包括972C>A突变的CYP3A4基因片段、所编码的蛋白质片段及其应用制造技术

本发明专利技术本公开了包括972C＞A突变的CYP3A4基因片段、所编码的蛋白质片段及其应用，属于生物技术领域。核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQ ID NO：1的第1080位的突变位点，且是SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1080位的核苷酸是A；或者为所述核酸片段的互补序列。本发明专利技术提供了一种寡核苷酸片段来快速扩增目的基因的方法；快速分析生物样本的等位基因并提示是否存在变异；对于存在并产生的变异蛋白质，进行活性研究，并可以根据实验数据，推荐调整药物使用量。

【技术实现步骤摘要】
包括972C＞A突变的CYP3A4基因片段、所编码的蛋白质片段及其应用
本专利技术属于生物
，包括972C＞A突变的CYP3A4基因片段、所编码的蛋白质片段及其应用。
技术介绍
CYP3A4是细胞色素P450酶大家族CYP3A亚家族中最重要的一员，约占人肝微粒体CYP酶总量的60％，占到肠道微粒体的总量的70％。有大约40～50％的临床常用药物经由CYP3A4氧化代谢，其中主要包括大环内酯类抗生素，抗真菌药，H1受体拮抗药，HMG-CoA还原酶抑制剂，苯二氮卓类，质子泵抑制剂、钙通道阻滞药、抗肿瘤药、抗精神病等药物。CYP3A4基因具有高度多态性。目前为止，国际上已命名的等位基因共有26种(http：//www.cypalleles.ki.se)，除去野生型(CYP3A4*1)外，共有25种突变类型可引起CYP3A4蛋白氨基酸组成发生改变，另外还有多种新发现的突变已被命名，但还未在网站上公布。其中人种分布较广、研究最多、中国人群研究资料相对最丰富的突变型是CYP3A4*4(352A＞G)、CYP3A4*5(653C＞G)、及CYP3A4*18(878T＞C)。根据目前临床研究显示，CYP3A4基因的多态性是造成CYP3A4酶活性在个体之间极大不同的主要原因，因此在携带不同CYP3A4基因型的个体间可引起药物疗效的极大差异，甚至产生严重的药物毒副作用或治疗不充分。因此，研究CYP3A4基因多态性对药物疗效的影响将对临床合理用药提供重要的科学依据。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是提供CYP3A4基因的新的单碱基突变位点，包含该突变位点的核酸片段、其编码的蛋白质片段及鉴定该突变位点在用药指导中的应用。为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：本专利技术的内容是基于CYP3A4基因的新的单碱基突变位点。所述突变位点是位于CYP3A4基因的编码区内，对应于SEQIDNO：2的第972位，该位点由野生型的T突变为C(972T＞C)；此外，由该突变的CYP3A4基因编码的蛋白的第324位由组氨酸突变为谷氨酰胺(H324Q)。一种核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQIDNO：1的第1080位的突变位点，且是SEQIDNO：1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1080位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含对应于SEQIDNO：2的第972位的突变位点，且是SEQIDNO：2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第972位的核苷酸是A；或者为所述核酸片段的互补序列。所述核酸片段的长度是10-100、100-200、200-500或500-1000个核苷酸；优选地，所述核酸片段的长度是10-20、20-30、30-40、40-50、50-60、60-100或100-300个核苷酸；进一步优选地，所述核酸片段是SEQIDNO：1、SEQIDNO：2、SEQIDNO：33～SEQIDNO：40所示的序列。所述突变位点可以位于所述核酸片段的任何位置。在另一种实施方式中，所述核酸片段是序列表SEQIDNO：1所示的序列。在另一种实施方式中，所述核酸片段是序列表SEQIDNO：2所示的序列。在其它实施方式中，所述核酸片段可以是序列表SEQIDNO：33～SEQIDNO：40所示的序列。进一步，本专利技术提供了等位基因特异性寡核苷酸，所述寡核苷酸与含有对应于SEQIDNO：1的第1080位或对应于SEQIDNO：2的第972位的突变位点的等位基因片段或其互补序列全部或部分杂交，其中SEQIDNO：1的第1080位或SEQIDNO：2的第972位的突变位点的核苷酸是A；所述等位基因片段是SEQIDNO：1或SEQIDNO：2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或其互补序列。所述寡核苷酸引物；优选地，当所述寡核苷酸是引物时，所述寡核苷酸的长度是15-40个核苷酸；当所述寡核苷酸是引物时并且突变位点位于引物的3’末端。在一种实施方式中，所述的寡核苷酸用作探针。所述探针能够在严谨条件下与包含突变位点的靶序列特异性杂交。本领域技术人员已知，所述探针不需要与靶序列完全互补，只要能与靶序列特异杂交即可。在优选的实施方案中，所述杂交条件可以满足使探针仅与靶序列特异性杂交。所述探针的长度可以是5-100个核苷酸，如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、40、50、60、70、80、90或100个核苷酸。所述突变位点可以出现在探针的任何位置。在优选的实施方式中，所述突变位点出现在探针序列的中心或大约中心处。在另一种实施方式中，所述寡核苷酸用作指导DNA合成的引物，如本领域公知的测序引物或合成引物等。所述引物不需要与模板完全互补，但应当与模板互补杂交以指导DNA合成。所述引物的长度可以是15-40个核苷酸长度，优选地为18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。所述突变位点可以出现在所述引物的任何位置；优选地，所述突变位点出现在所述引物的3’末端。进一步，本专利技术提供了一种用于检测和/或分析单碱基突变的试剂盒，所述试剂盒包含本专利技术的核酸片段或等位基因特异性寡核苷酸，或者包含SEQIDNO：14和/或SEQIDNO：15和/或SEQIDNO：29所示的序列片段。进一步，本专利技术提供了所述的等位基因特异性寡核苷酸在检测CYP3A4基因突变中的应用，其中所述核酸片段或寡核苷酸用作探针或引物。进一步，本专利技术提供了一种用药指导，包括检测待测样品中CYP3A4基因的对应于SEQIDNO：1的第1080位或SEQIDNO：2的第972位的单碱基突变；根据检测到的突变，调整经CYP3A4代谢的药物的给药量。当检测到的CYP3A4基因在对应于SEQIDNO：1的第1080位或SEQIDNO：2的第972位的位点为C时，相对应地调整经CYP3A4代谢的药物的给药量。在具体的实施例中，当CYP3A4基因在SEQIDNO：2的第972位的位点为A时，该基因编码的CYP3A4蛋白酶活性上升，故需要适当增加经CYP3A4代谢的药物的给药量。本专利技术中所述的经CYP3A4代谢的药物包括：环孢素，他克莫司，雷帕霉素，多西他赛，艾洛替尼，环磷酰胺，他莫昔芬，替尼泊苷，长春花碱，吉非替尼，维罗非尼，舒尼替尼，索拉菲尼，伊立替康，伊马替尼，酮康唑，伊曲康唑，克拉霉素，西酞普兰，阿米替林，氯丙咪嗪，文拉法辛，利培酮，齐拉西酮，阿普唑仑，咪达唑仑，地西泮，佐匹克隆，洛伐他汀，辛伐他汀，地尔硫桌，硝苯地平，氨氯地平，尼群地平，雌二醇，睾酮，孕酮，特非那丁，氯苯那敏，地塞米松，氢化可的松，氯吡格雷，华法林等药物。进一步，本专利技术提供了一种分析核酸的方法，包括分析待测样品中的包含对应于SEQIDNO：1的序列的核酸中对应于第1080位的核苷酸或分析待测样品中的包含对应于SEQIDNO：2的序列的核酸中对应于第972位的核苷酸；优选地，所述方法是测序法、限制性片段长度多态性分析。在一种实施方式中，所述方法可以是限制性片段长度多态性分析(RFLP)。本领域技术人员可以根据本
技术实现思路
设计实验以分析SEQI本文档来自技高网...

【技术保护点】
核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQ ID NO：1的第1080位的突变位点，且是SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1080位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含对应于SEQ ID NO：2的第972位的突变位点，且是SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第972位的核苷酸是A；或者为所述核酸片段的互补序列。

【技术特征摘要】
1.核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQIDNO：1的第1080位的突变位点，且是SEQIDNO：1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1080位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含对应于SEQIDNO：2的第972位的突变位点，且是SEQIDNO：2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第972位的核苷酸是A；或者为所述核酸片段的互补序列。2.根据权利要求1所述的核酸片段，其特征在于，所述核酸片段的长度是10-100、100-200、200-500或500-1000个核苷酸；优选地，所述核酸片段的长度是10-20、20-30、30-40、40-50、50-60、60-100或100-300个核苷酸；进一步优选地，所述核酸片段是SEQIDNO：1、SEQIDNO：2、SEQIDNO：33-SEQIDNO：40所示的序列。3.等位基因特异性寡核苷酸，所述寡核苷酸与含有对应于SEQIDNO：1的第1080位或对应于SEQIDNO：2的第972位的突变位点的等位基因片段或其互补序列全部或部分杂交，其中SEQIDNO：1的第1080位或SEQIDNO：2的第972位的突变位点的核苷酸是A；所述等位基因片段是SEQIDNO：1或SEQIDNO：2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或其互补序列。4.根据权利要求3所述的等位基因特异性寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸引物；优选地，当所述寡核苷酸是引物时，所述寡核苷酸的长度是15-40个核苷酸；当所述寡核苷酸是引物时并且突变位点位于引物的3’末端。5.用于检测和/或分析单碱基突变的试剂盒，包括权利要求1或2所述的核酸片段和/或权利要求3-5任一项所述的等位基因特异性寡核苷酸；或者包含S...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡国新，蔡剑平，戴大鹏，黄象鑫，
申请(专利权)人：温州医科大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33