一种长非编码RNA及其在诊断/治疗非小细胞肺癌中的应用制造技术

本发明专利技术属于基因工程领域，特别涉及LINC01116在制备预测非小细胞肺癌预后及靶点药物治疗中的应用；针对LINC01116检测的试剂可以诊断非小细胞肺癌及判断非小细胞肺癌患者预后；LINC01116的抑制剂可以治疗非小细胞肺癌。

【技术实现步骤摘要】
一种长非编码RNA及其在诊断/治疗非小细胞肺癌中的应用
本专利技术属于基因工程领域，特别涉及一种长非编码RNA及其在诊断/治疗非小细胞肺癌中的应用。
技术介绍
肺癌是我国乃至世界范围内发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。国家癌症登记中心最新数据显示：我国每年新发病例约70.5万，发病率为36.28/10万人，死亡病例约56.9万，死亡率为28.81/10万人，严重威胁着国民健康。其中非小细胞肺癌(non-smallcelllungcancer，NSCLC)约占肺癌发病的80-85％，包括肺腺癌及鳞癌两大主要病理类型，针对NSCLC发生发展的分子机制进行深入研究是当前肺癌研究关注的热点。既往的生命科学研究大多着眼于编码基因，近年来，随着后基因组时代技术水平的不断发展，长链非编码RNA(longnon-codingRNA，lncRNAs)已经引起了越来越多的关注。lncRNA是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传水平、转录以及转录后水平等)调控基因的表达，因而最近受到极大关注。越来越多的研究证实，lncRNAs不仅在机体的正常生理功能维持及发育过程中发挥重要的调控作用，其异常表达与疾病的发生发展尤其是肿瘤的恶性进展有着密切联系。恶性肿瘤是目前lncRNAs研究最为活跃的领域之一，越来越多的研究表明lncRNAs可在细胞内形成复杂的表达调控网络，调节肿瘤细胞的增殖、凋亡、迁移等重要过程，影响多种肿瘤包括肺癌的发生发展。例如lncRNAHOTAIR通过募集和绑定PRC2介导靶基因组蛋白H3K27三甲基化的修饰表观抑制一系列抑癌基因的表达，促进乳腺癌细胞的侵袭转移。在胃癌细胞中HOTAIR也可以“竞争性的吸附”miR-331-3p从而促进HER2表达，促进胃癌发生发展。例如，在肺癌中最先发现的lncRNAMALAT1异常高表达，可在组蛋白修饰、转录等多个水平调控多种癌相关基因促进肺癌恶性进展。Weinberg等人在Cell上提出肿瘤细胞持续的恶性增殖是其重要表型之一，而且正常细胞转化成肿瘤细胞过程中需要获得一系列表型和能力，包括避免免疫细胞杀伤的表型。且已有证据表明肿瘤细胞要生长必须降低其自身的免疫原性从而避免免疫识别和杀伤。然而关于调控肿瘤细胞获得这种表现过程的机制研究较少，而新近许多研究已表明，lncRNAs可以在各种免疫细胞中调控其免疫生物学的功能。但其在肿瘤细胞中内源性的免疫角色尚不清楚，值得深入研究。为进一步研究lncRNAs在NSCLC发生发展中的作用，我们首先通过对肺癌与癌旁组织的GEO(GeneExpressionOmnibus)数据库和TCGA(TheCancerGenomeAtlas)大数据库进行分析，筛选出lncRNALINC01116。结果发现LINC01116在多份芯片数据中表达上调且倍数高于肺癌阳性参照lncRNAMALAT1和HOTAIR，LINC01116是一种基因间的lncRNA,定位于人类染色体2q31.1，全长1058nt，目前尚无其参与肿瘤发生发展的研究。进一步通过qPCR在190对NSCLC标本中验证发现其表达显著上调。进一步生物信息学分析发现LINC01116启动子区存在高丰度的组蛋白H3K27乙酰化富集，ChIP实验证明H3K27Ac能够激活LINC01116的表达。细胞及动物实验发现敲低LINC01116的表达能显著抑制细胞的增殖能力，并诱导细胞凋亡。敲低LINC01116后转录组测序发现其不仅可以调控增殖凋亡相关基因，意外发现其还主要影响抗肿瘤免疫反应和炎症相关基因。机制研究发现LINC01116在细胞核中可以作为“分子脚手架”同时绑定PRC2和DNMT1，同时在组蛋白甲基化和DNA甲基化水平表观沉默IRF7和CD1D的表达。CD1D作为NKT细胞识别的唯一靶点，共培养实验发现敲低LINC01116能够增强NKT细胞对NSCLC细胞的识别和杀伤能力。而LINC01116在细胞质中可作为“竞争性的内源RNA”“吸附”microRNA-145-5p，促进Survivin表达，从而促进NSCLC细胞生存。综上，我们发现LINC01116在细胞核和细胞质中通过不同的分子机制，共同促进NSCLC细胞免疫逃逸，从而促进NSCLC的恶性增殖，参与NSCLC发生发展，并可能为NSCLC的诊断治疗提供靶点和依据。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供用于诊断非小细胞肺癌(NSCLC)预后情况或作为治疗非小细胞肺癌药物靶点的lncRNALINC01116，其基因位于2q31.1，全长1058nt，其核苷酸序列为SEQIDNO：1，SEQIDNO:1：本专利技术还涉及识别所述的长非编码RNA的标记物在制备判断非小细胞肺癌治疗预后情况的诊断产品中的应用，所述的标记物包括但不限于：(1)结合所述长非编码RNA的引物/引物组或荧光标记的结合所述长非编码RNA的引物/引物组；(2)结合所述长非编码RNA的小分子化合物；(3)结合所述长非编码RNA的生物大分子，所述的生物大分子包括但不限于：抗体或抗体功能片段、荧光标记的抗体或抗体功能片段、RNA结合蛋白或其功能片段、荧光标记的RNA结合蛋白或其功能片段。优选的，所述的引物组或荧光标记的引物组的核苷酸序列如SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示，LINC01116PrimerF(SEQIDNO：2)：5'AACGCTTTTGAATATGGGGAC3',PrimerR(SEQIDNO：3)：5’-CAATCACAGAGCTCTCCTTGC-3’。GAPDHPrimerF(SEQIDNO：4)：5'AGCCACATCGCTCAGACAC3',PrimerR(SEQIDNO：5)：5'GCCCAATACGACCAAATCC3'。本专利技术还涉及包含所述的识别所述的长非编码RNA的标记物的用于判断非小细胞肺癌治疗预后情况的试剂或试剂盒。本专利技术还涉及所述的识别所述的长非编码RNA的标记物或包含所述标记物的试剂或试剂盒在判断非小细胞肺癌的治疗预后情况中的应用。本专利技术还涉及所述的长非编码RNA在制备治疗非小细胞肺癌的药物中的应用；本专利技术还涉及所述的长非编码RNA在作为筛选判断非小细胞肺癌预后情况的诊断试剂中的应用。本专利技术还涉及所述的长非编码RNA在作为筛选治疗非小细胞肺癌的药物中的应用。技术方案组织标本收集190对NSCLC组织及癌旁组织标本来自于江苏省肿瘤组织标本库及南京军区总院呼吸科标本库，从2009和2010年开始收集整理，并经过病理科严格鉴定。所有标本一经切除均立即在液氮中冷冻，贮存于-80℃，直到RNA提取。而且本研究经过南京医科大学伦理委员会同意。细胞培养NSCLC细胞系A549，PC9，NCI-H1703，NCI-H1975，NCI-H226，SK-MES-1，NCI-H1650，NCI-H1299以及肺粘膜上皮正常细胞系16HBE均购自中国科学院典型培养物保藏委员会细胞库。细胞培养在含有10％胎牛血清(10％FBS)的RPMI1640或DMEM的培养基(GIBCO)，含双抗100U/ml青霉素和100毫克/毫升链霉素(Invitrogen公司)。5％CO2的37℃恒温培养箱中常规培养。每本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于判断非小细胞肺癌(NSCLC)预后情况或作为非小细胞肺癌治疗靶点的长非编码RNA(LINC01116)其特征在于，所述长非编码RNA的核苷酸序列如Seq ID NO.1所示。

【技术特征摘要】
1.一种用于判断非小细胞肺癌(NSCLC)预后情况或作为非小细胞肺癌治疗靶点的长非编码RNA(LINC01116)其特征在于，所述长非编码RNA的核苷酸序列如SeqIDNO.1所示。2.识别权利要求1所述的长非编码RNA的标记物在诊断非小细胞肺癌、判断非小细胞肺癌治疗预后情况中的应用，所述的标记物包括但不限于：(1)结合所述长非编码RNA的引物/引物组或荧光标记的结合所述长非编码RNA的引物/引物组；(2)结合所述长非编码RNA的小分子化合物；(3)结合所述长非编码RNA的生物大分子，所述的生物大分子包括但不限于：抗体或抗体功能片段、荧光标记的抗体或抗体功能片段、RNA结合蛋白或其功能片段、荧光标记的RNA结合蛋白或其功能片段。3.识别权利要求1所述的长非编码RNA的标记物在制备诊断非小细胞肺癌及判断非小细胞肺癌治疗预后情况的诊断产品中的应用，所述的标记物包括但不限于：(1)结合所述长非编码RNA的引物/引物组或荧光标记的结合所述长非编码RNA的引物/引物组；(2)结合所述长非编码RNA的小分子化合物；(3)结合所述长非编码RNA的生物大分子，所述的生物大分子包括但不限于：抗体或抗体功能片段、...

【专利技术属性】
技术研发人员：德伟，张二宝，
申请(专利权)人：南京医科大学，
类型：发明
国别省市：江苏,32