确定癌症侵袭性、预后和治疗响应制造技术

本发明专利技术提供确定特定癌症的侵袭性、预后和治疗响应的方法，其包括比较来自一个或多个功能性元基因的一个或多个差异表达基因的表达水平，所述功能性元基因包括碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因。本发明专利技术公开的方法可特别地适合用作癌症治疗的伴随诊断。

Determining cancer aggressiveness, prognosis, and response to treatment

The present invention provides a method of invasiveness, prognosis and treatment response of specific cancer, gene expression level of one or more differences including from one or more functional gene expression of the functional gene including carbohydrate / lipid metabolism gene, cell signaling, cell gene the development of gene, cell growth, chromosome segregation, Yuan Jiyin gene / recombinant DNA replication gene, immune system gene, metabolic diseases, gene nucleic acid metabolic gene, posttranslational modification, protein synthesis / gene modification gene and multi gene network. The methods disclosed herein are particularly suitable for use as concomitant diagnosis of cancer therapy.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及癌症。更特别地，本专利技术涉及确定癌症的侵袭性、癌症预后和/或预测对抗癌治疗的响应的方法。
技术介绍
激素受体(ER和PR)和HER2是在临床实践中用于辅助进行乳腺癌的组织病理学分型和进行控制决策的标准生物标志物。激素受体(HR)-和HER2-阳性肿瘤分别从他莫昔芬和抗-HER2治疗中获益。另一方面，目前还没有用于控制三阴性乳腺癌(TNBC，其缺乏HR/HER2的表达)的靶向药物治疗。TNBC与HR-阳性肿瘤相比对化疗更为敏感，原因是其通常具更高增殖性，而且与非TNBC相比，化疗后的病理学完全响应(pCR)更可能在TNBC中出现1,2。矛盾地，与非TNBC相比，TNBC与更差的生存率相关联，因为带有残留疾病的TNBC患者更常发生复发1,2。仅有31％的TNBC患者在化疗后发生pCR3，因而强调了靶向治疗的需要。转录组分型已被用于将乳腺癌的异质性分成五个内在的‘PAM50’亚型：与临床结果相关的LuminalA、LuminalB、基底样、HER-2和正常样亚型4-8。已经开发了多种基因印记来预测结果或者对治疗的响应，包括：MammaPrint9、OncotypeDx10,11、Theros12-15。这些商业化印记依赖于基于临床表型如肿瘤响应或生存时间选择基因的模型。尽管其具有临床效用，但这些模型不能确定感兴趣的表型的核心生物学机制。近期，基于生物功能驱动的基因共表达印记的方法，“吸引子元基因(attractormetagene)”，已被用于预测某些癌症的生存率。然而，这样的方法处于早期阶段，并且需要进行大量工作以开发关于总体癌症以及特定癌症的这种吸引子元基因分析。
技术实现思路
本专利技术涉及来自一个或多个功能性元基因的多个差异表达基因表达水平的比较，所述功能性元基因包括碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因；其中这些元基因中的多个基因的表达水平的比较被用于帮助确定某些癌症的侵袭性。该比较还可以，或替代地，帮助为患者提供癌症预后。本专利技术还涉及通过确定与前述12个功能性元基因中的一个或多个相关的一个或多个基因的表达水平来预测癌症对抗癌治疗的响应。本专利技术进一步涉及差异表达蛋白的特定印记的表达水平的比较，以促进或帮助确定特定癌症的侵袭性、癌症患者的预后和/或预测对抗癌治疗的响应。在确定癌症侵袭性、预后和/或治疗中，这些比较中的一个或两者也可与前述来自一个或多个前述功能性元基因的多个基因的表达水平的比较相结合。在第一方面，本专利技术涉及一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因，其中：所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较高的相对表达水平指示或关联所述癌症较高的侵袭性；和/或所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较低的相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较低的侵袭性。在第二方面，本专利技术涉及一种确定哺乳动物的癌症预后的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因，其中：所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较高的相对表达水平指示或关联较不利的癌症预后；和/或所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较低的相对表达水平指示或关联较有利的癌症预后。在上述方面的一个实施方式中，所述一个或多个过表达基因和/或所述一个或多个低表达基因选自前述元基因中的一个。在一个替代性实施方式中，所述一个或多个过表达基因和/或一个或多个低表达基因选自前述元基因中的多个。适合地，对于上述方面的方法，所述碳水化合物/脂代谢元基因、所述细胞信号传导元基因、所述细胞发育元基因、所述细胞生长元基因、所述染色体分离元基因、所述DNA复制/重组元基因、所述免疫系统元基因、所述代谢疾病元基因、所述核酸代谢元基因、所述翻译后修饰元基因、所述蛋白质合成/修饰元基因和/或所述多重网络元基因包括表21中列出的一个或多个基因。在第三方面，本专利技术涉及一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自代谢元基因、信号传导元基因、发育和生长元基因、染色体分离/复制元基因、免疫应答元基因和蛋白质合成/修饰元基因，其中：所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较高的相对表达水平指示或关联所述癌症较高的侵袭性；和/或所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较低的相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较低的侵袭性。在第四方面，本专利技术涉及一种确定哺乳动物的癌症预后的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自代谢元基因、信号传导元基因、发育和生长元基因、染色体分离/复制元基因、免疫应答元基因和蛋白质合成/修饰元基因，其中：所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较高的相对表达水平指示或关联较不利的癌症预后；和/或所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较低的相对表达水平指示或关联较有利的癌症预后。在第三和第四方面的一个实施方式中，所述一个或多个过表达基因和/或所述一个或多个低表达基因选自前述元基因中的一个。在一个替代性实施方式中，所述一个或多个过表达基因和/或所述一个或多个低表达基因选自前述元基因中的多个。适合地，所述代谢元基因、所述信号传导元基因、所述发育和生长元基因、所述染色体分离/复制元基因、所述免疫应答元基因和/或所述蛋白质合成/修饰元基因包括表22中列出的一个或多个基因。在第三和第四方面的方法的特定实施方式中，所述一个或多个过表达基因和/或所述一个或多个低表达基因来本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因，其中：与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较高相对表达水平指示或关联所述癌症的较高侵袭性；和/或与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较低相对表达水平指示或关联与具有高表达水平的哺乳动物相比所述癌症的较低侵袭性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.03.11 AU 2014900813;2014.04.03 AU 2014901212;1.一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因，其中：与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较高相对表达水平指示或关联所述癌症的较高侵袭性；和/或与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较低相对表达水平指示或关联与具有高表达水平的哺乳动物相比所述癌症的较低侵袭性。2.一种确定哺乳动物的癌症预后的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因，其中：与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较高相对表达水平指示或关联较不利的癌症预后；和/或与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较低相对表达水平指示或关联较有利的癌症预后。3.权利要求1或2所述的方法，其中所述一个或多个过表达基因和/或所述一个或多个低表达基因选自所述元基因中的一个或选自所述元基因中的多个。4.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述碳水化合物/脂代谢元基因、所述细胞信号传导元基因、所述细胞发育元基因、所述细胞生长元基因、所述染色体分离元基因、所述DNA复制/重组元基因、所述免疫系统元基因、所述代谢疾病元基因、所述核酸代谢元基因、所述翻译后修饰元基因、所述蛋白质合成/修饰元基因和/或所述多重网络元基因包括表21中列出的一个或多个基因。5.一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自代谢元基因、信号传导元基因、发育和生长元基因、染色体分离/复制元基因、免疫应答元基因和蛋白质合成/修饰元基因，其中：与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较高相对表达水平指示或关联所述癌症较高的侵袭性；和/或与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较低相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较低的侵袭性。6.一种确定哺乳动物的癌症预后的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平，其中所述过表达基因和所述低表达基因来自一个或多个元基因，所述元基因选自代谢元基因、信号传导元基因、发育和生长元基因、染色体分离/复制元基因、免疫应答元基因和蛋白质合成/修饰元基因，其中：与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因相比的较高相对表达水平指示或关联较不利的癌症预后；和/或与所述一个或多个低表达基因相比所述一个或多个过表达基因的较低相对表达水平指示或关联较有利的癌症预后。7.权利要求5或6所述的方法，其中所述一个或多个过表达基因和/或所述一个或多个低表达基因选自所述元基因中的一个或选自所述元基因中的多个。8.权利要求5-7中任一项所述的方法，其中所述代谢元基因、所述信号传导元基因、所述发育和生长元基因、所述染色体分离/复制元基因、所述免疫应答元基因和/或所述蛋白质合成/修饰元基因包括表22中列出的一个或多个基因。9.权利要求5-8中任一项所述的方法，其中所述一个或多个过表达基因和所述一个或多个低表达基因来自碳水化合物/脂代谢元基因、细胞信号传导元基因、细胞发育元基因、细胞生长元基因、染色体分离元基因、DNA复制/重组元基因、免疫系统元基因、代谢疾病元基因、核酸代谢元基因、翻译后修饰元基因、蛋白质合成/修饰元基因和多重网络元基因中的一个或多个。10.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述比较一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个过表达基因的平均表达水平和/或所述一个或多个低表达基因的平均表达水平。11.权利要求10所述的方法，其包括计算所述一个或多个过表达基因的平均表达水平与所述一个或多个低表达基因的平均表达水平的比率。12.权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述比较一个或多个过表达基因的表达水平和/或一个或多个低表达基因的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个过表达基因的表达水平的总和和/或所述一个或多个低表达基因的表达水平的总和。13.权利要求12所述的方法，其包括计算所述一个或多个过表达基因表达水平的总和与所述一个或多个低表达基因表达水平的总和的比率。14.一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的表达水平和/或与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的表达水平，其中：相比于与雌激素受体信号传导相关的所述一个或多个低表达基因，与染色体不稳定性相关的所述一个或多个过表达基因的较高相对表达水平指示或关联所述癌症的较高侵袭性；和/或相比于与雌激素受体信号传导相关的所述一个或多个低表达基因，与染色体不稳定性相关的所述一个或多个过表达基因的较低相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症的较低侵袭性。15.一种确定哺乳动物的癌症预后的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的表达水平和/或与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的表达水平，其中：相比于与雌激素受体信号传导相关的所述一个或多个低表达基因，与染色体不稳定性相关的所述一个或多个过表达基因的较高相对表达水平指示或关联较不利的癌症预后；和/或相比于与雌激素受体信号传导相关的所述一个或多个低表达基因，与染色体不稳定性相关的所述一个或多个过表达基因比与雌激素受体信号传导相关的所述一个或多个低表达基因的较低相对表达水平指示或关联较有利的癌症预后。16.权利要求15所述的方法，其中所述癌症预后包括确定对靶向非整倍体肿瘤的抗癌治疗的响应。17.权利要求15所述的方法，其中所述癌症预后包括确定对靶向染色体不稳定性的抗癌治疗的响应。18.权利要求15-17中任一项所述的方法，其中所述癌症预后包括确定对包括靶向TTK、PLK1和/或一种或多种极光激酶的一种或多种抗癌治疗的响应。19.权利要求14-18中任一项所述的方法，其中所述比较与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的表达水平和/或与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的表达水平的步骤包括比较所述与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的平均表达水平和/或所述与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的平均表达水平。20.权利要求19所述的方法，其包括计算所述与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的平均表达水平与所述与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的平均表达水平的比率。21.权利要求14-18中任一项所述的方法，其中所述比较与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的表达水平和/或与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的表达水平的步骤包括比较所述与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的表达水平的总和和/或所述与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的表达水平的总和。22.权利要求21的所述方法，其包括计算所述与染色体不稳定性相关的一个或多个过表达基因的表达水平的总和与所述与雌激素受体信号传导相关的一个或多个低表达基因的表达水平的总和的比率。23.权利要求20或22所述的方法，其中所述比率提供侵袭性评分，其指示或关联癌症侵袭性和较不利的预后。24.前述权利要求中任一项所述的方法，其中与染色体不稳定性相关的所述基因属于CIN元基因。25.权利要求24所述的方法，其中所述CIN元基因包括表4中列出的多个基因。26.权利要求25所述的方法，其中所述基因选自：ATP6V1C1、RAP2A、CALM1、COG8、HELLS、KDM5A、PGK1、PLCH1、CEP55、RFC4、TAF2、SF3B3、GPI、PIR、MCM10、MELK、FOXM1、KIF2C、NUP155、TPX2、TTK、CENPA、CENPN、EXO1、MAPRE1、ACOT7、NAE1、SHMT2、TCP1、TXNRD1、ADM、CHAF1A和SYNCRIP。27.权利要求26所述的方法，其中所述基因选自：MELK、MCM10、CENPA、EXO1、TTK和KIF2C。28.权利要求14-27中任一项所述的方法，其中所述与雌激素受体信号传导相关的基因属于ER元基因。29.权利要求28所述的方法，其中所述基因选自：BTG2、PIK3IP1、SEC14L2、FLNB、ACSF2、APOM、BIN3、GLTSCR2、ZMYND10、ABAT、BCAT2、SCUBE2、RUNX1、LRRC48、MYBPC1、BCL2、CHPT1、ITM2A、LRIG1、MAPT、PRKCB、RERE、ABHD14A、FLT3、TNN、STC2、BATF、CD1E、CFB、EVL、FBXW4、ABCB1、ACAA1、CHAD、PDCD4、RPL10、RPS28、RPS4X、RPS6、SORBS1、RPL22和RPS4XP3。30.权利要求29所述的方法，其中所述基因选自：MAPT和MYB。31.权利要求14-30中任一项所述的方法，其还包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中选自CAMSAP1、CETN3、GRHPR、ZNF593、CA9、CFDP1、VPS28、ADORA2B、GSK3B、LAMA4、MAP2K5、HCFC1R1、KCNG1、BCAP31、ULBP2、CARHSP1、PML、CD36、CD55、GEMIN4、TXN、ABHD5、EIF3K、EIF4B、EXOSC7、GNB2L1、LAMA3、NDUFC1和STAU1的一个或多个其他过表达基因的表达水平，和/或选自BRD8、BTN2A2、KIR2DL4、ME1、PSEN2、CALR、CAMK4、ITM2C、NOP2、NSUN5、SF3B1、ZNRD1-AS1、ARNT2、ERC2、SLC11A1、BRD4、APOBEC3A、CD1A、CD1B、CD1C、CXCR4、HLA-B、IGH、KIR2DL3、SMPDL3B、MYB、RLN1、MTMR7、SORBS1和SRPK3的一个或多个其他低表达基因的表达水平，其中：所述一个或多个其他过表达基因与所述一个或多个其他低表达基因相比较高的相对表达水平指示或关联所述癌症的较高侵袭性和/或较不利的癌症预后；和/或所述一个或多个其他过表达基因与所述一个或多个其他低表达基因相比较低的相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较低的侵袭性和/或较有利的癌症预后。32.权利要求31所述的方法，其中所述一个或多个其他过表达基因选自ABHD5、ADORA2B、BCAP31、CA9、CAMSAP1、CARHSP1、CD55、CETN3、EIF3K、EXOSC7、GNB2L1、GRHPR、GSK3B、HCFC1R1、KCNG1、MAP2K5、NDUFC1、PML、STAU1、TXN和ZNF593和/或所述一个或多个其他低表达基因选自BTN2A2、ERC2、IGH、ME1、MTMR7、SMPDL3B和ZNRD1-AS1。33.权利要求31或32所述的方法，其中比较所述一个或多个其他过表达基因的表达水平和/或所述一个或多个其他低表达基因的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个其他过表达基因的平均表达水平和/或所述一个或多个其他低表达基因的平均表达水平。34.权利要求33所述的方法，其包括计算所述其他过表达基因的平均表达水平与所述其他低表达基因的平均表达水平的比率。35.权利要求31或32所述的方法，其中比较所述一个或多个其他过表达基因的表达水平和/或所述一个或多个其他低表达基因的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个其他过表达基因的表达水平的总和和/或所述一个或多个其他低表达基因的表达水平的总和。36.权利要求35所述的方法，其包括计算所述一个或多个其他过表达基因的表达水平的总和与所述一个或多个其他低表达基因的表达水平的总和的比率。37.权利要求31-36中任一项所述的方法，其中所述与染色体不稳定性相关的过表达基因的表达水平和/或所述与雌激素受体信号传导相关的低表达基因的表达水平的比较与所述其他过表达基因的表达水平和/或所述其他低表达基因的表达水平的比较相结合，以得到第一综合评分。38.一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中选自CAMSAP1、CETN3、GRHPR、ZNF593、CA9、CFDP1、VPS28、ADORA2B、GSK3B、LAMA4、MAP2K5、HCFC1R1、KCNG1、BCAP31、ULBP2、CARHSP1、PML、CD36、CD55、GEMIN4、TXN、ABHD5、EIF3K、EIF4B、EXOSC7、GNB2L1、LAMA3、NDUFC1和STAU1的一个或多个过表达基因的表达水平和/或选自BRD8、BTN2A2、KIR2DL4、ME1、PSEN2、CALR、CAMK4、ITM2C、NOP2、NSUN5、SF3B1、ZNRD1-AS1、ARNT2、ERC2、SLC11A1、BRD4、APOBEC3A、CD1A、CD1B、CD1C、CXCR4、HLA-B、IGH、KIR2DL3、SMPDL3B、MYB、RLN1、MTMR7、SORBS1和SRPK3的一个或多个低表达基因的表达水平，其中：所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较高的相对表达水平指示或关联所述癌症较高的侵袭性；和/或所述一个或多个过表达基因与所述一个或多个低表达基因相比较低的相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较低的侵袭性。39.一种确定哺乳动物的癌症预后的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中选自CAMSAP1、CETN3、GRHPR、ZNF593、CA9、CFDP1、VPS28、ADORA2B、GSK3B、LAMA4、MAP2K5、HCFC1R1、KCNG1、BCAP31、ULBP2、CARHSP1、PML、CD36、CD55、GEMIN4、TXN、ABHD5、EIF3K、EIF4B、EXOSC7、GNB2L1、LAMA3、NDUFC1和STAU1的一个或多个过表达基因的表达水平和/或选自BRD8、BTN2A2、KIR2DL4、ME1、PSEN2、CALR、CAMK4、ITM2C、NOP2、NSUN5、SF3B1、ZNRD1-AS1、ARNT2、ERC2、SLC11A1、BRD4、APOBEC3A、CD1A、CD1B、CD1C、CXCR4、HLA-B、IGH、KIR2DL3、SMPDL3B、MYB、RLN1、MTMR7、SORBS1和SRPK3的一个或多个低表达基因的表达水平，其中：与具有较高表达水平的哺乳动物相比，所述一个或多个过表达基因比所述一个或多个低表达基因较高的相对表达水平指示或关联较不利的癌症预后；和/或所述一个或多个过表达基因比所述一个或多个低表达基因较低的相对表达水平指示或关联较有利的癌症预后。40.权利要求38或39所述的方法，其中所述一个或多个过表达基因选自ABHD5、ADORA2B、BCAP31、CA9、CAMSAP1、CARHSP1、CD55、CETN3、EIF3K、EXOSC7、GNB2L1、GRHPR、GSK3B、HCFC1R1、KCNG1、MAP2K5、NDUFC1、PML、STAU1、TXN和ZNF593和/或所述一个或多个低表达基因选自BTN2A2、ERC2、IGH、ME1、MTMR7、SMPDL3B和ZNRD1-AS1。41.权利要求38-40中任一项所述的方法，其中比较所述一个或多个过表达基因的表达水平和/或所述一个或多个低表达基因的表达水平的步骤包括比较一个或多个过表达基因的平均表达水平和/或一个或多个低表达基因的平均表达水平。42.权利要求41所述的方法，其包括计算所述一个或多个过表达基因的平均表达水平与所述一个或多个低表达基因的平均表达水平的比率。43.权利要求38-40中任一项所述的方法，其中比较所述一个或多个过表达基因的表达水平和/或所述一个或多个低表达基因的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个过表达基因的表达水平的总和和/或所述一个或多个低表达基因的表达水平的总和。44.权利要求43所述的方法，其包括计算所述一个或多个过表达基因的表达水平的总和与所述一个或多个低表达基因的表达水平的总和的比率。45.权利要求1-44中任一项所述的方法，其还包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中一个或多个过表达蛋白的表达水平，和/或一个或多个低表达蛋白的表达水平，以由此得到综合评分。46.权利要求38所述的方法，其中所述一个或多个过表达蛋白选自DVL3、PAI-1、VEGFR2、INPP4B、EIF4EBP1、EGFR、Ku80、HER3、SMAD1、GATA3、ITGA2、AKT1、NFKB1、HER2、ASNS和COL6A1，和/或所述一个或多个低表达蛋白选自VEGFR2、HER3、ASNS、MAPK9、ESR1、YWHAE、RAD50、PGR、COL6A1、PEA15和RPS6，其中：所述一个或多个过表达蛋白与所述一个或多个低表达蛋白相比较高的相对表达水平指示或关联所述癌症较高的侵袭性和/或较不利的癌症预后；和/或所述一个或多个过表达蛋白与所述一个或多个低表达蛋白相比较低的相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较低的侵袭性和/或较有利的癌症预后。47.权利要求45或46所述的方法，其中比较所述一个或多个过表达蛋白的表达水平和/或所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个过表达蛋白的平均表达水平和/或所述一个或多个低表达蛋白的平均表达水平。48.权利要求47所述的方法，其包括计算所述一个或多个过表达蛋白的平均表达水平与所述一个或多个低表达蛋白的平均表达水平的比率。49.权利要求45或46所述的方法，其中比较所述一个或多个过表达蛋白的表达水平和/或所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个过表达蛋白的表达水平的总和和/或所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的总和。50.权利要求49所述的方法，其包括计算所述一个或多个过表达蛋白的表达水平的总和与所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的总和的比率。51.权利要求45-50中任一项所述的方法，其中所述一个或多个过表达蛋白的表达水平和所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的比较与下述相结合：(i)所述与染色体不稳定性相关的过表达基因的表达水平和/或所述与雌激素受体信号传导相关的低表达基因的表达水平的比较，以得到第二综合评分；或(ii)所述第一综合评分，以得到第三综合评分；或(iii)所述选自CAMSAP1、CETN3、GRHPR、ZNF593、CA9、CFDP1、VPS28、ADORA2B、GSK3B、LAMA4、MAP2K5、HCFC1R1、KCNG1、BCAP31、ULBP2、CARHSP1、PML、CD36、CD55、GEMIN4、TXN、ABHD5、EIF3K、EIF4B、EXOSC7、GNB2L1、LAMA3、NDUFC1和STAU1的过表达基因的表达水平和/或所述选自BRD8、BTN2A2、KIR2DL4、ME1、PSEN2、CALR、CAMK4、ITM2C、NOP2、NSUN5、SF3B1、ZNRD1-AS1、ARNT2、ERC2、SLC11A1、BRD4、APOBEC3A、CD1A、CD1B、CD1C、CXCR4、HLA-B、IGH、KIR2DL3、SMPDL3B、MYB、RLN1、MTMR7、SORBS1和SRPK3的低表达基因的表达水平的比较，以得到第四综合评分；或(iv)所述过表达基因的表达水平和所述低表达基因的表达水平的比较，其中所述基因来自所述碳水化合物/脂代谢元基因、所述细胞信号传导元基因、所述细胞发育元基因、所述细胞生长元基因、所述染色体分离元基因、所述DNA复制/重组元基因、所述免疫系统元基因、所述代谢疾病元基因、所述核酸代谢元基因、所述翻译后修饰元基因、所述蛋白质合成/修饰元基因和/或所述多重网络元基因中的一个或多个，以得到第五综合评分；或(v)所述过表达基因的表达水平和所述低表达基因的表达水平的比较，其中所述基因来自所述代谢元基因、所述信号传导元基因、所述发育和生长元基因、所述染色体分离/复制元基因、所述免疫应答元基因和/或所述蛋白质合成/修饰元基因中的一个或多个，以得到第六综合评分。52.权利要求51所述的方法，其中所述第一、第二、第三、第四、第五和/或第六综合评分至少部分通过加法、减法、乘法、除法和/或求幂得到。53.一种确定哺乳动物中的癌症侵袭性的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中选自DVL3、PAI-1、VEGFR2、INPP4B、EIF4EBP1、EGFR、Ku80、HER3、SMAD1、GATA3、ITGA2、AKT1、NFKB1、HER2、ASNS和COL6A1的一个或多个过表达蛋白的表达水平和/或选自VEGFR2、HER3、ASNS、MAPK9、ESR1、YWHAE、RAD50、PGR、COL6A1、PEA15和RPS6的一个或多个低表达蛋白的表达水平，其中：所述一个或多个过表达蛋白与所述一个或多个低表达蛋白相比较高的相对表达水平指示或关联所述癌症较高的侵袭性；和/或所述一个或多个过表达蛋白与所述一个或多个低表达蛋白相比较低的相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较低的侵袭性。54.一种确定哺乳动物的癌症预后的方法，所述方法包括如下步骤：比较所述哺乳动物的一个或多个癌症细胞、组织或器官中选自DVL3、PAI-1、VEGFR2、INPP4B、EIF4EBP1、EGFR、Ku80、HER3、SMAD1、GATA3、ITGA2、AKT1、NFKB1、HER2、ASNS和COL6A1的一个或多个过表达蛋白的表达水平和/或选自VEGFR2、HER3、ASNS、MAPK9、ESR1、YWHAE、RAD50、PGR、COL6A1、PEA15和RPS6的一个或多个低表达蛋白的表达水平，其中：所述一个或多个过表达蛋白与所述一个或多个低表达蛋白相比较高的相对表达水平指示或关联所述癌症较不利的癌症预后；和/或所述一个或多个过表达蛋白与所述一个或多个低表达蛋白相比较低的相对表达水平指示或关联与具有较高表达水平的哺乳动物相比所述癌症较有利的癌症预后。55.权利要求53或54所述的方法，其中比较所述一个或多个过表达蛋白的表达水平和/或所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个过表达蛋白的平均表达水平和/或所述一个或多个低表达蛋白的平均表达水平。56.权利要求55所述的方法，其包括计算所述一个或多个过表达蛋白的平均表达水平与所述一个或多个低表达蛋白的平均表达水平的比率。57.权利要求53或54所述的方法，其中比较所述一个或多个过表达蛋白的表达水平和/或所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的步骤包括比较所述一个或多个过表达蛋白的表达水平的总和和/或所述一个或多个低表达蛋白的表达水平的总和。58.权利要求57所述的步骤，其包括计算所述过表达蛋白的表达水平的总和与所述低表达蛋白的表达水平的总和的比率。59.一种预测哺乳动物中癌症对抗癌治疗的响应的方法，所述方法包括如下步骤：确定所述哺乳动物的一个或多个非有丝分裂细胞中与染色体不稳定性相关的一个或多个基因的表达水平，其中较高的表达水平指示或关联所述癌症对所述抗癌治疗相对提高的响应。60.权利要求59所述的方法，其中所述与染色体不稳定性相关的一个或多个基因是所述抗癌治疗所靶向的。61.权利要求59或60所述的方法，其中所述与染色体不稳定性相关的一个或多个基因在表4中列出和/或...

【专利技术属性】
技术研发人员：F·亚尔埃杰，
申请(专利权)人：昆士兰医学研究所理事会，
类型：发明
国别省市：澳大利亚;AU