用于狗中的肝铜积累的遗传检测制造技术

本发明专利技术提供了检测狗以确定狗对肝铜积累的易感性的方法，包含检测样品中狗的基因组中一种或多种选自以下的多态性的存在或缺失：(a) SEQ ID NO:144,145,146,147,148,149,150,151,152,153,154,155，和位于染色体位置22:3135287的CGCCCC重复；(b) 一种或多种与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性；和/或(c) SEQ ID NO:156,157和158。

Genetic detection of hepatic copper accumulation in dogs

The invention provides a detection method to determine the susceptibility of dog dog liver copper accumulation in the presence or absence of samples in the dog genome contains one or more selected from the group consisting of polymorphism: (a) SEQ ID NO:144145146147148149150151152153154155, and located on chromosome CGCCCC 22:3135287 repeat (b); a one or more of the polymorphism (a) polymorphism in linkage disequilibrium; and / or (c) SEQ ID NO:156157 and 158.

【技术实现步骤摘要】
用于狗中的肝铜积累的遗传检测本申请是申请日为2012年12月06日，申请号为201280060211.3，专利技术名称为“用于狗中的肝铜积累的遗传检测”的专利技术专利申请的分案申请。
本专利技术涉及确定狗对肝铜积累和铜相关肝脏疾病的易感性或狗受保护免于肝铜积累和铜相关肝脏疾病的可能性的方法。
技术介绍
铜是对于体内的许多代谢过程重要的微量矿物质，并且因此是膳食中的重要部分。一旦通过肠道吸收，铜主要存储于肝脏，虽然其也可见于其他组织诸如骨髓、肌肉和脾脏。肝脏既储存铜又在协调分别通过血浆铜蓝蛋白和胆盐的铜运输和排泄中发挥核心作用。一般来说，铜缺乏是比毒性更为常见的问题。然而毒性确实发生并且可能对受到影响的动物造成严重影响。尽管肝疾病在狗中不常见，但其最常见的形式之一是慢性肝炎(CH)。CH是组织学的诊断，其特征在于纤维化、炎症和肝细胞凋亡和坏死的存在。此疾病的最终阶段可导致肝硬化。CH的病因之一是肝铜积累。肝铜积累可由于提高的铜摄入、肝铜代谢的原发性代谢缺陷或改变的铜胆汁排泄导致。在后一种情况中，铜毒性对于肝脏炎症、纤维化和胆汁淤积是继发性的，尽管不清楚这在狗中发生到何种程度。在继发性铜贮积病中，铜积累主要限于门脉周实质并且肝铜浓度低于家族贮积病中的积累。虽然起始因子和敏化抗原的性质未知，但是原发性胆汁性肝硬变中观察到的免疫学异常和形态学特征与免疫调节机制并存。小肠被认为是哺乳动物中饮食铜吸收的主要部位。从肠腔向肠粘膜的运输是载体介导的过程，涉及可饱和的运输组分。一旦在粘膜细胞中，大约80%的新吸收的铜在细胞质中，其主要与金属硫蛋白(MT)结合。这些是低分子量的可诱导的蛋白具有许多功能，包括金属的动态平衡、储存、运输和解毒。在通过肠上皮细胞后，铜进入门脉循环，在那里铜结合载体蛋白肽和氨基酸并被运输至肝，且较少量进入肾。在大多数哺乳动物中，铜被容易地排泄，且铜主要排泄途径是胆汁。肝铜积累过多的狗通常用D-青霉胺，一种强力的铜螯合剂来治疗。然而最终，能够用于患有CH的狗的最成功疗法为肝移植。肝铜积累的遗传基础未知。其困难之处在于铜参与大量不同的生物学途径，各途径都高度复杂并涉及大量基因的事实。WO2009/044152A2公开了确定狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括检测(a)在狗的GOLGA5、ATP7a或UBL5基因中的指示对肝铜积累的易感性的多态性和/或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性的存在或缺失，以及从而确定狗对肝铜积累的易感性。WO2010/038032A1和WO2010/116137A1公开了另外的多态性用于确定狗对肝铜积累的易感性的方法。它们还公开了多态性用于确定狗受到保护免于肝铜积累的可能性的方法。
技术实现思路
本专利技术人发现在狗基因组中的许多多态性与对肝铜积累的易感性相关。他们还发现在狗基因组中的多态性与免于肝铜积累的保护相关。这些多态性的发现为通过筛选多态性来预测狗对肝铜积累的易感性或狗受保护免于肝铜积累的可能性的检测提供了基础。检测的预测能力可以使用涉及将一种或多种所定义多态性的检测结果组合的模型而放大。将一种或多种指示狗受保护免于肝铜积累的多态性的检测结果和一种或多种指示狗对肝铜积累易感性的多态性的检测结果组合的遗传学检测将提供关于狗有肝铜积累风险的可能性方面的信息。在狗肝中的铜积累可导致一种或多种由高肝铜引起的肝疾病或病症。例如，高肝铜可导致慢性肝炎、肝硬化和最终的肝功能衰竭。本专利技术因此能够鉴定有风险患有或不被保护免于这些与高铜相关的肝疾病或病症的狗。一旦鉴定了狗对肝铜积累的易感性，或者一旦狗被鉴定为不具有一个或更多个指示免于肝铜积累的保护的突变，则有可能确定对该狗合适的预防措施以将肝铜水平维持在低或正常水平，例如通过施用低铜食物(例如，WO2009/044152A2中所公开的食物)。此外，被鉴定为不具有对肝铜积累易感性相关突变的狗，或者被鉴定为具有与免于肝铜积累保护相关突变的狗可理想地用于以产生不太可能患与高铜相关的肝疾病或其它病症的狗为目标的育种程序。本专利技术因此提供了测试狗以确定狗对肝铜积累的易感性的方法，包含检测样品中狗的基因组中选自以下的一种或多种多态性的存在或缺失：和在染色体位置22:3135287的CGCCCC重复；(b)一种或多种与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性；和/或(c)Chr32_38904515(SEQIDNO:156)、Chr8_4892743(SEQIDNO:157)和Chr8_4880518(SEQIDNO:158)。本专利技术还提供：-包含关于一种或多种如本文所定义多态性和它们与狗对肝铜积累易感性的关联的信息的数据库；-确定狗对肝铜积累易感性的方法，包含：(a)将关于狗基因组中存在或缺失如本文定义的一种或多种多态性的数据输入计算机系统；(b)将数据与计算机数据库比较，所述数据库包含涉及如本文定义的一种或多种多态性及它们狗对肝铜积累易感性的关联的信息；和(c)基于所述比较确定狗对肝铜积累的易感性；-计算机程序，其包含当在计算机系统上执行时，指示计算机系统执行本专利技术的方法的程序编码装置(programcodemeans)；-计算机存储介质，其包含本专利技术计算机程序和本专利技术数据库；-安排以执行本专利技术方法的计算机系统，包含：(a)接收关于狗基因组中存在或缺失如本文定义的多态性的数据的装置；(b)包含涉及如本文定义的一种或多种多态性及它们与狗对肝铜积累的易感性的关联的信息的数据库；(c)用于比较数据与数据库的模块；和(d)基于所述比较确定狗对肝铜积累的易感性的装置；-确定狗对肝铜积累的易感性的方法，包含检测狗基因组中选自本文定义的多态性的一种或多种多态性的存在或缺失；-选自本文定义的多态性的一种或多种多态性用于确定狗对肝铜积累的易感性的用途；和-选择用于产生可能受保护免于肝铜积累的后代的狗的方法，包含：-根据本专利技术的方法确定候选的第一只狗的基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性和由此确定候选的第一只狗是否适合产生可能受保护免于肝铜积累的后代；-任选地，根据本专利技术的方法确定与第一只狗性别相反的第二只狗的基因组中是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性；和-任选地，将第一只狗和第二只狗交配以产生可能受到保护免于肝铜积累的后代。本专利技术人已发现与保护狗免于肝铜积累相关的多态性。因此，本专利技术提供了测试狗以确定狗受保护免于肝铜积累的可能性的方法，包含检测样品中狗的基因组中选自以下的一种或多种多态性的存在或缺失：(a)Chr22_3135144(SEQIDNO:145)和(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性。本专利技术还提供：-包含关于一种或多种如本文所定义多态性和它们与保护狗免于肝铜积累，或狗对肝铜积累易感性的关联的信息的数据库；-确定狗受保护免于肝铜积累的可能性的方法，包含：(a)将关于狗基因组中存在或缺失如本文定义的一种或多种多态性的数据输入计算机系统；(b)将数据与计算机数据库比较，所述数据库包含涉及本文定义的一种或多种多态性及它们与狗受保护免于肝铜积累，或狗对肝铜积累易感性的关联的信息；和(c)基于所述比较确定狗受保护免于肝铜积累的可能性；-计算机程序，其包含当在计算机系统上执行时，指示计算机系统执行本专利技术的方法的程本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测狗以确定所述狗对肝铜积累的易感性的方法，包含检测样品中所述狗的基因组中一种或多种选自以下的多态性的存在或缺失：(a)Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144)、Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145)、Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146)、ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147)、Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148)、Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149)、Chr14_39437543 (SEQ ID NO: 150)、Chr15_62625024 (SEQ ID NO: 151)、Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152)、Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153)、Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154)、Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155)和位于染色体位置22:3135287的CGCCCC重复；(b)一种或多种与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性；和/或(c)Chr32_38904515 (SEQ ID NO: 156)、Chr8_4892743 (SEQ ID NO: 157)和Chr8_4880518 (SEQ ID NO: 158)。...

【技术特征摘要】
2011.12.06 GB 1120989.71.检测狗以确定所述狗对肝铜积累的易感性的方法，包含检测样品中所述狗的基因组中一种或多种选自以下的多态性的存在或缺失：(a)Chr22_3167534(SEQIDNO:144)、Chr22_3135144(SEQIDNO:145)、Chr20_55461150(SEQIDNO:146)、ChrX_120879711(SEQIDNO:147)、Chr19_6078084(SEQIDNO:148)、Chr15_62625262(SEQIDNO:149)、Chr14_39437543(SEQIDNO:150)、Chr15_62625024(SEQIDNO:151)、Chr3_86838677(SEQIDNO:152)、Chr24_4011833(SEQIDNO:153)、Chr18_60812198(SEQIDNO:154)、Chr10_65209946(SEQIDNO:155)和位于染色体位置22:3135287的CGCCCC重复；(b)一种或多种与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性；和/或(c)Chr32_38904515(SEQIDNO:156)、Chr8_4892743(SEQIDNO:157)和Chr8_4880518(SEQIDNO:158)。2.根据权利要求1的方法，进一步包含检测样品中所述狗的基因组中一种或多种选自以下的多态性的存在或缺失：(d)ChrX_63338063(SEQIDNO:142)，和/或(e)一种或多种与所述多态性(d)处于连锁不平衡的多态性。3.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述一种或多种多态性为单核苷酸多态性(SNP)。4.根据前述权利要求中任一项的方法，进一步包含检测样品中所述狗的基因组中选自以下的一种或多种SNP的存在与缺失：BICF2P506595(SEQIDNO:1)、BICF2P772765(SEQIDNO:2)、BICF2S2333187(SEQIDNO:3)、BICF2P1324008(SEQIDNO:4)、BICF2P591872(SEQIDNO:5)、ATP7a_Reg4_F_9(SEQIDNO:131)、UBL5_Reg1F_16(SEQIDNO:132)、golga5_Reg1_24(SEQIDNO:133)、golga5_26(SEQIDNO:134)、golga5_27(SEQIDNO:135)、golga5_28(SEQIDNO:136)、golga5_29(SEQIDNO:137)、g...

【专利技术属性】
技术研发人员：AJ马丁，PG琼斯，A沃特森，J罗休岑，H菲滕，PAJ利格沃特，
申请(专利权)人：玛尔斯有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US