一种限制型心肌病基因数据处理装置制造方法及图纸

本发明专利技术具体公开了一种限制型心肌病基因数据处理装置，包括基础数据获取模块、分析模块、算法建立模块、初筛选模块、重筛选模块和分析鉴定模块。本发明专利技术可以根据筛选得到的共表达基因对数据，进行生物功能及生物网络分析，以便于获取心肌病生物标志物，用于识别非心肌病患者、缺血性心肌病患者以及特发性心肌病患者，并研究缺血性心肌病患者和特发性心肌病患者的发病机理。本发明专利技术在共表达基因对数据中，获取包括关于生物代谢过程的基因数据的共表达基因对数据，确定共表达基因对数据为心肌病生物标志物，可以提高心肌病患者的识别精准度。

Gene data processing device for restrictive cardiomyopathy

The invention discloses a specific restrictive cardiomyopathy gene expression data processing device, including basic data acquisition module, analysis module, algorithm module, filter module, initial module and analysis module identification of heavy screening. The invention can be screened according to the co expression of gene data, analysis of biological function and the biological network, in order to obtain cardiomyopathy biomarkers for identifying non cardiomyopathy and ischemic cardiomyopathy patients and patients with idiopathic cardiomyopathy, and study in patients with ischemic cardiomyopathy and idiopathic cardiomyopathy pathogenesis. The present invention in gene co expression of data acquisition, data including gene co expression on biological metabolism genes of data, determine the total gene expression data for cardiomyopathy biomarkers can improve the recognition accuracy in patients with cardiomyopathy.

【技术实现步骤摘要】
一种限制型心肌病基因数据处理装置
本专利技术涉及基因数据处理
，具体地，涉及一种限制型心肌病基因数据处理装置。
技术介绍
生物标志物(Biomarker)是指可以标记系统、器官、组织、细胞及亚细胞结构或功能的改变或可能发生的改变的生化指标，具有非常广泛的用途。生物标志物可用于疾病诊断、判断疾病分期或者用来评价新药或新疗法在目标人群中的安全性及有效性。对于疾病的鉴定、早期诊断及预防、治疗过程中的监控可能起到帮助作用。寻找和发现有价值的生物标志物已经成为目前研究的一个重要热点。心肌病是一组由于心脏下部分腔室(即心室)的结构改变和心肌壁功能受损导致心脏功能进行性障碍的病变，其发病机理至今尚未完全明确，人类限制型心肌病转录组的研究表明，有一系列的基因与心脏衰竭有关。Hannenhalli等人研究表明，与正常人相比，有1020个基因在缺血性限制型心肌病(ischemiccardiomyopathy)病人中差异表达，有1002个基因在特发性限制型心肌病(idiopathiccardiomyopathies)病人中差异表达。但是已有生物标记物之间是独立的，没有考虑基因之间的相互联系。然而，生物体本身是一个完整的系统，各个基因之间是存在联系的。不考虑基因之间的联系，很难反映限制型心肌病患者的真实情况。
技术实现思路
针对现有技术上的不足，本专利技术提供一种限制型心肌病基因数据处理装置。为了解决上述技术问题，本专利技术通过以下技术方案得以实现：一种限制型心肌病基因数据处理装置，包括基础数据获取模块、分析模块、算法建立模块、初筛选模块、重筛选模块和分析鉴定模块，所述基础数据获取模块获取样本基因表达谱；所述分析模块所述样本基因表达谱进行分析，以获取对应的基因数据，各个所述基因数据包括若干基因的基因表达量；所述算法建立模块建立筛选算法；所述初筛选模块筛选使用上述筛选算法筛选出的表达基因数据；所述分析鉴定模块用于确定所述共表达基因对数据为限制型心肌病生物标志物。优选地，所述算法建立模块中建立的算法如下：Max[T(m,n)]-min[T(m,n)]＜δ其中，T(m,n)＝X(m,k)/X(n,k)，k＝1，2…N，X(m,k)表示基因m的第k个样本的基因表达量，X(n,k)表示基因n的第k个样本的基因表达量，δ表示基因m和基因n的近似程度。优选地，所述样本基因表达谱包括缺血性限制型心肌病患者、特发性限制型心肌病患者以及非限制型心肌病患者的基因表达谱。相对于现有技术，本专利技术的有益效果：1、本专利技术可以根据筛选得到的共表达基因对数据，进行生物功能及生物网络分析，以便于获取心肌病生物标志物，用于识别非心肌病患者、缺血性心肌病患者以及特发性心肌病患者，并研究缺血性心肌病患者和特发性心肌病患者的发病机理。2、本专利技术在基因数据中筛选出共表达基因对数据，在基因数据中获取关于心脏肌肉收缩和心肌病的基因数据，在共表达基因对数据中，获取包括关于心脏肌肉收缩和心肌病的基因数据的共表达基因对数据，可以提高心肌病患者的识别精准度。3、本专利技术在共表达基因对数据中，获取包括关于生物代谢过程的基因数据的共表达基因对数据，确定共表达基因对数据为心肌病生物标志物，可以提高心肌病患者的识别精准度。附图说明此处的附图被并入说明书中并构成本说明书的一部分，示出了符合本专利技术的实施例，并与说明书一起用于解释本专利技术的原理。图1是本专利技术的结构示意图。具体实施方式结合以下实施例对本专利技术作进一步描述。一种限制型心肌病基因数据处理装置，包括基础数据获取模块、分析模块、算法建立模块、初筛选模块、重筛选模块和分析鉴定模块，所述基础数据获取模块获取样本基因表达谱；所述分析模块所述样本基因表达谱进行分析，以获取对应的基因数据，各个所述基因数据包括若干基因的基因表达量；所述算法建立模块建立筛选算法；所述初筛选模块筛选使用上述筛选算法筛选出的表达基因数据；所述分析鉴定模块用于确定所述共表达基因对数据为限制型心肌病生物标志物。优选地，所述算法建立模块中建立的算法如下：Max[T(m,n)]-min[T(m,n)]＜δ其中，T(m,n)＝X(m,k)/X(n,k)，k＝1，2…N，X(m,k)表示基因m的第k个样本的基因表达量，X(n,k)表示基因n的第k个样本的基因表达量，δ表示基因m和基因n的近似程度。优选地，所述样本基因表达谱包括缺血性限制型心肌病患者、特发性限制型心肌病患者以及非限制型心肌病患者的基因表达谱。优选地，所述基础数据获取模块通过GPL96，从高通量基因表达GEO数据库中获取数据集；其中平台GPL96是人类基因芯片平台；除此之外还可以在本地的基因表达谱数据库中获取样本基因表达谱，其中基因表达谱数据库中存储了若干基因表达谱。优选地，所述分析模块用于对所述数据集中的样本基因表达谱，进行鲁棒的多芯片平均RMA标准化处理，以获取对应的基因数据；优选地，所述初筛模块，用于通过所述筛选算法，在包括非限制型心肌病患者的基因表达谱的样本基因表达谱对应的基因数据中筛选出第一共表达基因对数据；还用于通过所述筛选算法，在包括缺血性限制型心肌病患者的基因表达谱的样本基因表达谱对应的基因数据中筛选出第二共表达基因对数据；还用于通过所述筛选算法，在包括特发性限制型心肌病患者的基因表达谱的样本基因表达谱对应的基因数据中筛选出第三共表达基因对数据；优选地，所述重筛选模块，用于在所述基因数据中获取关于心脏肌肉收缩和限制型心肌病的基因数据，在所述共表达基因对数据中，获取包括所述关于心脏肌肉收缩和限制型心肌病的基因数据的共表达基因对数据；还用于在所述基因数据中获取关于生物代谢过程的基因数据，在所述共表达基因对数据中，获取包括所述关于生物代谢过程的基因数据的共表达基因对数据。优选地，所述分析鉴定单元，用于确定所述第二共表达基因对数据和第三共表达基因对数据为所述限制型心肌病生物标志物。本专利技术的限制型心肌病基因数据处理装置可以运行在个人计算机端，智能手机，平板电脑或者具备智能系统的医疗设备中。本专利技术在基因数据中筛选出共表达基因对数据，在基因数据中获取关于心脏肌肉收缩和心肌病的基因数据，在共表达基因对数据中，获取包括关于心脏肌肉收缩和心肌病的基因数据的共表达基因对数据，可以提高心肌病患者的识别精准度。本专利技术在共表达基因对数据中，获取包括关于生物代谢过程的基因数据的共表达基因对数据，确定共表达基因对数据为心肌病生物标志物，可以提高心肌病患者的识别精准度。最后应当说明的是，以上实施例仅用以说明本专利技术的技术方案，而非对本专利技术保护范围的限制，尽管参照较佳实施例对本专利技术作了详细地说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本专利技术的技术方案进行修改或者等同替换，而不脱离本专利技术技术方案的实质和范围。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种限制型心肌病基因数据处理装置，其特征在于，包括基础数据获取模块、分析模块、算法建立模块、初筛选模块、重筛选模块和分析鉴定模块，所述基础数据获取模块获取样本基因表达谱；所述分析模块所述样本基因表达谱进行分析，以获取对应的基因数据，各个所述基因数据包括若干基因的基因表达量；所述算法建立模块建立筛选算法；所述初筛选模块筛选使用上述筛选算法筛选出的表达基因数据；所述分析鉴定模块用于确定所述共表达基因对数据为限制型心肌病生物标志物。

【技术特征摘要】
1.一种限制型心肌病基因数据处理装置，其特征在于，包括基础数据获取模块、分析模块、算法建立模块、初筛选模块、重筛选模块和分析鉴定模块，所述基础数据获取模块获取样本基因表达谱；所述分析模块所述样本基因表达谱进行分析，以获取对应的基因数据，各个所述基因数据包括若干基因的基因表达量；所述算法建立模块建立筛选算法；所述初筛选模块筛选使用上述筛选算法筛选出的表达基因数据；所述分析鉴定模块用于确定所述共表达基因对数据为限制型心肌病生物标志物。2.根据权利要求1所述的限制型心肌病基...

【专利技术属性】
技术研发人员：不公告发明人，
申请(专利权)人：上海喆之信息科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31