DNA甲基化状态作为酒精使用和戒酒的生物标志物制造技术

本公开内容提供了用于测定个体是否在使用酒精，和还用于测定个体是否已经停止使用酒精的方法和材料。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】DNA甲基化状态作为酒精使用和戒酒的生物标志物对相关申请的交叉引用本申请要求于2014年5月30日提交的美国临时申请流水号62/005,408的权益。认为在先申请的此公开公开是本申请的公开内容的一部分(并且通过提及收入本申请的公开内容)。联邦资助的研究或开发本专利技术是在由国立卫生研究院授予的基金号R43AA022041下在政府支持下做出的。政府对本专利技术具有某些权利。专利技术背景酗酒对全世界数以千万计的个体具有深刻的社会经济和个人影响。不幸的是，做出诊断的能力常常受到对自我报告的依赖阻碍，而监测治疗响应的能力受到缺乏强力和可靠的生物标志物挑战。专利技术概述本公开内容提供了可以用于测定个体是否在使用酒精，和还用于测定个体是否已经停止使用酒精的方法和材料。在一个方面中，提供了测定个体是否使用酒精的方法。此类方法通常包括测定来自所述个体的生物学样品中的至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态；并且关联所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态以测定所述个体是否使用酒精。在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体10的位置71389896。例如，染色体10的位置71389896处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体10的位置71389896处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体12的位置54677008。例如，染色体12的位置54677008处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体12的位置54677008处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体8的位置75262522。例如，染色体8的位置75262522处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体8的位置75262522处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。在一些实施方案中，所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体9的位置92137791。例如，染色体9的位置92137791处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用；并且染色体9的位置92137791处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用(例如戒酒)。在一些实施方案中，所述测定步骤包括：在碱性条件下使所述生物学样品中的DNA与亚硫酸氢盐接触以生成经亚硫酸氢盐处理的DNA；任选地，扩增所述经亚硫酸氢盐处理的DNA以生成扩增的经亚硫酸氢盐处理的DNA；使所述经亚硫酸氢盐处理的DNA或扩增的经亚硫酸氢盐处理的DNA与至少一种寡核苷酸接触，所述寡核苷酸与包含所述至少一种CpG二核苷酸的序列互补；并且检测所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态。在一些实施方案中，所述至少一种寡核苷酸检测所述经亚硫酸氢盐处理的DNA中处于未甲基化状态的所述CpG二核苷酸。在一些实施方案中，所述至少一种寡核苷酸检测所述经亚硫酸氢盐处理的DNA中处于甲基化状态的所述CpG二核苷酸。代表性的生物学样品包括但不限于外周血，淋巴细胞，尿液，唾液和颊细胞。在一些实施方案中，使用经亚硫酸氢盐处理的DNA测定所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态。在一些实施方案中，此类方法进一步包括自所述个体获得关于所述个体是否是酒精使用者的自我报告数据。在另一个方面中，提供了用于测定个体是否使用酒精的计算机执行的方法。此类方法通常包括获得与所述使用者相关的测量数据，所述测量数据包括一个或多个测量的CpG甲基化状态；基于获得的测量数据生成预测评分；并且基于所述预测评分，提供所述使用者的酒精使用的可能性。在一些实施方案中，此类方法进一步包括测定所述使用者的CpG甲基化状态，其中甲基化状态的变化是酒精使用的指标。在一些实施方案中，此类方法进一步包括基于所述预测评分输出酒精使用的预测水平。在一个方面中，提供了用于测定至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态的试剂盒。此类试剂盒通常包含至少一种长度为至少8个核苷酸的第一核酸引物，其与包含至少一种CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的核酸序列互补，其中至少一种第一核酸引物检测甲基化的CpG二核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含至少一种长度为至少8个核苷酸的第二核酸引物，其与包含至少一种CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的核酸序列互补，其中至少一种第二核酸引物检测未甲基化的CpG二核苷酸。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体10的位置71389896处的甲基化CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体10的位置71389896处的未甲基化CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体12的位置54677008处的甲基化CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体12的位置54677008处的未甲基化CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体8的位置75262522处的甲基化CpG-二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体8的位置75262522处的未甲基化CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体9的位置92137791处的甲基化CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，第一核酸引物与包含染色体9的位置92137791处的未甲基化CpG二核苷酸的经亚硫酸氢盐转化的序列互补。在一些实施方案中，如本文中描述的试剂盒可以包括长度为至少8个核苷酸的至少第三核酸引物，其与CpG二核苷酸上游的核酸序列互补。在一些实施方案中，如本文中描述的试剂盒可以包括长度为至少8个核苷酸的至少第四核酸引物，其与CpG二核苷酸下游的核酸序列互补。在一些实施方案中，所述至少第三核酸引物与经亚硫酸氢盐转化的核酸序列互补。在一些实施方案中，所述至少第四核酸引物与经亚硫酸氢盐转化的核酸序列互补。在一些实施方案中，所述至少一种第一核酸引物，所述至少一种第二核酸引物，所述至少一种第三核酸引物和/或所述至少一种第四核酸引物包含一个或多个核苷酸类似物。在一些实施方案中，所述至少一种第一核酸引物，所述至少一种第二核酸引物，所述至少一种第三核酸引物和/或所述至少一种第四核酸引物包含一个或多个合成的或非天然的核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括所述至少一种第一核酸引物所结合的固体基质。代表性的固体基质包括但不限于聚合物，玻璃，半导体，纸，金属，凝胶和/或水凝胶。在一些实施方案中，所述固体基质是微阵列或微流体卡。在一些实施方案中，所述试剂盒还包括可检测标记物。在一些实施方案中，此类试剂盒进一步包含用于将一个或多个CpG位置处的甲基化状态的变化与酒精使用相关联的用法说明。除非另有定义，本文中使用的所有技术和科学术语与方法和物质组合物所属领域的普通技术人员的通常理解具有相同的含义。尽管可以在实践或测试方法和物质组合物中使用与本文中描述的材料和方法相似或等同的方法和材料，但是下文描述了合适的方法和材料。另外，材料，方法和例子仅仅是例示性的，而并不意图为限制性的。通过提及完整收录本文中提及的所有出版物、专利申请、专利和其它参考文本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种测定个体是否使用酒精的方法，其包括以下步骤：测定来自所述个体的生物学样品中的至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态；并且关联所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态以测定所述个体是否使用酒精。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.05.30 US 62/005,4081.一种测定个体是否使用酒精的方法，其包括以下步骤：测定来自所述个体的生物学样品中的至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态；并且关联所述至少一种CpG二核苷酸的甲基化状态以测定所述个体是否使用酒精。2.权利要求1的方法，其中所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体10的位置71389896。3.权利要求2的方法，其中染色体10的位置71389896处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用。4.权利要求3的方法，其中染色体10的位置71389896处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用。5.权利要求1的方法，其中所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体12的位置54677008。6.权利要求5的方法，其中染色体12的位置54677008处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用。7.权利要求6的方法，其中染色体12的位置54677008处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用。8.权利要求1的方法，其中所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体8的位置75262522。9.权利要求8的方法，其中染色体8的位置75262522处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用。10.权利要求9的方法，其中染色体8的位置75262522处的再甲基化指示较少的酒精使用或无酒精使用。11.权利要求1的方法，其中所述至少一种CpG二核苷酸包含染色体9的位置92137791。12.权利要求11的方法，其中染色体9的位置92137791处的脱甲基化指示以前或当前的酒精使用。13.权利要求12的方法，其中染色体9的位置9...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗伯特·菲利伯特，
申请(专利权)人：罗伯特·菲利伯特，
类型：发明
国别省市：美国,US