。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种癫痫脑病基因芯片，所述基因芯片包括针对如下基因的探针：ABCC8、NOTCH3、SCN1A、GCK、TSC2、GALNS、NPC1、MECP2、NF1。

【技术特征摘要】
1.一种癫痫脑病基因芯片，所述基因芯片包括针对如下基因的探针：ABCC8、NOTCH3、SCN1A、GCK、TSC2、GALNS、NPC1、MECP2、NF1。2.根据权利要求1的基因芯片，ABCC8突变位点为：c.892C>T、c.4532T>C、c.3593C>T和c.382G>A；NOTCH3突变位点为：c.5764G>T、c.2129A>G、c.1759C>T、c.1630C>T、c.734G>A、c.434C>G和c.199T>G；SCN1A突变位点为：c.4246G>A、c.4764T>G、c.4450G>A、c.3138T>G、c.2791C>T、c.1834C>T和c.1072C>T；GCK突变位点为：c.716A>G；TSC2突变位点为：c.5051G>A、c.1093A>G、c.1096G>A和c.5027G>A；GALNS突变位点为：c.1485C>G；NPC1突变位点为：c.1301C>T；MECP2突变位点为：c.844C>T、c.799C>T和c.383C>G；NF1突变位点为：c.2554C>T和c.6611G>A。3.根据权利要求1的基因芯片，所述探针分别包括选自如下各组的1-3个探针：SEQIDNO.7-9、SEQIDNO.1-3、SEQIDNO.4-6、SEQIDNO.10-12、SEQIDNO.13-15、SEQIDNO.22-24、SEQIDNO.16-18、SEQIDNO.19-21、SEQIDNO.25-27、SEQIDNO.28-30、SEQIDNO.31-33、SEQIDNO.39-40、SEQIDNO.36-38、SEQIDNO.34-35、SEQIDNO.46-48、SEQIDNO.41-42、SEQIDNO.43-45、SEQIDNO.49-51、SEQIDNO.52-53、SEQIDNO.59-61、SEQIDNO.54-56、SEQIDNO.55-57、SEQIDNO.58-60、SEQIDN...

【专利技术属性】
技术研发人员：尹飞，彭镜，邓小鹿，何芳，陈晨，盖楠，王颖，马玉平，张文，彭盼，
申请(专利权)人：中南大学湘雅医院，
类型：发明
国别省市：湖南,43