一种判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法技术

本发明专利技术公开一种判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法，本发明专利技术所述方法是通过非标记探针的高分辨率溶解曲线法进行儿童IBD患者进行基因分型，进而判定中国人群rs1250550单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性。目前已经明确基因因素在儿童IBD的发生发展中有重要的作用，因此本发明专利技术的研究结果为更深入的了解儿童IBD疾病提供了理论依据。

A method to determine the relationship between rs125055 single nucleotide polymorphism and IBD in Chinese population

The correlation between the method of the invention discloses a method for determining China single nucleotide polymorphism in rs125055 of children with IBD, the method of the invention is by high resolution melting curve analysis of non labeled probes in children with IBD genotype, and determine the correlation between China single nucleotide polymorphism in rs1250550 of children with IBD. At present, it has been clear that genetic factors play an important role in the occurrence and development of IBD in children. Therefore, the results of this study provide a theoretical basis for the further understanding of IBD disease in children.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因工程领域，特别涉及一种判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法。
技术介绍
IBD是一种胃肠道的慢性炎症，影响了美国将近200万的儿童和成人。过去IBD在中国被认为是少见病，但事实证明，近年来越来越多的儿童IBD患者被明确诊断，且儿童IBD越来越被消化科医师所重视。IBD包括溃疡性结肠炎(UC)及克罗恩病(CD)。前者是一种慢性非特异性结肠炎症，病变主要累及结肠黏膜和黏膜下层，范围多自远段结肠开始，可逆行向近段发展，甚至累及全结肠，呈连续性分布，临床主要表现为腹泻、腹痛和黏液脓血便。后者为一种慢性肉芽肿性炎症，病变可累及胃肠道各部位，以末段回肠及其邻近结肠为主，呈穿壁性炎症，多为节段性、非对称性分布，临床主要表现为腹痛、腹泻、瘘管和肛周病变等。ZMIZ1基因位于10q22.3，编码的PIAS蛋白家族的成员(激活STAT的蛋白抑制剂)之一。所编码的蛋白质调节不同的转录因子，包括雄激素受体、Smad3/4蛋白和p53的活性。所编码的蛋白质也可在蛋白修饰发挥作用。该位点上的10号染色体和第9号染色体的蛋白酪氨酸激酶ABL1基因之间的易位已与急性淋巴细胞白血病相关。目前ZMIZ1基因也被发现与多种自身免疫性疾病有关。Rs1250550所在的ZMIZ1基因座与儿童IBD的相关性在中国大陆人中并未有报道。在此，我们拟通过新近发展起来的非标记探针高分辨率溶解曲线法，来研究中国人群rs1250550单核苷酸多态性与儿童IBD发病风险的相关性。
技术实现思路
本专利技术的目的是克服现有技术中的不足，提供一种方法，旨在用于判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性。为实现上述目的，本专利技术提出的判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法，所述方法是非标记探针的高分辨率溶解曲线法。进一步地，所述方法包括如下步骤：(1)基因分型：取外周血基因组DNA，鉴定其基因型；(2)统计学分析：单核苷酸多态性与疾病相关性分析通过儿童IBD患者与正常人群次等位基因频率比较，以及用卡方检验或Fisher’s精确概率法得出的Hardy-Weinberg平衡定律结果来分析，P值小于0.05认为是有统计学意义；(3)针对ZMIZ1内含子区域的rs1250550设计非标记探针，用于鉴别三种基因型的单核苷酸多态性，所述rs1250550的扩增序列如SEQIDNO:1所示。更进一步地，所述步骤(1)基因分型的具体流程为：首先进行PCR，20mL体系含基因组DNA模板20ng，1′PCR缓存液(Takara，Japan)，200mMdNTPs，0.5UrTaqDNA聚合酶(Takara，Japan)，0.05mM正向引物，0.5mM反向引物。PCR反应在Bio-RadS1000PCR仪上进行(Bio-Rad，美国)；PCR扩增条件如下：94℃预变性2分钟，继之进行50个循环，包括94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸20s，最后72℃延伸5min；反应结束后，转移10mLPCR产物到HR-1专用的毛细管中，再加入1mLLCGreenPlus染料(IdahoTechnology，USA)，最后以HRMinCFX96实时荧光系统C1000ThermalCycler(Bio-Rad，美国)进行检测；Rs1250550引物序列为：正向SEQIDNO:2，反向SEQIDNO:3。本专利技术所述方法是通过非标记探针的高分辨率溶解曲线法进行儿童IBD患者进行基因分型，进而判定中国人群rs1250550单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性。目前已经明确基因因素在儿童IBD的发生发展中有重要的作用，因此本专利技术的研究结果为更深入的了解儿童IBD疾病提供了理论依据。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图示出的结构获得其他的附图。图1为非标记探针高分辨率溶解曲线法分析样本中rs1250550的基因型和测序验证。本专利技术目的的实现、功能特点及优点将结合实施例，参照附图做进一步说明。具体实施方式下面详细描述本专利技术的实施例，所述实施例的示例在附图中示出，其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，旨在用于解释本专利技术，而不能理解为对本专利技术的限制，基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。下面参照附图详细描述本专利技术实施例的判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法。实施例1、研究对象我们在北京大学深圳医院以及一些深圳地区合作医院收集根据2010年中华医学会儿科学会消化学会儿童炎症性肠病协作组商定的儿童炎症性肠病诊断规范确诊的153例儿童IBD病人(男，81例，女，72例；平均年龄为10.2岁；年龄跨度在4–15岁之间)和254例正常人(男，131例，女，123例；年龄中位数为10.9岁；年龄跨度在5–15岁之间)。所有正常人均无IBD家族史或患其他IBD相关的疾病。本研究获得北京大学深圳医院伦理委员会同意及所有参与者的知情同意。2、基因分型采用Innogent的全基因组DNA提取试剂盒(Innogent，China)，根据试剂盒说明书要求提取所收集的外周血基因组DNA。采用非标记探针高分辨率溶解曲线的方法鉴定样本的基因型。方法简述如下：首先进行PCR，20mL体系含基因组DNA模板20ng，1′PCR缓存液(Takara，Japan)，200mMdNTPs，0.5UrTaqDNA聚合酶(Takara，Japan)，0.05mM正向引物，0.5mM反向引物。PCR反应在Bio-RadS1000PCR仪上进行(Bio-Rad，美国)。PCR扩增条件如下：94℃预变性2分钟，继之进行50个循环，包括94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸20s，最后72℃延伸5min。反应结束后，转移10mLPCR产物到HR-1专用的毛细管中，再加入1mLLCGreenPlus染料(IdahoTechnology，USA)后，最后以HRMinCFX96实时荧光系统C1000ThermalCycler(Bio-Rad，美国)进行检测。Rs1250550引物序列为：正向SEQIDNO:2，反向SEQIDNO:3。3、统计学分析SNP与疾病相关性分析通过儿童IBD患者于正常人群次等位基因频率(MAF)比较，以及用卡方检验或Fisher’s精确概率法得出的Hardy-Weinberg平衡定律结果来分析。相关性程度以让步比(OR)的95％置信区间(95％CI)表示。连锁不平衡及单倍型分析均在SHEsis软件上完成。P值小于0.05认为是有统计学意义。4、结果高分辨率溶解曲线是近年来发展起来的一种高效廉价的SNP检测方法，通过此方法获得的溶解曲线能明显区分三种类型基因型(野生型，杂合突变及纯合突变)。HRMA的敏感性与精确度均较本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法，其特征在于，所述方法是非标记探针的高分辨率溶解曲线法。

【技术特征摘要】
1.一种判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法，其特征在于，所述方法是非标记探针的高分辨率溶解曲线法。2.如权利要求1所述的判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：(1)基因分型：取外周血基因组DNA，鉴定其基因型；(2)统计学分析：单核苷酸多态性与疾病相关性分析通过儿童IBD患者与正常人群次等位基因频率比较，以及用卡方检验或Fisher’s精确概率法得出的Hardy-Weinberg平衡定律结果来分析，P值小于0.05认为是有统计学意义；(3)针对ZMIZ1内含子区域的rs1250550设计非标记探针，用于鉴别三种基因型的单核苷酸多态性，所述rs1250550的扩增序列如SEQIDNO:1所示。3.如权利要求2所述的判定中国人群rs125055单核苷酸多态性与儿童IBD之间的相关性的方法，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：王庆文，方征宇，韦伟，曾杏珍，杨旸，李粉玲，刘雅菁，李玉霞，蔡月明，
申请(专利权)人：北京大学深圳医院，
类型：发明
国别省市：广东;44